ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49469

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 3, 4, 7, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.009, 0.014, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.030, 0.051, 0.072, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.051 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.017, 0.069, 0.120, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.069 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.098, 0.245, 0.393, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.245 std_dev=0.148
C2' A 0, 0.110, 0.261, 0.412, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.261 std_dev=0.151
C8 B 0, 0.312, 0.466, 0.620, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.466 std_dev=0.154
N7 B 0, 0.246, 0.416, 0.586, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.416 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.266, 0.439, 0.613, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.439 std_dev=0.173
C4 B 0, 0.304, 0.483, 0.663, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.483 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.358, 0.546, 0.735, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.546 std_dev=0.189
N9 B 0, 0.297, 0.488, 0.679, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.488 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.355, 0.547, 0.740, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.547 std_dev=0.192
N3 B 0, 0.382, 0.591, 0.800, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.591 std_dev=0.209
C3' B 0, 0.320, 0.553, 0.786, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.553 std_dev=0.233
N6 B 0, 0.393, 0.628, 0.862, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.628 std_dev=0.235
N1 B 0, 0.407, 0.643, 0.879, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.643 std_dev=0.236
O3' B 0, 0.398, 0.636, 0.874, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.636 std_dev=0.238
C1' B 0, 0.348, 0.586, 0.824, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.586 std_dev=0.238
C2 B 0, 0.411, 0.650, 0.889, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.650 std_dev=0.239
O5' A 0, 0.239, 0.498, 0.756, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.498 std_dev=0.258
P A 0, 0.389, 0.648, 0.908, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.648 std_dev=0.259
C4' A 0, 0.122, 0.384, 0.646, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.384 std_dev=0.262
C4' B 0, 0.410, 0.674, 0.938, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.674 std_dev=0.264
O2' A 0, 0.070, 0.354, 0.638, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.354 std_dev=0.284
O4' B 0, 0.403, 0.695, 0.986, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.695 std_dev=0.292
OP2 A 0, 0.423, 0.721, 1.019, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.721 std_dev=0.298
C3' A 0, 0.133, 0.440, 0.747, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.440 std_dev=0.307
O2' B 0, 0.357, 0.670, 0.983, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.670 std_dev=0.313
C5' B 0, 0.468, 0.790, 1.112, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.790 std_dev=0.322
C5' A 0, 0.233, 0.555, 0.877, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.555 std_dev=0.322
OP1 A 0, 0.434, 0.802, 1.169, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.802 std_dev=0.368
O5' B 0, 0.396, 0.936, 1.477, 2.311 max_d=2.311 avg_d=0.936 std_dev=0.541
O3' A 0, 0.205, 0.747, 1.290, 2.837 max_d=2.837 avg_d=0.747 std_dev=0.542
OP1 B 0, 0.727, 1.447, 2.166, 3.463 max_d=3.463 avg_d=1.447 std_dev=0.720
P B 0, 0.771, 1.515, 2.259, 2.879 max_d=2.879 avg_d=1.515 std_dev=0.744
OP2 B 0, 0.713, 1.956, 3.199, 4.683 max_d=4.683 avg_d=1.956 std_dev=1.243

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01 0.08 0.08 0.17 0.11
C2 0.01 0.00 0.10 0.15 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06 0.07 0.10 0.21 0.11
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.10 0.09 0.03 0.08 0.16 0.00 0.02 0.07 0.01 0.21 0.24 0.27 0.22
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.22 0.00 0.21 0.02 0.18 0.13 0.19 0.13 0.02 0.01 0.24 0.02 0.04 0.13 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.06 0.22 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.20 0.00 0.02 0.12 0.17 0.25 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.04 0.15 0.03 0.08 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.20 0.01 0.04 0.13 0.16 0.24 0.15
C5' 0.04 0.04 0.10 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.03 0.05 0.06 0.06 0.10 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.18 0.01 0.09 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.15 0.01 0.05 0.09 0.11 0.21 0.12
N1 0.00 0.01 0.03 0.13 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.01 0.07 0.08 0.19 0.11
N3 0.01 0.00 0.08 0.19 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.15 0.01 0.05 0.09 0.13 0.23 0.13
O2 0.02 0.01 0.16 0.13 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.17 0.01 0.10 0.07 0.09 0.20 0.11
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.17 0.15 0.18 0.06 0.16 0.09 0.13 0.10 0.00 0.08 0.19 0.11 0.15 0.19 0.29 0.17
O3' 0.14 0.12 0.02 0.01 0.20 0.03 0.20 0.10 0.15 0.07 0.15 0.17 0.08 0.00 0.24 0.10 0.13 0.23 0.21 0.17
O4 0.01 0.01 0.07 0.24 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.00 0.03 0.14 0.20 0.27 0.17
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.10 0.11 0.10 0.03 0.00 0.05 0.06 0.15 0.10
O5' 0.08 0.07 0.21 0.04 0.12 0.01 0.13 0.01 0.09 0.07 0.09 0.07 0.15 0.13 0.14 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.10 0.24 0.13 0.17 0.06 0.16 0.06 0.11 0.08 0.13 0.09 0.19 0.23 0.20 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.21 0.27 0.08 0.25 0.04 0.24 0.01 0.21 0.19 0.23 0.20 0.29 0.21 0.27 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.11 0.22 0.06 0.15 0.02 0.15 0.01 0.12 0.11 0.13 0.11 0.17 0.17 0.17 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.34 0.18 0.13 0.21 0.12 0.22 0.15 0.25 0.21 0.29 0.31 0.27 0.24 0.18 0.25 0.15 0.13 0.27 0.45 0.82 0.39
C2 0.14 0.36 0.15 0.11 0.14 0.12 0.10 0.17 0.16 0.21 0.30 0.30 0.20 0.22 0.13 0.20 0.11 0.13 0.43 0.56 1.05 0.51
C2' 0.11 0.38 0.10 0.15 0.20 0.15 0.22 0.23 0.28 0.22 0.35 0.31 0.30 0.25 0.14 0.17 0.18 0.11 0.31 0.52 0.83 0.46
C3' 0.13 0.28 0.11 0.07 0.17 0.07 0.21 0.09 0.23 0.24 0.26 0.23 0.27 0.26 0.16 0.15 0.05 0.10 0.17 0.36 0.80 0.29
C4 0.17 0.34 0.15 0.10 0.20 0.16 0.15 0.21 0.24 0.21 0.33 0.28 0.23 0.16 0.16 0.16 0.09 0.20 0.55 0.65 1.22 0.62
C4' 0.10 0.25 0.09 0.07 0.16 0.07 0.19 0.08 0.22 0.18 0.24 0.22 0.24 0.20 0.13 0.15 0.10 0.07 0.11 0.36 0.66 0.28
C5 0.18 0.29 0.16 0.12 0.18 0.18 0.15 0.22 0.21 0.21 0.27 0.25 0.21 0.17 0.17 0.17 0.10 0.21 0.51 0.58 1.13 0.58
C5' 0.15 0.24 0.14 0.09 0.19 0.09 0.20 0.08 0.21 0.19 0.23 0.23 0.22 0.20 0.17 0.13 0.07 0.12 0.14 0.38 0.60 0.30
C6 0.19 0.30 0.18 0.14 0.21 0.16 0.19 0.20 0.22 0.23 0.27 0.27 0.22 0.22 0.19 0.20 0.12 0.19 0.40 0.51 0.98 0.50
N1 0.15 0.32 0.16 0.11 0.17 0.12 0.17 0.17 0.21 0.22 0.28 0.28 0.23 0.23 0.15 0.20 0.12 0.13 0.37 0.51 0.95 0.46
N3 0.16 0.38 0.16 0.11 0.19 0.15 0.12 0.19 0.21 0.21 0.35 0.31 0.19 0.20 0.16 0.18 0.10 0.17 0.50 0.62 1.17 0.58
O2 0.15 0.37 0.16 0.12 0.13 0.13 0.11 0.16 0.13 0.21 0.28 0.29 0.21 0.24 0.13 0.21 0.12 0.13 0.41 0.56 1.03 0.49
O2' 0.21 0.50 0.19 0.10 0.27 0.10 0.25 0.19 0.31 0.21 0.42 0.43 0.33 0.25 0.19 0.33 0.11 0.12 0.30 0.59 0.78 0.49
O3' 0.09 0.34 0.09 0.08 0.18 0.07 0.22 0.10 0.27 0.23 0.33 0.27 0.31 0.26 0.14 0.16 0.09 0.08 0.17 0.36 0.81 0.29
O4 0.19 0.37 0.16 0.11 0.25 0.17 0.23 0.21 0.32 0.21 0.38 0.31 0.32 0.18 0.19 0.17 0.09 0.22 0.58 0.71 1.31 0.67
O4' 0.14 0.23 0.15 0.13 0.16 0.12 0.19 0.13 0.22 0.17 0.23 0.21 0.24 0.20 0.13 0.24 0.18 0.11 0.17 0.39 0.69 0.31
O5' 0.14 0.19 0.14 0.08 0.14 0.07 0.17 0.07 0.18 0.20 0.19 0.16 0.20 0.20 0.15 0.14 0.02 0.10 0.14 0.39 0.67 0.30
OP1 0.05 0.14 0.08 0.02 0.09 0.05 0.13 0.11 0.16 0.13 0.16 0.11 0.20 0.16 0.06 0.13 0.02 0.03 0.45 0.60 0.76 0.58
OP2 0.10 0.28 0.07 0.07 0.23 0.10 0.28 0.15 0.32 0.21 0.32 0.23 0.35 0.27 0.17 0.05 0.02 0.10 0.25 0.51 0.81 0.46
P 0.04 0.17 0.05 0.01 0.12 0.03 0.16 0.07 0.19 0.14 0.19 0.14 0.21 0.17 0.08 0.08 0.00 0.02 0.28 0.49 0.66 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.14 0.33 0.22
C2 0.04 0.00 0.09 0.10 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.05 0.39 0.35 0.79 0.40
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.20 0.35 0.14
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.26 0.34 0.14
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.42 0.31 0.74 0.41
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.18 0.16 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.51 0.41 0.93 0.51
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.05 0.11 0.12 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.21 0.26 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.51 0.45 1.00 0.53
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.54 0.33 0.81 0.50
N1 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.13 0.04 0.46 0.41 0.93 0.48
N3 0.04 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.05 0.35 0.29 0.67 0.35
N6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.03 0.56 0.51 1.12 0.59
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.58 0.43 0.99 0.57
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.42 0.25 0.62 0.37
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.09 0.10 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.23 0.23 0.09
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.11 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.04 0.04 0.00 0.02 0.25 0.40 0.44 0.28
O4' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.24 0.08 0.18 0.20
O5' 0.25 0.39 0.11 0.06 0.42 0.01 0.51 0.01 0.51 0.54 0.46 0.35 0.56 0.58 0.42 0.05 0.25 0.24 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.14 0.35 0.20 0.26 0.31 0.18 0.41 0.21 0.45 0.33 0.41 0.29 0.51 0.43 0.25 0.23 0.40 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.79 0.35 0.34 0.74 0.16 0.93 0.26 1.00 0.81 0.93 0.67 1.12 0.99 0.62 0.23 0.44 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.40 0.14 0.14 0.41 0.03 0.51 0.01 0.53 0.50 0.48 0.35 0.59 0.57 0.37 0.09 0.28 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00