ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49450

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.010, 0.065, 0.120, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.065 std_dev=0.055
C4 B 0, 0.098, 0.292, 0.485, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.292 std_dev=0.194
N4 B 0, 0.139, 0.343, 0.548, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.343 std_dev=0.205
N3 B 0, 0.071, 0.294, 0.518, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.294 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.101, 0.342, 0.584, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.342 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.112, 0.372, 0.631, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.372 std_dev=0.259
O2 B 0, 0.183, 0.468, 0.754, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.468 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.112, 0.404, 0.696, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.404 std_dev=0.292
N1 B 0, 0.113, 0.420, 0.727, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.420 std_dev=0.307
O4' A 0, 0.055, 0.400, 0.744, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.400 std_dev=0.345
C2' A 0, 0.093, 0.468, 0.842, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.468 std_dev=0.374
C1' B 0, 0.209, 0.596, 0.984, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.596 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.206, 0.631, 1.055, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.631 std_dev=0.425
C3' B 0, 0.123, 0.598, 1.074, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.598 std_dev=0.476
C2' B 0, 0.150, 0.629, 1.108, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.629 std_dev=0.479
C4' B 0, 0.250, 0.748, 1.247, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.748 std_dev=0.498
OP2 A 0, 0.208, 0.717, 1.227, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.717 std_dev=0.509
O5' A 0, 0.131, 0.671, 1.212, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.671 std_dev=0.540
C4' A 0, 0.103, 0.659, 1.215, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.659 std_dev=0.556
P A 0, 0.068, 0.672, 1.276, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.672 std_dev=0.604
O3' B 0, 0.057, 0.679, 1.301, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.679 std_dev=0.622
O2' B 0, 0.335, 0.960, 1.585, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.960 std_dev=0.625
C5' B 0, 0.415, 1.050, 1.685, 1.841 max_d=1.841 avg_d=1.050 std_dev=0.635
C3' A 0, 0.128, 0.777, 1.427, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.777 std_dev=0.649
C5' A 0, 0.182, 0.840, 1.498, 2.204 max_d=2.204 avg_d=0.840 std_dev=0.658
O5' B 0, 0.391, 1.088, 1.784, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.088 std_dev=0.696
O2' A 0, 0.155, 0.856, 1.557, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.856 std_dev=0.701
OP1 A 0, 0.135, 0.956, 1.778, 2.425 max_d=2.425 avg_d=0.956 std_dev=0.821
P B 0, 0.394, 1.394, 2.394, 2.999 max_d=2.999 avg_d=1.394 std_dev=1.000
OP1 B 0, 0.467, 1.569, 2.672, 3.258 max_d=3.258 avg_d=1.569 std_dev=1.102
O3' A 0, 0.139, 1.268, 2.397, 2.786 max_d=2.786 avg_d=1.268 std_dev=1.129
OP2 B 0, 0.542, 2.253, 3.965, 4.817 max_d=4.817 avg_d=2.253 std_dev=1.712

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.33 0.01 0.00 0.27 0.25 0.29 0.20
C2 0.01 0.00 0.14 0.22 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.20 0.01 0.07 0.29 0.21 0.23 0.16
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.22 0.13 0.02 0.11 0.24 0.00 0.02 0.07 0.02 0.43 0.56 0.55 0.47
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.36 0.01 0.37 0.02 0.32 0.22 0.30 0.16 0.02 0.01 0.39 0.02 0.12 0.20 0.21 0.10
C4 0.00 0.01 0.05 0.36 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.12 0.01 0.04 0.34 0.16 0.16 0.15
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.08 0.03 0.31 0.03 0.12 0.00 0.02 0.16 0.14 0.05
C5 0.00 0.01 0.10 0.37 0.00 0.15 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.35 0.20 0.01 0.05 0.34 0.14 0.14 0.14
C5' 0.09 0.10 0.22 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.11 0.13 0.09 0.11 0.24 0.18 0.02 0.01 0.17 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.13 0.32 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.14 0.01 0.07 0.33 0.15 0.19 0.13
N1 0.00 0.01 0.02 0.22 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.10 0.01 0.02 0.29 0.20 0.24 0.15
N3 0.01 0.00 0.11 0.30 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.33 0.08 0.01 0.06 0.31 0.18 0.20 0.15
O2 0.02 0.00 0.24 0.16 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.38 0.02 0.11 0.28 0.24 0.26 0.18
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.36 0.31 0.35 0.11 0.29 0.22 0.33 0.26 0.00 0.05 0.38 0.21 0.28 0.45 0.62 0.38
O3' 0.33 0.20 0.02 0.01 0.12 0.03 0.20 0.24 0.14 0.10 0.08 0.38 0.05 0.00 0.16 0.24 0.37 0.45 0.48 0.41
O4 0.01 0.01 0.07 0.39 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.16 0.00 0.05 0.34 0.16 0.17 0.17
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.06 0.11 0.21 0.24 0.05 0.00 0.15 0.09 0.23 0.13
O5' 0.27 0.29 0.43 0.12 0.34 0.02 0.34 0.01 0.33 0.29 0.31 0.28 0.28 0.37 0.34 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.25 0.21 0.56 0.20 0.16 0.16 0.14 0.17 0.15 0.20 0.18 0.24 0.45 0.45 0.16 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.23 0.55 0.21 0.16 0.14 0.14 0.04 0.19 0.24 0.20 0.26 0.62 0.48 0.17 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.16 0.47 0.10 0.15 0.05 0.14 0.01 0.13 0.15 0.15 0.18 0.38 0.41 0.17 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.22 0.19 0.26 0.21 0.24 0.25 0.38 0.25 0.23 0.20 0.21 0.26 0.34 0.28 0.22 0.39 0.59 1.00 0.61
C2 0.18 0.20 0.14 0.23 0.22 0.21 0.25 0.41 0.23 0.19 0.19 0.23 0.24 0.29 0.21 0.17 0.58 0.72 1.45 0.87
C2' 0.29 0.22 0.29 0.30 0.23 0.30 0.28 0.41 0.28 0.25 0.20 0.23 0.26 0.43 0.34 0.27 0.19 0.54 0.82 0.46
C3' 0.14 0.14 0.14 0.26 0.27 0.25 0.33 0.50 0.28 0.17 0.18 0.31 0.19 0.35 0.26 0.15 0.53 0.99 1.13 0.84
C4 0.15 0.17 0.14 0.20 0.19 0.23 0.24 0.48 0.21 0.16 0.17 0.20 0.22 0.23 0.16 0.16 0.73 0.82 1.76 1.04
C4' 0.21 0.18 0.17 0.17 0.12 0.15 0.15 0.32 0.15 0.15 0.14 0.12 0.28 0.40 0.24 0.11 0.31 0.63 0.73 0.51
C5 0.21 0.20 0.19 0.23 0.20 0.28 0.26 0.50 0.25 0.21 0.17 0.19 0.23 0.25 0.17 0.21 0.67 0.79 1.56 0.95
C5' 0.27 0.24 0.28 0.06 0.15 0.09 0.16 0.23 0.18 0.21 0.19 0.13 0.32 0.45 0.14 0.14 0.22 0.58 0.53 0.39
C6 0.24 0.22 0.21 0.25 0.21 0.27 0.27 0.46 0.27 0.24 0.18 0.19 0.26 0.29 0.19 0.23 0.54 0.71 1.28 0.80
N1 0.22 0.21 0.17 0.25 0.22 0.24 0.26 0.42 0.25 0.22 0.19 0.21 0.25 0.30 0.23 0.20 0.51 0.68 1.25 0.77
N3 0.15 0.18 0.12 0.20 0.21 0.20 0.24 0.43 0.21 0.16 0.18 0.22 0.23 0.25 0.17 0.14 0.68 0.79 1.67 0.99
O2 0.19 0.19 0.16 0.24 0.22 0.21 0.25 0.39 0.22 0.19 0.19 0.23 0.24 0.31 0.24 0.18 0.56 0.71 1.42 0.84
O2' 0.26 0.27 0.20 0.22 0.35 0.20 0.39 0.34 0.34 0.27 0.29 0.39 0.29 0.40 0.22 0.22 0.19 0.52 0.76 0.42
O3' 0.17 0.27 0.15 0.30 0.16 0.28 0.20 0.59 0.17 0.14 0.25 0.18 0.46 0.40 0.40 0.09 0.66 1.21 1.27 1.01
O4 0.14 0.18 0.15 0.19 0.12 0.24 0.19 0.50 0.16 0.13 0.18 0.15 0.24 0.23 0.15 0.15 0.81 0.86 1.94 1.13
O4' 0.22 0.20 0.18 0.29 0.18 0.25 0.21 0.38 0.22 0.20 0.18 0.18 0.26 0.35 0.35 0.20 0.37 0.54 0.82 0.54
O5' 0.38 0.38 0.45 0.14 0.28 0.03 0.27 0.24 0.29 0.34 0.34 0.27 0.45 0.54 0.02 0.19 0.35 0.78 0.71 0.57
OP1 0.05 0.05 0.13 0.07 0.11 0.31 0.20 0.52 0.18 0.07 0.04 0.12 0.15 0.21 0.02 0.23 0.32 0.82 0.52 0.39
OP2 0.15 0.17 0.18 0.10 0.24 0.29 0.29 0.55 0.27 0.19 0.19 0.24 0.18 0.21 0.02 0.23 0.44 1.24 1.00 0.85
P 0.08 0.07 0.19 0.02 0.08 0.19 0.15 0.39 0.13 0.06 0.05 0.09 0.15 0.25 0.01 0.09 0.24 0.84 0.56 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.39 0.26 0.53 0.27
C2 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.68 0.32 1.17 0.67
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04 0.06 0.02 0.05 0.03 0.12 0.00 0.03 0.00 0.30 0.30 0.37 0.24
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.08 0.06 0.12 0.09 0.15 0.01 0.01 0.03 0.29 0.40 0.32 0.29
C4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.12 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.04 0.89 0.48 1.77 1.02
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.12 0.07 0.09 0.13 0.05 0.03 0.03 0.00 0.03 0.26 0.27 0.09
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.13 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.05 0.91 0.47 1.78 1.04
C5' 0.05 0.20 0.04 0.05 0.31 0.01 0.32 0.00 0.27 0.19 0.25 0.33 0.14 0.03 0.07 0.02 0.01 0.13 0.27 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.12 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.05 0.82 0.33 1.42 0.83
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.66 0.26 1.06 0.61
N3 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.09 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02 0.80 0.41 1.50 0.87
N4 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.13 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.04 0.93 0.56 1.97 1.13
O2 0.02 0.01 0.12 0.15 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.15 0.03 0.57 0.30 0.93 0.53
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.09 0.08 0.11 0.00 0.06 0.04 0.09 0.36 0.33 0.16
O3' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.08 0.03 0.09 0.07 0.08 0.04 0.10 0.09 0.15 0.06 0.00 0.02 0.27 0.49 0.36 0.29
O4' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.33 0.38 0.43 0.22
O5' 0.39 0.68 0.30 0.29 0.89 0.03 0.91 0.01 0.82 0.66 0.80 0.93 0.57 0.09 0.27 0.33 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.32 0.30 0.40 0.48 0.26 0.47 0.13 0.33 0.26 0.41 0.56 0.30 0.36 0.49 0.38 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.53 1.17 0.37 0.32 1.77 0.27 1.78 0.27 1.42 1.06 1.50 1.97 0.93 0.33 0.36 0.43 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.67 0.24 0.29 1.02 0.09 1.04 0.02 0.83 0.61 0.87 1.13 0.53 0.16 0.29 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00