ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49475

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, -0.001, 0.012, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, -0.001, 0.021, 0.044, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.041 std_dev=0.029
O4 A 0, -0.025, 0.066, 0.156, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.066 std_dev=0.091
N1 B 0, 0.077, 0.273, 0.470, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.273 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.065, 0.268, 0.470, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.268 std_dev=0.202
C4 B 0, 0.106, 0.336, 0.566, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.336 std_dev=0.230
C2 B 0, 0.105, 0.336, 0.567, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.336 std_dev=0.231
N6 B 0, 0.110, 0.350, 0.591, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.350 std_dev=0.241
N3 B 0, 0.119, 0.368, 0.617, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.368 std_dev=0.249
C5 B 0, 0.038, 0.287, 0.536, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.287 std_dev=0.249
N9 B 0, 0.149, 0.425, 0.702, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.425 std_dev=0.277
N7 B 0, 0.071, 0.392, 0.714, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.392 std_dev=0.321
C8 B 0, 0.123, 0.448, 0.772, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.448 std_dev=0.324
C1' B 0, 0.183, 0.528, 0.874, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.528 std_dev=0.345
O4' B 0, 0.228, 0.630, 1.033, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.630 std_dev=0.402
O4' A 0, -0.116, 0.291, 0.698, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.291 std_dev=0.407
C2' A 0, -0.101, 0.329, 0.759, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.329 std_dev=0.430
O5' B 0, 0.297, 0.759, 1.221, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.759 std_dev=0.462
C2' B 0, 0.032, 0.494, 0.957, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.494 std_dev=0.462
C4' B 0, 0.209, 0.720, 1.231, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.720 std_dev=0.511
C3' B 0, 0.101, 0.618, 1.135, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.618 std_dev=0.517
O2' B 0, 0.047, 0.631, 1.215, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.631 std_dev=0.584
OP1 B 0, 0.444, 1.059, 1.674, 1.898 max_d=1.898 avg_d=1.059 std_dev=0.615
C5' B 0, 0.246, 0.878, 1.511, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.878 std_dev=0.633
P B 0, 0.246, 0.898, 1.550, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.898 std_dev=0.652
O5' A 0, -0.042, 0.614, 1.270, 1.893 max_d=1.893 avg_d=0.614 std_dev=0.656
O2' A 0, -0.167, 0.528, 1.223, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.528 std_dev=0.695
O3' B 0, 0.002, 0.715, 1.429, 2.042 max_d=2.042 avg_d=0.715 std_dev=0.714
C4' A 0, -0.192, 0.528, 1.247, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.528 std_dev=0.720
OP2 A 0, 0.002, 0.758, 1.514, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.758 std_dev=0.756
P A 0, -0.051, 0.720, 1.491, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.720 std_dev=0.771
C3' A 0, -0.207, 0.580, 1.367, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.580 std_dev=0.787
OP2 B 0, 0.246, 1.048, 1.850, 2.246 max_d=2.246 avg_d=1.048 std_dev=0.802
C5' A 0, -0.170, 0.662, 1.494, 2.262 max_d=2.262 avg_d=0.662 std_dev=0.832
OP1 A 0, -0.090, 0.863, 1.815, 2.737 max_d=2.737 avg_d=0.863 std_dev=0.952
O3' A 0, -0.329, 0.921, 2.171, 3.114 max_d=3.114 avg_d=0.921 std_dev=1.250

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.29 0.04 0.00 0.14 0.18 0.18 0.15
C2 0.02 0.00 0.17 0.25 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.10 0.02 0.09 0.09 0.10 0.15 0.12
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.05 0.01 0.13 0.18 0.17 0.02 0.13 0.29 0.00 0.02 0.06 0.02 0.40 0.49 0.53 0.47
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.38 0.00 0.35 0.01 0.29 0.23 0.33 0.19 0.03 0.01 0.41 0.02 0.04 0.19 0.13 0.08
C4 0.03 0.01 0.05 0.38 0.00 0.12 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.36 0.19 0.01 0.04 0.20 0.26 0.34 0.26
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.17 0.01 0.16 0.08 0.08 0.03 0.31 0.02 0.12 0.00 0.01 0.11 0.04 0.02
C5 0.03 0.01 0.13 0.35 0.00 0.17 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.41 0.23 0.01 0.06 0.21 0.26 0.30 0.26
C5' 0.06 0.05 0.18 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.12 0.05 0.07 0.06 0.12 0.20 0.11 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.17 0.29 0.01 0.16 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.15 0.01 0.09 0.14 0.13 0.15 0.15
N1 0.02 0.01 0.02 0.23 0.02 0.08 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.06 0.03 0.01 0.07 0.08 0.11 0.09
N3 0.02 0.00 0.13 0.33 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.07 0.01 0.07 0.14 0.18 0.26 0.19
O2 0.02 0.01 0.29 0.19 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.24 0.01 0.14 0.07 0.08 0.13 0.09
O2' 0.02 0.17 0.00 0.03 0.36 0.31 0.41 0.12 0.36 0.21 0.26 0.11 0.00 0.05 0.37 0.22 0.27 0.40 0.62 0.40
O3' 0.29 0.10 0.02 0.01 0.19 0.02 0.23 0.20 0.15 0.06 0.07 0.24 0.05 0.00 0.24 0.20 0.27 0.37 0.41 0.32
O4 0.04 0.02 0.06 0.41 0.01 0.12 0.01 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.37 0.24 0.00 0.06 0.22 0.32 0.41 0.31
O4' 0.00 0.09 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.07 0.14 0.22 0.20 0.06 0.00 0.03 0.07 0.05 0.05
O5' 0.14 0.09 0.40 0.04 0.20 0.01 0.21 0.01 0.14 0.07 0.14 0.07 0.27 0.27 0.22 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.18 0.10 0.49 0.19 0.26 0.11 0.26 0.09 0.13 0.08 0.18 0.08 0.40 0.37 0.32 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.18 0.15 0.53 0.13 0.34 0.04 0.30 0.01 0.15 0.11 0.26 0.13 0.62 0.41 0.41 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.12 0.47 0.08 0.26 0.02 0.26 0.01 0.15 0.09 0.19 0.09 0.40 0.32 0.31 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.27 0.15 0.13 0.13 0.11 0.09 0.21 0.10 0.12 0.19 0.24 0.11 0.11 0.13 0.29 0.17 0.12 0.25 0.27 0.42 0.18
C2 0.13 0.21 0.13 0.17 0.11 0.15 0.08 0.28 0.11 0.08 0.16 0.18 0.13 0.10 0.09 0.22 0.19 0.10 0.23 0.18 0.41 0.15
C2' 0.22 0.20 0.24 0.32 0.11 0.28 0.16 0.38 0.11 0.30 0.15 0.13 0.16 0.28 0.21 0.31 0.36 0.23 0.52 0.50 0.57 0.45
C3' 0.19 0.23 0.18 0.08 0.17 0.08 0.19 0.22 0.18 0.23 0.21 0.19 0.19 0.23 0.19 0.32 0.07 0.11 0.24 0.46 0.46 0.24
C4 0.12 0.13 0.15 0.23 0.12 0.23 0.12 0.38 0.12 0.13 0.08 0.14 0.17 0.15 0.12 0.17 0.26 0.16 0.23 0.18 0.41 0.20
C4' 0.22 0.19 0.20 0.09 0.14 0.11 0.12 0.16 0.10 0.19 0.15 0.18 0.10 0.16 0.18 0.35 0.12 0.16 0.24 0.43 0.39 0.19
C5 0.19 0.21 0.20 0.26 0.18 0.26 0.14 0.38 0.11 0.15 0.12 0.23 0.14 0.16 0.17 0.22 0.28 0.19 0.22 0.17 0.41 0.17
C5' 0.26 0.20 0.26 0.10 0.18 0.12 0.17 0.12 0.15 0.24 0.18 0.20 0.14 0.20 0.22 0.39 0.11 0.19 0.26 0.47 0.36 0.20
C6 0.19 0.26 0.20 0.21 0.17 0.20 0.11 0.31 0.09 0.14 0.16 0.27 0.10 0.14 0.16 0.26 0.22 0.16 0.22 0.21 0.41 0.15
N1 0.16 0.25 0.15 0.16 0.13 0.15 0.08 0.27 0.09 0.11 0.17 0.23 0.11 0.11 0.12 0.25 0.18 0.11 0.23 0.21 0.42 0.16
N3 0.11 0.15 0.13 0.19 0.10 0.18 0.10 0.33 0.11 0.10 0.12 0.14 0.15 0.12 0.09 0.18 0.22 0.11 0.23 0.17 0.41 0.18
O2 0.14 0.21 0.12 0.15 0.10 0.12 0.08 0.26 0.12 0.08 0.17 0.17 0.14 0.08 0.09 0.23 0.17 0.09 0.23 0.18 0.40 0.14
O2' 0.15 0.26 0.14 0.21 0.08 0.16 0.22 0.32 0.21 0.31 0.18 0.21 0.34 0.36 0.14 0.35 0.23 0.13 0.52 0.56 0.63 0.48
O3' 0.20 0.22 0.20 0.21 0.11 0.21 0.11 0.36 0.08 0.23 0.16 0.19 0.09 0.21 0.17 0.34 0.25 0.16 0.32 0.69 0.58 0.41
O4 0.12 0.10 0.13 0.24 0.13 0.25 0.17 0.40 0.18 0.17 0.12 0.11 0.24 0.19 0.13 0.14 0.26 0.17 0.23 0.22 0.42 0.24
O4' 0.22 0.20 0.19 0.16 0.15 0.17 0.13 0.21 0.14 0.16 0.17 0.18 0.16 0.15 0.17 0.32 0.20 0.18 0.22 0.32 0.42 0.18
O5' 0.24 0.11 0.27 0.08 0.16 0.06 0.18 0.16 0.12 0.29 0.10 0.10 0.13 0.25 0.24 0.33 0.01 0.14 0.28 0.50 0.37 0.23
OP1 0.06 0.14 0.12 0.02 0.07 0.12 0.12 0.25 0.12 0.17 0.14 0.10 0.14 0.17 0.09 0.17 0.01 0.06 0.15 0.58 0.39 0.25
OP2 0.07 0.27 0.11 0.06 0.18 0.20 0.21 0.37 0.23 0.18 0.27 0.22 0.24 0.21 0.12 0.11 0.02 0.14 0.18 0.46 0.43 0.23
P 0.07 0.17 0.13 0.01 0.09 0.10 0.13 0.23 0.13 0.19 0.17 0.13 0.14 0.18 0.10 0.16 0.01 0.04 0.19 0.53 0.37 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.06 0.36 0.17
C2 0.05 0.00 0.16 0.20 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.23 0.05 0.27 0.06 0.31 0.10
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.03 0.08 0.07 0.13 0.15 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.24 0.30 0.08
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.10 0.01 0.08 0.04 0.11 0.13 0.17 0.18 0.09 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.26 0.39 0.27 0.15
C4 0.02 0.02 0.07 0.10 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.29 0.03 0.32 0.11
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.10 0.09 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.20 0.32 0.08
C5 0.03 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.03 0.35 0.05 0.28 0.08
C5' 0.03 0.16 0.03 0.04 0.11 0.01 0.12 0.00 0.14 0.11 0.16 0.14 0.15 0.12 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.27 0.33 0.02
C6 0.04 0.00 0.08 0.11 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.12 0.04 0.35 0.06 0.26 0.07
C8 0.01 0.02 0.07 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.14 0.02 0.37 0.06 0.31 0.10
N1 0.05 0.01 0.13 0.17 0.03 0.10 0.02 0.16 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.12 0.19 0.05 0.32 0.06 0.28 0.08
N3 0.04 0.01 0.15 0.18 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.20 0.04 0.24 0.06 0.33 0.12
N6 0.03 0.01 0.07 0.09 0.02 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.08 0.10 0.03 0.38 0.08 0.23 0.07
N7 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.12 0.02 0.40 0.07 0.27 0.08
N9 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.27 0.04 0.34 0.12
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05 0.12 0.12 0.08 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.08 0.24 0.28 0.05
O3' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.10 0.02 0.08 0.05 0.12 0.14 0.19 0.20 0.10 0.12 0.04 0.05 0.00 0.02 0.22 0.56 0.29 0.23
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.13 0.13 0.41 0.25
O5' 0.14 0.27 0.19 0.26 0.29 0.02 0.35 0.01 0.35 0.37 0.32 0.24 0.38 0.40 0.27 0.08 0.22 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.06 0.24 0.39 0.03 0.20 0.05 0.27 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.04 0.24 0.56 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.31 0.30 0.27 0.32 0.32 0.28 0.33 0.26 0.31 0.28 0.33 0.23 0.27 0.34 0.28 0.29 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.10 0.08 0.15 0.11 0.08 0.08 0.02 0.07 0.10 0.08 0.12 0.07 0.08 0.12 0.05 0.23 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00