ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49456

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N1 A 0, -0.001, 0.020, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.004, 0.027, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.005, 0.033, 0.060, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.028
O4' A 0, -0.002, 0.041, 0.083, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.041 std_dev=0.043
O2 A 0, 0.006, 0.055, 0.105, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.055 std_dev=0.050
O4 A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.009, 0.080, 0.151, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.080 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.013, 0.085, 0.157, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.085 std_dev=0.072
C5' A 0, 0.036, 0.123, 0.210, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.123 std_dev=0.087
O3' A 0, 0.015, 0.133, 0.251, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.133 std_dev=0.118
O2' A 0, 0.003, 0.168, 0.332, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.168 std_dev=0.164
O5' A 0, 0.021, 0.195, 0.368, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.195 std_dev=0.174
C5 B 0, 0.039, 0.294, 0.550, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.294 std_dev=0.256
C6 B 0, 0.028, 0.300, 0.571, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.300 std_dev=0.272
O5' B 0, 0.019, 0.315, 0.611, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.315 std_dev=0.296
OP2 B 0, 0.108, 0.424, 0.739, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.424 std_dev=0.316
P B 0, 0.068, 0.412, 0.755, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.412 std_dev=0.343
P A 0, 0.067, 0.417, 0.768, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.417 std_dev=0.351
C3' B 0, 0.012, 0.370, 0.728, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.370 std_dev=0.358
C4 B 0, 0.058, 0.429, 0.800, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.429 std_dev=0.371
OP1 B 0, 0.065, 0.450, 0.835, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.450 std_dev=0.385
N1 B 0, 0.040, 0.425, 0.811, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.425 std_dev=0.385
OP2 A 0, 0.091, 0.484, 0.878, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.484 std_dev=0.394
O3' B 0, 0.058, 0.465, 0.872, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.465 std_dev=0.407
C2' B 0, 0.026, 0.434, 0.842, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.434 std_dev=0.408
N4 B 0, 0.059, 0.493, 0.927, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.493 std_dev=0.434
OP1 A 0, 0.068, 0.502, 0.936, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.502 std_dev=0.434
N3 B 0, 0.074, 0.528, 0.981, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.528 std_dev=0.454
C2 B 0, 0.066, 0.526, 0.986, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.526 std_dev=0.460
C1' B 0, 0.009, 0.469, 0.930, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.469 std_dev=0.461
C4' B 0, -0.001, 0.471, 0.943, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.471 std_dev=0.472
C5' B 0, 0.017, 0.499, 0.981, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.499 std_dev=0.482
O4' B 0, -0.005, 0.482, 0.969, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.482 std_dev=0.487
O2' B 0, 0.047, 0.538, 1.030, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.538 std_dev=0.491
O2 B 0, 0.090, 0.654, 1.217, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.654 std_dev=0.563

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05 0.08 0.05
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.08 0.11 0.07
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03
C5 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.09 0.06
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.08 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03
C6 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03
N1 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.10 0.06
O2 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06
O2' 0.02 0.05 0.00 0.03 0.05 0.08 0.02 0.08 0.02 0.02 0.06 0.04 0.00 0.03 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07
O3' 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05
O4 0.02 0.02 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.06 0.00 0.01 0.07 0.10 0.13 0.09
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.03 0.06
O5' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.05 0.02 0.04 0.08 0.03 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.10 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.02 0.08 0.06 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.06 0.06 0.10 0.08 0.04 0.05 0.13 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.02 0.03 0.07 0.03 0.06 0.03 0.03 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.20 0.15 0.11 0.13 0.13 0.08 0.13 0.10 0.16 0.19 0.12 0.22 0.14 0.08 0.12 0.14 0.13 0.14 0.14
C2 0.16 0.23 0.13 0.10 0.23 0.12 0.15 0.14 0.14 0.19 0.25 0.24 0.24 0.13 0.06 0.11 0.15 0.15 0.18 0.17
C2' 0.15 0.22 0.13 0.08 0.15 0.09 0.09 0.09 0.09 0.16 0.22 0.15 0.25 0.12 0.04 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10
C3' 0.10 0.17 0.08 0.05 0.13 0.05 0.08 0.06 0.07 0.12 0.17 0.13 0.20 0.06 0.03 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08
C4 0.05 0.12 0.04 0.02 0.15 0.04 0.11 0.09 0.07 0.09 0.15 0.19 0.12 0.04 0.03 0.02 0.09 0.12 0.17 0.14
C4' 0.11 0.16 0.09 0.07 0.12 0.08 0.09 0.09 0.08 0.12 0.15 0.13 0.18 0.07 0.05 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10
C5 0.01 0.07 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.06 0.03 0.04 0.08 0.11 0.07 0.02 0.03 0.05 0.06 0.11 0.12 0.11
C5' 0.09 0.15 0.07 0.06 0.14 0.07 0.12 0.08 0.10 0.12 0.16 0.14 0.17 0.03 0.03 0.09 0.07 0.11 0.08 0.09
C6 0.03 0.08 0.03 0.02 0.08 0.04 0.05 0.08 0.04 0.06 0.09 0.09 0.09 0.04 0.01 0.02 0.08 0.12 0.12 0.11
N1 0.11 0.15 0.10 0.07 0.12 0.09 0.07 0.11 0.08 0.12 0.15 0.12 0.16 0.10 0.05 0.07 0.12 0.13 0.14 0.14
N3 0.12 0.20 0.10 0.07 0.22 0.09 0.15 0.12 0.12 0.16 0.23 0.25 0.20 0.10 0.04 0.08 0.13 0.14 0.19 0.17
O2 0.21 0.30 0.18 0.13 0.27 0.16 0.17 0.17 0.17 0.24 0.32 0.29 0.32 0.17 0.09 0.16 0.18 0.16 0.19 0.19
O2' 0.25 0.30 0.22 0.16 0.18 0.18 0.12 0.16 0.15 0.24 0.28 0.15 0.37 0.21 0.12 0.19 0.15 0.13 0.14 0.15
O3' 0.12 0.18 0.10 0.06 0.14 0.06 0.09 0.07 0.08 0.14 0.18 0.14 0.22 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.09 0.08
O4 0.06 0.14 0.04 0.02 0.18 0.05 0.14 0.09 0.09 0.10 0.17 0.22 0.13 0.04 0.04 0.03 0.10 0.13 0.20 0.16
O4' 0.13 0.15 0.13 0.12 0.12 0.12 0.09 0.13 0.08 0.13 0.14 0.13 0.17 0.12 0.10 0.11 0.13 0.14 0.12 0.14
O5' 0.04 0.10 0.02 0.02 0.10 0.03 0.08 0.05 0.06 0.08 0.11 0.10 0.11 0.02 0.01 0.05 0.03 0.09 0.07 0.06
OP1 0.02 0.07 0.01 0.03 0.07 0.04 0.05 0.08 0.04 0.05 0.07 0.08 0.08 0.03 0.02 0.04 0.07 0.12 0.08 0.08
OP2 0.05 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07
P 0.02 0.07 0.01 0.02 0.07 0.03 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.08 0.07 0.04 0.01 0.04 0.05 0.10 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.11 0.09 0.09 0.08
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02
C4 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.15 0.15 0.16 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.16 0.15 0.15 0.16
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.12 0.08 0.09 0.13 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.14 0.11 0.09 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.08 0.06 0.07
N3 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.13 0.11 0.13 0.12
N4 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.17 0.17 0.20 0.18
O2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.09 0.08 0.07 0.06
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.05 0.03 0.07 0.02 0.02
O3' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.04
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.06 0.07 0.08 0.06
O5' 0.05 0.11 0.02 0.01 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.10 0.13 0.17 0.09 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.06 0.09 0.06 0.06 0.15 0.06 0.15 0.06 0.11 0.08 0.11 0.17 0.08 0.07 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.09 0.03 0.02 0.16 0.04 0.15 0.02 0.09 0.06 0.13 0.20 0.07 0.02 0.03 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.01 0.02 0.15 0.02 0.16 0.01 0.11 0.07 0.12 0.18 0.06 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00