ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49479

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.006, 0.042, 0.079, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.042 std_dev=0.036
O4 A 0, 0.010, 0.049, 0.089, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.049 std_dev=0.039
O4' B 0, 0.107, 0.258, 0.408, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.258 std_dev=0.151
C4 B 0, 0.067, 0.236, 0.405, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.236 std_dev=0.169
O5' A 0, 0.083, 0.254, 0.425, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.254 std_dev=0.171
C3' B 0, 0.108, 0.281, 0.454, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.281 std_dev=0.173
C6 B 0, 0.086, 0.263, 0.440, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.263 std_dev=0.177
C2' B 0, 0.126, 0.306, 0.486, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.306 std_dev=0.180
C1' B 0, 0.094, 0.274, 0.454, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.274 std_dev=0.180
C2' A 0, 0.000, 0.187, 0.375, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C4' B 0, 0.086, 0.275, 0.463, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.275 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.052, 0.242, 0.431, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.242 std_dev=0.190
N9 B 0, 0.047, 0.238, 0.428, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.238 std_dev=0.190
O4' A 0, -0.002, 0.199, 0.401, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.199 std_dev=0.202
N1 B 0, 0.092, 0.300, 0.507, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.300 std_dev=0.208
N6 B 0, 0.091, 0.299, 0.507, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.299 std_dev=0.208
P A 0, 0.110, 0.318, 0.527, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.318 std_dev=0.208
O2' A 0, 0.051, 0.267, 0.482, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.267 std_dev=0.215
N3 B 0, 0.064, 0.280, 0.497, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.280 std_dev=0.216
N7 B 0, 0.040, 0.276, 0.513, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.276 std_dev=0.237
C8 B 0, 0.041, 0.280, 0.518, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.280 std_dev=0.239
O2' B 0, 0.166, 0.408, 0.649, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.408 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.063, 0.306, 0.550, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.306 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.101, 0.357, 0.613, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.357 std_dev=0.256
C5' B 0, 0.012, 0.273, 0.535, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.273 std_dev=0.262
O5' B 0, 0.021, 0.301, 0.582, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.301 std_dev=0.281
P B 0, 0.026, 0.339, 0.653, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.339 std_dev=0.314
OP1 B 0, 0.057, 0.377, 0.697, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.377 std_dev=0.320
C3' A 0, 0.004, 0.334, 0.663, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.334 std_dev=0.330
C4' A 0, 0.051, 0.413, 0.775, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.413 std_dev=0.362
OP2 B 0, 0.038, 0.404, 0.771, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.404 std_dev=0.366
O3' A 0, -0.002, 0.430, 0.862, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.430 std_dev=0.432
OP2 A 0, 0.043, 0.534, 1.025, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.534 std_dev=0.491
C5' A 0, 0.096, 0.810, 1.524, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.810 std_dev=0.714
OP1 A 0, -0.059, 0.726, 1.512, 2.173 max_d=2.173 avg_d=0.726 std_dev=0.786

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.22 0.31 0.20 0.15
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.02 0.07 0.02 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.03 0.03 0.22 0.26 0.32 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.07 0.01 0.06 0.13 0.00 0.04 0.05 0.02 0.19 0.53 0.21 0.25
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.11 0.01 0.15 0.08 0.16 0.07 0.11 0.14 0.01 0.00 0.11 0.02 0.27 0.66 0.17 0.32
C4 0.01 0.02 0.03 0.11 0.00 0.17 0.01 0.47 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.09 0.01 0.02 0.19 0.15 0.41 0.12
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.17 0.00 0.22 0.01 0.21 0.10 0.12 0.03 0.02 0.03 0.18 0.00 0.02 0.30 0.18 0.02
C5 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.22 0.00 0.50 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.15 0.01 0.04 0.18 0.13 0.42 0.12
C5' 0.09 0.28 0.06 0.08 0.47 0.01 0.50 0.00 0.44 0.28 0.38 0.19 0.03 0.13 0.49 0.01 0.01 0.34 0.41 0.03
C6 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.21 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.16 0.01 0.04 0.21 0.12 0.36 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.22 0.23 0.30 0.12
N3 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.09 0.02 0.02 0.20 0.19 0.36 0.11
O2 0.04 0.01 0.13 0.14 0.03 0.03 0.03 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.18 0.14 0.04 0.06 0.22 0.34 0.29 0.16
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.11 0.18 0.00 0.07 0.10 0.07 0.09 0.45 0.11 0.16
O3' 0.03 0.08 0.04 0.00 0.09 0.03 0.15 0.13 0.16 0.06 0.09 0.14 0.07 0.00 0.10 0.03 0.35 0.75 0.26 0.34
O4 0.01 0.03 0.05 0.11 0.01 0.18 0.01 0.49 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.10 0.00 0.02 0.19 0.16 0.43 0.13
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.31 0.29 0.29 0.24
O5' 0.22 0.22 0.19 0.27 0.19 0.02 0.18 0.01 0.21 0.22 0.20 0.22 0.09 0.35 0.19 0.31 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.31 0.26 0.53 0.66 0.15 0.30 0.13 0.34 0.12 0.23 0.19 0.34 0.45 0.75 0.16 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.32 0.21 0.17 0.41 0.18 0.42 0.41 0.36 0.30 0.36 0.29 0.11 0.26 0.43 0.29 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.13 0.25 0.32 0.12 0.02 0.12 0.03 0.10 0.12 0.11 0.16 0.16 0.34 0.13 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.14 0.12 0.10 0.09 0.12 0.06 0.13 0.10 0.13 0.10 0.15 0.12 0.08 0.18 0.15 0.08 0.08 0.12 0.05 0.08
C2 0.07 0.13 0.12 0.10 0.07 0.05 0.06 0.03 0.09 0.04 0.10 0.13 0.12 0.05 0.03 0.15 0.12 0.04 0.03 0.07 0.06 0.04
C2' 0.07 0.19 0.09 0.09 0.11 0.08 0.12 0.04 0.14 0.11 0.17 0.17 0.16 0.12 0.07 0.15 0.10 0.08 0.09 0.16 0.06 0.10
C3' 0.13 0.07 0.14 0.17 0.08 0.14 0.11 0.17 0.05 0.23 0.05 0.04 0.06 0.20 0.16 0.08 0.18 0.13 0.13 0.08 0.20 0.13
C4 0.09 0.11 0.12 0.13 0.08 0.09 0.03 0.12 0.03 0.07 0.08 0.13 0.08 0.06 0.07 0.14 0.17 0.06 0.09 0.05 0.16 0.10
C4' 0.26 0.11 0.23 0.23 0.19 0.24 0.19 0.27 0.13 0.29 0.10 0.15 0.12 0.24 0.26 0.17 0.20 0.27 0.25 0.22 0.29 0.25
C5 0.08 0.06 0.12 0.12 0.04 0.08 0.04 0.10 0.08 0.07 0.07 0.08 0.14 0.07 0.06 0.14 0.17 0.06 0.08 0.03 0.14 0.08
C5' 0.51 0.26 0.54 0.55 0.39 0.55 0.41 0.58 0.35 0.55 0.29 0.30 0.36 0.49 0.49 0.51 0.53 0.53 0.55 0.52 0.62 0.56
C6 0.06 0.07 0.10 0.09 0.04 0.05 0.10 0.05 0.13 0.07 0.10 0.06 0.16 0.10 0.03 0.14 0.13 0.05 0.02 0.02 0.08 0.02
N1 0.06 0.10 0.11 0.09 0.07 0.05 0.10 0.01 0.12 0.07 0.11 0.09 0.15 0.10 0.04 0.15 0.12 0.04 0.02 0.07 0.04 0.03
N3 0.09 0.14 0.13 0.12 0.08 0.07 0.03 0.08 0.05 0.03 0.09 0.15 0.09 0.03 0.06 0.15 0.15 0.05 0.06 0.04 0.12 0.06
O2 0.09 0.14 0.13 0.11 0.07 0.07 0.06 0.02 0.10 0.04 0.12 0.15 0.12 0.06 0.05 0.16 0.12 0.06 0.05 0.11 0.05 0.06
O2' 0.16 0.25 0.19 0.18 0.17 0.19 0.15 0.16 0.19 0.09 0.23 0.24 0.19 0.11 0.12 0.26 0.20 0.18 0.22 0.29 0.18 0.23
O3' 0.16 0.08 0.19 0.22 0.08 0.17 0.12 0.20 0.05 0.25 0.06 0.05 0.06 0.21 0.17 0.14 0.23 0.15 0.15 0.11 0.23 0.15
O4 0.11 0.14 0.13 0.15 0.11 0.13 0.09 0.18 0.07 0.12 0.11 0.14 0.04 0.11 0.11 0.13 0.19 0.10 0.16 0.12 0.24 0.17
O4' 0.16 0.14 0.06 0.06 0.15 0.10 0.15 0.13 0.14 0.16 0.14 0.15 0.14 0.15 0.17 0.08 0.07 0.16 0.13 0.11 0.14 0.13
O5' 0.29 0.33 0.22 0.17 0.33 0.20 0.35 0.20 0.34 0.33 0.33 0.32 0.35 0.34 0.33 0.18 0.13 0.27 0.20 0.20 0.16 0.20
OP1 0.14 0.07 0.21 0.38 0.06 0.34 0.10 0.41 0.08 0.18 0.04 0.09 0.13 0.19 0.10 0.23 0.53 0.20 0.38 0.40 0.50 0.42
OP2 0.32 0.39 0.25 0.23 0.42 0.25 0.51 0.29 0.52 0.49 0.45 0.36 0.58 0.55 0.41 0.20 0.15 0.31 0.28 0.29 0.31 0.31
P 0.18 0.14 0.16 0.11 0.14 0.11 0.15 0.07 0.14 0.15 0.13 0.14 0.15 0.15 0.16 0.18 0.14 0.16 0.08 0.07 0.03 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.03 0.04
C2 0.05 0.00 0.03 0.06 0.03 0.13 0.02 0.20 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.05 0.12 0.19 0.17 0.18 0.17
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.07 0.10 0.06 0.05 0.09 0.11 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02
C4 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.06 0.09 0.05 0.10 0.07
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.11 0.12 0.09 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.04 0.11 0.06 0.15 0.10
C5' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.12 0.00 0.13 0.00 0.16 0.07 0.19 0.17 0.17 0.10 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.08 0.01 0.16 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.10 0.05 0.14 0.11 0.19 0.14
C8 0.02 0.05 0.06 0.10 0.03 0.07 0.03 0.07 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.13 0.03 0.08 0.08 0.11 0.08
N1 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.11 0.02 0.19 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.10 0.18 0.16 0.19 0.17
N3 0.05 0.00 0.03 0.05 0.01 0.12 0.01 0.17 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.12 0.15 0.12 0.13 0.12
N6 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.14 0.05 0.16 0.13 0.23 0.17
N7 0.02 0.03 0.05 0.11 0.00 0.08 0.01 0.10 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.15 0.02 0.09 0.07 0.15 0.10
N9 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.05 0.07 0.04
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.05 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.10 0.04 0.10 0.13 0.07 0.05 0.14 0.15 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.05 0.08 0.04
O4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.10 0.12 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.09 0.05 0.06
O5' 0.03 0.19 0.03 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.14 0.08 0.18 0.15 0.16 0.09 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.17 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.11 0.08 0.16 0.12 0.13 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.18 0.04 0.05 0.10 0.03 0.15 0.03 0.19 0.11 0.19 0.13 0.23 0.15 0.07 0.04 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.17 0.03 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.14 0.08 0.17 0.12 0.17 0.10 0.04 0.03 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00