ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49476

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.011, 0.018, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.025, 0.045, 0.065, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.045 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.029, 0.067, 0.106, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.067 std_dev=0.039
C4 B 0, 0.246, 0.455, 0.665, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.455 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.164, 0.406, 0.648, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.406 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.149, 0.399, 0.648, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.399 std_dev=0.250
C5 B 0, 0.262, 0.514, 0.766, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.514 std_dev=0.252
N1 B 0, 0.192, 0.463, 0.733, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.463 std_dev=0.270
C6 B 0, 0.217, 0.508, 0.799, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.508 std_dev=0.291
O4' A 0, -0.032, 0.276, 0.585, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.276 std_dev=0.309
C2' A 0, -0.025, 0.312, 0.649, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.312 std_dev=0.337
N9 B 0, 0.314, 0.670, 1.025, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.670 std_dev=0.356
N7 B 0, 0.317, 0.730, 1.144, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.730 std_dev=0.414
C8 B 0, 0.349, 0.791, 1.233, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.791 std_dev=0.442
N6 B 0, 0.187, 0.688, 1.188, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.688 std_dev=0.501
C2' B 0, 0.247, 0.780, 1.313, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.780 std_dev=0.533
C1' B 0, 0.299, 0.841, 1.383, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.841 std_dev=0.542
O2' A 0, -0.013, 0.544, 1.100, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.544 std_dev=0.556
C4' A 0, 0.019, 0.614, 1.208, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.614 std_dev=0.595
O2' B 0, 0.220, 0.845, 1.470, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.845 std_dev=0.625
C3' A 0, -0.014, 0.658, 1.331, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.658 std_dev=0.673
C5' A 0, 0.146, 0.874, 1.603, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.874 std_dev=0.728
O4' B 0, 0.302, 1.180, 2.057, 2.940 max_d=2.940 avg_d=1.180 std_dev=0.878
C3' B 0, 0.182, 1.143, 2.105, 3.107 max_d=3.107 avg_d=1.143 std_dev=0.961
O3' A 0, -0.060, 1.044, 2.149, 2.905 max_d=2.905 avg_d=1.044 std_dev=1.105
O5' A 0, 0.050, 1.189, 2.327, 3.707 max_d=3.707 avg_d=1.189 std_dev=1.139
O3' B 0, 0.145, 1.314, 2.482, 3.856 max_d=3.856 avg_d=1.314 std_dev=1.168
C4' B 0, 0.216, 1.399, 2.582, 3.902 max_d=3.902 avg_d=1.399 std_dev=1.183
OP2 A 0, 0.145, 1.427, 2.709, 4.318 max_d=4.318 avg_d=1.427 std_dev=1.282
P A 0, 0.118, 1.408, 2.699, 4.298 max_d=4.298 avg_d=1.408 std_dev=1.290
OP1 A 0, 0.153, 1.710, 3.266, 5.245 max_d=5.245 avg_d=1.710 std_dev=1.556
C5' B 0, 0.162, 1.761, 3.360, 5.319 max_d=5.319 avg_d=1.761 std_dev=1.599
O5' B 0, -0.180, 1.988, 4.156, 7.269 max_d=7.269 avg_d=1.988 std_dev=2.168
P B 0, -0.457, 2.440, 5.337, 9.678 max_d=9.678 avg_d=2.440 std_dev=2.897
OP1 B 0, -0.519, 2.853, 6.225, 11.284 max_d=11.284 avg_d=2.853 std_dev=3.372
OP2 B 0, -0.731, 2.641, 6.012, 11.194 max_d=11.194 avg_d=2.641 std_dev=3.372

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.27 0.02 0.00 0.17 0.17 0.14 0.10
C2 0.01 0.00 0.12 0.15 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.21 0.01 0.09 0.30 0.27 0.27 0.26
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.13 0.09 0.02 0.10 0.18 0.00 0.02 0.07 0.03 0.41 0.49 0.37 0.39
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.36 0.00 0.41 0.03 0.37 0.20 0.25 0.05 0.02 0.01 0.39 0.03 0.30 0.38 0.12 0.24
C4 0.01 0.01 0.05 0.36 0.00 0.15 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.18 0.00 0.03 0.63 0.62 0.64 0.61
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.15 0.00 0.22 0.01 0.22 0.08 0.06 0.11 0.28 0.03 0.16 0.00 0.02 0.13 0.22 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.41 0.00 0.22 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.30 0.01 0.07 0.74 0.72 0.68 0.70
C5' 0.04 0.10 0.13 0.03 0.23 0.01 0.30 0.00 0.26 0.12 0.15 0.11 0.15 0.17 0.25 0.01 0.01 0.18 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.37 0.00 0.22 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.24 0.01 0.09 0.64 0.58 0.46 0.55
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.10 0.01 0.02 0.37 0.33 0.24 0.30
N3 0.01 0.00 0.10 0.25 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.10 0.01 0.07 0.45 0.43 0.45 0.42
O2 0.02 0.01 0.18 0.05 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.43 0.01 0.14 0.14 0.12 0.16 0.11
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.31 0.28 0.35 0.15 0.32 0.19 0.24 0.18 0.00 0.03 0.32 0.17 0.22 0.33 0.35 0.24
O3' 0.27 0.21 0.02 0.01 0.18 0.03 0.30 0.17 0.24 0.10 0.10 0.43 0.03 0.00 0.22 0.17 0.31 0.43 0.35 0.32
O4 0.02 0.01 0.07 0.39 0.00 0.16 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.22 0.00 0.04 0.69 0.71 0.76 0.69
O4' 0.00 0.09 0.03 0.03 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.07 0.14 0.17 0.17 0.04 0.00 0.04 0.08 0.25 0.09
O5' 0.17 0.30 0.41 0.30 0.63 0.02 0.74 0.01 0.64 0.37 0.45 0.14 0.22 0.31 0.69 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.17 0.27 0.49 0.38 0.62 0.13 0.72 0.18 0.58 0.33 0.43 0.12 0.33 0.43 0.71 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.14 0.27 0.37 0.12 0.64 0.22 0.68 0.30 0.46 0.24 0.45 0.16 0.35 0.35 0.76 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.26 0.39 0.24 0.61 0.02 0.70 0.02 0.55 0.30 0.42 0.11 0.24 0.32 0.69 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.16 0.21 0.13 0.14 0.23 0.19 0.17 0.12 0.36 0.13 0.10 0.16 0.31 0.29 0.43 0.14 0.31 0.19 0.23 0.24 0.12
C2 0.34 0.15 0.19 0.23 0.22 0.26 0.23 0.25 0.19 0.32 0.17 0.15 0.23 0.30 0.30 0.36 0.24 0.35 0.33 0.24 0.38 0.33
C2' 0.26 0.14 0.15 0.18 0.12 0.15 0.18 0.16 0.13 0.33 0.10 0.09 0.18 0.30 0.23 0.35 0.27 0.21 0.37 0.48 0.19 0.27
C3' 0.16 0.21 0.09 0.17 0.10 0.10 0.20 0.20 0.18 0.33 0.17 0.16 0.24 0.33 0.19 0.27 0.28 0.09 0.48 0.43 0.18 0.30
C4 0.28 0.15 0.28 0.48 0.21 0.36 0.25 0.49 0.18 0.35 0.13 0.14 0.23 0.35 0.29 0.25 0.53 0.31 0.79 0.56 1.08 0.88
C4' 0.22 0.30 0.17 0.09 0.15 0.13 0.17 0.11 0.16 0.31 0.23 0.26 0.17 0.28 0.20 0.31 0.14 0.18 0.29 0.36 0.32 0.14
C5 0.30 0.16 0.34 0.56 0.18 0.44 0.25 0.57 0.22 0.36 0.19 0.12 0.30 0.35 0.29 0.30 0.63 0.33 0.91 0.74 1.12 0.98
C5' 0.22 0.40 0.22 0.20 0.25 0.25 0.21 0.26 0.23 0.26 0.32 0.38 0.22 0.25 0.21 0.27 0.27 0.23 0.48 0.62 0.21 0.32
C6 0.31 0.12 0.29 0.43 0.17 0.34 0.24 0.42 0.19 0.37 0.13 0.11 0.26 0.36 0.29 0.33 0.52 0.29 0.70 0.50 0.69 0.67
N1 0.33 0.12 0.22 0.25 0.18 0.23 0.21 0.23 0.14 0.35 0.10 0.11 0.18 0.31 0.30 0.37 0.29 0.30 0.39 0.11 0.30 0.32
N3 0.29 0.10 0.21 0.33 0.23 0.27 0.26 0.33 0.22 0.33 0.12 0.16 0.26 0.33 0.29 0.29 0.35 0.31 0.51 0.28 0.69 0.56
O2 0.37 0.23 0.20 0.18 0.23 0.34 0.24 0.30 0.26 0.31 0.28 0.19 0.29 0.28 0.30 0.42 0.16 0.42 0.25 0.54 0.44 0.37
O2' 0.32 0.10 0.18 0.09 0.15 0.19 0.21 0.10 0.19 0.33 0.13 0.09 0.26 0.31 0.26 0.46 0.13 0.29 0.18 0.42 0.37 0.18
O3' 0.21 0.37 0.13 0.16 0.15 0.11 0.14 0.21 0.15 0.27 0.27 0.33 0.17 0.26 0.16 0.35 0.27 0.14 0.48 0.38 0.30 0.28
O4 0.26 0.21 0.31 0.54 0.20 0.42 0.26 0.58 0.17 0.37 0.20 0.15 0.25 0.38 0.28 0.22 0.58 0.32 0.92 0.74 1.38 1.09
O4' 0.26 0.29 0.19 0.14 0.13 0.19 0.19 0.16 0.18 0.37 0.24 0.22 0.20 0.32 0.24 0.34 0.17 0.23 0.21 0.26 0.33 0.15
O5' 0.12 0.44 0.13 0.06 0.27 0.04 0.28 0.07 0.38 0.14 0.44 0.36 0.38 0.20 0.13 0.33 0.02 0.08 0.39 0.51 0.24 0.20
OP1 0.03 0.35 0.07 0.01 0.21 0.07 0.23 0.14 0.31 0.10 0.36 0.29 0.33 0.17 0.09 0.14 0.02 0.04 0.40 0.80 0.41 0.28
OP2 0.10 0.40 0.20 0.02 0.25 0.10 0.28 0.28 0.36 0.14 0.42 0.32 0.38 0.20 0.12 0.29 0.01 0.04 0.81 1.13 0.55 0.78
P 0.05 0.36 0.10 0.01 0.22 0.05 0.24 0.14 0.32 0.11 0.37 0.30 0.33 0.17 0.10 0.21 0.01 0.01 0.50 0.76 0.18 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.11 0.17 0.17
C2 0.02 0.00 0.21 0.22 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.25 0.15 0.14 0.41 0.45 0.29
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.10 0.17 0.21 0.08 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.22 0.15 0.17 0.11
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.16 0.00 0.16 0.02 0.20 0.08 0.22 0.19 0.20 0.12 0.09 0.01 0.01 0.01 0.30 0.36 0.17 0.17
C4 0.01 0.00 0.12 0.16 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.17 0.08 0.29 0.17 0.61 0.45
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.15 0.03 0.05 0.10 0.14 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.46 0.12
C5 0.01 0.00 0.06 0.16 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.18 0.02 0.50 0.39 1.06 0.76
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.09 0.00 0.18 0.00 0.16 0.28 0.08 0.06 0.21 0.28 0.13 0.04 0.02 0.01 0.01 0.27 0.31 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.20 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.23 0.05 0.45 0.33 1.08 0.72
C8 0.02 0.01 0.10 0.08 0.00 0.15 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.09 0.12 0.71 0.70 1.15 0.98
N1 0.02 0.00 0.17 0.22 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.26 0.11 0.27 0.25 0.77 0.47
N3 0.02 0.00 0.21 0.19 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.22 0.16 0.10 0.41 0.33 0.25
N6 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.23 0.02 0.57 0.51 1.38 0.93
N7 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.14 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.08 0.73 0.75 1.42 1.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.37 0.23 0.57 0.51
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.10 0.06 0.10 0.05 0.09 0.03 0.00 0.05 0.06 0.08 0.20 0.53 0.15
O3' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.17 0.01 0.18 0.02 0.23 0.09 0.26 0.22 0.23 0.13 0.09 0.05 0.00 0.01 0.24 0.47 0.48 0.16
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.05 0.12 0.11 0.16 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.19 0.23 0.16
O5' 0.13 0.14 0.22 0.30 0.29 0.01 0.50 0.01 0.45 0.71 0.27 0.10 0.57 0.73 0.37 0.08 0.24 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.41 0.15 0.36 0.17 0.06 0.39 0.27 0.33 0.70 0.25 0.41 0.51 0.75 0.23 0.20 0.47 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.45 0.17 0.17 0.61 0.46 1.06 0.31 1.08 1.15 0.77 0.33 1.38 1.42 0.57 0.53 0.48 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.29 0.11 0.17 0.45 0.12 0.76 0.01 0.72 0.98 0.47 0.25 0.93 1.09 0.51 0.15 0.16 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00