ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49473

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.016, 0.052, 0.087, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.052 std_dev=0.036
O4 A 0, 0.018, 0.071, 0.125, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.071 std_dev=0.054
O2' A 0, 0.069, 0.194, 0.320, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.194 std_dev=0.126
C2' A 0, 0.058, 0.200, 0.342, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.200 std_dev=0.142
C5 B 0, 0.061, 0.205, 0.349, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.205 std_dev=0.144
C6 B 0, 0.088, 0.233, 0.377, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.233 std_dev=0.144
O4' A 0, 0.043, 0.205, 0.367, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.205 std_dev=0.162
C4 B 0, 0.051, 0.216, 0.382, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.216 std_dev=0.166
N1 B 0, 0.081, 0.261, 0.440, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.261 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.087, 0.277, 0.468, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.277 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.061, 0.262, 0.463, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.262 std_dev=0.201
C3' B 0, 0.108, 0.312, 0.516, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.312 std_dev=0.204
N6 B 0, 0.069, 0.307, 0.544, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.307 std_dev=0.237
OP2 A 0, 0.081, 0.336, 0.590, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.336 std_dev=0.254
O3' B 0, 0.108, 0.376, 0.644, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.376 std_dev=0.268
P A 0, 0.087, 0.361, 0.635, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.361 std_dev=0.274
C4' A 0, 0.083, 0.357, 0.631, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.357 std_dev=0.274
N7 B 0, -0.016, 0.261, 0.538, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.261 std_dev=0.277
C3' A 0, 0.082, 0.362, 0.643, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.362 std_dev=0.281
N9 B 0, -0.009, 0.278, 0.564, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.278 std_dev=0.287
O5' A 0, 0.114, 0.435, 0.755, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.435 std_dev=0.321
C8 B 0, -0.043, 0.288, 0.618, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.288 std_dev=0.330
C5' A 0, 0.125, 0.504, 0.883, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.504 std_dev=0.379
OP1 A 0, 0.019, 0.426, 0.833, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.426 std_dev=0.407
C2' B 0, 0.016, 0.423, 0.830, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.423 std_dev=0.407
O3' A 0, 0.114, 0.555, 0.995, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.555 std_dev=0.440
C4' B 0, 0.008, 0.454, 0.899, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.454 std_dev=0.445
C1' B 0, -0.035, 0.418, 0.870, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.418 std_dev=0.452
O4' B 0, -0.063, 0.489, 1.041, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.489 std_dev=0.552
C5' B 0, -0.027, 0.583, 1.193, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.583 std_dev=0.610
O2' B 0, -0.045, 0.615, 1.274, 2.276 max_d=2.276 avg_d=0.615 std_dev=0.659
O5' B 0, -0.026, 0.995, 2.017, 3.479 max_d=3.479 avg_d=0.995 std_dev=1.022
P B 0, -0.093, 2.105, 4.303, 6.268 max_d=6.268 avg_d=2.105 std_dev=2.198
OP2 B 0, -0.077, 2.508, 5.092, 7.701 max_d=7.701 avg_d=2.508 std_dev=2.585
OP1 B 0, -0.164, 2.562, 5.289, 7.135 max_d=7.135 avg_d=2.562 std_dev=2.727

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.15 0.08
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.02 0.08 0.09 0.22 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.08 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.07 0.10 0.04
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.13 0.00 0.10 0.02 0.07 0.06 0.13 0.10 0.01 0.00 0.15 0.01 0.04 0.10 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.16 0.00 0.02 0.10 0.15 0.27 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.02 0.10 0.14 0.26 0.15
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.08 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.02 0.08 0.10 0.21 0.12
N1 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.07 0.19 0.11
N3 0.01 0.00 0.07 0.13 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.01 0.02 0.09 0.12 0.25 0.14
O2 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.02 0.02 0.07 0.07 0.21 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.06 0.03
O3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.16 0.02 0.13 0.03 0.09 0.06 0.16 0.11 0.04 0.00 0.20 0.02 0.06 0.17 0.13 0.10
O4 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.20 0.00 0.02 0.12 0.18 0.29 0.16
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.07 0.13 0.09
O5' 0.05 0.08 0.04 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.07 0.09 0.07 0.02 0.06 0.12 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.03 0.09 0.07 0.10 0.15 0.05 0.14 0.06 0.10 0.07 0.12 0.07 0.07 0.17 0.18 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.22 0.10 0.07 0.27 0.04 0.26 0.02 0.21 0.19 0.25 0.21 0.06 0.13 0.29 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.12 0.04 0.05 0.15 0.02 0.15 0.01 0.12 0.11 0.14 0.11 0.03 0.10 0.16 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.10 0.32 0.16 0.11 0.17 0.09 0.34 0.11 0.14 0.12 0.12 0.15 0.11 0.16 0.49 0.16 0.16 0.43 0.91 1.21 0.70
C2 0.18 0.17 0.24 0.17 0.13 0.24 0.09 0.47 0.08 0.14 0.14 0.17 0.11 0.13 0.15 0.33 0.15 0.20 0.62 1.44 1.68 1.18
C2' 0.23 0.13 0.30 0.11 0.10 0.15 0.08 0.41 0.10 0.11 0.12 0.13 0.13 0.09 0.14 0.49 0.11 0.13 0.49 0.82 1.32 0.74
C3' 0.17 0.11 0.26 0.06 0.05 0.14 0.05 0.40 0.08 0.09 0.12 0.08 0.10 0.06 0.10 0.44 0.06 0.10 0.46 0.55 1.17 0.58
C4 0.22 0.13 0.17 0.17 0.13 0.37 0.09 0.60 0.09 0.21 0.14 0.13 0.11 0.16 0.19 0.19 0.13 0.37 0.82 1.89 2.01 1.58
C4' 0.23 0.21 0.28 0.07 0.14 0.07 0.13 0.24 0.17 0.14 0.21 0.17 0.17 0.12 0.14 0.49 0.11 0.11 0.31 0.57 0.85 0.32
C5 0.20 0.11 0.19 0.18 0.09 0.37 0.04 0.60 0.09 0.13 0.12 0.11 0.11 0.07 0.15 0.20 0.14 0.34 0.76 1.57 1.76 1.35
C5' 0.21 0.27 0.26 0.06 0.19 0.05 0.17 0.16 0.20 0.18 0.24 0.24 0.18 0.16 0.17 0.42 0.08 0.12 0.24 0.62 0.61 0.14
C6 0.18 0.11 0.25 0.18 0.07 0.27 0.05 0.49 0.08 0.12 0.11 0.09 0.10 0.09 0.13 0.30 0.15 0.22 0.60 1.18 1.46 1.01
N1 0.20 0.12 0.27 0.17 0.10 0.22 0.06 0.44 0.08 0.12 0.11 0.12 0.11 0.09 0.14 0.37 0.16 0.18 0.55 1.18 1.46 0.97
N3 0.18 0.17 0.19 0.17 0.13 0.31 0.11 0.54 0.09 0.19 0.16 0.15 0.09 0.18 0.17 0.24 0.14 0.28 0.74 1.75 1.91 1.45
O2 0.21 0.22 0.26 0.17 0.15 0.22 0.11 0.44 0.10 0.14 0.15 0.21 0.14 0.14 0.16 0.38 0.16 0.19 0.57 1.40 1.64 1.13
O2' 0.30 0.17 0.35 0.14 0.16 0.15 0.13 0.34 0.15 0.15 0.17 0.19 0.19 0.13 0.19 0.58 0.14 0.18 0.42 0.76 1.21 0.62
O3' 0.17 0.15 0.25 0.05 0.07 0.14 0.06 0.40 0.10 0.09 0.15 0.11 0.11 0.06 0.09 0.45 0.04 0.10 0.47 0.39 1.16 0.52
O4 0.28 0.12 0.16 0.17 0.15 0.42 0.12 0.65 0.09 0.29 0.13 0.13 0.13 0.22 0.24 0.17 0.11 0.45 0.93 2.20 2.24 1.85
O4' 0.26 0.20 0.32 0.15 0.13 0.14 0.15 0.24 0.19 0.16 0.22 0.13 0.20 0.14 0.16 0.50 0.18 0.16 0.34 0.73 0.91 0.45
O5' 0.14 0.22 0.19 0.08 0.16 0.14 0.15 0.30 0.17 0.16 0.20 0.21 0.16 0.16 0.13 0.27 0.02 0.11 0.34 0.46 0.73 0.26
OP1 0.02 0.20 0.06 0.02 0.09 0.09 0.10 0.18 0.11 0.17 0.15 0.18 0.13 0.18 0.06 0.08 0.02 0.06 0.15 1.14 0.42 0.50
OP2 0.07 0.21 0.11 0.05 0.21 0.21 0.29 0.35 0.30 0.31 0.26 0.18 0.34 0.35 0.19 0.06 0.02 0.12 0.33 0.42 0.49 0.31
P 0.05 0.17 0.10 0.02 0.11 0.10 0.15 0.20 0.15 0.19 0.16 0.16 0.17 0.21 0.10 0.10 0.01 0.05 0.19 0.67 0.38 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.53 0.52 0.27
C2 0.06 0.00 0.10 0.17 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.19 0.02 0.32 1.07 1.10 0.68
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.07 0.10 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.50 0.41 0.14
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.03 0.09 0.12 0.13 0.16 0.08 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.23 0.51 0.38 0.13
C4 0.03 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.01 0.33 1.10 1.06 0.72
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.07 0.08 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.45 0.21 0.20
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.42 1.44 1.33 0.99
C5' 0.03 0.20 0.03 0.03 0.15 0.01 0.16 0.00 0.19 0.10 0.21 0.16 0.20 0.13 0.09 0.06 0.07 0.02 0.01 0.26 0.27 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.43 1.50 1.43 1.04
C8 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.12 0.03 0.42 1.37 1.19 0.96
N1 0.05 0.00 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01 0.39 1.31 1.30 0.89
N3 0.06 0.00 0.10 0.16 0.00 0.07 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.18 0.03 0.27 0.92 0.93 0.55
N6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.10 0.04 0.48 1.71 1.60 1.22
N7 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.47 1.63 1.43 1.15
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.31 0.97 0.91 0.63
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.04 0.10 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.08 0.72 0.22 0.38
O3' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.10 0.03 0.08 0.07 0.10 0.12 0.15 0.18 0.10 0.12 0.04 0.03 0.00 0.01 0.17 0.84 0.29 0.33
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.38 0.38 0.22
O5' 0.16 0.32 0.17 0.23 0.33 0.02 0.42 0.01 0.43 0.42 0.39 0.27 0.48 0.47 0.31 0.08 0.17 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.53 1.07 0.50 0.51 1.10 0.45 1.44 0.26 1.50 1.37 1.31 0.92 1.71 1.63 0.97 0.72 0.84 0.38 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.52 1.10 0.41 0.38 1.06 0.21 1.33 0.27 1.43 1.19 1.30 0.93 1.60 1.43 0.91 0.22 0.29 0.38 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.68 0.14 0.13 0.72 0.20 0.99 0.01 1.04 0.96 0.89 0.55 1.22 1.15 0.63 0.38 0.33 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00