ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49466

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 0, 6, 5, 5, 2, 0, 4, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.022, 0.058, 0.094, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.058 std_dev=0.036
O4 A 0, 0.065, 0.112, 0.160, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.112 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.066, 0.189, 0.313, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.189 std_dev=0.124
C2' A 0, 0.135, 0.275, 0.416, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.275 std_dev=0.140
O2' A 0, 0.226, 0.407, 0.588, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.407 std_dev=0.181
C4' A 0, 0.130, 0.318, 0.507, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.318 std_dev=0.188
C3' A 0, 0.213, 0.423, 0.634, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.423 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.327, 0.564, 0.800, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.564 std_dev=0.236
N3 B 0, 0.266, 0.536, 0.806, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.536 std_dev=0.270
N1 B 0, 0.336, 0.607, 0.879, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.607 std_dev=0.271
O3' A 0, 0.316, 0.609, 0.902, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.609 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.274, 0.583, 0.893, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.583 std_dev=0.310
C6 B 0, 0.320, 0.648, 0.977, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.648 std_dev=0.328
C5' A 0, 0.230, 0.568, 0.907, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.568 std_dev=0.339
C5 B 0, 0.304, 0.649, 0.994, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.649 std_dev=0.345
N9 B 0, 0.319, 0.681, 1.043, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.681 std_dev=0.362
C1' B 0, 0.337, 0.723, 1.109, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.723 std_dev=0.386
N6 B 0, 0.357, 0.763, 1.168, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.763 std_dev=0.405
C8 B 0, 0.388, 0.807, 1.225, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.807 std_dev=0.419
N7 B 0, 0.367, 0.789, 1.210, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.789 std_dev=0.422
O4' B 0, 0.450, 0.888, 1.325, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.888 std_dev=0.437
C2' B 0, 0.196, 0.672, 1.149, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.672 std_dev=0.477
O2' B 0, 0.252, 0.733, 1.214, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.733 std_dev=0.481
C4' B 0, 0.397, 0.970, 1.544, 2.327 max_d=2.327 avg_d=0.970 std_dev=0.573
C3' B 0, 0.231, 0.832, 1.433, 2.294 max_d=2.294 avg_d=0.832 std_dev=0.601
C5' B 0, 0.514, 1.168, 1.823, 2.656 max_d=2.656 avg_d=1.168 std_dev=0.654
O3' B 0, 0.239, 0.925, 1.611, 2.702 max_d=2.702 avg_d=0.925 std_dev=0.686
O5' B 0, 0.458, 1.158, 1.859, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.158 std_dev=0.701
O5' A 0, 0.142, 0.900, 1.658, 2.702 max_d=2.702 avg_d=0.900 std_dev=0.758
P A 0, 0.210, 0.996, 1.782, 2.915 max_d=2.915 avg_d=0.996 std_dev=0.786
OP2 A 0, 0.264, 1.071, 1.878, 2.921 max_d=2.921 avg_d=1.071 std_dev=0.807
P B 0, 0.356, 1.251, 2.145, 3.208 max_d=3.208 avg_d=1.251 std_dev=0.894
OP1 A 0, 0.235, 1.136, 2.037, 3.296 max_d=3.296 avg_d=1.136 std_dev=0.901
OP1 B 0, 0.489, 1.413, 2.337, 3.621 max_d=3.621 avg_d=1.413 std_dev=0.924
OP2 B 0, 0.370, 1.309, 2.247, 3.168 max_d=3.168 avg_d=1.309 std_dev=0.939

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.20 0.18 0.22 0.17
C2 0.04 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.04 0.43 0.39 0.43 0.40
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.12 0.00 0.02 0.05 0.01 0.27 0.26 0.18 0.22
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.09 0.05 0.09 0.13 0.01 0.01 0.10 0.01 0.37 0.35 0.14 0.28
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.00 0.04 0.66 0.65 0.70 0.66
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02 0.08 0.00 0.02 0.11 0.27 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.05 0.70 0.68 0.69 0.69
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.11 0.09 0.04 0.03 0.16 0.02 0.01 0.16 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.05 0.61 0.54 0.50 0.55
N1 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03 0.43 0.37 0.37 0.38
N3 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.01 0.03 0.55 0.52 0.58 0.54
O2 0.07 0.01 0.12 0.13 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.14 0.03 0.08 0.31 0.28 0.36 0.30
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.08 0.13 0.00 0.03 0.07 0.04 0.06 0.12 0.18 0.05
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.10 0.05 0.10 0.14 0.03 0.00 0.12 0.02 0.28 0.33 0.12 0.23
O4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.12 0.00 0.04 0.70 0.73 0.79 0.73
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.02 0.04 0.00 0.09 0.10 0.28 0.11
O5' 0.20 0.43 0.27 0.37 0.66 0.02 0.70 0.01 0.61 0.43 0.55 0.31 0.06 0.28 0.70 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.18 0.39 0.26 0.35 0.65 0.11 0.68 0.16 0.54 0.37 0.52 0.28 0.12 0.33 0.73 0.10 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.22 0.43 0.18 0.14 0.70 0.27 0.69 0.39 0.50 0.37 0.58 0.36 0.18 0.12 0.79 0.28 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.17 0.40 0.22 0.28 0.66 0.03 0.69 0.02 0.55 0.38 0.54 0.30 0.05 0.23 0.73 0.11 0.01 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.25 0.19 0.21 0.17 0.18 0.28 0.22 0.32 0.28 0.29 0.18 0.39 0.33 0.18 0.27 0.27 0.15 0.25 0.30 0.38 0.30
C2 0.24 0.26 0.30 0.37 0.16 0.32 0.20 0.38 0.19 0.28 0.18 0.23 0.32 0.30 0.21 0.32 0.42 0.24 0.44 0.47 0.52 0.49
C2' 0.14 0.27 0.16 0.23 0.17 0.19 0.27 0.25 0.31 0.27 0.29 0.19 0.38 0.32 0.17 0.25 0.31 0.14 0.28 0.35 0.46 0.35
C3' 0.16 0.26 0.21 0.29 0.15 0.27 0.24 0.32 0.28 0.27 0.27 0.20 0.35 0.31 0.16 0.29 0.40 0.19 0.31 0.39 0.49 0.36
C4 0.41 0.33 0.47 0.57 0.31 0.53 0.26 0.62 0.16 0.42 0.26 0.34 0.24 0.39 0.38 0.46 0.63 0.43 0.67 0.71 0.72 0.71
C4' 0.13 0.28 0.15 0.17 0.20 0.17 0.28 0.18 0.31 0.28 0.29 0.23 0.37 0.33 0.18 0.27 0.24 0.13 0.19 0.31 0.41 0.26
C5 0.42 0.29 0.51 0.60 0.27 0.56 0.20 0.63 0.18 0.40 0.23 0.32 0.31 0.35 0.36 0.50 0.66 0.45 0.63 0.66 0.64 0.65
C5' 0.22 0.27 0.26 0.25 0.19 0.29 0.25 0.25 0.28 0.26 0.26 0.25 0.35 0.31 0.18 0.45 0.36 0.24 0.20 0.33 0.44 0.26
C6 0.33 0.26 0.43 0.49 0.17 0.44 0.20 0.48 0.23 0.32 0.22 0.26 0.35 0.33 0.26 0.46 0.56 0.34 0.47 0.48 0.50 0.48
N1 0.23 0.24 0.31 0.36 0.12 0.31 0.21 0.36 0.25 0.27 0.22 0.21 0.35 0.31 0.19 0.35 0.42 0.23 0.38 0.40 0.45 0.42
N3 0.33 0.31 0.39 0.47 0.25 0.42 0.24 0.51 0.15 0.35 0.22 0.30 0.26 0.35 0.30 0.38 0.53 0.33 0.57 0.61 0.64 0.62
O2 0.19 0.23 0.23 0.29 0.14 0.24 0.21 0.31 0.23 0.25 0.18 0.19 0.34 0.29 0.18 0.26 0.34 0.19 0.40 0.42 0.48 0.45
O2' 0.20 0.32 0.16 0.14 0.26 0.14 0.32 0.17 0.36 0.30 0.36 0.26 0.42 0.35 0.24 0.25 0.17 0.18 0.22 0.31 0.41 0.28
O3' 0.13 0.27 0.16 0.25 0.17 0.24 0.25 0.29 0.29 0.27 0.29 0.21 0.35 0.31 0.17 0.23 0.35 0.16 0.29 0.41 0.52 0.37
O4 0.45 0.35 0.50 0.62 0.36 0.59 0.34 0.70 0.24 0.49 0.31 0.36 0.25 0.46 0.43 0.48 0.68 0.49 0.76 0.84 0.86 0.83
O4' 0.13 0.27 0.17 0.17 0.20 0.16 0.30 0.18 0.32 0.30 0.29 0.22 0.38 0.35 0.18 0.30 0.23 0.13 0.20 0.27 0.37 0.26
O5' 0.21 0.28 0.24 0.11 0.20 0.09 0.22 0.09 0.24 0.26 0.26 0.25 0.26 0.26 0.20 0.33 0.03 0.15 0.21 0.31 0.50 0.29
OP1 0.07 0.22 0.11 0.03 0.10 0.09 0.11 0.18 0.14 0.14 0.19 0.18 0.15 0.15 0.06 0.20 0.03 0.05 0.22 0.44 0.50 0.31
OP2 0.11 0.33 0.14 0.07 0.23 0.16 0.23 0.29 0.28 0.20 0.32 0.29 0.28 0.23 0.16 0.16 0.03 0.12 0.27 0.41 0.54 0.36
P 0.06 0.23 0.11 0.02 0.11 0.06 0.12 0.14 0.16 0.14 0.20 0.19 0.16 0.15 0.06 0.17 0.01 0.03 0.18 0.34 0.47 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.13 0.13 0.12
C2 0.04 0.00 0.12 0.16 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.19 0.04 0.28 0.29 0.35 0.33
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.09 0.12 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.14 0.19 0.24 0.15
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.02 0.12 0.10 0.14 0.14 0.12 0.10 0.06 0.01 0.01 0.01 0.17 0.23 0.28 0.17
C4 0.02 0.02 0.06 0.10 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.26 0.26 0.28 0.29
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.11 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.09 0.20 0.04
C5 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.30 0.33 0.33 0.35
C5' 0.04 0.15 0.02 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.21 0.19 0.19 0.12 0.25 0.23 0.12 0.04 0.03 0.02 0.01 0.11 0.22 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.12 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.14 0.04 0.32 0.36 0.38 0.39
C8 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.11 0.05 0.28 0.29 0.24 0.29
N1 0.03 0.01 0.09 0.14 0.02 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.17 0.04 0.31 0.34 0.39 0.37
N3 0.04 0.01 0.12 0.14 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.17 0.04 0.25 0.25 0.30 0.28
N6 0.03 0.01 0.05 0.12 0.02 0.11 0.01 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.14 0.05 0.34 0.41 0.42 0.43
N7 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.11 0.05 0.31 0.36 0.33 0.36
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.23 0.22 0.20 0.23
O2' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.10 0.11 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.14 0.23 0.08
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.11 0.02 0.11 0.03 0.14 0.11 0.17 0.17 0.14 0.11 0.06 0.04 0.00 0.02 0.14 0.28 0.37 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.06 0.09 0.11 0.07
O5' 0.12 0.28 0.14 0.17 0.26 0.02 0.30 0.01 0.32 0.28 0.31 0.25 0.34 0.31 0.23 0.05 0.14 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.29 0.19 0.23 0.26 0.09 0.33 0.11 0.36 0.29 0.34 0.25 0.41 0.36 0.22 0.14 0.28 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.35 0.24 0.28 0.28 0.20 0.33 0.22 0.38 0.24 0.39 0.30 0.42 0.33 0.20 0.23 0.37 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.12 0.33 0.15 0.17 0.29 0.04 0.35 0.02 0.39 0.29 0.37 0.28 0.43 0.36 0.23 0.08 0.18 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00