ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49482

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C5 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O4 A 0, 0.000, 0.059, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.059 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.000, 0.190, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.190 std_dev=0.190
C2' A 0, 0.000, 0.235, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.235 std_dev=0.235
O2' A 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C4' A 0, 0.000, 0.338, 0.677, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C3' A 0, 0.000, 0.369, 0.738, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.369 std_dev=0.369
O5' A 0, 0.000, 0.393, 0.786, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.393
N7 B 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
C8 B 0, 0.000, 0.419, 0.838, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.419 std_dev=0.419
C5 B 0, 0.000, 0.420, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C4 B 0, 0.000, 0.441, 0.881, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.441 std_dev=0.441
N9 B 0, 0.000, 0.460, 0.920, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.460 std_dev=0.460
N1 B 0, 0.000, 0.461, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.461 std_dev=0.461
C2 B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
C6 B 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
N3 B 0, 0.000, 0.481, 0.962, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.481 std_dev=0.481
C2' B 0, 0.000, 0.510, 1.021, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.510 std_dev=0.510
C1' B 0, 0.000, 0.539, 1.077, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.539 std_dev=0.539
N6 B 0, 0.000, 0.549, 1.098, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.549 std_dev=0.549
C5' A 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
O2' B 0, 0.000, 0.557, 1.115, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.557 std_dev=0.557
O3' B 0, 0.000, 0.564, 1.128, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.564 std_dev=0.564
O3' A 0, 0.000, 0.565, 1.131, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.565 std_dev=0.565
C3' B 0, 0.000, 0.596, 1.192, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.596 std_dev=0.596
P A 0, 0.000, 0.624, 1.248, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.624 std_dev=0.624
O4' B 0, 0.000, 0.661, 1.322, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.661 std_dev=0.661
C4' B 0, 0.000, 0.681, 1.361, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.681 std_dev=0.681
OP1 A 0, 0.000, 0.757, 1.515, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.757 std_dev=0.757
O5' B 0, 0.000, 0.769, 1.539, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.769 std_dev=0.769
C5' B 0, 0.000, 0.830, 1.659, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.830 std_dev=0.830
OP2 A 0, 0.000, 0.844, 1.688, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.844 std_dev=0.844
P B 0, 0.000, 1.320, 2.640, 2.640 max_d=2.640 avg_d=1.320 std_dev=1.320
OP2 B 0, 0.000, 1.438, 2.876, 2.876 max_d=2.876 avg_d=1.438 std_dev=1.438
OP1 B 0, 0.000, 1.568, 3.137, 3.137 max_d=3.137 avg_d=1.568 std_dev=1.568

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.04
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.03 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.14 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
C4 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.00 0.06 0.10 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.12 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01
C5 0.03 0.00 0.07 0.14 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.17 0.01 0.06 0.03 0.10 0.13 0.07
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.00 0.19 0.00 0.17 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00
C6 0.03 0.01 0.08 0.14 0.00 0.12 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.03
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01
O2 0.04 0.00 0.13 0.12 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.14 0.01 0.03 0.11 0.13 0.03 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.14 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.16 0.04 0.01 0.14 0.02 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.02 0.04
O4 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.08 0.12 0.06
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.10 0.01 0.06
O5' 0.07 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.07 0.06 0.03 0.06 0.06 0.10 0.06 0.04 0.05 0.02 0.13 0.05 0.00 0.08 0.10 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.08 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01 0.04 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.10 0.03 0.09 0.03 0.22 0.02 0.26 0.17 0.18 0.04 0.33 0.25 0.08 0.28 0.04 0.02 0.02 0.17 0.02 0.01
C2 0.05 0.05 0.14 0.05 0.03 0.05 0.18 0.04 0.25 0.13 0.14 0.09 0.37 0.21 0.03 0.28 0.05 0.03 0.05 0.14 0.03 0.01
C2' 0.02 0.02 0.04 0.02 0.11 0.01 0.23 0.02 0.26 0.21 0.16 0.02 0.34 0.27 0.11 0.22 0.00 0.02 0.02 0.17 0.02 0.00
C3' 0.05 0.04 0.01 0.04 0.15 0.04 0.29 0.05 0.31 0.28 0.19 0.00 0.40 0.36 0.16 0.20 0.03 0.05 0.07 0.17 0.02 0.01
C4 0.11 0.20 0.17 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.10 0.06 0.06 0.20 0.29 0.15 0.05 0.27 0.01 0.07 0.07 0.11 0.01 0.03
C4' 0.08 0.08 0.02 0.06 0.19 0.05 0.32 0.07 0.33 0.32 0.21 0.04 0.40 0.38 0.20 0.19 0.03 0.07 0.09 0.15 0.05 0.04
C5 0.15 0.24 0.20 0.08 0.13 0.10 0.03 0.09 0.06 0.03 0.10 0.25 0.23 0.12 0.09 0.28 0.01 0.12 0.11 0.16 0.06 0.08
C5' 0.10 0.10 0.02 0.07 0.23 0.07 0.38 0.09 0.37 0.40 0.24 0.06 0.46 0.47 0.24 0.18 0.04 0.09 0.15 0.15 0.06 0.05
C6 0.14 0.20 0.20 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.13 0.07 0.02 0.24 0.26 0.16 0.06 0.30 0.04 0.11 0.10 0.19 0.06 0.08
N1 0.08 0.09 0.15 0.06 0.01 0.07 0.17 0.06 0.23 0.12 0.11 0.14 0.34 0.21 0.01 0.30 0.05 0.06 0.07 0.17 0.00 0.04
N3 0.07 0.13 0.15 0.05 0.02 0.05 0.12 0.04 0.19 0.10 0.05 0.14 0.35 0.18 0.00 0.28 0.04 0.04 0.06 0.11 0.03 0.01
O2 0.02 0.03 0.11 0.04 0.08 0.03 0.20 0.02 0.27 0.15 0.21 0.03 0.38 0.22 0.06 0.28 0.07 0.00 0.04 0.14 0.06 0.01
O2' 0.06 0.06 0.03 0.06 0.13 0.05 0.22 0.06 0.23 0.21 0.16 0.03 0.29 0.26 0.13 0.16 0.04 0.06 0.06 0.14 0.06 0.04
O3' 0.07 0.05 0.04 0.08 0.16 0.07 0.29 0.09 0.31 0.30 0.18 0.01 0.40 0.37 0.18 0.15 0.07 0.08 0.12 0.16 0.03 0.03
O4 0.10 0.20 0.16 0.05 0.08 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06 0.09 0.19 0.26 0.14 0.05 0.26 0.00 0.06 0.06 0.06 0.03 0.00
O4' 0.02 0.08 0.07 0.01 0.16 0.01 0.29 0.00 0.31 0.25 0.21 0.02 0.37 0.32 0.15 0.27 0.04 0.02 0.01 0.17 0.03 0.00
O5' 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.21 0.02 0.20 0.25 0.09 0.05 0.26 0.29 0.11 0.20 0.01 0.00 0.07 0.22 0.03 0.03
OP1 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.01 0.23 0.08 0.22 0.29 0.10 0.05 0.31 0.34 0.13 0.13 0.02 0.01 0.18 0.17 0.02 0.03
OP2 0.08 0.06 0.01 0.04 0.19 0.06 0.34 0.09 0.32 0.41 0.18 0.03 0.41 0.47 0.22 0.09 0.02 0.09 0.19 0.18 0.01 0.02
P 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.02 0.24 0.06 0.23 0.30 0.12 0.02 0.31 0.35 0.15 0.12 0.01 0.03 0.14 0.21 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.07 0.04
C2 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.00 0.02 0.07 0.07 0.08 0.04
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.06 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.18 0.03 0.03
C3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.12 0.00 0.11 0.18 0.06 0.00 0.14 0.18 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.20 0.03 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.04 0.02 0.12 0.07
C4' 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.03 0.00 0.06 0.08 0.04 0.10 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.12 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.16 0.02 0.01 0.06 0.19 0.12
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.10 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.15 0.02 0.01 0.06 0.18 0.11
C8 0.01 0.00 0.07 0.18 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.22 0.01 0.03 0.11 0.24 0.16
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.08 0.02 0.04 0.01 0.12 0.07
N3 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.02 0.02 0.07 0.09 0.07 0.03
N6 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.20 0.02 0.01 0.11 0.22 0.14
N7 0.01 0.00 0.07 0.18 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.24 0.01 0.04 0.15 0.28 0.18
N9 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.03 0.01 0.13 0.08
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.06 0.10 0.03 0.10 0.05 0.05 0.10 0.13 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.11 0.02 0.05
O3' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.16 0.03 0.15 0.22 0.08 0.02 0.20 0.24 0.10 0.02 0.00 0.00 0.09 0.22 0.03 0.03
O4' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.03 0.12 0.08
O5' 0.05 0.07 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.01 0.04 0.03 0.04 0.09 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.08 0.07 0.18 0.20 0.02 0.12 0.06 0.07 0.06 0.11 0.01 0.09 0.11 0.15 0.01 0.11 0.22 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.08 0.03 0.03 0.12 0.03 0.19 0.02 0.18 0.24 0.12 0.07 0.22 0.28 0.13 0.02 0.03 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.02 0.12 0.02 0.11 0.16 0.07 0.03 0.14 0.18 0.08 0.05 0.03 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00