ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49448

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.040 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.014, 0.062, 0.111, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.062 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.076, 0.149, 0.222, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.149 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.089, 0.176, 0.263, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.146, 0.266, 0.386, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.266 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.139, 0.276, 0.413, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.276 std_dev=0.137
O2' A 0, 0.092, 0.239, 0.386, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.239 std_dev=0.147
O3' A 0, 0.258, 0.444, 0.631, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.444 std_dev=0.187
N3 B 0, 0.277, 0.498, 0.720, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.498 std_dev=0.222
C4 B 0, 0.261, 0.507, 0.752, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.507 std_dev=0.245
C5' A 0, 0.219, 0.471, 0.722, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.471 std_dev=0.251
C5 B 0, 0.394, 0.721, 1.049, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.721 std_dev=0.328
C2 B 0, 0.333, 0.662, 0.991, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.662 std_dev=0.329
N4 B 0, 0.387, 0.790, 1.193, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.790 std_dev=0.403
C6 B 0, 0.396, 0.849, 1.302, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.849 std_dev=0.453
N1 B 0, 0.357, 0.815, 1.274, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.815 std_dev=0.458
O2 B 0, 0.388, 0.922, 1.457, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.922 std_dev=0.535
C2' B 0, 0.383, 1.060, 1.737, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.060 std_dev=0.677
C1' B 0, 0.460, 1.167, 1.873, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.167 std_dev=0.706
O2' B 0, 0.399, 1.169, 1.939, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.169 std_dev=0.770
C3' B 0, 0.403, 1.251, 2.100, 2.443 max_d=2.443 avg_d=1.251 std_dev=0.849
O5' A 0, 0.181, 1.071, 1.960, 2.934 max_d=2.934 avg_d=1.071 std_dev=0.890
O3' B 0, 0.381, 1.277, 2.172, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.277 std_dev=0.896
O4' B 0, 0.577, 1.536, 2.495, 2.899 max_d=2.899 avg_d=1.536 std_dev=0.959
C4' B 0, 0.478, 1.530, 2.583, 3.054 max_d=3.054 avg_d=1.530 std_dev=1.052
P A 0, 0.180, 1.304, 2.428, 3.597 max_d=3.597 avg_d=1.304 std_dev=1.124
O5' B 0, 0.433, 1.617, 2.802, 3.419 max_d=3.419 avg_d=1.617 std_dev=1.185
C5' B 0, 0.602, 1.827, 3.052, 3.581 max_d=3.581 avg_d=1.827 std_dev=1.225
OP2 B 0, 0.588, 1.848, 3.107, 3.900 max_d=3.900 avg_d=1.848 std_dev=1.259
P B 0, 0.436, 1.822, 3.209, 4.087 max_d=4.087 avg_d=1.822 std_dev=1.387
OP2 A 0, 0.080, 1.471, 2.861, 4.685 max_d=4.685 avg_d=1.471 std_dev=1.391
OP1 A 0, 0.009, 1.569, 3.129, 5.344 max_d=5.344 avg_d=1.569 std_dev=1.560
OP1 B 0, 0.479, 2.052, 3.626, 4.619 max_d=4.619 avg_d=2.052 std_dev=1.573

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.27 0.31 0.24 0.16
C2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.02 0.06 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.03 0.03 0.53 0.38 0.59 0.35
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.08 0.02 0.07 0.02 0.06 0.04 0.10 0.15 0.01 0.02 0.10 0.01 0.32 0.34 0.28 0.23
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.11 0.01 0.13 0.02 0.12 0.06 0.11 0.14 0.01 0.00 0.13 0.02 0.38 0.47 0.26 0.30
C4 0.04 0.02 0.08 0.11 0.00 0.09 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.14 0.01 0.04 0.71 0.45 0.87 0.53
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.08 0.06 0.03 0.10 0.00 0.01 0.16 0.22 0.07
C5 0.03 0.02 0.07 0.13 0.01 0.11 0.00 0.27 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.16 0.01 0.04 0.71 0.41 0.82 0.51
C5' 0.05 0.15 0.02 0.02 0.25 0.01 0.27 0.00 0.23 0.15 0.20 0.12 0.06 0.02 0.27 0.02 0.01 0.27 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.10 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.01 0.04 0.62 0.33 0.61 0.37
N1 0.02 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.03 0.49 0.33 0.48 0.29
N3 0.04 0.01 0.10 0.11 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.13 0.02 0.03 0.64 0.43 0.76 0.46
O2 0.04 0.01 0.15 0.14 0.03 0.08 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.17 0.04 0.04 0.45 0.39 0.51 0.32
O2' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.10 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.12 0.18 0.00 0.03 0.12 0.05 0.10 0.23 0.14 0.09
O3' 0.02 0.11 0.02 0.00 0.14 0.03 0.16 0.02 0.14 0.06 0.13 0.17 0.03 0.00 0.16 0.03 0.29 0.54 0.22 0.29
O4 0.05 0.03 0.10 0.13 0.01 0.10 0.01 0.27 0.01 0.03 0.02 0.04 0.12 0.16 0.00 0.04 0.76 0.50 0.98 0.60
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.00 0.17 0.32 0.19 0.18
O5' 0.27 0.53 0.32 0.38 0.71 0.01 0.71 0.01 0.62 0.49 0.64 0.45 0.10 0.29 0.76 0.17 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.31 0.38 0.34 0.47 0.45 0.16 0.41 0.27 0.33 0.33 0.43 0.39 0.23 0.54 0.50 0.32 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.59 0.28 0.26 0.87 0.22 0.82 0.37 0.61 0.48 0.76 0.51 0.14 0.22 0.98 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.35 0.23 0.30 0.53 0.07 0.51 0.02 0.37 0.29 0.46 0.32 0.09 0.29 0.60 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.21 0.20 0.27 0.25 0.22 0.21 0.26 0.13 0.14 0.23 0.33 0.35 0.31 0.42 0.16 0.24 0.36 0.27 0.24
C2 0.21 0.25 0.23 0.31 0.22 0.25 0.26 0.38 0.19 0.17 0.20 0.31 0.41 0.29 0.44 0.19 0.37 0.47 0.48 0.40
C2' 0.16 0.22 0.14 0.23 0.24 0.19 0.21 0.28 0.14 0.15 0.23 0.31 0.34 0.26 0.38 0.13 0.23 0.42 0.32 0.27
C3' 0.20 0.26 0.18 0.25 0.22 0.23 0.19 0.31 0.16 0.21 0.26 0.25 0.35 0.23 0.38 0.18 0.21 0.45 0.31 0.27
C4 0.27 0.30 0.27 0.39 0.20 0.41 0.30 0.58 0.29 0.26 0.29 0.18 0.39 0.26 0.46 0.32 0.54 0.63 0.65 0.59
C4' 0.18 0.28 0.14 0.17 0.25 0.16 0.20 0.23 0.16 0.20 0.29 0.29 0.36 0.22 0.32 0.12 0.13 0.34 0.18 0.15
C5 0.33 0.35 0.31 0.41 0.22 0.43 0.28 0.57 0.31 0.32 0.31 0.18 0.40 0.29 0.46 0.38 0.51 0.56 0.54 0.52
C5' 0.33 0.37 0.34 0.23 0.31 0.24 0.28 0.26 0.26 0.31 0.35 0.33 0.45 0.43 0.31 0.26 0.13 0.34 0.23 0.15
C6 0.29 0.33 0.28 0.35 0.21 0.34 0.22 0.43 0.23 0.28 0.27 0.21 0.42 0.29 0.44 0.30 0.38 0.45 0.38 0.38
N1 0.22 0.26 0.23 0.30 0.22 0.26 0.23 0.34 0.17 0.19 0.22 0.29 0.40 0.28 0.44 0.20 0.32 0.42 0.37 0.34
N3 0.22 0.28 0.24 0.34 0.20 0.31 0.29 0.48 0.23 0.20 0.24 0.26 0.41 0.26 0.44 0.23 0.46 0.57 0.59 0.51
O2 0.21 0.23 0.23 0.29 0.23 0.22 0.26 0.33 0.17 0.16 0.18 0.35 0.41 0.33 0.44 0.17 0.34 0.45 0.46 0.37
O2' 0.20 0.19 0.18 0.19 0.26 0.19 0.21 0.20 0.11 0.13 0.24 0.37 0.30 0.36 0.32 0.17 0.17 0.35 0.26 0.20
O3' 0.21 0.26 0.19 0.24 0.23 0.22 0.19 0.31 0.17 0.22 0.26 0.26 0.34 0.23 0.34 0.18 0.18 0.45 0.32 0.27
O4 0.27 0.29 0.28 0.42 0.20 0.46 0.32 0.67 0.32 0.26 0.30 0.17 0.36 0.26 0.48 0.36 0.62 0.74 0.78 0.70
O4' 0.15 0.24 0.13 0.24 0.26 0.21 0.19 0.25 0.11 0.14 0.28 0.32 0.34 0.27 0.43 0.11 0.22 0.36 0.19 0.21
O5' 0.28 0.44 0.29 0.18 0.53 0.05 0.48 0.10 0.40 0.39 0.51 0.57 0.41 0.30 0.02 0.15 0.29 0.44 0.53 0.36
OP1 0.57 0.41 0.48 0.29 0.24 0.60 0.22 0.48 0.30 0.41 0.33 0.21 0.50 0.75 0.02 0.64 0.27 0.37 0.30 0.22
OP2 0.22 0.45 0.22 0.20 0.61 0.21 0.57 0.32 0.46 0.40 0.55 0.68 0.39 0.17 0.03 0.16 0.31 0.46 0.63 0.41
P 0.07 0.14 0.09 0.03 0.22 0.23 0.20 0.24 0.13 0.08 0.19 0.27 0.15 0.27 0.01 0.16 0.20 0.41 0.42 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.29 0.34 0.18 0.22
C2 0.03 0.00 0.09 0.11 0.02 0.05 0.02 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.15 0.03 0.37 0.34 0.25 0.26
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.08 0.07 0.14 0.00 0.02 0.01 0.17 0.34 0.24 0.18
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.11 0.07 0.12 0.13 0.14 0.02 0.01 0.02 0.17 0.36 0.27 0.21
C4 0.03 0.02 0.06 0.13 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.18 0.06 0.38 0.29 0.29 0.27
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.13 0.06 0.08 0.13 0.06 0.08 0.02 0.01 0.03 0.27 0.19 0.03
C5 0.03 0.02 0.05 0.13 0.00 0.15 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.18 0.07 0.37 0.27 0.29 0.26
C5' 0.05 0.16 0.02 0.01 0.28 0.01 0.31 0.00 0.26 0.16 0.22 0.30 0.11 0.08 0.05 0.03 0.01 0.32 0.28 0.03
C6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.06 0.39 0.30 0.25 0.26
N1 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.06 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.03 0.37 0.33 0.22 0.26
N3 0.03 0.01 0.08 0.12 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.18 0.04 0.38 0.31 0.28 0.27
N4 0.04 0.03 0.07 0.13 0.01 0.13 0.01 0.30 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.21 0.06 0.37 0.28 0.31 0.27
O2 0.04 0.00 0.14 0.14 0.03 0.06 0.03 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.14 0.18 0.03 0.36 0.36 0.23 0.26
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.08 0.04 0.08 0.04 0.03 0.08 0.07 0.14 0.00 0.07 0.05 0.09 0.31 0.18 0.10
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.18 0.02 0.18 0.05 0.14 0.08 0.18 0.21 0.18 0.07 0.00 0.02 0.26 0.41 0.33 0.27
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.31 0.37 0.14 0.23
O5' 0.29 0.37 0.17 0.17 0.38 0.03 0.37 0.01 0.39 0.37 0.38 0.37 0.36 0.09 0.26 0.31 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.34 0.34 0.36 0.29 0.27 0.27 0.32 0.30 0.33 0.31 0.28 0.36 0.31 0.41 0.37 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.25 0.24 0.27 0.29 0.19 0.29 0.28 0.25 0.22 0.28 0.31 0.23 0.18 0.33 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.26 0.18 0.21 0.27 0.03 0.26 0.03 0.26 0.26 0.27 0.27 0.26 0.10 0.27 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00