ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49471

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.021, 0.051, 0.080, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.051 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.056, 0.104, 0.151, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.104 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.223, 0.432, 0.640, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.432 std_dev=0.208
C2 B 0, 0.308, 0.520, 0.731, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.520 std_dev=0.212
N1 B 0, 0.288, 0.508, 0.727, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.508 std_dev=0.220
C4 B 0, 0.256, 0.492, 0.729, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.492 std_dev=0.237
C2' A 0, 0.194, 0.447, 0.699, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.447 std_dev=0.253
N3 B 0, 0.272, 0.532, 0.792, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.532 std_dev=0.260
C5 B 0, 0.239, 0.505, 0.772, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.505 std_dev=0.266
C6 B 0, 0.232, 0.500, 0.769, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.500 std_dev=0.268
O5' A 0, 0.522, 0.896, 1.270, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.896 std_dev=0.374
C5' A 0, 0.477, 0.891, 1.305, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.891 std_dev=0.414
C4' A 0, 0.188, 0.634, 1.080, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.634 std_dev=0.446
N6 B 0, 0.328, 0.776, 1.223, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.776 std_dev=0.448
N9 B 0, 0.261, 0.721, 1.181, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.721 std_dev=0.460
N7 B 0, 0.257, 0.762, 1.268, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.762 std_dev=0.505
C3' A 0, 0.134, 0.707, 1.281, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.707 std_dev=0.573
C8 B 0, 0.243, 0.832, 1.422, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.832 std_dev=0.589
C2' B 0, 0.237, 0.834, 1.430, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.834 std_dev=0.596
P A 0, 0.575, 1.179, 1.784, 2.156 max_d=2.156 avg_d=1.179 std_dev=0.604
O2' A 0, 0.276, 0.903, 1.531, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.903 std_dev=0.627
C1' B 0, 0.287, 0.922, 1.557, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.922 std_dev=0.635
OP1 A 0, 0.751, 1.407, 2.064, 2.391 max_d=2.391 avg_d=1.407 std_dev=0.656
O2' B 0, 0.359, 1.066, 1.773, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.066 std_dev=0.707
OP2 A 0, 0.652, 1.374, 2.095, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.374 std_dev=0.722
O3' B 0, 0.454, 1.205, 1.955, 2.506 max_d=2.506 avg_d=1.205 std_dev=0.751
C3' B 0, 0.243, 1.017, 1.792, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.017 std_dev=0.775
O4' B 0, 0.320, 1.193, 2.066, 2.646 max_d=2.646 avg_d=1.193 std_dev=0.873
C4' B 0, 0.238, 1.249, 2.260, 2.940 max_d=2.940 avg_d=1.249 std_dev=1.011
O3' A 0, 0.145, 1.203, 2.262, 3.065 max_d=3.065 avg_d=1.203 std_dev=1.058
C5' B 0, 0.409, 1.559, 2.709, 3.470 max_d=3.470 avg_d=1.559 std_dev=1.150
O5' B 0, 0.278, 2.381, 4.485, 5.518 max_d=5.518 avg_d=2.381 std_dev=2.104
P B 0, 0.418, 2.919, 5.420, 6.623 max_d=6.623 avg_d=2.919 std_dev=2.501
OP1 B 0, 0.480, 3.614, 6.748, 8.297 max_d=8.297 avg_d=3.614 std_dev=3.134
OP2 B 0, 0.284, 3.560, 6.836, 8.110 max_d=8.110 avg_d=3.560 std_dev=3.276

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.01 0.01 0.11 0.12 0.28 0.13
C2 0.01 0.00 0.07 0.15 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.22 0.01 0.06 0.30 0.31 0.48 0.32
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.08 0.02 0.13 0.14 0.13 0.04 0.05 0.15 0.00 0.02 0.09 0.04 0.25 0.23 0.37 0.25
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.33 0.00 0.39 0.03 0.36 0.21 0.24 0.06 0.02 0.01 0.34 0.01 0.23 0.21 0.17 0.18
C4 0.01 0.01 0.08 0.33 0.00 0.17 0.00 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01 0.42 0.18 0.00 0.03 0.58 0.68 0.82 0.67
C4' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.17 0.00 0.25 0.00 0.25 0.09 0.07 0.13 0.28 0.04 0.18 0.00 0.01 0.08 0.14 0.02
C5 0.01 0.01 0.13 0.39 0.00 0.25 0.00 0.48 0.00 0.01 0.00 0.01 0.43 0.29 0.01 0.07 0.64 0.75 0.84 0.73
C5' 0.06 0.14 0.14 0.03 0.38 0.00 0.48 0.00 0.42 0.21 0.24 0.08 0.19 0.17 0.42 0.02 0.01 0.07 0.15 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.36 0.01 0.25 0.00 0.42 0.00 0.00 0.01 0.01 0.35 0.25 0.01 0.08 0.54 0.58 0.62 0.56
N1 0.00 0.01 0.04 0.21 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.10 0.01 0.01 0.32 0.34 0.44 0.32
N3 0.01 0.00 0.05 0.24 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.14 0.02 0.03 0.44 0.49 0.65 0.49
O2 0.02 0.01 0.15 0.06 0.01 0.13 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.41 0.02 0.12 0.17 0.16 0.38 0.19
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.42 0.28 0.43 0.19 0.35 0.23 0.34 0.17 0.00 0.06 0.47 0.20 0.23 0.25 0.39 0.22
O3' 0.25 0.22 0.02 0.01 0.18 0.04 0.29 0.17 0.25 0.10 0.14 0.41 0.06 0.00 0.20 0.15 0.29 0.50 0.35 0.35
O4 0.01 0.01 0.09 0.34 0.00 0.18 0.01 0.42 0.01 0.01 0.02 0.02 0.47 0.20 0.00 0.04 0.62 0.77 0.92 0.76
O4' 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.08 0.01 0.03 0.12 0.20 0.15 0.04 0.00 0.07 0.06 0.25 0.11
O5' 0.11 0.30 0.25 0.23 0.58 0.01 0.64 0.01 0.54 0.32 0.44 0.17 0.23 0.29 0.62 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.31 0.23 0.21 0.68 0.08 0.75 0.07 0.58 0.34 0.49 0.16 0.25 0.50 0.77 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.48 0.37 0.17 0.82 0.14 0.84 0.15 0.62 0.44 0.65 0.38 0.39 0.35 0.92 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.32 0.25 0.18 0.67 0.02 0.73 0.02 0.56 0.32 0.49 0.19 0.22 0.35 0.76 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.36 0.15 0.14 0.18 0.14 0.14 0.16 0.15 0.26 0.27 0.33 0.17 0.23 0.19 0.19 0.14 0.16 0.63 0.91 0.86 0.67
C2 0.12 0.21 0.11 0.17 0.14 0.14 0.13 0.20 0.18 0.11 0.21 0.20 0.22 0.13 0.12 0.12 0.20 0.11 0.92 1.06 1.47 1.01
C2' 0.20 0.37 0.18 0.24 0.15 0.21 0.18 0.27 0.16 0.36 0.27 0.31 0.20 0.34 0.22 0.20 0.24 0.20 0.62 1.04 0.78 0.68
C3' 0.19 0.32 0.19 0.22 0.16 0.20 0.15 0.25 0.17 0.27 0.27 0.28 0.18 0.23 0.19 0.20 0.25 0.18 0.63 1.12 0.67 0.69
C4 0.29 0.10 0.37 0.51 0.15 0.47 0.08 0.55 0.15 0.23 0.15 0.15 0.29 0.15 0.24 0.32 0.56 0.36 1.45 1.60 2.19 1.57
C4' 0.21 0.22 0.20 0.20 0.11 0.18 0.15 0.20 0.12 0.31 0.17 0.18 0.15 0.27 0.21 0.20 0.20 0.19 0.38 0.78 0.35 0.40
C5 0.33 0.13 0.44 0.55 0.15 0.51 0.13 0.55 0.22 0.14 0.16 0.20 0.37 0.17 0.22 0.42 0.63 0.39 1.46 1.70 2.01 1.53
C5' 0.19 0.24 0.20 0.22 0.10 0.22 0.11 0.23 0.13 0.24 0.21 0.20 0.15 0.19 0.16 0.24 0.24 0.21 0.37 0.85 0.22 0.39
C6 0.24 0.19 0.34 0.38 0.14 0.34 0.16 0.35 0.19 0.17 0.13 0.24 0.29 0.25 0.15 0.36 0.46 0.25 1.16 1.44 1.51 1.20
N1 0.15 0.25 0.16 0.19 0.14 0.16 0.13 0.20 0.15 0.17 0.19 0.26 0.19 0.19 0.13 0.18 0.23 0.13 0.91 1.13 1.28 0.96
N3 0.15 0.12 0.21 0.32 0.12 0.29 0.13 0.36 0.15 0.16 0.13 0.13 0.22 0.15 0.15 0.15 0.36 0.20 1.18 1.28 1.88 1.29
O2 0.19 0.27 0.15 0.12 0.18 0.13 0.18 0.14 0.26 0.16 0.31 0.22 0.31 0.16 0.17 0.23 0.13 0.16 0.73 0.84 1.29 0.83
O2' 0.25 0.45 0.23 0.19 0.20 0.19 0.20 0.22 0.22 0.33 0.31 0.42 0.31 0.36 0.20 0.38 0.21 0.21 0.70 1.11 0.89 0.76
O3' 0.21 0.41 0.17 0.19 0.25 0.16 0.25 0.22 0.30 0.28 0.38 0.34 0.31 0.28 0.23 0.22 0.30 0.15 0.58 1.11 0.63 0.66
O4 0.38 0.10 0.44 0.61 0.21 0.59 0.17 0.70 0.14 0.39 0.19 0.14 0.30 0.31 0.34 0.38 0.66 0.48 1.65 1.79 2.56 1.82
O4' 0.22 0.28 0.19 0.21 0.13 0.19 0.17 0.23 0.13 0.35 0.19 0.25 0.17 0.32 0.23 0.19 0.18 0.21 0.42 0.69 0.49 0.43
O5' 0.24 0.40 0.25 0.09 0.28 0.10 0.24 0.06 0.28 0.25 0.36 0.38 0.26 0.24 0.23 0.34 0.02 0.17 0.57 1.12 0.35 0.57
OP1 0.07 0.28 0.11 0.01 0.16 0.06 0.18 0.14 0.23 0.17 0.28 0.24 0.23 0.17 0.10 0.15 0.01 0.03 0.35 1.15 0.29 0.37
OP2 0.06 0.37 0.11 0.05 0.23 0.13 0.24 0.26 0.31 0.17 0.37 0.31 0.31 0.19 0.11 0.13 0.02 0.09 0.70 1.44 0.43 0.72
P 0.08 0.30 0.12 0.01 0.18 0.04 0.18 0.13 0.23 0.18 0.29 0.26 0.23 0.18 0.11 0.16 0.01 0.02 0.49 1.17 0.16 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.21 0.13 0.33 0.19
C2 0.05 0.00 0.14 0.13 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.17 0.07 0.42 0.19 0.98 0.44
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.08 0.12 0.14 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.31 0.44 0.26 0.29
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.12 0.12 0.12 0.09 0.11 0.05 0.01 0.01 0.01 0.42 0.69 0.16 0.36
C4 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.49 0.29 0.96 0.50
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.23 0.24 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.66 0.44 1.30 0.69
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.12 0.07 0.05 0.12 0.13 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.40 0.39 0.01
C6 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.12 0.04 0.65 0.42 1.39 0.70
C8 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.14 0.05 0.74 0.56 1.17 0.73
N1 0.04 0.00 0.12 0.12 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.15 0.06 0.54 0.30 1.23 0.58
N3 0.05 0.00 0.14 0.12 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.15 0.07 0.36 0.16 0.81 0.37
N6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.13 0.04 0.72 0.51 1.60 0.81
N7 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04 0.79 0.61 1.46 0.84
N9 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.49 0.31 0.81 0.46
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.08 0.06 0.12 0.13 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.23 0.11 0.06
O3' 0.02 0.17 0.01 0.01 0.08 0.02 0.10 0.03 0.12 0.14 0.15 0.15 0.13 0.13 0.05 0.03 0.00 0.02 0.31 0.83 0.17 0.29
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.09 0.10 0.06
O5' 0.21 0.42 0.31 0.42 0.49 0.01 0.66 0.01 0.65 0.74 0.54 0.36 0.72 0.79 0.49 0.06 0.31 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.13 0.19 0.44 0.69 0.29 0.23 0.44 0.40 0.42 0.56 0.30 0.16 0.51 0.61 0.31 0.23 0.83 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.98 0.26 0.16 0.96 0.24 1.30 0.39 1.39 1.17 1.23 0.81 1.60 1.46 0.81 0.11 0.17 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.44 0.29 0.36 0.50 0.01 0.69 0.01 0.70 0.73 0.58 0.37 0.81 0.84 0.46 0.06 0.29 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00