ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49445

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 2, 7, 5, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.013, 0.017, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.022, 0.031, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.031 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.013, 0.022, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.034, 0.055, 0.076, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.055 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.013, 0.071, 0.129, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.071 std_dev=0.058
C6 B 0, 0.178, 0.322, 0.465, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.322 std_dev=0.143
C5 B 0, 0.280, 0.435, 0.590, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.435 std_dev=0.155
C4 B 0, 0.477, 0.676, 0.876, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.676 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.308, 0.522, 0.735, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.522 std_dev=0.214
N3 B 0, 0.511, 0.749, 0.988, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.749 std_dev=0.239
C2 B 0, 0.449, 0.702, 0.954, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.702 std_dev=0.253
O4' A 0, 0.398, 0.710, 1.021, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.710 std_dev=0.312
N4 B 0, 0.690, 1.010, 1.330, 1.769 max_d=1.769 avg_d=1.010 std_dev=0.320
C2' A 0, 0.415, 0.740, 1.065, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.740 std_dev=0.325
C1' B 0, 0.475, 0.843, 1.211, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.843 std_dev=0.368
C2' B 0, 0.510, 0.882, 1.253, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.882 std_dev=0.371
O2 B 0, 0.573, 0.964, 1.355, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.964 std_dev=0.391
O4' B 0, 0.540, 1.014, 1.487, 1.847 max_d=1.847 avg_d=1.014 std_dev=0.474
C3' B 0, 0.566, 1.050, 1.533, 1.753 max_d=1.753 avg_d=1.050 std_dev=0.484
O5' A 0, 1.045, 1.540, 2.035, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.540 std_dev=0.495
O2' B 0, 0.796, 1.300, 1.804, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.300 std_dev=0.504
O2' A 0, 0.719, 1.266, 1.814, 1.829 max_d=1.829 avg_d=1.266 std_dev=0.547
OP2 A 0, 1.280, 1.843, 2.406, 2.774 max_d=2.774 avg_d=1.843 std_dev=0.563
C4' A 0, 0.733, 1.303, 1.873, 1.950 max_d=1.950 avg_d=1.303 std_dev=0.570
P A 0, 1.221, 1.807, 2.393, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.807 std_dev=0.586
O3' B 0, 0.906, 1.506, 2.106, 2.435 max_d=2.435 avg_d=1.506 std_dev=0.600
C4' B 0, 0.521, 1.135, 1.748, 2.168 max_d=2.168 avg_d=1.135 std_dev=0.613
O5' B 0, 0.442, 1.058, 1.673, 2.466 max_d=2.466 avg_d=1.058 std_dev=0.615
C5' A 0, 1.090, 1.711, 2.332, 2.672 max_d=2.672 avg_d=1.711 std_dev=0.621
C5' B 0, 0.548, 1.181, 1.814, 2.357 max_d=2.357 avg_d=1.181 std_dev=0.633
C3' A 0, 0.712, 1.357, 2.003, 1.946 max_d=1.946 avg_d=1.357 std_dev=0.645
P B 0, 0.586, 1.284, 1.983, 2.754 max_d=2.754 avg_d=1.284 std_dev=0.699
OP1 B 0, 0.740, 1.491, 2.242, 3.001 max_d=3.001 avg_d=1.491 std_dev=0.751
OP1 A 0, 1.648, 2.431, 3.214, 3.874 max_d=3.874 avg_d=2.431 std_dev=0.783
O3' A 0, 1.047, 2.092, 3.136, 2.980 max_d=2.980 avg_d=2.092 std_dev=1.044
OP2 B 0, 0.508, 1.668, 2.828, 4.705 max_d=4.705 avg_d=1.668 std_dev=1.160

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.30 0.01 0.01 0.21 0.22 0.29 0.21
C2 0.01 0.00 0.12 0.20 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.18 0.02 0.06 0.15 0.17 0.26 0.17
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.21 0.10 0.02 0.09 0.20 0.00 0.02 0.05 0.01 0.44 0.52 0.59 0.49
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.36 0.00 0.38 0.02 0.33 0.22 0.29 0.12 0.02 0.01 0.39 0.02 0.08 0.18 0.14 0.10
C4 0.01 0.01 0.04 0.36 0.00 0.13 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.17 0.00 0.02 0.16 0.20 0.27 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.16 0.08 0.08 0.04 0.28 0.03 0.14 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.38 0.00 0.17 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.25 0.01 0.05 0.17 0.19 0.25 0.18
C5' 0.09 0.08 0.21 0.02 0.12 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.09 0.08 0.20 0.13 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.33 0.01 0.16 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.18 0.01 0.07 0.13 0.15 0.22 0.15
N1 0.00 0.00 0.02 0.22 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.08 0.01 0.01 0.15 0.16 0.25 0.17
N3 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.09 0.01 0.04 0.14 0.17 0.26 0.17
O2 0.02 0.01 0.20 0.12 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.36 0.03 0.10 0.17 0.19 0.27 0.18
O2' 0.01 0.21 0.00 0.02 0.33 0.28 0.32 0.08 0.26 0.19 0.28 0.14 0.00 0.05 0.35 0.20 0.32 0.40 0.66 0.42
O3' 0.30 0.18 0.02 0.01 0.17 0.03 0.25 0.20 0.18 0.08 0.09 0.36 0.05 0.00 0.21 0.22 0.26 0.39 0.38 0.33
O4 0.01 0.02 0.05 0.39 0.00 0.14 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.35 0.21 0.00 0.02 0.18 0.23 0.30 0.21
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.04 0.10 0.20 0.22 0.02 0.00 0.06 0.06 0.10 0.08
O5' 0.21 0.15 0.44 0.08 0.16 0.02 0.17 0.01 0.13 0.15 0.14 0.17 0.32 0.26 0.18 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.22 0.17 0.52 0.18 0.20 0.06 0.19 0.05 0.15 0.16 0.17 0.19 0.40 0.39 0.23 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.26 0.59 0.14 0.27 0.04 0.25 0.02 0.22 0.25 0.26 0.27 0.66 0.38 0.30 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.17 0.49 0.10 0.19 0.02 0.18 0.01 0.15 0.17 0.17 0.18 0.42 0.33 0.21 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.16 0.16 0.14 0.15 0.13 0.12 0.15 0.10 0.12 0.17 0.19 0.25 0.33 0.16 0.15 0.31 0.53 0.63 0.45
C2 0.19 0.17 0.17 0.14 0.16 0.14 0.16 0.19 0.14 0.15 0.16 0.21 0.25 0.30 0.13 0.16 0.45 0.61 0.93 0.62
C2' 0.27 0.19 0.30 0.33 0.15 0.31 0.17 0.32 0.19 0.20 0.17 0.18 0.27 0.41 0.35 0.28 0.35 0.60 0.59 0.46
C3' 0.18 0.17 0.19 0.09 0.23 0.09 0.26 0.14 0.21 0.15 0.18 0.28 0.27 0.39 0.08 0.13 0.36 0.75 0.73 0.58
C4 0.15 0.16 0.15 0.14 0.16 0.17 0.18 0.28 0.17 0.14 0.15 0.19 0.21 0.24 0.13 0.16 0.58 0.70 1.18 0.77
C4' 0.21 0.21 0.18 0.07 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.14 0.17 0.14 0.34 0.41 0.10 0.16 0.22 0.55 0.51 0.39
C5 0.16 0.16 0.18 0.16 0.13 0.19 0.16 0.29 0.16 0.15 0.14 0.16 0.21 0.25 0.15 0.18 0.54 0.68 1.04 0.71
C5' 0.28 0.26 0.27 0.10 0.14 0.15 0.13 0.09 0.15 0.20 0.21 0.14 0.37 0.47 0.08 0.22 0.14 0.50 0.40 0.30
C6 0.17 0.17 0.19 0.16 0.13 0.16 0.13 0.22 0.12 0.14 0.15 0.16 0.25 0.30 0.14 0.16 0.43 0.61 0.84 0.58
N1 0.17 0.16 0.17 0.14 0.15 0.13 0.14 0.18 0.12 0.13 0.16 0.19 0.25 0.31 0.13 0.15 0.40 0.58 0.80 0.55
N3 0.17 0.18 0.16 0.13 0.17 0.14 0.18 0.23 0.15 0.15 0.16 0.21 0.25 0.27 0.12 0.15 0.53 0.66 1.09 0.71
O2 0.22 0.18 0.19 0.14 0.17 0.15 0.16 0.18 0.14 0.17 0.16 0.23 0.27 0.33 0.14 0.18 0.43 0.58 0.90 0.59
O2' 0.18 0.19 0.17 0.23 0.28 0.19 0.29 0.26 0.24 0.18 0.24 0.33 0.25 0.32 0.22 0.19 0.32 0.57 0.58 0.44
O3' 0.22 0.29 0.20 0.17 0.13 0.16 0.13 0.25 0.13 0.16 0.25 0.15 0.47 0.42 0.26 0.15 0.43 0.90 0.82 0.68
O4 0.15 0.16 0.15 0.15 0.16 0.19 0.20 0.32 0.19 0.15 0.16 0.19 0.21 0.22 0.14 0.18 0.63 0.74 1.32 0.85
O4' 0.18 0.20 0.14 0.14 0.14 0.13 0.10 0.14 0.09 0.12 0.20 0.18 0.31 0.34 0.19 0.15 0.29 0.51 0.54 0.41
O5' 0.20 0.19 0.24 0.06 0.16 0.06 0.19 0.11 0.17 0.15 0.16 0.18 0.28 0.37 0.02 0.12 0.30 0.69 0.54 0.48
OP1 0.05 0.10 0.10 0.03 0.18 0.10 0.24 0.23 0.20 0.08 0.12 0.22 0.18 0.19 0.03 0.05 0.25 0.70 0.48 0.39
OP2 0.09 0.16 0.13 0.06 0.29 0.17 0.34 0.33 0.29 0.16 0.21 0.32 0.15 0.16 0.02 0.14 0.46 1.05 0.73 0.73
P 0.06 0.10 0.12 0.02 0.18 0.07 0.23 0.19 0.20 0.09 0.13 0.21 0.16 0.19 0.01 0.03 0.27 0.73 0.44 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.28 0.23 0.26 0.18
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.09 0.03 0.50 0.33 0.74 0.49
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.06 0.07 0.12 0.00 0.02 0.01 0.21 0.24 0.20 0.18
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.11 0.01 0.14 0.02 0.13 0.07 0.09 0.12 0.11 0.02 0.01 0.01 0.19 0.31 0.18 0.21
C4 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.13 0.03 0.69 0.49 1.20 0.77
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.06 0.07 0.11 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.21 0.18 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.12 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.04 0.72 0.51 1.22 0.80
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.22 0.00 0.24 0.00 0.21 0.13 0.17 0.24 0.08 0.06 0.04 0.01 0.01 0.14 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.04 0.64 0.40 0.93 0.63
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.50 0.30 0.66 0.45
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.60 0.41 0.99 0.64
N4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.11 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.04 0.73 0.56 1.36 0.86
O2 0.04 0.00 0.12 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.14 0.05 0.40 0.28 0.56 0.37
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.10 0.08 0.16 0.00 0.04 0.06 0.07 0.26 0.26 0.14
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.13 0.02 0.17 0.04 0.15 0.07 0.10 0.15 0.14 0.04 0.00 0.01 0.16 0.35 0.29 0.20
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.01 0.00 0.22 0.28 0.15 0.10
O5' 0.28 0.50 0.21 0.19 0.69 0.02 0.72 0.01 0.64 0.50 0.60 0.73 0.40 0.07 0.16 0.22 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.23 0.33 0.24 0.31 0.49 0.21 0.51 0.14 0.40 0.30 0.41 0.56 0.28 0.26 0.35 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.74 0.20 0.18 1.20 0.18 1.22 0.21 0.93 0.66 0.99 1.36 0.56 0.26 0.29 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.49 0.18 0.21 0.77 0.08 0.80 0.01 0.63 0.45 0.64 0.86 0.37 0.14 0.20 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00