ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49442

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 1, 6, 3, 1, 3, 4, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.027, 0.049, 0.072, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.049 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.064, 0.145, 0.226, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.145 std_dev=0.081
C6 B 0, 0.208, 0.410, 0.611, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.410 std_dev=0.201
N1 B 0, 0.165, 0.393, 0.620, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.393 std_dev=0.228
C5 B 0, 0.271, 0.551, 0.830, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.551 std_dev=0.280
O4' A 0, 0.058, 0.345, 0.632, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.345 std_dev=0.287
C2' A 0, 0.094, 0.384, 0.674, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.384 std_dev=0.290
C2 B 0, 0.219, 0.555, 0.890, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.555 std_dev=0.335
C2' B 0, 0.360, 0.719, 1.077, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.719 std_dev=0.359
C1' B 0, 0.285, 0.650, 1.015, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.650 std_dev=0.365
C4 B 0, 0.270, 0.646, 1.022, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.646 std_dev=0.376
C3' B 0, 0.385, 0.793, 1.201, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.793 std_dev=0.408
N3 B 0, 0.226, 0.640, 1.054, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.640 std_dev=0.414
O2 B 0, 0.370, 0.846, 1.321, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.846 std_dev=0.476
C4' A 0, 0.175, 0.665, 1.155, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.665 std_dev=0.490
O4' B 0, 0.335, 0.826, 1.317, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.826 std_dev=0.491
O3' B 0, 0.542, 1.033, 1.524, 1.893 max_d=1.893 avg_d=1.033 std_dev=0.491
P A 0, 0.547, 1.090, 1.634, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.090 std_dev=0.543
N4 B 0, 0.438, 0.992, 1.547, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.992 std_dev=0.554
O2' B 0, 0.503, 1.059, 1.616, 2.051 max_d=2.051 avg_d=1.059 std_dev=0.556
C5' A 0, 0.408, 0.973, 1.539, 2.372 max_d=2.372 avg_d=0.973 std_dev=0.565
O2' A 0, 0.108, 0.680, 1.252, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.680 std_dev=0.572
O5' A 0, 0.368, 0.944, 1.520, 2.188 max_d=2.188 avg_d=0.944 std_dev=0.576
C3' A 0, 0.176, 0.762, 1.348, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.762 std_dev=0.586
C4' B 0, 0.366, 0.978, 1.590, 2.216 max_d=2.216 avg_d=0.978 std_dev=0.612
OP2 A 0, 0.599, 1.222, 1.845, 2.786 max_d=2.786 avg_d=1.222 std_dev=0.623
O5' B 0, 0.700, 1.379, 2.058, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.379 std_dev=0.679
C5' B 0, 0.604, 1.337, 2.070, 2.737 max_d=2.737 avg_d=1.337 std_dev=0.733
OP1 A 0, 0.570, 1.326, 2.081, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.326 std_dev=0.755
P B 0, 0.931, 1.802, 2.673, 3.235 max_d=3.235 avg_d=1.802 std_dev=0.871
OP2 B 0, 1.131, 2.119, 3.108, 3.621 max_d=3.621 avg_d=2.119 std_dev=0.989
O3' A 0, 0.233, 1.249, 2.266, 3.237 max_d=3.237 avg_d=1.249 std_dev=1.016
OP1 B 0, 1.221, 2.244, 3.268, 3.908 max_d=3.908 avg_d=2.244 std_dev=1.024

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.28 0.02 0.00 0.18 0.19 0.39 0.23
C2 0.02 0.00 0.17 0.22 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.23 0.02 0.08 0.27 0.19 0.39 0.23
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.19 0.15 0.04 0.13 0.28 0.00 0.03 0.08 0.02 0.43 0.43 0.58 0.40
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.38 0.00 0.42 0.02 0.38 0.23 0.30 0.19 0.02 0.01 0.40 0.03 0.23 0.31 0.25 0.16
C4 0.02 0.01 0.07 0.38 0.00 0.15 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.24 0.01 0.04 0.42 0.33 0.47 0.34
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.20 0.09 0.09 0.08 0.29 0.03 0.16 0.01 0.02 0.15 0.28 0.10
C5 0.02 0.01 0.12 0.42 0.00 0.20 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.34 0.01 0.09 0.45 0.36 0.46 0.36
C5' 0.07 0.09 0.19 0.02 0.19 0.01 0.23 0.00 0.20 0.10 0.13 0.09 0.12 0.18 0.21 0.02 0.01 0.15 0.23 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.38 0.01 0.20 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.28 0.01 0.11 0.38 0.27 0.41 0.29
N1 0.01 0.01 0.04 0.23 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.12 0.02 0.02 0.26 0.19 0.38 0.23
N3 0.02 0.01 0.13 0.30 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.18 0.02 0.06 0.34 0.25 0.42 0.27
O2 0.04 0.01 0.28 0.19 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.41 0.03 0.14 0.22 0.18 0.38 0.21
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.32 0.29 0.34 0.12 0.30 0.19 0.27 0.28 0.00 0.05 0.34 0.20 0.33 0.38 0.58 0.33
O3' 0.28 0.23 0.03 0.01 0.24 0.03 0.34 0.18 0.28 0.12 0.18 0.41 0.05 0.00 0.28 0.19 0.27 0.49 0.35 0.31
O4 0.02 0.02 0.08 0.40 0.01 0.16 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.03 0.34 0.28 0.00 0.05 0.45 0.38 0.51 0.38
O4' 0.00 0.08 0.02 0.03 0.04 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.06 0.14 0.20 0.19 0.05 0.00 0.15 0.29 0.47 0.34
O5' 0.18 0.27 0.43 0.23 0.42 0.02 0.45 0.01 0.38 0.26 0.34 0.22 0.33 0.27 0.45 0.15 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.19 0.19 0.43 0.31 0.33 0.15 0.36 0.15 0.27 0.19 0.25 0.18 0.38 0.49 0.38 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.39 0.58 0.25 0.47 0.28 0.46 0.23 0.41 0.38 0.42 0.38 0.58 0.35 0.51 0.47 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.23 0.40 0.16 0.34 0.10 0.36 0.01 0.29 0.23 0.27 0.21 0.33 0.31 0.38 0.34 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.21 0.45 0.37 0.39 0.35 0.35 0.41 0.21 0.14 0.31 0.51 0.36 0.72 0.48 0.28 0.57 0.93 0.51 0.69
C2 0.32 0.26 0.47 0.32 0.37 0.28 0.42 0.39 0.25 0.17 0.21 0.55 0.52 0.66 0.39 0.24 0.59 1.21 0.69 0.81
C2' 0.18 0.19 0.24 0.35 0.36 0.36 0.41 0.58 0.32 0.16 0.27 0.46 0.33 0.50 0.37 0.27 0.81 1.06 0.69 0.96
C3' 0.12 0.24 0.14 0.14 0.36 0.13 0.35 0.25 0.27 0.18 0.32 0.43 0.28 0.34 0.21 0.11 0.50 0.66 0.43 0.56
C4 0.26 0.32 0.37 0.30 0.22 0.34 0.40 0.56 0.33 0.22 0.29 0.32 0.47 0.45 0.33 0.33 0.72 1.48 0.86 1.00
C4' 0.18 0.46 0.13 0.13 0.52 0.11 0.43 0.21 0.33 0.32 0.55 0.58 0.49 0.33 0.28 0.11 0.38 0.58 0.35 0.43
C5 0.27 0.24 0.35 0.33 0.23 0.41 0.36 0.63 0.34 0.22 0.23 0.30 0.35 0.41 0.34 0.39 0.79 1.37 0.75 1.01
C5' 0.48 0.63 0.48 0.30 0.59 0.27 0.52 0.23 0.49 0.53 0.64 0.60 0.69 0.52 0.21 0.38 0.41 0.52 0.40 0.41
C6 0.26 0.20 0.39 0.35 0.28 0.37 0.35 0.55 0.30 0.20 0.20 0.35 0.32 0.49 0.38 0.33 0.72 1.14 0.62 0.88
N1 0.29 0.20 0.45 0.34 0.35 0.32 0.38 0.44 0.26 0.16 0.24 0.47 0.39 0.63 0.41 0.26 0.62 1.09 0.60 0.79
N3 0.29 0.32 0.42 0.29 0.29 0.27 0.43 0.44 0.29 0.20 0.23 0.46 0.55 0.57 0.35 0.24 0.64 1.38 0.80 0.90
O2 0.37 0.25 0.49 0.33 0.42 0.29 0.42 0.33 0.23 0.17 0.23 0.64 0.55 0.74 0.42 0.25 0.54 1.17 0.67 0.75
O2' 0.34 0.30 0.44 0.33 0.45 0.36 0.47 0.54 0.30 0.18 0.36 0.60 0.55 0.85 0.43 0.30 0.83 1.17 0.81 1.05
O3' 0.20 0.49 0.16 0.16 0.58 0.14 0.49 0.23 0.38 0.34 0.59 0.66 0.56 0.32 0.26 0.16 0.44 0.63 0.50 0.53
O4 0.25 0.36 0.34 0.29 0.23 0.37 0.37 0.62 0.33 0.23 0.39 0.31 0.49 0.40 0.31 0.36 0.75 1.62 0.99 1.07
O4' 0.13 0.38 0.27 0.34 0.53 0.30 0.41 0.34 0.26 0.21 0.53 0.62 0.37 0.56 0.54 0.16 0.42 0.71 0.39 0.48
O5' 0.30 0.38 0.31 0.18 0.41 0.15 0.41 0.20 0.37 0.34 0.40 0.43 0.42 0.41 0.02 0.22 0.39 0.58 0.44 0.44
OP1 0.07 0.16 0.14 0.04 0.22 0.15 0.29 0.31 0.24 0.10 0.18 0.27 0.28 0.23 0.03 0.10 0.29 0.89 0.53 0.38
OP2 0.17 0.30 0.20 0.11 0.45 0.20 0.49 0.36 0.41 0.28 0.37 0.50 0.30 0.20 0.03 0.18 0.43 0.80 0.55 0.50
P 0.07 0.13 0.13 0.02 0.24 0.09 0.30 0.20 0.25 0.12 0.17 0.28 0.20 0.19 0.01 0.04 0.26 0.65 0.45 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.10 0.42 0.23 0.12
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.02 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.07 0.03 0.21 0.73 0.48 0.25
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.03 0.05 0.07 0.14 0.00 0.01 0.01 0.13 0.34 0.21 0.14
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.01 0.16 0.02 0.16 0.06 0.07 0.12 0.13 0.02 0.01 0.02 0.16 0.32 0.23 0.16
C4 0.03 0.02 0.06 0.11 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.04 0.29 0.96 0.74 0.34
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.17 0.26 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.19 0.04 0.31 0.95 0.74 0.34
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.09 0.12 0.16 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.25 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.04 0.27 0.79 0.55 0.26
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.20 0.66 0.42 0.22
N3 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.26 0.87 0.63 0.31
N4 0.03 0.02 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.16 0.04 0.30 1.03 0.83 0.37
O2 0.03 0.00 0.14 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.16 0.05 0.18 0.65 0.40 0.22
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.07 0.07 0.15 0.00 0.03 0.05 0.06 0.27 0.22 0.10
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.14 0.03 0.19 0.04 0.17 0.06 0.08 0.16 0.16 0.03 0.00 0.02 0.13 0.47 0.36 0.19
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.00 0.07 0.32 0.22 0.11
O5' 0.10 0.21 0.13 0.16 0.29 0.02 0.31 0.01 0.27 0.20 0.26 0.30 0.18 0.06 0.13 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.73 0.34 0.32 0.96 0.17 0.95 0.25 0.79 0.66 0.87 1.03 0.65 0.27 0.47 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.48 0.21 0.23 0.74 0.26 0.74 0.38 0.55 0.42 0.63 0.83 0.40 0.22 0.36 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.25 0.14 0.16 0.34 0.04 0.34 0.01 0.26 0.22 0.31 0.37 0.22 0.10 0.19 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00