ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49441

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 1, 6, 0, 5, 7, 5, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.013, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.013, 0.020, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.012, 0.020, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.027, 0.049, 0.070, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.049 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.022, 0.064, 0.105, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.064 std_dev=0.041
C6 B 0, 0.281, 0.478, 0.676, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.478 std_dev=0.198
C2' A 0, 0.052, 0.256, 0.460, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.256 std_dev=0.204
O4' A 0, 0.070, 0.279, 0.488, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.279 std_dev=0.209
N1 B 0, 0.316, 0.563, 0.809, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.563 std_dev=0.247
C5 B 0, 0.282, 0.540, 0.799, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.540 std_dev=0.259
C1' B 0, 0.300, 0.585, 0.871, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.585 std_dev=0.286
O2' A 0, 0.019, 0.319, 0.619, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.319 std_dev=0.300
C4 B 0, 0.355, 0.664, 0.973, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.664 std_dev=0.309
C2 B 0, 0.419, 0.743, 1.067, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.743 std_dev=0.324
N3 B 0, 0.442, 0.772, 1.103, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.772 std_dev=0.331
C2' B 0, 0.276, 0.618, 0.959, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.618 std_dev=0.342
C4' A 0, 0.054, 0.410, 0.766, 1.944 max_d=1.944 avg_d=0.410 std_dev=0.356
O4' B 0, 0.381, 0.744, 1.107, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.744 std_dev=0.363
C3' A 0, 0.067, 0.431, 0.795, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.431 std_dev=0.364
N4 B 0, 0.407, 0.785, 1.164, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.785 std_dev=0.379
C3' B 0, 0.319, 0.712, 1.105, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.712 std_dev=0.393
O2 B 0, 0.525, 0.936, 1.347, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.936 std_dev=0.411
C4' B 0, 0.392, 0.840, 1.287, 2.334 max_d=2.334 avg_d=0.840 std_dev=0.448
O5' A 0, 0.243, 0.726, 1.208, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.726 std_dev=0.483
O3' B 0, 0.285, 0.786, 1.288, 2.262 max_d=2.262 avg_d=0.786 std_dev=0.501
C5' A 0, 0.156, 0.679, 1.201, 2.527 max_d=2.527 avg_d=0.679 std_dev=0.522
O3' A 0, 0.110, 0.637, 1.165, 2.971 max_d=2.971 avg_d=0.637 std_dev=0.528
O2' B 0, 0.211, 0.748, 1.284, 2.815 max_d=2.815 avg_d=0.748 std_dev=0.537
P A 0, 0.226, 0.797, 1.368, 2.502 max_d=2.502 avg_d=0.797 std_dev=0.571
OP2 A 0, 0.153, 0.737, 1.321, 2.616 max_d=2.616 avg_d=0.737 std_dev=0.584
C5' B 0, 0.458, 1.101, 1.744, 3.448 max_d=3.448 avg_d=1.101 std_dev=0.643
O5' B 0, 0.601, 1.325, 2.049, 3.273 max_d=3.273 avg_d=1.325 std_dev=0.724
OP1 A 0, 0.186, 0.924, 1.663, 3.329 max_d=3.329 avg_d=0.924 std_dev=0.739
P B 0, 0.861, 1.808, 2.755, 4.135 max_d=4.135 avg_d=1.808 std_dev=0.947
OP2 B 0, 1.046, 2.042, 3.038, 4.237 max_d=4.237 avg_d=2.042 std_dev=0.996
OP1 B 0, 1.051, 2.048, 3.044, 4.659 max_d=4.659 avg_d=2.048 std_dev=0.997

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.01 0.00 0.08 0.09 0.12 0.10
C2 0.01 0.00 0.09 0.12 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.16 0.18 0.25 0.19
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.02 0.07 0.15 0.00 0.02 0.06 0.01 0.15 0.17 0.21 0.17
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.19 0.01 0.20 0.02 0.18 0.11 0.15 0.11 0.02 0.01 0.20 0.01 0.06 0.10 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.19 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.13 0.00 0.02 0.26 0.33 0.41 0.32
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.05 0.05 0.13 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.20 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.01 0.05 0.28 0.34 0.39 0.33
C5' 0.03 0.06 0.07 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.08 0.10 0.05 0.07 0.09 0.17 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.01 0.06 0.23 0.25 0.27 0.25
N1 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.01 0.15 0.16 0.20 0.17
N3 0.01 0.00 0.07 0.15 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.01 0.03 0.21 0.25 0.34 0.26
O2 0.02 0.00 0.15 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.20 0.01 0.07 0.13 0.13 0.22 0.15
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.14 0.13 0.15 0.07 0.13 0.09 0.12 0.13 0.00 0.04 0.15 0.10 0.11 0.14 0.23 0.13
O3' 0.12 0.11 0.02 0.01 0.13 0.02 0.17 0.09 0.14 0.06 0.10 0.20 0.04 0.00 0.16 0.08 0.15 0.22 0.21 0.18
O4 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.00 0.02 0.28 0.37 0.47 0.36
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.07 0.10 0.08 0.02 0.00 0.08 0.08 0.11 0.10
O5' 0.08 0.16 0.15 0.06 0.26 0.02 0.28 0.01 0.23 0.15 0.21 0.13 0.11 0.15 0.28 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.18 0.17 0.10 0.33 0.05 0.34 0.05 0.25 0.16 0.25 0.13 0.14 0.22 0.37 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.25 0.21 0.09 0.41 0.03 0.39 0.02 0.27 0.20 0.34 0.22 0.23 0.21 0.47 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.19 0.17 0.07 0.32 0.02 0.33 0.01 0.25 0.17 0.26 0.15 0.13 0.18 0.36 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.28 0.25 0.26 0.28 0.19 0.24 0.32 0.22 0.22 0.32 0.33 0.35 0.33 0.15 0.20 0.51 0.77 0.56 0.60
C2 0.17 0.19 0.19 0.26 0.25 0.21 0.26 0.38 0.22 0.17 0.23 0.32 0.25 0.33 0.17 0.17 0.54 0.91 0.68 0.69
C2' 0.21 0.27 0.18 0.24 0.27 0.21 0.23 0.41 0.22 0.20 0.31 0.33 0.34 0.33 0.16 0.19 0.57 0.82 0.65 0.69
C3' 0.23 0.23 0.17 0.17 0.22 0.14 0.20 0.31 0.21 0.19 0.26 0.27 0.30 0.35 0.09 0.18 0.42 0.65 0.56 0.51
C4 0.14 0.18 0.18 0.29 0.20 0.29 0.20 0.48 0.19 0.14 0.24 0.26 0.22 0.40 0.25 0.23 0.61 1.02 0.79 0.79
C4' 0.22 0.26 0.20 0.18 0.23 0.11 0.18 0.23 0.18 0.19 0.29 0.27 0.33 0.30 0.10 0.18 0.37 0.57 0.45 0.43
C5 0.17 0.19 0.20 0.31 0.19 0.32 0.19 0.51 0.20 0.16 0.22 0.23 0.21 0.45 0.27 0.26 0.64 0.98 0.74 0.79
C5' 0.24 0.25 0.19 0.15 0.20 0.10 0.17 0.19 0.19 0.20 0.26 0.23 0.34 0.28 0.07 0.20 0.30 0.48 0.36 0.34
C6 0.21 0.22 0.22 0.30 0.20 0.28 0.20 0.45 0.22 0.20 0.23 0.22 0.26 0.42 0.23 0.23 0.60 0.88 0.65 0.71
N1 0.20 0.23 0.22 0.27 0.25 0.22 0.23 0.38 0.22 0.20 0.26 0.28 0.28 0.35 0.17 0.19 0.55 0.86 0.63 0.67
N3 0.15 0.18 0.18 0.27 0.19 0.24 0.23 0.42 0.20 0.15 0.21 0.26 0.24 0.35 0.20 0.18 0.57 0.97 0.75 0.73
O2 0.18 0.20 0.21 0.25 0.29 0.19 0.28 0.34 0.23 0.18 0.24 0.38 0.26 0.30 0.15 0.17 0.52 0.89 0.67 0.66
O2' 0.24 0.32 0.26 0.22 0.32 0.16 0.26 0.35 0.22 0.23 0.37 0.39 0.43 0.39 0.12 0.18 0.57 0.83 0.65 0.71
O3' 0.23 0.26 0.17 0.17 0.25 0.14 0.20 0.30 0.20 0.19 0.30 0.31 0.35 0.35 0.14 0.19 0.39 0.63 0.57 0.49
O4 0.13 0.20 0.17 0.29 0.25 0.31 0.19 0.50 0.17 0.13 0.28 0.36 0.23 0.41 0.28 0.25 0.62 1.06 0.85 0.82
O4' 0.23 0.26 0.26 0.25 0.26 0.17 0.21 0.26 0.20 0.21 0.30 0.30 0.32 0.32 0.17 0.20 0.43 0.66 0.46 0.49
O5' 0.24 0.18 0.18 0.08 0.19 0.07 0.20 0.24 0.21 0.17 0.19 0.23 0.24 0.36 0.02 0.14 0.36 0.51 0.40 0.38
OP1 0.16 0.14 0.08 0.02 0.17 0.07 0.23 0.21 0.20 0.10 0.15 0.23 0.26 0.16 0.02 0.10 0.25 0.49 0.33 0.29
OP2 0.17 0.17 0.23 0.05 0.33 0.17 0.36 0.39 0.29 0.17 0.26 0.40 0.17 0.45 0.02 0.10 0.37 0.58 0.42 0.42
P 0.18 0.13 0.13 0.01 0.20 0.08 0.24 0.24 0.22 0.12 0.16 0.25 0.21 0.26 0.00 0.09 0.30 0.48 0.34 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.13 0.00 0.14 0.32 0.20 0.15
C2 0.01 0.00 0.14 0.15 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.09 0.28 0.53 0.31 0.29
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.10 0.15 0.02 0.11 0.07 0.26 0.00 0.02 0.01 0.28 0.43 0.32 0.31
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.16 0.00 0.18 0.03 0.17 0.10 0.16 0.18 0.20 0.02 0.01 0.01 0.24 0.36 0.15 0.22
C4 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.11 0.02 0.38 0.69 0.48 0.42
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.12 0.04 0.05 0.08 0.11 0.13 0.02 0.00 0.01 0.12 0.20 0.04
C5 0.01 0.01 0.12 0.18 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.17 0.08 0.41 0.69 0.50 0.44
C5' 0.04 0.10 0.10 0.03 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.06 0.10 0.11 0.15 0.06 0.10 0.02 0.01 0.14 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.17 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.11 0.36 0.58 0.37 0.35
N1 0.00 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.26 0.48 0.27 0.26
N3 0.01 0.00 0.11 0.16 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.07 0.33 0.62 0.40 0.36
N4 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.03 0.41 0.75 0.55 0.46
O2 0.02 0.01 0.26 0.20 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.23 0.16 0.24 0.48 0.27 0.26
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.17 0.13 0.27 0.06 0.26 0.09 0.09 0.18 0.24 0.00 0.04 0.09 0.19 0.37 0.38 0.27
O3' 0.13 0.12 0.02 0.01 0.11 0.02 0.17 0.10 0.16 0.06 0.11 0.15 0.23 0.04 0.00 0.09 0.21 0.36 0.17 0.21
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.02 0.11 0.01 0.07 0.03 0.16 0.09 0.09 0.00 0.08 0.20 0.24 0.13
O5' 0.14 0.28 0.28 0.24 0.38 0.01 0.41 0.01 0.36 0.26 0.33 0.41 0.24 0.19 0.21 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.32 0.53 0.43 0.36 0.69 0.12 0.69 0.14 0.58 0.48 0.62 0.75 0.48 0.37 0.36 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.31 0.32 0.15 0.48 0.20 0.50 0.30 0.37 0.27 0.40 0.55 0.27 0.38 0.17 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.29 0.31 0.22 0.42 0.04 0.44 0.01 0.35 0.26 0.36 0.46 0.26 0.27 0.21 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00