Doublet Group distance statistics: 49463

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 8, 8, 6, 6, 3, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.011
O2	A	0, 0.012, 0.040, 0.067, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.040 std_dev=0.027
O4	A	0, 0.024, 0.063, 0.101, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.063 std_dev=0.038
C2'	A	0, 0.053, 0.131, 0.209, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.131 std_dev=0.078
O4'	A	0, 0.036, 0.122, 0.208, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.122 std_dev=0.086
C4'	A	0, 0.076, 0.223, 0.370, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.223 std_dev=0.147
O2'	A	0, 0.023, 0.212, 0.401, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.212 std_dev=0.189
C4	B	0, 0.291, 0.485, 0.679, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.485 std_dev=0.194
N3	B	0, 0.294, 0.490, 0.686, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.490 std_dev=0.196
C5'	A	0, 0.120, 0.323, 0.526, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.323 std_dev=0.203
C5	B	0, 0.275, 0.491, 0.707, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.491 std_dev=0.216
C2'	B	0, 0.336, 0.554, 0.771, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.554 std_dev=0.217
C2	B	0, 0.253, 0.476, 0.699, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.476 std_dev=0.223
C3'	A	0, 0.041, 0.264, 0.487, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.264 std_dev=0.223
C3'	B	0, 0.293, 0.517, 0.741, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.517 std_dev=0.224
C6	B	0, 0.250, 0.485, 0.720, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.485 std_dev=0.235
O3'	B	0, 0.265, 0.502, 0.739, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.502 std_dev=0.237
N9	B	0, 0.295, 0.532, 0.769, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.532 std_dev=0.237
N1	B	0, 0.225, 0.469, 0.712, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.469 std_dev=0.243
P	A	0, 0.147, 0.401, 0.654, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.401 std_dev=0.253
C1'	B	0, 0.332, 0.599, 0.866, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.599 std_dev=0.267
N7	B	0, 0.277, 0.547, 0.818, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.547 std_dev=0.270
C8	B	0, 0.286, 0.562, 0.838, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.562 std_dev=0.276
O5'	A	0, 0.050, 0.329, 0.608, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.329 std_dev=0.279
OP2	A	0, 0.199, 0.481, 0.764, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.481 std_dev=0.282
O2'	B	0, 0.401, 0.683, 0.966, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.683 std_dev=0.282
N6	B	0, 0.259, 0.553, 0.847, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.553 std_dev=0.294
OP1	A	0, 0.185, 0.503, 0.822, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.503 std_dev=0.318
C4'	B	0, 0.304, 0.632, 0.960, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.632 std_dev=0.328
O4'	B	0, 0.336, 0.673, 1.010, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.673 std_dev=0.337
C5'	B	0, 0.396, 0.767, 1.137, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.767 std_dev=0.370
O3'	A	0, 0.020, 0.464, 0.909, 2.646 max_d=2.646 avg_d=0.464 std_dev=0.445
O5'	B	0, 0.485, 1.362, 2.239, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.362 std_dev=0.877
OP2	B	0, 1.110, 2.124, 3.138, 4.994 max_d=4.994 avg_d=2.124 std_dev=1.014
P	B	0, 0.700, 1.850, 2.999, 4.590 max_d=4.590 avg_d=1.850 std_dev=1.150
OP1	B	0, 1.212, 2.804, 4.396, 6.211 max_d=6.211 avg_d=2.804 std_dev=1.592

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.06	0.02	0.01	0.06	0.06	0.23	0.08
C2	0.02	0.00	0.06	0.11	0.01	0.05	0.02	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.14	0.10	0.02	0.03	0.15	0.13	0.22	0.13
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.06	0.02	0.06	0.04	0.05	0.03	0.06	0.10	0.00	0.02	0.07	0.01	0.09	0.13	0.21	0.08
C3'	0.02	0.11	0.00	0.00	0.17	0.00	0.19	0.02	0.17	0.10	0.14	0.10	0.02	0.01	0.19	0.02	0.15	0.20	0.12	0.12
C4	0.02	0.01	0.06	0.17	0.00	0.09	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.02	0.12	0.18	0.01	0.04	0.23	0.20	0.26	0.20
C4'	0.01	0.05	0.02	0.00	0.09	0.00	0.10	0.01	0.09	0.05	0.06	0.05	0.11	0.02	0.10	0.00	0.01	0.09	0.15	0.02
C5	0.02	0.02	0.06	0.19	0.01	0.10	0.00	0.16	0.00	0.02	0.01	0.02	0.07	0.20	0.01	0.04	0.24	0.20	0.25	0.19
C5'	0.03	0.08	0.04	0.02	0.14	0.01	0.16	0.00	0.14	0.08	0.11	0.07	0.07	0.06	0.16	0.01	0.01	0.09	0.15	0.02
C6	0.01	0.01	0.05	0.17	0.01	0.09	0.00	0.14	0.00	0.01	0.01	0.02	0.05	0.15	0.01	0.03	0.19	0.14	0.22	0.14
N1	0.01	0.01	0.03	0.10	0.01	0.05	0.02	0.08	0.01	0.00	0.01	0.02	0.06	0.07	0.02	0.02	0.13	0.11	0.22	0.11
N3	0.02	0.01	0.06	0.14	0.01	0.06	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.14	0.14	0.01	0.04	0.19	0.17	0.24	0.17
O2	0.04	0.01	0.10	0.10	0.02	0.05	0.02	0.07	0.02	0.02	0.01	0.00	0.18	0.15	0.02	0.05	0.12	0.12	0.22	0.12
O2'	0.02	0.14	0.00	0.02	0.12	0.11	0.07	0.07	0.05	0.06	0.14	0.18	0.00	0.06	0.13	0.08	0.11	0.17	0.18	0.06
O3'	0.06	0.10	0.02	0.01	0.18	0.02	0.20	0.06	0.15	0.07	0.14	0.15	0.06	0.00	0.21	0.04	0.19	0.33	0.19	0.22
O4	0.02	0.02	0.07	0.19	0.01	0.10	0.01	0.16	0.01	0.02	0.01	0.02	0.13	0.21	0.00	0.04	0.25	0.23	0.28	0.23
O4'	0.01	0.03	0.01	0.02	0.04	0.00	0.04	0.01	0.03	0.02	0.04	0.05	0.08	0.04	0.04	0.00	0.07	0.07	0.25	0.12
O5'	0.06	0.15	0.09	0.15	0.23	0.01	0.24	0.01	0.19	0.13	0.19	0.12	0.11	0.19	0.25	0.07	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.06	0.13	0.13	0.20	0.20	0.09	0.20	0.09	0.14	0.11	0.17	0.12	0.17	0.33	0.23	0.07	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.23	0.22	0.21	0.12	0.26	0.15	0.25	0.15	0.22	0.22	0.24	0.22	0.18	0.19	0.28	0.25	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.13	0.08	0.12	0.20	0.02	0.19	0.02	0.14	0.11	0.17	0.12	0.06	0.22	0.23	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.20	0.16	0.21	0.16	0.13	0.15	0.15	0.26	0.17	0.16	0.16	0.17	0.22	0.17	0.15	0.33	0.16	0.15	0.67	1.02	0.61	0.71
C2	0.15	0.19	0.17	0.14	0.12	0.16	0.15	0.30	0.14	0.18	0.13	0.18	0.22	0.21	0.14	0.25	0.15	0.15	0.79	1.31	0.86	0.87
C2'	0.18	0.17	0.21	0.10	0.12	0.10	0.14	0.26	0.16	0.14	0.16	0.17	0.22	0.16	0.13	0.36	0.11	0.12	0.65	1.01	0.68	0.74
C3'	0.19	0.15	0.23	0.14	0.12	0.14	0.14	0.29	0.17	0.15	0.16	0.14	0.21	0.17	0.14	0.40	0.16	0.14	0.58	0.82	0.67	0.66
C4	0.16	0.19	0.19	0.16	0.11	0.22	0.09	0.36	0.11	0.20	0.19	0.16	0.14	0.19	0.15	0.22	0.17	0.22	0.88	1.47	1.02	0.98
C4'	0.23	0.19	0.25	0.10	0.16	0.10	0.16	0.18	0.19	0.16	0.20	0.18	0.21	0.16	0.17	0.42	0.13	0.15	0.52	0.70	0.49	0.56
C5	0.16	0.18	0.20	0.16	0.12	0.21	0.10	0.36	0.14	0.17	0.17	0.16	0.16	0.15	0.14	0.23	0.17	0.20	0.85	1.33	0.88	0.93
C5'	0.28	0.24	0.31	0.15	0.22	0.16	0.21	0.18	0.22	0.22	0.23	0.24	0.22	0.21	0.23	0.46	0.16	0.21	0.46	0.56	0.44	0.48
C6	0.15	0.17	0.19	0.15	0.10	0.17	0.11	0.31	0.13	0.15	0.14	0.16	0.15	0.15	0.12	0.25	0.15	0.15	0.76	1.15	0.72	0.82
N1	0.15	0.16	0.18	0.14	0.10	0.15	0.12	0.29	0.13	0.15	0.12	0.16	0.19	0.17	0.12	0.27	0.15	0.13	0.74	1.17	0.73	0.80
N3	0.15	0.20	0.17	0.15	0.12	0.19	0.13	0.33	0.10	0.21	0.17	0.17	0.16	0.23	0.15	0.23	0.15	0.19	0.85	1.44	0.98	0.95
O2	0.16	0.21	0.17	0.14	0.15	0.15	0.19	0.29	0.20	0.19	0.17	0.20	0.29	0.23	0.15	0.26	0.15	0.15	0.78	1.31	0.85	0.86
O2'	0.23	0.22	0.23	0.13	0.17	0.13	0.18	0.24	0.22	0.17	0.21	0.22	0.28	0.20	0.17	0.40	0.15	0.16	0.63	0.98	0.61	0.71
O3'	0.20	0.20	0.25	0.15	0.13	0.15	0.14	0.31	0.18	0.14	0.20	0.18	0.23	0.16	0.14	0.44	0.20	0.13	0.53	0.76	0.70	0.64
O4	0.19	0.21	0.20	0.19	0.14	0.25	0.13	0.38	0.17	0.23	0.22	0.17	0.20	0.21	0.18	0.21	0.19	0.26	0.90	1.58	1.14	1.04
O4'	0.22	0.19	0.22	0.17	0.15	0.15	0.16	0.23	0.19	0.17	0.21	0.17	0.22	0.17	0.17	0.36	0.19	0.17	0.59	0.84	0.48	0.61
O5'	0.19	0.16	0.26	0.06	0.14	0.06	0.15	0.22	0.16	0.17	0.16	0.15	0.17	0.17	0.16	0.36	0.02	0.09	0.51	0.63	0.55	0.55
OP1	0.07	0.15	0.13	0.02	0.08	0.10	0.10	0.23	0.12	0.10	0.15	0.13	0.14	0.11	0.06	0.21	0.02	0.05	0.30	0.51	0.51	0.38
OP2	0.11	0.22	0.13	0.08	0.19	0.24	0.21	0.43	0.22	0.17	0.23	0.20	0.24	0.20	0.15	0.12	0.02	0.19	0.50	0.69	0.62	0.58
P	0.05	0.15	0.13	0.02	0.08	0.11	0.10	0.25	0.13	0.10	0.14	0.12	0.14	0.12	0.06	0.18	0.01	0.05	0.40	0.54	0.49	0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.02	0.02	0.03	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.23	0.36	0.37	0.22
C2	0.04	0.00	0.11	0.17	0.01	0.09	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.12	0.19	0.03	0.53	0.91	0.66	0.52
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.05	0.01	0.03	0.02	0.05	0.06	0.08	0.11	0.04	0.05	0.02	0.00	0.02	0.01	0.30	0.38	0.26	0.27
C3'	0.01	0.17	0.00	0.00	0.10	0.01	0.08	0.03	0.10	0.09	0.14	0.16	0.10	0.08	0.04	0.02	0.01	0.01	0.39	0.40	0.26	0.33
C4	0.02	0.01	0.05	0.10	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.10	0.01	0.51	0.84	0.63	0.47
C4'	0.00	0.09	0.01	0.01	0.06	0.00	0.07	0.01	0.08	0.09	0.08	0.08	0.09	0.09	0.04	0.04	0.02	0.00	0.02	0.19	0.30	0.07
C5	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.07	0.00	0.17	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.08	0.02	0.62	1.06	0.78	0.59
C5'	0.03	0.16	0.02	0.03	0.14	0.01	0.17	0.00	0.19	0.17	0.18	0.14	0.21	0.19	0.11	0.04	0.05	0.01	0.01	0.31	0.41	0.02
C6	0.02	0.00	0.05	0.10	0.01	0.08	0.01	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.12	0.02	0.64	1.16	0.84	0.64
C8	0.02	0.01	0.06	0.09	0.01	0.09	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.09	0.03	0.57	0.88	0.70	0.49
N1	0.03	0.00	0.08	0.14	0.01	0.08	0.01	0.18	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.16	0.02	0.60	1.08	0.77	0.60
N3	0.04	0.00	0.11	0.16	0.00	0.08	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.17	0.03	0.46	0.77	0.57	0.44
N6	0.01	0.01	0.04	0.10	0.01	0.09	0.01	0.21	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.07	0.11	0.03	0.69	1.29	0.93	0.70
N7	0.01	0.01	0.05	0.08	0.00	0.09	0.00	0.19	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.08	0.04	0.64	1.11	0.84	0.61
N9	0.01	0.02	0.02	0.04	0.00	0.04	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.45	0.69	0.55	0.39
O2'	0.01	0.12	0.00	0.02	0.06	0.04	0.05	0.04	0.07	0.04	0.10	0.11	0.07	0.04	0.02	0.00	0.04	0.05	0.10	0.21	0.23	0.14
O3'	0.01	0.19	0.02	0.01	0.10	0.02	0.08	0.05	0.12	0.09	0.16	0.17	0.11	0.08	0.04	0.04	0.00	0.02	0.31	0.42	0.34	0.30
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.03	0.03	0.04	0.01	0.05	0.02	0.00	0.12	0.20	0.41	0.20
O5'	0.23	0.53	0.30	0.39	0.51	0.02	0.62	0.01	0.64	0.57	0.60	0.46	0.69	0.64	0.45	0.10	0.31	0.12	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.36	0.91	0.38	0.40	0.84	0.19	1.06	0.31	1.16	0.88	1.08	0.77	1.29	1.11	0.69	0.21	0.42	0.20	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.37	0.66	0.26	0.26	0.63	0.30	0.78	0.41	0.84	0.70	0.77	0.57	0.93	0.84	0.55	0.23	0.34	0.41	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.22	0.52	0.27	0.33	0.47	0.07	0.59	0.02	0.64	0.49	0.60	0.44	0.70	0.61	0.39	0.14	0.30	0.20	0.01	0.01	0.01	0.00