ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49474

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.028 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.017, 0.053, 0.088, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.053 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.039, 0.167, 0.294, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.167 std_dev=0.127
C2' A 0, 0.045, 0.184, 0.323, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.184 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.050, 0.204, 0.358, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.204 std_dev=0.154
C4' A 0, 0.075, 0.245, 0.416, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.245 std_dev=0.171
O3' A 0, 0.028, 0.213, 0.398, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.213 std_dev=0.185
O2' A 0, 0.055, 0.300, 0.546, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.300 std_dev=0.245
N1 B 0, 0.062, 0.328, 0.594, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.328 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.105, 0.376, 0.647, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.376 std_dev=0.271
C5' A 0, 0.107, 0.403, 0.700, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.403 std_dev=0.297
N6 B 0, 0.098, 0.399, 0.700, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.399 std_dev=0.301
C6 B 0, 0.024, 0.330, 0.635, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.330 std_dev=0.305
N3 B 0, 0.092, 0.400, 0.709, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.400 std_dev=0.309
C4 B 0, 0.006, 0.351, 0.696, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.351 std_dev=0.345
O5' A 0, 0.076, 0.421, 0.766, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.421 std_dev=0.345
C5 B 0, -0.014, 0.336, 0.685, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.336 std_dev=0.350
N7 B 0, 0.018, 0.410, 0.802, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.410 std_dev=0.392
N9 B 0, -0.017, 0.380, 0.776, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.380 std_dev=0.397
C1' B 0, 0.048, 0.462, 0.875, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.462 std_dev=0.414
C8 B 0, -0.035, 0.393, 0.820, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.393 std_dev=0.428
C2' B 0, 0.014, 0.479, 0.945, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.479 std_dev=0.465
P A 0, 0.090, 0.576, 1.063, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.576 std_dev=0.486
OP1 A 0, 0.106, 0.594, 1.083, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.594 std_dev=0.488
O2' B 0, 0.075, 0.564, 1.052, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.564 std_dev=0.489
O4' B 0, 0.023, 0.535, 1.048, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.535 std_dev=0.513
OP2 A 0, 0.089, 0.636, 1.183, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.636 std_dev=0.547
OP2 B 0, -0.052, 0.498, 1.049, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.498 std_dev=0.551
C3' B 0, -0.085, 0.479, 1.042, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.479 std_dev=0.564
C4' B 0, -0.061, 0.526, 1.114, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.526 std_dev=0.588
O3' B 0, -0.113, 0.525, 1.163, 2.152 max_d=2.152 avg_d=0.525 std_dev=0.638
P B 0, -0.133, 0.536, 1.204, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.536 std_dev=0.668
O5' B 0, -0.138, 0.558, 1.254, 2.480 max_d=2.480 avg_d=0.558 std_dev=0.696
C5' B 0, -0.125, 0.585, 1.295, 2.564 max_d=2.564 avg_d=0.585 std_dev=0.710
OP1 B 0, -0.077, 0.661, 1.399, 2.582 max_d=2.582 avg_d=0.661 std_dev=0.738

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.13 0.14 0.10
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.12 0.16 0.21 0.16
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.06 0.09 0.02 0.04 0.11 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.19 0.17 0.14
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.16 0.12 0.10
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.00 0.02 0.19 0.23 0.30 0.24
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.09 0.07 0.04
C5 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.06 0.00 0.04 0.20 0.25 0.32 0.25
C5' 0.03 0.07 0.06 0.02 0.11 0.01 0.11 0.00 0.09 0.07 0.09 0.06 0.05 0.02 0.11 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01 0.05 0.18 0.22 0.27 0.21
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.01 0.13 0.16 0.20 0.15
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01 0.04 0.16 0.19 0.26 0.20
O2 0.02 0.00 0.11 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.13 0.01 0.08 0.09 0.13 0.19 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.05 0.12 0.04 0.07 0.19 0.00 0.04 0.07 0.01 0.13 0.23 0.20 0.17
O3' 0.07 0.10 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.06 0.07 0.09 0.13 0.04 0.00 0.07 0.04 0.05 0.15 0.13 0.09
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.02 0.19 0.25 0.32 0.26
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.09 0.09 0.06
O5' 0.07 0.12 0.11 0.06 0.19 0.02 0.20 0.01 0.18 0.13 0.16 0.09 0.13 0.05 0.19 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.13 0.16 0.19 0.16 0.23 0.09 0.25 0.05 0.22 0.16 0.19 0.13 0.23 0.15 0.25 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.21 0.17 0.12 0.30 0.07 0.32 0.03 0.27 0.20 0.26 0.19 0.20 0.13 0.32 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.14 0.10 0.24 0.04 0.25 0.02 0.21 0.15 0.20 0.12 0.17 0.09 0.26 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.21 0.14 0.08 0.13 0.08 0.11 0.06 0.12 0.10 0.16 0.19 0.13 0.12 0.10 0.26 0.10 0.10 0.10 0.11 0.21 0.16
C2 0.23 0.22 0.27 0.19 0.22 0.18 0.18 0.12 0.16 0.21 0.18 0.24 0.16 0.19 0.22 0.34 0.20 0.21 0.09 0.13 0.19 0.13
C2' 0.08 0.17 0.09 0.05 0.09 0.05 0.11 0.08 0.14 0.10 0.16 0.14 0.16 0.13 0.07 0.20 0.06 0.06 0.14 0.13 0.23 0.18
C3' 0.10 0.10 0.08 0.06 0.05 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.13 0.11 0.07 0.19 0.07 0.08 0.15 0.13 0.24 0.20
C4 0.28 0.24 0.34 0.26 0.25 0.24 0.22 0.17 0.23 0.22 0.22 0.27 0.27 0.23 0.25 0.39 0.26 0.27 0.16 0.14 0.21 0.13
C4' 0.13 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.13 0.05 0.10 0.13 0.13 0.11 0.18 0.06 0.12 0.19 0.16 0.28 0.23
C5 0.25 0.27 0.31 0.22 0.26 0.22 0.24 0.20 0.24 0.21 0.23 0.30 0.26 0.25 0.23 0.38 0.22 0.24 0.24 0.19 0.27 0.22
C5' 0.23 0.14 0.17 0.16 0.18 0.19 0.18 0.20 0.16 0.21 0.12 0.18 0.17 0.20 0.21 0.20 0.10 0.23 0.26 0.22 0.34 0.29
C6 0.19 0.27 0.23 0.16 0.22 0.17 0.20 0.15 0.20 0.16 0.22 0.29 0.22 0.20 0.17 0.34 0.17 0.18 0.19 0.16 0.25 0.20
N1 0.17 0.24 0.21 0.12 0.18 0.12 0.14 0.08 0.15 0.13 0.19 0.24 0.17 0.14 0.15 0.31 0.14 0.15 0.10 0.11 0.21 0.15
N3 0.27 0.22 0.33 0.25 0.24 0.22 0.20 0.15 0.18 0.23 0.19 0.25 0.22 0.21 0.25 0.37 0.25 0.25 0.10 0.14 0.17 0.10
O2 0.25 0.20 0.27 0.21 0.24 0.21 0.23 0.16 0.18 0.26 0.17 0.23 0.15 0.25 0.25 0.33 0.21 0.24 0.15 0.18 0.22 0.18
O2' 0.10 0.24 0.10 0.05 0.16 0.06 0.19 0.08 0.23 0.15 0.25 0.19 0.26 0.19 0.12 0.20 0.05 0.09 0.13 0.13 0.21 0.17
O3' 0.07 0.11 0.06 0.05 0.07 0.04 0.10 0.08 0.12 0.10 0.11 0.09 0.17 0.13 0.07 0.17 0.06 0.07 0.15 0.13 0.25 0.21
O4 0.30 0.24 0.37 0.32 0.26 0.29 0.24 0.22 0.25 0.25 0.23 0.27 0.30 0.26 0.27 0.40 0.32 0.31 0.23 0.19 0.23 0.16
O4' 0.08 0.11 0.09 0.06 0.05 0.05 0.08 0.08 0.09 0.10 0.06 0.10 0.14 0.12 0.07 0.22 0.10 0.07 0.15 0.14 0.26 0.21
O5' 0.25 0.16 0.21 0.18 0.17 0.20 0.15 0.20 0.13 0.19 0.12 0.19 0.15 0.17 0.20 0.28 0.15 0.23 0.24 0.21 0.32 0.26
OP1 0.26 0.16 0.22 0.19 0.18 0.21 0.17 0.20 0.16 0.20 0.14 0.19 0.18 0.19 0.21 0.26 0.15 0.25 0.24 0.21 0.32 0.26
OP2 0.25 0.16 0.23 0.19 0.16 0.21 0.15 0.19 0.13 0.20 0.13 0.18 0.14 0.17 0.20 0.26 0.16 0.23 0.23 0.20 0.33 0.25
P 0.25 0.14 0.22 0.18 0.16 0.21 0.15 0.19 0.13 0.19 0.11 0.17 0.15 0.17 0.20 0.26 0.15 0.24 0.23 0.20 0.31 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.10 0.07 0.06
C2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.09 0.04 0.12 0.11 0.13 0.16
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.10 0.05 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.10 0.12 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.08 0.04 0.06 0.05 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.14 0.07
C4 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.04 0.02 0.12 0.12 0.11 0.15
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.10 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.16 0.15 0.16 0.21
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.10 0.12 0.08 0.04 0.12 0.14 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.11 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.02 0.16 0.15 0.18 0.22
C8 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.17 0.16 0.11 0.18
N1 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.03 0.14 0.13 0.16 0.19
N3 0.02 0.00 0.10 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.09 0.04 0.10 0.10 0.10 0.13
N6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.02 0.17 0.18 0.21 0.25
N7 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.19 0.18 0.17 0.24
N9 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.12 0.12 0.08 0.13
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.10 0.05 0.08 0.05 0.11 0.02 0.15 0.16 0.10 0.03 0.04 0.00 0.06 0.05 0.06 0.12 0.12 0.07
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.09 0.07 0.09 0.05 0.08 0.03 0.06 0.00 0.02 0.07 0.13 0.17 0.08
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.10 0.09 0.03
O5' 0.07 0.12 0.05 0.05 0.12 0.02 0.16 0.01 0.16 0.17 0.14 0.10 0.17 0.19 0.12 0.06 0.07 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.15 0.11 0.15 0.16 0.13 0.10 0.18 0.18 0.12 0.12 0.13 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.13 0.12 0.14 0.11 0.06 0.16 0.03 0.18 0.11 0.16 0.10 0.21 0.17 0.08 0.12 0.17 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.16 0.07 0.07 0.15 0.02 0.21 0.01 0.22 0.18 0.19 0.13 0.25 0.24 0.13 0.07 0.08 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00