ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49465

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 4, 6, 2, 6, 3, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.010, 0.032, 0.053, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.032 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.017, 0.074, 0.132, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.074 std_dev=0.058
C5 B 0, 0.413, 0.643, 0.874, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.643 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.494, 0.728, 0.963, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.728 std_dev=0.235
N9 B 0, 0.372, 0.617, 0.862, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.617 std_dev=0.245
C8 B 0, 0.356, 0.618, 0.880, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.618 std_dev=0.262
C6 B 0, 0.513, 0.780, 1.048, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.780 std_dev=0.268
N1 B 0, 0.709, 1.000, 1.292, 1.514 max_d=1.514 avg_d=1.000 std_dev=0.292
N7 B 0, 0.369, 0.690, 1.011, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.690 std_dev=0.321
O4' A 0, 0.254, 0.581, 0.908, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.581 std_dev=0.327
C2' A 0, 0.269, 0.622, 0.975, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.622 std_dev=0.353
C2 B 0, 0.786, 1.155, 1.525, 1.668 max_d=1.668 avg_d=1.155 std_dev=0.369
N3 B 0, 0.687, 1.058, 1.428, 1.486 max_d=1.486 avg_d=1.058 std_dev=0.371
C3' B 0, 0.360, 0.740, 1.121, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.740 std_dev=0.380
C1' B 0, 0.354, 0.748, 1.142, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.748 std_dev=0.394
N6 B 0, 0.496, 0.896, 1.297, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.896 std_dev=0.400
O3' B 0, 0.411, 0.814, 1.217, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.814 std_dev=0.403
C2' B 0, 0.311, 0.788, 1.265, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.788 std_dev=0.477
P A 0, 0.393, 0.888, 1.382, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.888 std_dev=0.495
O5' A 0, 0.370, 0.880, 1.390, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.880 std_dev=0.510
O4' B 0, 0.367, 0.909, 1.452, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.909 std_dev=0.543
C4' A 0, 0.436, 1.001, 1.565, 1.990 max_d=1.990 avg_d=1.001 std_dev=0.564
OP2 A 0, 0.438, 1.004, 1.571, 2.452 max_d=2.452 avg_d=1.004 std_dev=0.566
C4' B 0, 0.293, 0.894, 1.496, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.894 std_dev=0.602
O2' A 0, 0.573, 1.193, 1.813, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.193 std_dev=0.620
C5' A 0, 0.432, 1.095, 1.758, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.095 std_dev=0.663
OP1 A 0, 0.383, 1.046, 1.709, 2.673 max_d=2.673 avg_d=1.046 std_dev=0.663
C3' A 0, 0.525, 1.189, 1.852, 1.859 max_d=1.859 avg_d=1.189 std_dev=0.663
O5' B 0, 0.595, 1.522, 2.449, 3.255 max_d=3.255 avg_d=1.522 std_dev=0.927
C5' B 0, 0.280, 1.239, 2.198, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.239 std_dev=0.959
O2' B 0, 0.111, 1.207, 2.303, 3.800 max_d=3.800 avg_d=1.207 std_dev=1.096
O3' A 0, 0.849, 2.025, 3.200, 3.109 max_d=3.109 avg_d=2.025 std_dev=1.176
P B 0, 0.737, 1.930, 3.124, 4.310 max_d=4.310 avg_d=1.930 std_dev=1.193
OP2 B 0, 0.682, 1.950, 3.218, 4.605 max_d=4.605 avg_d=1.950 std_dev=1.268
OP1 B 0, 0.792, 2.348, 3.905, 5.317 max_d=5.317 avg_d=2.348 std_dev=1.557

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.29 0.02 0.01 0.29 0.22 0.36 0.22
C2 0.01 0.00 0.14 0.21 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.19 0.01 0.08 0.44 0.31 0.45 0.30
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.04 0.02 0.11 0.19 0.13 0.02 0.10 0.25 0.00 0.03 0.05 0.01 0.55 0.60 0.57 0.51
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.36 0.01 0.39 0.01 0.34 0.22 0.28 0.15 0.03 0.01 0.38 0.02 0.34 0.48 0.12 0.24
C4 0.02 0.01 0.04 0.36 0.00 0.14 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.17 0.00 0.04 0.64 0.53 0.64 0.51
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.14 0.00 0.20 0.01 0.19 0.08 0.08 0.06 0.28 0.02 0.15 0.00 0.01 0.17 0.29 0.08
C5 0.02 0.01 0.11 0.39 0.01 0.20 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.28 0.01 0.08 0.69 0.57 0.64 0.54
C5' 0.08 0.10 0.19 0.01 0.17 0.01 0.21 0.00 0.17 0.09 0.13 0.11 0.11 0.20 0.19 0.01 0.01 0.29 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.34 0.01 0.19 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.22 0.02 0.10 0.61 0.47 0.51 0.43
N1 0.00 0.01 0.02 0.22 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.09 0.02 0.01 0.45 0.32 0.42 0.30
N3 0.01 0.00 0.10 0.28 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.09 0.01 0.06 0.54 0.41 0.54 0.39
O2 0.02 0.00 0.25 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.38 0.02 0.14 0.35 0.23 0.40 0.23
O2' 0.03 0.22 0.00 0.03 0.37 0.28 0.38 0.11 0.31 0.21 0.30 0.22 0.00 0.05 0.40 0.19 0.31 0.39 0.58 0.36
O3' 0.29 0.19 0.03 0.01 0.17 0.02 0.28 0.20 0.22 0.09 0.09 0.38 0.05 0.00 0.20 0.20 0.29 0.56 0.31 0.32
O4 0.02 0.01 0.05 0.38 0.00 0.15 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.02 0.40 0.20 0.00 0.04 0.68 0.59 0.70 0.56
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.06 0.14 0.19 0.20 0.04 0.00 0.09 0.09 0.37 0.21
O5' 0.29 0.44 0.55 0.34 0.64 0.01 0.69 0.01 0.61 0.45 0.54 0.35 0.31 0.29 0.68 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.31 0.60 0.48 0.53 0.17 0.57 0.29 0.47 0.32 0.41 0.23 0.39 0.56 0.59 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.45 0.57 0.12 0.64 0.29 0.64 0.38 0.51 0.42 0.54 0.40 0.58 0.31 0.70 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.30 0.51 0.24 0.51 0.08 0.54 0.02 0.43 0.30 0.39 0.23 0.36 0.32 0.56 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 0.42 0.36 0.28 0.25 0.29 0.21 0.30 0.27 0.25 0.35 0.41 0.31 0.23 0.27 0.40 0.33 0.49 0.51 0.78 0.49 0.53
C2 0.33 0.45 0.31 0.36 0.25 0.22 0.22 0.34 0.27 0.25 0.35 0.42 0.35 0.28 0.24 0.34 0.23 0.37 0.63 1.04 0.68 0.70
C2' 0.34 0.45 0.37 0.41 0.24 0.26 0.21 0.41 0.27 0.27 0.37 0.41 0.29 0.27 0.24 0.32 0.38 0.38 0.65 0.94 0.66 0.70
C3' 0.32 0.37 0.31 0.29 0.22 0.14 0.18 0.31 0.23 0.23 0.33 0.33 0.23 0.19 0.23 0.30 0.22 0.27 0.48 0.69 0.43 0.50
C4 0.27 0.45 0.21 0.48 0.27 0.34 0.19 0.56 0.23 0.27 0.38 0.40 0.22 0.28 0.24 0.55 0.28 0.26 0.83 1.33 0.92 0.95
C4' 0.27 0.41 0.35 0.21 0.22 0.13 0.21 0.20 0.29 0.21 0.38 0.34 0.30 0.20 0.18 0.30 0.23 0.28 0.34 0.51 0.30 0.33
C5 0.32 0.40 0.22 0.50 0.28 0.38 0.19 0.62 0.22 0.28 0.33 0.39 0.20 0.25 0.27 0.68 0.32 0.27 0.87 1.25 0.85 0.93
C5' 0.28 0.44 0.38 0.29 0.29 0.24 0.28 0.34 0.32 0.27 0.40 0.40 0.31 0.27 0.25 0.33 0.23 0.21 0.37 0.41 0.29 0.28
C6 0.38 0.40 0.24 0.43 0.28 0.29 0.19 0.48 0.21 0.27 0.31 0.41 0.21 0.24 0.29 0.58 0.26 0.29 0.72 1.01 0.67 0.75
N1 0.38 0.43 0.30 0.36 0.27 0.23 0.20 0.35 0.24 0.25 0.33 0.43 0.28 0.25 0.27 0.40 0.24 0.38 0.61 0.94 0.60 0.65
N3 0.28 0.47 0.26 0.41 0.25 0.24 0.20 0.42 0.23 0.26 0.36 0.42 0.31 0.30 0.23 0.40 0.22 0.29 0.72 1.20 0.81 0.82
O2 0.32 0.42 0.35 0.32 0.22 0.24 0.24 0.31 0.32 0.24 0.36 0.39 0.43 0.30 0.22 0.32 0.27 0.44 0.58 0.99 0.64 0.64
O2' 0.44 0.53 0.36 0.25 0.30 0.30 0.32 0.31 0.39 0.32 0.45 0.50 0.50 0.39 0.28 0.52 0.33 0.53 0.58 0.92 0.72 0.68
O3' 0.27 0.53 0.32 0.27 0.28 0.14 0.28 0.32 0.40 0.21 0.52 0.42 0.42 0.23 0.21 0.28 0.26 0.24 0.48 0.70 0.46 0.51
O4 0.26 0.45 0.20 0.50 0.27 0.40 0.21 0.65 0.28 0.29 0.43 0.38 0.25 0.28 0.24 0.60 0.32 0.29 0.89 1.49 1.04 1.07
O4' 0.35 0.40 0.35 0.26 0.20 0.28 0.23 0.28 0.32 0.23 0.39 0.32 0.34 0.22 0.20 0.37 0.39 0.42 0.41 0.62 0.37 0.42
O5' 0.26 0.46 0.42 0.25 0.39 0.13 0.49 0.31 0.54 0.43 0.51 0.40 0.60 0.52 0.32 0.40 0.02 0.16 0.51 0.49 0.51 0.44
OP1 0.25 0.25 0.13 0.14 0.13 0.18 0.23 0.30 0.26 0.28 0.24 0.24 0.35 0.34 0.11 0.23 0.02 0.22 0.34 0.50 0.34 0.26
OP2 0.28 0.29 0.34 0.08 0.24 0.26 0.40 0.59 0.45 0.38 0.38 0.23 0.56 0.49 0.20 0.84 0.03 0.19 0.68 0.63 0.57 0.60
P 0.23 0.24 0.14 0.02 0.15 0.09 0.28 0.33 0.31 0.31 0.27 0.21 0.39 0.37 0.13 0.35 0.01 0.12 0.44 0.44 0.41 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.27 0.00 0.31 0.45 0.32 0.30
C2 0.03 0.00 0.37 0.25 0.01 0.18 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.28 0.33 0.42 0.63 0.47 0.38
C2' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.20 0.02 0.10 0.17 0.18 0.19 0.30 0.37 0.13 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.43 0.74 0.64 0.56
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.22 0.01 0.28 0.02 0.29 0.31 0.27 0.22 0.33 0.33 0.19 0.02 0.01 0.02 0.17 0.50 0.26 0.21
C4 0.02 0.01 0.20 0.22 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.15 0.18 0.38 0.55 0.45 0.35
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.10 0.29 0.12 0.18 0.14 0.25 0.11 0.24 0.02 0.01 0.02 0.30 0.21 0.08
C5 0.01 0.01 0.10 0.28 0.00 0.12 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.11 0.08 0.41 0.64 0.58 0.42
C5' 0.09 0.30 0.17 0.02 0.24 0.01 0.32 0.00 0.32 0.44 0.30 0.28 0.36 0.44 0.23 0.07 0.19 0.02 0.01 0.35 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.29 0.01 0.10 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.13 0.15 0.42 0.71 0.63 0.44
C8 0.01 0.01 0.19 0.31 0.01 0.29 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.21 0.19 0.44 0.50 0.50 0.41
N1 0.02 0.00 0.30 0.27 0.01 0.12 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.19 0.26 0.42 0.69 0.56 0.41
N3 0.03 0.00 0.37 0.22 0.01 0.18 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.30 0.33 0.40 0.58 0.41 0.36
N6 0.02 0.01 0.13 0.33 0.01 0.14 0.02 0.36 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.15 0.10 0.45 0.80 0.73 0.51
N7 0.01 0.01 0.10 0.33 0.01 0.25 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.38 0.21 0.10 0.46 0.65 0.65 0.50
N9 0.00 0.01 0.02 0.19 0.01 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.11 0.01 0.35 0.45 0.38 0.32
O2' 0.03 0.34 0.01 0.02 0.12 0.24 0.19 0.07 0.15 0.42 0.21 0.34 0.20 0.38 0.17 0.00 0.04 0.18 0.30 0.71 0.74 0.53
O3' 0.27 0.28 0.02 0.01 0.15 0.02 0.11 0.19 0.13 0.21 0.19 0.30 0.15 0.21 0.11 0.04 0.00 0.18 0.31 0.40 0.33 0.24
O4' 0.00 0.33 0.02 0.02 0.18 0.01 0.08 0.02 0.15 0.19 0.26 0.33 0.10 0.10 0.01 0.18 0.18 0.00 0.27 0.37 0.30 0.30
O5' 0.31 0.42 0.43 0.17 0.38 0.02 0.41 0.01 0.42 0.44 0.42 0.40 0.45 0.46 0.35 0.30 0.31 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 0.63 0.74 0.50 0.55 0.30 0.64 0.35 0.71 0.50 0.69 0.58 0.80 0.65 0.45 0.71 0.40 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.47 0.64 0.26 0.45 0.21 0.58 0.31 0.63 0.50 0.56 0.41 0.73 0.65 0.38 0.74 0.33 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.38 0.56 0.21 0.35 0.08 0.42 0.02 0.44 0.41 0.41 0.36 0.51 0.50 0.32 0.53 0.24 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00