ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49478

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.025, 0.056, 0.086, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.056 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.034, 0.092, 0.150, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.092 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.287, 0.508, 0.728, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.508 std_dev=0.221
C2' A 0, 0.309, 0.535, 0.761, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.535 std_dev=0.226
N9 B 0, 0.521, 0.905, 1.290, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.905 std_dev=0.385
C5 B 0, 0.500, 0.893, 1.286, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.893 std_dev=0.393
C4 B 0, 0.524, 0.917, 1.311, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.917 std_dev=0.394
C6 B 0, 0.498, 0.908, 1.318, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.908 std_dev=0.410
C1' B 0, 0.566, 0.977, 1.388, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.977 std_dev=0.411
C8 B 0, 0.550, 0.965, 1.379, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.965 std_dev=0.415
N7 B 0, 0.546, 0.965, 1.384, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.965 std_dev=0.419
N6 B 0, 0.475, 0.897, 1.319, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.897 std_dev=0.422
P A 0, 0.573, 1.005, 1.436, 1.370 max_d=1.370 avg_d=1.005 std_dev=0.432
N3 B 0, 0.602, 1.047, 1.493, 1.404 max_d=1.404 avg_d=1.047 std_dev=0.446
N1 B 0, 0.579, 1.029, 1.479, 1.398 max_d=1.398 avg_d=1.029 std_dev=0.450
O2' A 0, 0.629, 1.081, 1.533, 1.450 max_d=1.450 avg_d=1.081 std_dev=0.452
C5' A 0, 0.631, 1.103, 1.575, 1.537 max_d=1.537 avg_d=1.103 std_dev=0.472
C2 B 0, 0.640, 1.118, 1.595, 1.481 max_d=1.481 avg_d=1.118 std_dev=0.478
C4' A 0, 0.698, 1.195, 1.693, 1.536 max_d=1.536 avg_d=1.195 std_dev=0.497
O5' A 0, 0.693, 1.201, 1.709, 1.562 max_d=1.562 avg_d=1.201 std_dev=0.508
C3' B 0, 0.874, 1.506, 2.138, 1.903 max_d=1.903 avg_d=1.506 std_dev=0.632
C3' A 0, 0.957, 1.627, 2.298, 2.048 max_d=2.048 avg_d=1.627 std_dev=0.670
O3' B 0, 0.989, 1.684, 2.380, 2.137 max_d=2.137 avg_d=1.684 std_dev=0.696
O4' B 0, 1.021, 1.733, 2.446, 2.152 max_d=2.152 avg_d=1.733 std_dev=0.712
C4' B 0, 1.044, 1.771, 2.498, 2.166 max_d=2.166 avg_d=1.771 std_dev=0.727
OP2 A 0, 1.068, 1.842, 2.615, 2.443 max_d=2.443 avg_d=1.842 std_dev=0.773
OP1 A 0, 1.085, 1.948, 2.810, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.948 std_dev=0.863
C2' B 0, 1.275, 2.164, 3.054, 2.612 max_d=2.612 avg_d=2.164 std_dev=0.889
O3' A 0, 1.672, 2.834, 3.997, 3.486 max_d=3.486 avg_d=2.834 std_dev=1.162
C5' B 0, 2.338, 3.957, 5.576, 4.740 max_d=4.740 avg_d=3.957 std_dev=1.619
O2' B 0, 2.431, 4.111, 5.791, 4.920 max_d=4.920 avg_d=4.111 std_dev=1.680
O5' B 0, 3.162, 5.347, 7.531, 6.398 max_d=6.398 avg_d=5.347 std_dev=2.185
OP1 B 0, 4.280, 7.244, 10.207, 8.746 max_d=8.746 avg_d=7.244 std_dev=2.963
P B 0, 4.517, 7.637, 10.758, 9.121 max_d=9.121 avg_d=7.637 std_dev=3.121
OP2 B 0, 5.415, 9.156, 12.897, 10.925 max_d=10.925 avg_d=9.156 std_dev=3.741

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.00 0.07 0.08 0.11 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.04 0.01 0.03 0.08 0.08 0.08 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.08 0.00 0.02 0.07 0.01 0.14 0.07 0.23 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.16 0.00 0.17 0.01 0.15 0.10 0.13 0.07 0.01 0.01 0.17 0.01 0.04 0.08 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.00 0.02 0.15 0.11 0.15 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01 0.04 0.18 0.12 0.14 0.10
C5' 0.02 0.04 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.08 0.04 0.06 0.03 0.03 0.07 0.10 0.01 0.00 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.15 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.10 0.01 0.04 0.14 0.11 0.07 0.08
N1 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.08 0.09 0.06 0.07
N3 0.01 0.00 0.06 0.13 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.06 0.01 0.02 0.11 0.09 0.11 0.07
O2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.06 0.07 0.09 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.12 0.09 0.10 0.03 0.08 0.06 0.11 0.09 0.00 0.04 0.14 0.07 0.11 0.05 0.28 0.16
O3' 0.10 0.04 0.02 0.01 0.11 0.01 0.13 0.07 0.10 0.03 0.06 0.10 0.04 0.00 0.13 0.07 0.09 0.26 0.13 0.15
O4 0.02 0.01 0.07 0.17 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.00 0.02 0.16 0.12 0.18 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.07 0.07 0.02 0.00 0.07 0.12 0.03 0.07
O5' 0.07 0.08 0.14 0.04 0.15 0.01 0.18 0.00 0.14 0.08 0.11 0.06 0.11 0.09 0.16 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.08 0.07 0.08 0.11 0.07 0.12 0.08 0.11 0.09 0.09 0.07 0.05 0.26 0.12 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.08 0.23 0.07 0.15 0.02 0.14 0.02 0.07 0.06 0.11 0.09 0.28 0.13 0.18 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.06 0.17 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.08 0.07 0.07 0.07 0.16 0.15 0.10 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.25 0.14 0.07 0.15 0.08 0.13 0.11 0.08 0.10 0.06 0.12 0.07 0.08 0.39 0.08 0.26 0.18 0.16 0.23 0.23
C2 0.07 0.06 0.17 0.06 0.07 0.15 0.09 0.19 0.09 0.12 0.09 0.04 0.12 0.12 0.09 0.33 0.07 0.21 0.32 0.33 0.53 0.44
C2' 0.08 0.13 0.31 0.17 0.08 0.18 0.09 0.18 0.13 0.07 0.14 0.11 0.15 0.08 0.07 0.50 0.12 0.28 0.22 0.21 0.22 0.27
C3' 0.18 0.07 0.14 0.09 0.06 0.33 0.07 0.24 0.10 0.10 0.10 0.06 0.14 0.07 0.11 0.28 0.16 0.43 0.24 0.27 0.16 0.27
C4 0.09 0.09 0.14 0.08 0.07 0.11 0.08 0.09 0.08 0.15 0.11 0.06 0.12 0.14 0.10 0.24 0.06 0.18 0.17 0.21 0.40 0.29
C4' 0.21 0.09 0.12 0.08 0.12 0.23 0.11 0.09 0.11 0.16 0.10 0.10 0.12 0.13 0.17 0.19 0.16 0.39 0.07 0.08 0.08 0.07
C5 0.10 0.11 0.15 0.10 0.08 0.10 0.10 0.06 0.13 0.14 0.14 0.07 0.18 0.12 0.10 0.23 0.08 0.19 0.07 0.08 0.21 0.14
C5' 0.22 0.10 0.12 0.09 0.13 0.16 0.13 0.14 0.13 0.19 0.11 0.11 0.15 0.16 0.18 0.15 0.18 0.33 0.13 0.13 0.28 0.15
C6 0.11 0.11 0.18 0.12 0.09 0.11 0.11 0.08 0.14 0.13 0.14 0.08 0.18 0.11 0.10 0.26 0.08 0.21 0.07 0.06 0.16 0.12
N1 0.08 0.09 0.20 0.10 0.07 0.13 0.08 0.11 0.11 0.11 0.12 0.06 0.14 0.09 0.09 0.32 0.07 0.23 0.18 0.17 0.30 0.26
N3 0.08 0.06 0.14 0.06 0.08 0.14 0.10 0.17 0.08 0.14 0.08 0.05 0.11 0.14 0.10 0.29 0.06 0.19 0.29 0.32 0.55 0.43
O2 0.07 0.08 0.16 0.04 0.10 0.18 0.12 0.29 0.12 0.12 0.11 0.07 0.13 0.13 0.10 0.39 0.09 0.21 0.46 0.46 0.70 0.60
O2' 0.17 0.14 0.45 0.32 0.14 0.13 0.11 0.18 0.13 0.11 0.14 0.16 0.15 0.10 0.14 0.69 0.30 0.17 0.23 0.23 0.25 0.30
O3' 0.34 0.17 0.09 0.24 0.21 0.54 0.16 0.47 0.13 0.21 0.14 0.22 0.12 0.16 0.26 0.13 0.32 0.61 0.47 0.51 0.34 0.50
O4 0.10 0.09 0.14 0.08 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.17 0.10 0.07 0.12 0.17 0.12 0.24 0.08 0.17 0.18 0.23 0.44 0.31
O4' 0.15 0.10 0.16 0.10 0.11 0.13 0.12 0.09 0.12 0.12 0.12 0.10 0.13 0.11 0.13 0.22 0.08 0.30 0.07 0.06 0.09 0.08
O5' 0.20 0.07 0.15 0.10 0.12 0.17 0.10 0.11 0.08 0.17 0.07 0.10 0.10 0.13 0.16 0.20 0.16 0.33 0.10 0.08 0.21 0.09
OP1 0.33 0.14 0.21 0.20 0.23 0.23 0.22 0.20 0.16 0.33 0.12 0.18 0.15 0.28 0.29 0.24 0.28 0.39 0.19 0.20 0.36 0.21
OP2 0.17 0.11 0.13 0.08 0.09 0.15 0.10 0.08 0.14 0.14 0.15 0.09 0.19 0.11 0.13 0.19 0.16 0.29 0.12 0.08 0.25 0.13
P 0.24 0.12 0.14 0.11 0.16 0.16 0.16 0.14 0.13 0.23 0.12 0.14 0.14 0.19 0.21 0.16 0.19 0.32 0.15 0.13 0.30 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.12 0.12 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.18 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.04 0.14 0.51 0.47 0.88 0.64
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.12 0.24 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.08 0.10 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.09 0.12 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.24 0.15 0.45 0.28
C4' 0.00 0.18 0.01 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.10 0.14 0.17 0.05 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.15 0.08 0.07
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.12 0.07 0.35 0.17
C5' 0.03 0.30 0.03 0.01 0.10 0.00 0.03 0.00 0.10 0.21 0.22 0.28 0.05 0.15 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.08 0.22 0.19 0.53 0.32
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.07 0.20 0.26 0.08 0.19
N1 0.02 0.00 0.04 0.08 0.01 0.14 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.03 0.11 0.40 0.38 0.77 0.53
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.04 0.13 0.48 0.38 0.75 0.55
N6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.15 0.14 0.46 0.25
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.12 0.18 0.08 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.10 0.18 0.06
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.10 0.12 0.07 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.18 0.16 0.31 0.21
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.09 0.13 0.10 0.06
O4' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.08 0.07 0.11 0.13 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.21 0.06 0.10
O5' 0.07 0.51 0.16 0.13 0.24 0.01 0.12 0.01 0.22 0.20 0.40 0.48 0.15 0.12 0.06 0.18 0.09 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.47 0.12 0.09 0.15 0.15 0.07 0.05 0.19 0.26 0.38 0.38 0.14 0.18 0.10 0.16 0.13 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.88 0.24 0.12 0.45 0.08 0.35 0.08 0.53 0.08 0.77 0.75 0.46 0.08 0.18 0.31 0.10 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.64 0.17 0.10 0.28 0.07 0.17 0.01 0.32 0.19 0.53 0.55 0.25 0.10 0.06 0.21 0.06 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00