Doublet Group distance statistics: 49477

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.017, 0.032, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C2	A	0, 0.015, 0.032, 0.050, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.017
O2	A	0, 0.036, 0.069, 0.101, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.069 std_dev=0.033
O4	A	0, 0.073, 0.140, 0.207, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.140 std_dev=0.067
N3	B	0, 0.153, 0.333, 0.514, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.333 std_dev=0.180
C4	B	0, 0.180, 0.367, 0.555, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.367 std_dev=0.187
C2'	B	0, 0.190, 0.379, 0.569, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.379 std_dev=0.189
O4'	A	0, 0.055, 0.247, 0.440, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.247 std_dev=0.193
C2	B	0, 0.262, 0.459, 0.657, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.459 std_dev=0.197
O2'	A	0, 0.076, 0.284, 0.493, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.284 std_dev=0.209
C2'	A	0, 0.044, 0.265, 0.486, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.265 std_dev=0.221
N9	B	0, 0.215, 0.447, 0.680, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.447 std_dev=0.233
C3'	B	0, 0.253, 0.495, 0.737, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.495 std_dev=0.242
O2'	B	0, 0.241, 0.486, 0.732, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.486 std_dev=0.246
C1'	B	0, 0.233, 0.487, 0.741, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.487 std_dev=0.254
N1	B	0, 0.235, 0.520, 0.806, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.520 std_dev=0.285
C5	B	0, 0.169, 0.463, 0.756, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.463 std_dev=0.294
O3'	B	0, 0.148, 0.455, 0.761, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.455 std_dev=0.306
P	A	0, 0.116, 0.427, 0.739, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.427 std_dev=0.311
C4'	A	0, 0.066, 0.381, 0.696, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.381 std_dev=0.315
OP2	A	0, 0.198, 0.519, 0.840, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.519 std_dev=0.321
C3'	A	0, 0.086, 0.428, 0.770, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.428 std_dev=0.342
C6	B	0, 0.156, 0.499, 0.843, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.499 std_dev=0.344
C4'	B	0, 0.327, 0.690, 1.052, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.690 std_dev=0.362
C8	B	0, 0.237, 0.603, 0.969, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.603 std_dev=0.366
O5'	A	0, 0.081, 0.450, 0.819, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.450 std_dev=0.369
O5'	B	0, 0.383, 0.763, 1.144, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.763 std_dev=0.381
O4'	B	0, 0.293, 0.683, 1.072, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.683 std_dev=0.389
N7	B	0, 0.207, 0.601, 0.995, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.601 std_dev=0.394
OP1	A	0, 0.081, 0.535, 0.988, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.535 std_dev=0.453
C5'	B	0, 0.381, 0.864, 1.348, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.864 std_dev=0.484
N6	B	0, 0.126, 0.611, 1.095, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.611 std_dev=0.485
O3'	A	0, 0.161, 0.658, 1.156, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.658 std_dev=0.497
C5'	A	0, 0.060, 0.619, 1.178, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.619 std_dev=0.559
P	B	0, 0.310, 1.052, 1.794, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.052 std_dev=0.742
OP2	B	0, 0.816, 2.015, 3.214, 3.497 max_d=3.497 avg_d=2.015 std_dev=1.199
OP1	B	0, 0.844, 2.254, 3.664, 4.422 max_d=4.422 avg_d=2.254 std_dev=1.410

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.03	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.03	0.06	0.02	0.02	0.04	0.01	0.07	0.07	0.24	0.11
C2	0.04	0.00	0.10	0.17	0.03	0.10	0.03	0.15	0.02	0.01	0.01	0.02	0.04	0.18	0.03	0.05	0.20	0.19	0.29	0.19
C2'	0.00	0.10	0.00	0.01	0.06	0.02	0.07	0.02	0.07	0.03	0.09	0.17	0.00	0.02	0.09	0.01	0.20	0.25	0.15	0.16
C3'	0.01	0.17	0.01	0.00	0.12	0.01	0.08	0.01	0.08	0.07	0.16	0.23	0.03	0.01	0.13	0.02	0.30	0.35	0.12	0.23
C4	0.03	0.03	0.06	0.12	0.00	0.11	0.00	0.18	0.01	0.01	0.01	0.04	0.06	0.14	0.01	0.05	0.27	0.26	0.31	0.22
C4'	0.01	0.10	0.02	0.01	0.11	0.00	0.08	0.01	0.07	0.07	0.11	0.12	0.07	0.02	0.11	0.00	0.02	0.13	0.23	0.04
C5	0.03	0.03	0.07	0.08	0.00	0.08	0.00	0.15	0.00	0.02	0.01	0.05	0.06	0.09	0.01	0.06	0.26	0.25	0.31	0.21
C5'	0.03	0.15	0.02	0.01	0.18	0.01	0.15	0.00	0.12	0.11	0.18	0.15	0.07	0.03	0.19	0.02	0.01	0.15	0.32	0.03
C6	0.02	0.02	0.07	0.08	0.01	0.07	0.00	0.12	0.00	0.01	0.02	0.04	0.05	0.09	0.01	0.06	0.22	0.19	0.29	0.18
N1	0.02	0.01	0.03	0.07	0.01	0.07	0.02	0.11	0.01	0.00	0.01	0.03	0.02	0.07	0.01	0.04	0.17	0.15	0.27	0.16
N3	0.03	0.01	0.09	0.16	0.01	0.11	0.01	0.18	0.02	0.01	0.00	0.03	0.05	0.19	0.01	0.04	0.24	0.23	0.29	0.20
O2	0.06	0.02	0.17	0.23	0.04	0.12	0.05	0.15	0.04	0.03	0.03	0.00	0.07	0.25	0.04	0.07	0.19	0.18	0.29	0.19
O2'	0.02	0.04	0.00	0.03	0.06	0.07	0.06	0.07	0.05	0.02	0.05	0.07	0.00	0.05	0.09	0.05	0.07	0.17	0.17	0.07
O3'	0.02	0.18	0.02	0.01	0.14	0.02	0.09	0.03	0.09	0.07	0.19	0.25	0.05	0.00	0.16	0.02	0.29	0.45	0.19	0.28
O4	0.04	0.03	0.09	0.13	0.01	0.11	0.01	0.19	0.01	0.01	0.01	0.04	0.09	0.16	0.00	0.05	0.30	0.31	0.32	0.24
O4'	0.01	0.05	0.01	0.02	0.05	0.00	0.06	0.02	0.06	0.04	0.04	0.07	0.05	0.02	0.05	0.00	0.09	0.09	0.29	0.15
O5'	0.07	0.20	0.20	0.30	0.27	0.02	0.26	0.01	0.22	0.17	0.24	0.19	0.07	0.29	0.30	0.09	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.07	0.19	0.25	0.35	0.26	0.13	0.25	0.15	0.19	0.15	0.23	0.18	0.17	0.45	0.31	0.09	0.01	0.00	0.02	0.01
OP2	0.24	0.29	0.15	0.12	0.31	0.23	0.31	0.32	0.29	0.27	0.29	0.29	0.17	0.19	0.32	0.29	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.11	0.19	0.16	0.23	0.22	0.04	0.21	0.03	0.18	0.16	0.20	0.19	0.07	0.28	0.24	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.23	0.15	0.18	0.15	0.18	0.21	0.24	0.19	0.25	0.19	0.17	0.21	0.27	0.17	0.19	0.19	0.17	0.52	0.75	0.78	0.53
C2	0.17	0.30	0.14	0.17	0.18	0.21	0.25	0.30	0.22	0.31	0.27	0.22	0.25	0.34	0.22	0.16	0.18	0.23	0.60	0.96	1.00	0.69
C2'	0.12	0.21	0.15	0.11	0.13	0.11	0.21	0.14	0.24	0.21	0.21	0.17	0.29	0.26	0.13	0.25	0.20	0.10	0.60	0.87	0.82	0.63
C3'	0.21	0.27	0.28	0.17	0.13	0.16	0.10	0.07	0.14	0.11	0.19	0.26	0.19	0.14	0.12	0.42	0.29	0.14	0.65	0.90	0.76	0.66
C4	0.22	0.29	0.14	0.17	0.14	0.28	0.13	0.39	0.15	0.33	0.29	0.20	0.15	0.30	0.23	0.13	0.13	0.34	0.62	1.11	1.09	0.77
C4'	0.25	0.31	0.29	0.14	0.18	0.16	0.11	0.11	0.12	0.14	0.21	0.32	0.12	0.13	0.17	0.44	0.21	0.18	0.55	0.74	0.59	0.51
C5	0.22	0.28	0.15	0.18	0.12	0.29	0.08	0.38	0.15	0.30	0.27	0.20	0.16	0.25	0.21	0.13	0.13	0.34	0.62	1.02	1.01	0.74
C5'	0.39	0.38	0.45	0.24	0.29	0.26	0.18	0.10	0.18	0.18	0.27	0.41	0.13	0.14	0.28	0.61	0.31	0.30	0.57	0.75	0.48	0.51
C6	0.19	0.27	0.15	0.18	0.13	0.25	0.14	0.32	0.11	0.29	0.22	0.21	0.11	0.27	0.20	0.14	0.15	0.27	0.60	0.88	0.90	0.65
N1	0.16	0.28	0.14	0.17	0.16	0.21	0.21	0.29	0.16	0.29	0.22	0.20	0.17	0.30	0.20	0.16	0.18	0.22	0.58	0.86	0.90	0.63
N3	0.20	0.30	0.13	0.16	0.18	0.25	0.22	0.34	0.18	0.34	0.29	0.22	0.18	0.35	0.24	0.14	0.14	0.29	0.61	1.05	1.07	0.73
O2	0.16	0.30	0.15	0.17	0.20	0.19	0.28	0.27	0.29	0.30	0.29	0.22	0.35	0.35	0.21	0.19	0.20	0.21	0.61	0.95	1.00	0.68
O2'	0.12	0.18	0.13	0.15	0.15	0.14	0.24	0.19	0.27	0.23	0.24	0.12	0.33	0.28	0.15	0.21	0.18	0.13	0.52	0.79	0.74	0.53
O3'	0.25	0.26	0.33	0.22	0.14	0.22	0.10	0.09	0.16	0.10	0.20	0.27	0.23	0.13	0.14	0.50	0.35	0.20	0.66	0.93	0.71	0.67
O4	0.24	0.28	0.14	0.17	0.14	0.31	0.12	0.42	0.18	0.33	0.31	0.19	0.22	0.28	0.23	0.13	0.13	0.37	0.60	1.20	1.14	0.80
O4'	0.16	0.33	0.17	0.18	0.15	0.16	0.12	0.21	0.13	0.17	0.22	0.29	0.11	0.16	0.13	0.26	0.21	0.13	0.49	0.67	0.65	0.46
O5'	0.16	0.31	0.17	0.10	0.20	0.08	0.18	0.10	0.20	0.18	0.25	0.31	0.22	0.21	0.16	0.17	0.02	0.12	0.54	0.78	0.53	0.50
OP1	0.06	0.23	0.12	0.03	0.12	0.09	0.19	0.21	0.19	0.26	0.19	0.22	0.25	0.30	0.09	0.21	0.02	0.06	0.45	1.04	0.53	0.62
OP2	0.15	0.29	0.10	0.10	0.29	0.16	0.39	0.23	0.38	0.44	0.33	0.25	0.43	0.49	0.27	0.07	0.04	0.17	0.65	1.01	0.78	0.78
P	0.04	0.20	0.07	0.02	0.13	0.07	0.21	0.13	0.21	0.26	0.19	0.18	0.26	0.30	0.11	0.11	0.01	0.04	0.49	0.85	0.48	0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.04	0.02	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.17	0.33	0.51	0.09
C2	0.04	0.00	0.08	0.09	0.02	0.06	0.03	0.06	0.02	0.02	0.00	0.00	0.02	0.03	0.03	0.11	0.11	0.05	0.48	0.60	0.89	0.46
C2'	0.00	0.08	0.00	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.07	0.08	0.07	0.08	0.07	0.09	0.03	0.00	0.03	0.01	0.26	0.46	0.36	0.12
C3'	0.01	0.09	0.01	0.00	0.06	0.01	0.10	0.01	0.09	0.15	0.08	0.08	0.10	0.15	0.06	0.03	0.01	0.01	0.36	0.47	0.29	0.22
C4	0.02	0.02	0.05	0.06	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.06	0.08	0.04	0.46	0.53	0.89	0.46
C4'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.04	0.00	0.06	0.01	0.06	0.09	0.05	0.05	0.06	0.09	0.03	0.05	0.03	0.00	0.01	0.50	0.30	0.17
C5	0.02	0.03	0.07	0.10	0.01	0.06	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.06	0.14	0.05	0.57	0.78	1.14	0.69
C5'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.05	0.01	0.08	0.00	0.08	0.12	0.06	0.05	0.09	0.12	0.05	0.05	0.03	0.01	0.01	0.29	0.31	0.01
C6	0.02	0.02	0.07	0.09	0.01	0.06	0.01	0.08	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.14	0.05	0.61	0.88	1.20	0.74
C8	0.02	0.02	0.08	0.15	0.00	0.09	0.01	0.12	0.02	0.00	0.01	0.02	0.03	0.01	0.00	0.05	0.18	0.06	0.53	0.63	1.06	0.64
N1	0.02	0.00	0.07	0.08	0.01	0.05	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.09	0.11	0.04	0.56	0.76	1.08	0.62
N3	0.04	0.00	0.08	0.08	0.01	0.05	0.02	0.05	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.03	0.10	0.10	0.04	0.41	0.48	0.77	0.34
N6	0.02	0.02	0.07	0.10	0.01	0.06	0.01	0.09	0.00	0.03	0.02	0.01	0.00	0.03	0.01	0.08	0.16	0.06	0.65	1.06	1.36	0.87
N7	0.03	0.03	0.09	0.15	0.02	0.09	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.00	0.02	0.07	0.20	0.06	0.61	0.89	1.26	0.81
N9	0.01	0.03	0.03	0.06	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.03	0.06	0.03	0.39	0.38	0.80	0.38
O2'	0.02	0.11	0.00	0.03	0.06	0.05	0.06	0.05	0.08	0.05	0.09	0.10	0.08	0.07	0.03	0.00	0.08	0.05	0.08	0.69	0.26	0.22
O3'	0.02	0.11	0.03	0.01	0.08	0.03	0.14	0.03	0.14	0.18	0.11	0.10	0.16	0.20	0.06	0.08	0.00	0.03	0.30	0.68	0.14	0.28
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.06	0.04	0.04	0.06	0.06	0.03	0.05	0.03	0.00	0.04	0.35	0.49	0.16
O5'	0.17	0.48	0.26	0.36	0.46	0.01	0.57	0.01	0.61	0.53	0.56	0.41	0.65	0.61	0.39	0.08	0.30	0.04	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.33	0.60	0.46	0.47	0.53	0.50	0.78	0.29	0.88	0.63	0.76	0.48	1.06	0.89	0.38	0.69	0.68	0.35	0.01	0.00	0.02	0.02
OP2	0.51	0.89	0.36	0.29	0.89	0.30	1.14	0.31	1.20	1.06	1.08	0.77	1.36	1.26	0.80	0.26	0.14	0.49	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.09	0.46	0.12	0.22	0.46	0.17	0.69	0.01	0.74	0.64	0.62	0.34	0.87	0.81	0.38	0.22	0.28	0.16	0.00	0.02	0.01	0.00