ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49443

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 2, 3, 6, 5, 3, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.017, 0.031, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.024, 0.043, 0.061, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.043 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.024, 0.043, 0.062, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.043 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.024, 0.043, 0.063, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.043 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.024, 0.044, 0.064, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.044 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.055, 0.101, 0.147, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.101 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.122, 0.216, 0.309, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.094
O4' A 0, 0.032, 0.217, 0.403, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.217 std_dev=0.186
C2' A 0, 0.111, 0.325, 0.539, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.325 std_dev=0.214
N3 B 0, 0.241, 0.457, 0.674, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.457 std_dev=0.217
C4 B 0, 0.254, 0.476, 0.698, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.476 std_dev=0.222
C2 B 0, 0.167, 0.403, 0.639, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.403 std_dev=0.236
N1 B 0, 0.181, 0.425, 0.668, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.425 std_dev=0.244
C4' A 0, 0.125, 0.383, 0.640, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.383 std_dev=0.257
C5 B 0, 0.270, 0.532, 0.794, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.532 std_dev=0.262
O2' A 0, 0.232, 0.498, 0.764, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.498 std_dev=0.266
C6 B 0, 0.245, 0.519, 0.792, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.519 std_dev=0.273
C3' A 0, 0.164, 0.459, 0.755, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.459 std_dev=0.295
N4 B 0, 0.289, 0.628, 0.968, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.628 std_dev=0.339
O2 B 0, 0.177, 0.538, 0.899, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.538 std_dev=0.361
C1' B 0, 0.197, 0.581, 0.964, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.581 std_dev=0.383
C2' B 0, 0.203, 0.588, 0.973, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.588 std_dev=0.385
O3' A 0, 0.267, 0.658, 1.050, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.658 std_dev=0.391
C3' B 0, 0.194, 0.712, 1.229, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.712 std_dev=0.517
C5' A 0, 0.217, 0.743, 1.269, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.743 std_dev=0.526
P A 0, 0.271, 0.810, 1.349, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.810 std_dev=0.539
O4' B 0, 0.205, 0.751, 1.297, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.751 std_dev=0.546
O2' B 0, 0.254, 0.808, 1.362, 2.207 max_d=2.207 avg_d=0.808 std_dev=0.554
OP1 A 0, 0.352, 0.910, 1.468, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.910 std_dev=0.558
O5' A 0, 0.241, 0.806, 1.370, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.806 std_dev=0.564
OP2 A 0, 0.356, 0.943, 1.530, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.943 std_dev=0.587
O3' B 0, 0.229, 0.845, 1.461, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.845 std_dev=0.616
C4' B 0, 0.220, 0.897, 1.574, 2.375 max_d=2.375 avg_d=0.897 std_dev=0.677
C5' B 0, 0.240, 1.095, 1.950, 2.823 max_d=2.823 avg_d=1.095 std_dev=0.855
O5' B 0, 0.125, 1.406, 2.687, 4.098 max_d=4.098 avg_d=1.406 std_dev=1.281
P B 0, 0.435, 1.806, 3.177, 4.595 max_d=4.595 avg_d=1.806 std_dev=1.371
OP2 B 0, 0.479, 1.966, 3.453, 5.177 max_d=5.177 avg_d=1.966 std_dev=1.487
OP1 B 0, 0.461, 2.271, 4.080, 6.047 max_d=6.047 avg_d=2.271 std_dev=1.809

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.18 0.15 0.45 0.18
C2 0.01 0.00 0.08 0.14 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.14 0.01 0.02 0.35 0.26 0.47 0.26
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.09 0.03 0.06 0.15 0.00 0.03 0.07 0.01 0.27 0.30 0.31 0.18
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.14 0.00 0.15 0.05 0.14 0.08 0.15 0.18 0.02 0.01 0.16 0.02 0.37 0.44 0.22 0.26
C4 0.01 0.01 0.06 0.14 0.00 0.13 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.17 0.00 0.03 0.51 0.41 0.52 0.39
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.13 0.07 0.09 0.06 0.05 0.03 0.14 0.00 0.02 0.14 0.41 0.09
C5 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.15 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01 0.04 0.53 0.41 0.51 0.40
C5' 0.04 0.18 0.04 0.05 0.30 0.01 0.32 0.00 0.27 0.17 0.24 0.13 0.05 0.06 0.32 0.01 0.01 0.23 0.45 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.13 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.04 0.47 0.33 0.46 0.32
N1 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.02 0.35 0.25 0.46 0.24
N3 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.01 0.03 0.43 0.34 0.50 0.32
O2 0.02 0.00 0.15 0.18 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.20 0.02 0.04 0.27 0.21 0.46 0.22
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.08 0.14 0.00 0.05 0.08 0.06 0.08 0.18 0.36 0.14
O3' 0.02 0.14 0.03 0.01 0.17 0.03 0.18 0.06 0.16 0.08 0.16 0.20 0.05 0.00 0.20 0.02 0.28 0.52 0.20 0.27
O4 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.14 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.20 0.00 0.04 0.53 0.45 0.54 0.43
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.04 0.00 0.08 0.10 0.52 0.22
O5' 0.18 0.35 0.27 0.37 0.51 0.02 0.53 0.01 0.47 0.35 0.43 0.27 0.08 0.28 0.53 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.26 0.30 0.44 0.41 0.14 0.41 0.23 0.33 0.25 0.34 0.21 0.18 0.52 0.45 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.47 0.31 0.22 0.52 0.41 0.51 0.45 0.46 0.46 0.50 0.46 0.36 0.20 0.54 0.52 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.26 0.18 0.26 0.39 0.09 0.40 0.02 0.32 0.24 0.32 0.22 0.14 0.27 0.43 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.18 0.26 0.27 0.23 0.26 0.24 0.25 0.24 0.16 0.25 0.29 0.31 0.32 0.31 0.22 0.60 0.70 0.65 0.52
C2 0.19 0.15 0.23 0.24 0.24 0.22 0.27 0.25 0.23 0.15 0.19 0.33 0.28 0.28 0.27 0.18 0.77 0.78 0.90 0.68
C2' 0.17 0.17 0.21 0.23 0.23 0.22 0.24 0.22 0.22 0.13 0.24 0.29 0.29 0.29 0.29 0.17 0.59 0.78 0.68 0.55
C3' 0.15 0.21 0.18 0.25 0.20 0.24 0.22 0.26 0.21 0.13 0.24 0.25 0.35 0.21 0.33 0.18 0.57 0.85 0.63 0.56
C4 0.21 0.22 0.22 0.31 0.21 0.31 0.30 0.40 0.27 0.20 0.22 0.24 0.31 0.22 0.34 0.24 1.00 1.02 1.17 0.93
C4' 0.16 0.28 0.15 0.16 0.21 0.16 0.19 0.16 0.18 0.15 0.29 0.24 0.44 0.21 0.23 0.14 0.45 0.75 0.51 0.46
C5 0.22 0.22 0.24 0.34 0.17 0.33 0.29 0.41 0.28 0.20 0.22 0.19 0.31 0.23 0.36 0.26 1.00 1.03 1.08 0.91
C5' 0.37 0.39 0.39 0.29 0.24 0.34 0.21 0.25 0.23 0.29 0.34 0.26 0.55 0.52 0.33 0.35 0.41 0.79 0.48 0.45
C6 0.18 0.21 0.22 0.28 0.19 0.26 0.26 0.31 0.26 0.16 0.22 0.22 0.33 0.21 0.31 0.21 0.85 0.90 0.88 0.74
N1 0.18 0.16 0.22 0.24 0.22 0.22 0.26 0.25 0.23 0.14 0.22 0.28 0.30 0.25 0.27 0.18 0.74 0.78 0.81 0.64
N3 0.19 0.18 0.21 0.26 0.23 0.24 0.29 0.31 0.24 0.17 0.19 0.32 0.30 0.24 0.28 0.19 0.89 0.89 1.06 0.81
O2 0.23 0.14 0.26 0.25 0.26 0.23 0.26 0.23 0.22 0.17 0.19 0.37 0.26 0.35 0.28 0.21 0.70 0.70 0.85 0.61
O2' 0.29 0.23 0.30 0.28 0.25 0.31 0.24 0.28 0.24 0.21 0.27 0.32 0.33 0.44 0.33 0.29 0.53 0.72 0.61 0.49
O3' 0.15 0.22 0.18 0.24 0.20 0.24 0.22 0.27 0.21 0.14 0.25 0.25 0.35 0.22 0.32 0.18 0.54 0.89 0.62 0.57
O4 0.24 0.25 0.24 0.35 0.24 0.36 0.33 0.47 0.30 0.24 0.26 0.24 0.32 0.22 0.37 0.29 1.09 1.11 1.31 1.04
O4' 0.11 0.26 0.15 0.23 0.22 0.20 0.20 0.22 0.19 0.12 0.29 0.25 0.42 0.19 0.30 0.13 0.51 0.69 0.53 0.46
O5' 0.30 0.48 0.31 0.17 0.43 0.13 0.37 0.09 0.31 0.35 0.49 0.46 0.57 0.38 0.02 0.22 0.48 0.87 0.44 0.49
OP1 0.05 0.16 0.11 0.05 0.15 0.13 0.25 0.27 0.23 0.06 0.15 0.19 0.30 0.21 0.02 0.09 0.49 1.19 0.62 0.72
OP2 0.15 0.24 0.20 0.08 0.28 0.11 0.31 0.22 0.28 0.20 0.27 0.30 0.30 0.20 0.02 0.11 0.58 1.06 0.51 0.64
P 0.06 0.18 0.11 0.01 0.16 0.03 0.20 0.11 0.18 0.08 0.18 0.19 0.28 0.18 0.00 0.02 0.46 0.98 0.43 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.16 0.08 0.10 0.10
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.11 0.04 0.40 0.19 0.39 0.22
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.04 0.15 0.01 0.02 0.01 0.24 0.30 0.15 0.12
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00 0.14 0.02 0.14 0.06 0.09 0.10 0.14 0.02 0.01 0.01 0.34 0.52 0.16 0.25
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.04 0.63 0.39 0.67 0.44
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.05 0.09 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.17 0.20 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.14 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.04 0.67 0.43 0.66 0.47
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.16 0.00 0.19 0.00 0.16 0.09 0.12 0.18 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.31 0.32 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.04 0.57 0.32 0.43 0.33
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.39 0.17 0.29 0.18
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.52 0.28 0.56 0.33
N4 0.03 0.01 0.04 0.10 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04 0.68 0.46 0.79 0.51
O2 0.03 0.00 0.15 0.14 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.18 0.05 0.29 0.13 0.31 0.15
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.05 0.15 0.00 0.03 0.04 0.06 0.17 0.10 0.07
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.11 0.02 0.16 0.03 0.15 0.06 0.11 0.13 0.18 0.03 0.00 0.01 0.30 0.71 0.22 0.34
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.08 0.17 0.24 0.24
O5' 0.16 0.40 0.24 0.34 0.63 0.01 0.67 0.01 0.57 0.39 0.52 0.68 0.29 0.06 0.30 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.19 0.30 0.52 0.39 0.17 0.43 0.31 0.32 0.17 0.28 0.46 0.13 0.17 0.71 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.39 0.15 0.16 0.67 0.20 0.66 0.32 0.43 0.29 0.56 0.79 0.31 0.10 0.22 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.22 0.12 0.25 0.44 0.06 0.47 0.01 0.33 0.18 0.33 0.51 0.15 0.07 0.34 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00