Doublet Group distance statistics: 49472

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.022, 0.036, 0.050, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.014
N3	A	0, 0.021, 0.037, 0.052, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.037 std_dev=0.015
C4	A	0, 0.019, 0.039, 0.058, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.039 std_dev=0.020
C6	A	0, 0.033, 0.056, 0.078, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.056 std_dev=0.023
N1	A	0, 0.036, 0.060, 0.083, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.060 std_dev=0.023
C2	A	0, 0.032, 0.058, 0.085, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.058 std_dev=0.026
C1'	A	0, 0.036, 0.067, 0.098, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.067 std_dev=0.031
O2	A	0, 0.082, 0.149, 0.215, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.149 std_dev=0.066
C2'	A	0, 0.083, 0.164, 0.246, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.164 std_dev=0.082
O4'	A	0, 0.083, 0.170, 0.258, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.170 std_dev=0.087
O4	A	0, 0.067, 0.158, 0.249, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.158 std_dev=0.091
O2'	A	0, 0.102, 0.219, 0.336, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.219 std_dev=0.117
C4'	A	0, 0.083, 0.203, 0.322, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.203 std_dev=0.120
C5	B	0, 0.193, 0.329, 0.466, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.329 std_dev=0.137
C3'	A	0, 0.112, 0.264, 0.415, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.264 std_dev=0.151
O5'	A	0, 0.155, 0.309, 0.464, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.309 std_dev=0.155
N7	B	0, 0.212, 0.367, 0.523, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.367 std_dev=0.155
C6	B	0, 0.273, 0.439, 0.605, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.439 std_dev=0.166
N9	B	0, 0.259, 0.429, 0.598, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.429 std_dev=0.170
C4	B	0, 0.176, 0.348, 0.519, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.348 std_dev=0.171
C5'	A	0, 0.118, 0.294, 0.469, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.294 std_dev=0.175
C8	B	0, 0.214, 0.399, 0.584, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.399 std_dev=0.185
N6	B	0, 0.332, 0.529, 0.725, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.529 std_dev=0.196
N1	B	0, 0.311, 0.521, 0.731, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.521 std_dev=0.210
N3	B	0, 0.239, 0.457, 0.675, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.457 std_dev=0.218
C3'	B	0, 0.237, 0.457, 0.678, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.457 std_dev=0.221
P	A	0, 0.172, 0.395, 0.617, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.395 std_dev=0.223
C2	B	0, 0.297, 0.521, 0.746, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.521 std_dev=0.225
O3'	B	0, 0.209, 0.436, 0.663, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.436 std_dev=0.227
C1'	B	0, 0.384, 0.614, 0.845, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.614 std_dev=0.231
C4'	B	0, 0.295, 0.536, 0.776, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.536 std_dev=0.241
C2'	B	0, 0.373, 0.642, 0.911, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.642 std_dev=0.269
O4'	B	0, 0.343, 0.613, 0.883, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.613 std_dev=0.270
O3'	A	0, 0.178, 0.467, 0.756, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.467 std_dev=0.289
OP1	A	0, 0.194, 0.486, 0.778, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.486 std_dev=0.292
OP2	A	0, 0.169, 0.496, 0.824, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.496 std_dev=0.328
C5'	B	0, 0.288, 0.640, 0.993, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.640 std_dev=0.353
O2'	B	0, 0.524, 0.903, 1.282, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.903 std_dev=0.379
O5'	B	0, 0.489, 0.921, 1.352, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.921 std_dev=0.432
P	B	0, 0.318, 0.994, 1.669, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.994 std_dev=0.676
OP2	B	0, 1.000, 2.016, 3.032, 3.395 max_d=3.395 avg_d=2.016 std_dev=1.016
OP1	B	0, 1.255, 2.334, 3.413, 3.684 max_d=3.684 avg_d=2.334 std_dev=1.079

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.08	0.02	0.03	0.03	0.01	0.08	0.08	0.12	0.08
C2	0.04	0.00	0.07	0.10	0.02	0.06	0.02	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.10	0.03	0.04	0.14	0.14	0.20	0.17
C2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.07	0.01	0.05	0.03	0.04	0.03	0.07	0.12	0.01	0.02	0.09	0.01	0.07	0.13	0.16	0.10
C3'	0.01	0.10	0.01	0.00	0.13	0.01	0.11	0.03	0.08	0.07	0.12	0.12	0.03	0.02	0.17	0.02	0.08	0.14	0.18	0.11
C4	0.03	0.02	0.07	0.13	0.00	0.07	0.00	0.10	0.01	0.02	0.01	0.02	0.05	0.16	0.01	0.02	0.16	0.21	0.29	0.22
C4'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.07	0.00	0.06	0.01	0.05	0.04	0.06	0.09	0.06	0.02	0.08	0.01	0.03	0.08	0.09	0.04
C5	0.01	0.02	0.05	0.11	0.00	0.06	0.00	0.09	0.00	0.02	0.01	0.03	0.04	0.14	0.01	0.03	0.15	0.20	0.28	0.21
C5'	0.03	0.09	0.03	0.03	0.10	0.01	0.09	0.00	0.08	0.07	0.09	0.12	0.07	0.05	0.11	0.02	0.02	0.06	0.06	0.03
C6	0.01	0.01	0.04	0.08	0.01	0.05	0.00	0.08	0.00	0.01	0.01	0.03	0.03	0.10	0.01	0.03	0.13	0.16	0.22	0.18
N1	0.00	0.01	0.03	0.07	0.02	0.04	0.02	0.07	0.01	0.00	0.01	0.03	0.02	0.07	0.02	0.01	0.12	0.12	0.18	0.15
N3	0.03	0.01	0.07	0.12	0.01	0.06	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.14	0.02	0.02	0.15	0.17	0.24	0.19
O2	0.08	0.01	0.12	0.12	0.02	0.09	0.03	0.12	0.03	0.03	0.01	0.00	0.11	0.13	0.03	0.08	0.15	0.15	0.19	0.17
O2'	0.02	0.06	0.01	0.03	0.05	0.06	0.04	0.07	0.03	0.02	0.06	0.11	0.00	0.06	0.06	0.04	0.08	0.14	0.17	0.10
O3'	0.03	0.10	0.02	0.02	0.16	0.02	0.14	0.05	0.10	0.07	0.14	0.13	0.06	0.00	0.21	0.03	0.13	0.20	0.23	0.16
O4	0.03	0.03	0.09	0.17	0.01	0.08	0.01	0.11	0.01	0.02	0.02	0.03	0.06	0.21	0.00	0.02	0.18	0.26	0.34	0.25
O4'	0.01	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.02	0.08	0.04	0.03	0.02	0.00	0.08	0.08	0.11	0.08
O5'	0.08	0.14	0.07	0.08	0.16	0.03	0.15	0.02	0.13	0.12	0.15	0.15	0.08	0.13	0.18	0.08	0.00	0.02	0.05	0.01
OP1	0.08	0.14	0.13	0.14	0.21	0.08	0.20	0.06	0.16	0.12	0.17	0.15	0.14	0.20	0.26	0.08	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.12	0.20	0.16	0.18	0.29	0.09	0.28	0.06	0.22	0.18	0.24	0.19	0.17	0.23	0.34	0.11	0.05	0.02	0.00	0.01
P	0.08	0.17	0.10	0.11	0.22	0.04	0.21	0.03	0.18	0.15	0.19	0.17	0.10	0.16	0.25	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.25	0.17	0.14	0.12	0.13	0.08	0.19	0.11	0.12	0.17	0.24	0.14	0.12	0.12	0.28	0.12	0.15	0.55	0.55	0.92	0.60
C2	0.21	0.33	0.18	0.20	0.21	0.21	0.17	0.32	0.18	0.16	0.24	0.31	0.19	0.17	0.19	0.23	0.18	0.20	0.64	0.65	1.19	0.74
C2'	0.15	0.26	0.14	0.10	0.12	0.09	0.09	0.17	0.11	0.13	0.18	0.23	0.14	0.14	0.10	0.28	0.09	0.10	0.55	0.59	0.94	0.60
C3'	0.13	0.22	0.14	0.09	0.08	0.08	0.11	0.13	0.10	0.19	0.14	0.19	0.15	0.20	0.10	0.27	0.10	0.10	0.54	0.61	0.86	0.57
C4	0.23	0.27	0.21	0.24	0.22	0.28	0.17	0.41	0.12	0.21	0.20	0.27	0.09	0.20	0.22	0.22	0.21	0.26	0.70	0.72	1.38	0.85
C4'	0.13	0.23	0.13	0.07	0.10	0.09	0.11	0.08	0.13	0.15	0.18	0.20	0.14	0.15	0.09	0.28	0.09	0.11	0.48	0.54	0.69	0.48
C5	0.23	0.23	0.22	0.24	0.18	0.28	0.10	0.39	0.07	0.17	0.15	0.25	0.11	0.15	0.19	0.23	0.21	0.25	0.68	0.68	1.26	0.79
C5'	0.15	0.26	0.15	0.09	0.15	0.10	0.14	0.08	0.15	0.18	0.20	0.24	0.15	0.18	0.13	0.28	0.09	0.12	0.42	0.52	0.54	0.40
C6	0.20	0.23	0.21	0.21	0.15	0.22	0.08	0.31	0.07	0.13	0.13	0.26	0.12	0.14	0.15	0.24	0.19	0.20	0.62	0.62	1.07	0.69
N1	0.19	0.27	0.18	0.19	0.17	0.19	0.11	0.28	0.11	0.13	0.17	0.28	0.13	0.13	0.15	0.25	0.17	0.17	0.60	0.61	1.06	0.68
N3	0.22	0.32	0.20	0.22	0.23	0.25	0.20	0.37	0.19	0.20	0.25	0.30	0.18	0.20	0.21	0.22	0.20	0.23	0.68	0.70	1.33	0.82
O2	0.21	0.35	0.18	0.20	0.23	0.20	0.19	0.30	0.22	0.17	0.28	0.31	0.24	0.18	0.20	0.23	0.19	0.19	0.62	0.64	1.16	0.73
O2'	0.18	0.27	0.17	0.11	0.13	0.11	0.10	0.14	0.14	0.12	0.21	0.24	0.16	0.12	0.12	0.31	0.11	0.14	0.54	0.58	0.89	0.58
O3'	0.13	0.23	0.14	0.11	0.08	0.12	0.12	0.13	0.10	0.21	0.15	0.20	0.15	0.21	0.11	0.27	0.14	0.12	0.54	0.65	0.82	0.56
O4	0.25	0.26	0.21	0.25	0.23	0.31	0.20	0.45	0.16	0.25	0.22	0.25	0.12	0.24	0.24	0.22	0.22	0.30	0.72	0.76	1.51	0.91
O4'	0.15	0.23	0.16	0.12	0.08	0.12	0.10	0.14	0.14	0.12	0.19	0.20	0.17	0.13	0.08	0.29	0.13	0.13	0.51	0.52	0.77	0.52
O5'	0.09	0.23	0.11	0.06	0.12	0.06	0.12	0.09	0.12	0.16	0.17	0.22	0.13	0.17	0.08	0.20	0.03	0.07	0.46	0.57	0.66	0.45
OP1	0.04	0.22	0.07	0.03	0.12	0.06	0.14	0.10	0.14	0.20	0.16	0.21	0.17	0.22	0.09	0.15	0.03	0.04	0.33	0.59	0.36	0.32
OP2	0.12	0.21	0.11	0.08	0.20	0.11	0.28	0.18	0.28	0.34	0.24	0.18	0.33	0.37	0.20	0.11	0.04	0.12	0.57	0.71	0.74	0.57
P	0.03	0.19	0.06	0.01	0.11	0.04	0.16	0.09	0.16	0.22	0.16	0.17	0.19	0.23	0.10	0.12	0.01	0.02	0.42	0.59	0.50	0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.08	0.01	0.01	0.04	0.01	0.02	0.04	0.04	0.03	0.07	0.08	0.04	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.19	0.12	0.32	0.21
C2	0.08	0.00	0.11	0.15	0.02	0.08	0.01	0.16	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.17	0.16	0.06	0.44	0.38	0.89	0.53
C2'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.05	0.01	0.04	0.02	0.05	0.07	0.08	0.11	0.05	0.07	0.03	0.00	0.01	0.01	0.28	0.25	0.37	0.26
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.11	0.01	0.11	0.02	0.11	0.13	0.13	0.15	0.11	0.12	0.08	0.02	0.01	0.02	0.36	0.35	0.36	0.30
C4	0.04	0.02	0.05	0.11	0.00	0.07	0.01	0.16	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.09	0.10	0.02	0.42	0.35	0.81	0.50
C4'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.07	0.00	0.10	0.01	0.10	0.12	0.08	0.07	0.13	0.13	0.06	0.06	0.02	0.00	0.02	0.16	0.10	0.04
C5	0.02	0.01	0.04	0.11	0.01	0.10	0.00	0.23	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.09	0.11	0.03	0.48	0.48	1.01	0.61
C5'	0.04	0.16	0.02	0.02	0.16	0.01	0.23	0.00	0.24	0.22	0.21	0.13	0.29	0.26	0.13	0.06	0.04	0.02	0.02	0.13	0.24	0.03
C6	0.04	0.01	0.05	0.11	0.01	0.10	0.01	0.24	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.13	0.12	0.03	0.50	0.53	1.10	0.65
C8	0.03	0.02	0.07	0.13	0.01	0.12	0.01	0.22	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.01	0.05	0.14	0.08	0.45	0.44	0.85	0.56
N1	0.07	0.01	0.08	0.13	0.02	0.08	0.01	0.21	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.16	0.13	0.04	0.48	0.47	1.03	0.61
N3	0.08	0.01	0.11	0.15	0.00	0.07	0.01	0.13	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.15	0.16	0.07	0.40	0.31	0.76	0.46
N6	0.04	0.01	0.05	0.11	0.02	0.13	0.02	0.29	0.00	0.04	0.01	0.02	0.00	0.04	0.03	0.13	0.12	0.06	0.52	0.62	1.21	0.71
N7	0.02	0.01	0.07	0.12	0.01	0.13	0.00	0.26	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.01	0.07	0.15	0.07	0.49	0.55	1.06	0.65
N9	0.01	0.03	0.03	0.08	0.01	0.06	0.01	0.13	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.00	0.04	0.07	0.02	0.38	0.29	0.67	0.43
O2'	0.02	0.17	0.00	0.02	0.09	0.06	0.09	0.06	0.13	0.05	0.16	0.15	0.13	0.07	0.04	0.00	0.05	0.07	0.09	0.25	0.10	0.07
O3'	0.02	0.16	0.01	0.01	0.10	0.02	0.11	0.04	0.12	0.14	0.13	0.16	0.12	0.15	0.07	0.05	0.00	0.02	0.28	0.44	0.25	0.21
O4'	0.01	0.06	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.02	0.03	0.08	0.04	0.07	0.06	0.07	0.02	0.07	0.02	0.00	0.07	0.08	0.12	0.11
O5'	0.19	0.44	0.28	0.36	0.42	0.02	0.48	0.02	0.50	0.45	0.48	0.40	0.52	0.49	0.38	0.09	0.28	0.07	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.12	0.38	0.25	0.35	0.35	0.16	0.48	0.13	0.53	0.44	0.47	0.31	0.62	0.55	0.29	0.25	0.44	0.08	0.02	0.00	0.04	0.02
OP2	0.32	0.89	0.37	0.36	0.81	0.10	1.01	0.24	1.10	0.85	1.03	0.76	1.21	1.06	0.67	0.10	0.25	0.12	0.02	0.04	0.00	0.02
P	0.21	0.53	0.26	0.30	0.50	0.04	0.61	0.03	0.65	0.56	0.61	0.46	0.71	0.65	0.43	0.07	0.21	0.11	0.01	0.02	0.02	0.00