ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49481

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.006, 0.024, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.001, 0.022, 0.042, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.005, 0.030, 0.055, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.006, 0.034, 0.063, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.034 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.002, 0.031, 0.060, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.031 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.007, 0.050, 0.094, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.050 std_dev=0.043
C4 B 0, 0.045, 0.169, 0.294, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.169 std_dev=0.125
O4' A 0, 0.018, 0.151, 0.284, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.151 std_dev=0.133
C2' A 0, -0.028, 0.140, 0.307, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.140 std_dev=0.168
O2' A 0, -0.013, 0.185, 0.383, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.185 std_dev=0.198
C4' A 0, -0.002, 0.218, 0.439, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.218 std_dev=0.221
C3' A 0, -0.010, 0.228, 0.466, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.228 std_dev=0.238
N9 B 0, 0.085, 0.404, 0.722, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.404 std_dev=0.319
N3 B 0, -0.012, 0.329, 0.671, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.329 std_dev=0.341
O3' A 0, 0.027, 0.381, 0.735, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.381 std_dev=0.354
C5' A 0, 0.007, 0.368, 0.730, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.368 std_dev=0.361
C5 B 0, 0.059, 0.426, 0.794, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.426 std_dev=0.367
O5' A 0, 0.061, 0.444, 0.826, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.444 std_dev=0.383
C8 B 0, 0.064, 0.616, 1.167, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.616 std_dev=0.552
C1' B 0, 0.072, 0.632, 1.191, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.632 std_dev=0.560
C2 B 0, -0.041, 0.529, 1.099, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.529 std_dev=0.570
N7 B 0, 0.038, 0.636, 1.234, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.636 std_dev=0.598
O4' B 0, 0.075, 0.678, 1.282, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.678 std_dev=0.604
C6 B 0, -0.003, 0.606, 1.214, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.606 std_dev=0.609
N1 B 0, -0.038, 0.644, 1.325, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.644 std_dev=0.681
P A 0, -0.209, 0.614, 1.437, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.614 std_dev=0.823
N6 B 0, -0.068, 0.867, 1.802, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.867 std_dev=0.935
C4' B 0, 0.033, 1.084, 2.136, 2.492 max_d=2.492 avg_d=1.084 std_dev=1.051
C2' B 0, 0.002, 1.056, 2.111, 2.348 max_d=2.348 avg_d=1.056 std_dev=1.055
OP2 A 0, 0.008, 1.083, 2.158, 2.489 max_d=2.489 avg_d=1.083 std_dev=1.075
O2' B 0, -0.036, 1.230, 2.496, 2.937 max_d=2.937 avg_d=1.230 std_dev=1.266
C3' B 0, -0.022, 1.328, 2.678, 2.999 max_d=2.999 avg_d=1.328 std_dev=1.350
OP1 A 0, -0.057, 1.365, 2.787, 3.160 max_d=3.160 avg_d=1.365 std_dev=1.422
C5' B 0, -0.036, 1.435, 2.905, 3.242 max_d=3.242 avg_d=1.435 std_dev=1.471
O3' B 0, -0.035, 1.451, 2.938, 3.327 max_d=3.327 avg_d=1.451 std_dev=1.487
O5' B 0, -0.089, 1.673, 3.434, 3.912 max_d=3.912 avg_d=1.673 std_dev=1.762
P B 0, -0.108, 1.839, 3.786, 4.353 max_d=4.353 avg_d=1.839 std_dev=1.947
OP2 B 0, -0.182, 2.026, 4.234, 5.184 max_d=5.184 avg_d=2.026 std_dev=2.208
OP1 B 0, -0.139, 2.095, 4.329, 5.027 max_d=5.027 avg_d=2.095 std_dev=2.234

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.35 0.23 0.13
C2 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.10 0.44 0.49 0.17
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.03 0.10 0.03 0.03 0.06 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.33 0.17 0.11
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.10 0.01 0.15 0.03 0.16 0.06 0.05 0.08 0.02 0.00 0.10 0.02 0.06 0.46 0.11 0.20
C4 0.04 0.02 0.06 0.10 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.12 0.00 0.07 0.18 0.61 0.78 0.24
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.11 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.12 0.12 0.02
C5 0.05 0.02 0.10 0.15 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.03 0.01 0.03 0.08 0.18 0.02 0.08 0.24 0.70 0.80 0.31
C5' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.15 0.01 0.18 0.00 0.17 0.07 0.08 0.05 0.05 0.04 0.16 0.02 0.00 0.06 0.27 0.01
C6 0.04 0.01 0.10 0.16 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.17 0.02 0.07 0.23 0.64 0.64 0.30
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.13 0.48 0.45 0.21
N3 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.11 0.52 0.63 0.18
O2 0.06 0.00 0.06 0.08 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.11 0.03 0.07 0.08 0.36 0.40 0.13
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.08 0.05 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.08 0.04 0.05 0.04 0.35 0.05 0.11
O3' 0.02 0.06 0.03 0.00 0.12 0.01 0.18 0.04 0.17 0.05 0.07 0.11 0.08 0.00 0.12 0.02 0.06 0.82 0.14 0.34
O4 0.05 0.02 0.06 0.10 0.00 0.09 0.02 0.16 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.12 0.00 0.08 0.19 0.62 0.86 0.23
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.08 0.00 0.09 0.45 0.20 0.21
O5' 0.07 0.10 0.06 0.06 0.18 0.01 0.24 0.00 0.23 0.13 0.11 0.08 0.04 0.06 0.19 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.35 0.44 0.33 0.46 0.61 0.12 0.70 0.06 0.64 0.48 0.52 0.36 0.35 0.82 0.62 0.45 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.49 0.17 0.11 0.78 0.12 0.80 0.27 0.64 0.45 0.63 0.40 0.05 0.14 0.86 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.17 0.11 0.20 0.24 0.02 0.31 0.01 0.30 0.21 0.18 0.13 0.11 0.34 0.23 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.34 0.30 0.33 0.12 0.15 0.33 0.16 0.37 0.33 0.16 0.32 0.62 0.48 0.12 0.50 0.42 0.11 0.60 0.52 0.52 0.56
C2 0.20 0.45 0.10 0.09 0.14 0.18 0.24 0.23 0.11 0.47 0.37 0.30 0.19 0.52 0.25 0.03 0.05 0.23 0.92 0.81 0.83 0.84
C2' 0.07 0.30 0.33 0.38 0.10 0.17 0.32 0.19 0.36 0.34 0.18 0.28 0.61 0.49 0.10 0.51 0.46 0.06 0.57 0.50 0.58 0.54
C3' 0.17 0.13 0.51 0.58 0.07 0.36 0.31 0.39 0.38 0.28 0.17 0.19 0.60 0.43 0.09 0.68 0.62 0.13 0.32 0.29 0.41 0.29
C4 0.30 0.36 0.32 0.32 0.10 0.26 0.06 0.22 0.27 0.38 0.40 0.21 0.29 0.25 0.24 0.38 0.33 0.23 0.90 0.83 0.91 0.81
C4' 0.31 0.08 0.68 0.76 0.09 0.49 0.29 0.51 0.43 0.18 0.28 0.24 0.66 0.35 0.12 0.91 0.82 0.24 0.21 0.18 0.25 0.16
C5 0.19 0.26 0.08 0.08 0.10 0.09 0.04 0.12 0.12 0.23 0.23 0.21 0.11 0.18 0.16 0.13 0.14 0.13 0.66 0.61 0.70 0.56
C5' 0.48 0.19 0.92 1.02 0.23 0.73 0.31 0.80 0.45 0.25 0.41 0.25 0.62 0.31 0.29 1.13 1.04 0.43 0.24 0.30 0.34 0.21
C6 0.12 0.26 0.18 0.18 0.11 0.11 0.16 0.18 0.11 0.24 0.10 0.26 0.21 0.29 0.13 0.24 0.15 0.12 0.58 0.52 0.56 0.49
N1 0.12 0.37 0.11 0.12 0.13 0.07 0.27 0.12 0.20 0.36 0.19 0.30 0.36 0.45 0.18 0.24 0.18 0.15 0.71 0.61 0.62 0.63
N3 0.28 0.44 0.28 0.28 0.13 0.28 0.13 0.31 0.21 0.48 0.46 0.27 0.17 0.44 0.27 0.25 0.23 0.27 1.00 0.90 0.96 0.92
O2 0.19 0.47 0.10 0.09 0.14 0.21 0.29 0.30 0.15 0.51 0.38 0.30 0.32 0.59 0.26 0.05 0.05 0.25 0.99 0.90 0.92 0.94
O2' 0.10 0.34 0.33 0.38 0.15 0.16 0.38 0.16 0.44 0.38 0.26 0.31 0.73 0.54 0.15 0.55 0.51 0.12 0.65 0.57 0.64 0.63
O3' 0.21 0.14 0.56 0.66 0.06 0.42 0.30 0.45 0.38 0.28 0.18 0.21 0.62 0.43 0.09 0.73 0.71 0.17 0.28 0.27 0.43 0.27
O4 0.36 0.35 0.52 0.52 0.08 0.36 0.17 0.30 0.41 0.32 0.45 0.17 0.50 0.09 0.22 0.64 0.53 0.26 0.97 0.93 1.07 0.89
O4' 0.23 0.16 0.54 0.58 0.05 0.34 0.30 0.34 0.44 0.19 0.25 0.27 0.66 0.37 0.06 0.77 0.66 0.15 0.34 0.27 0.27 0.30
O5' 0.41 0.39 0.81 0.90 0.37 0.67 0.46 0.79 0.55 0.38 0.53 0.33 0.63 0.45 0.36 0.95 0.82 0.41 0.17 0.29 0.35 0.24
OP1 0.95 1.14 0.47 0.39 1.07 0.63 1.04 0.46 1.06 0.96 1.11 1.12 1.02 0.98 1.00 0.35 0.50 0.95 0.96 0.78 0.75 0.83
OP2 1.03 0.88 1.32 1.39 0.96 1.22 0.96 1.41 0.90 1.04 0.88 0.90 0.88 1.00 1.01 1.36 1.24 1.01 0.94 1.07 1.03 1.08
P 0.43 0.83 0.51 0.62 0.67 0.45 0.73 0.58 0.83 0.55 0.89 0.70 0.85 0.65 0.53 0.59 0.53 0.40 0.20 0.19 0.15 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.33 0.36 0.01 0.30
C2 0.06 0.00 0.22 0.16 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.45 0.30 0.20 0.55 0.61 0.43 0.63
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.10 0.01 0.02 0.03 0.07 0.18 0.15 0.23 0.02 0.12 0.02 0.00 0.03 0.02 0.52 0.57 0.43 0.44
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.13 0.10 0.16 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.48 0.28 0.30
C4 0.03 0.01 0.10 0.06 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.18 0.10 0.53 0.47 0.22 0.47
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.23 0.22
C5 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.06 0.61 0.48 0.30 0.48
C5' 0.02 0.14 0.03 0.00 0.12 0.01 0.17 0.00 0.19 0.17 0.17 0.11 0.22 0.20 0.10 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.36 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.03 0.01 0.08 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.17 0.10 0.63 0.52 0.35 0.53
C8 0.02 0.02 0.18 0.13 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.03 0.10 0.60 0.48 0.44 0.46
N1 0.05 0.00 0.15 0.10 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.34 0.25 0.16 0.61 0.58 0.40 0.60
N3 0.05 0.01 0.23 0.16 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.45 0.29 0.19 0.50 0.57 0.37 0.59
N6 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.07 0.66 0.53 0.41 0.55
N7 0.02 0.01 0.12 0.10 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.03 0.05 0.64 0.52 0.48 0.52
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.50 0.40 0.14 0.36
O2' 0.03 0.45 0.00 0.01 0.22 0.01 0.11 0.03 0.19 0.22 0.34 0.45 0.12 0.15 0.04 0.00 0.04 0.02 0.55 0.68 0.58 0.54
O3' 0.09 0.30 0.03 0.01 0.18 0.02 0.12 0.02 0.17 0.03 0.25 0.29 0.13 0.03 0.08 0.04 0.00 0.05 0.15 0.42 0.10 0.24
O4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.10 0.16 0.19 0.07 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.14 0.33 0.38 0.38
O5' 0.33 0.55 0.52 0.31 0.53 0.01 0.61 0.01 0.63 0.60 0.61 0.50 0.66 0.64 0.50 0.55 0.15 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.36 0.61 0.57 0.48 0.47 0.26 0.48 0.13 0.52 0.48 0.58 0.57 0.53 0.52 0.40 0.68 0.42 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.01 0.43 0.43 0.28 0.22 0.23 0.30 0.36 0.35 0.44 0.40 0.37 0.41 0.48 0.14 0.58 0.10 0.38 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.63 0.44 0.30 0.47 0.22 0.48 0.01 0.53 0.46 0.60 0.59 0.55 0.52 0.36 0.54 0.24 0.38 0.00 0.01 0.01 0.00