ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49484

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O3' A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
P B 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
OP2 B 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O4 A 0, 0.000, 0.071, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.071 std_dev=0.071
O4' A 0, 0.000, 0.089, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.089 std_dev=0.089
OP1 B 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O5' B 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C5' B 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C2 B 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
N1 B 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C5' A 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
P A 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
N3 B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
OP2 A 0, 0.000, 0.185, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C6 B 0, 0.000, 0.194, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.194 std_dev=0.194
C4' B 0, 0.000, 0.234, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.000, 0.245, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.000, 0.250, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.250 std_dev=0.250
N6 B 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C3' B 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
OP1 A 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O3' B 0, 0.000, 0.302, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.302 std_dev=0.302
O4' B 0, 0.000, 0.307, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.307 std_dev=0.307
N9 B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
C2' B 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
N7 B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
C1' B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O2' B 0, 0.000, 0.334, 0.668, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.334 std_dev=0.334
O5' A 0, 0.000, 0.351, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C8 B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.11 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.17 0.08 0.09 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.10 0.11 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.11 0.13 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.23 0.01 0.08 0.07
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.14 0.01
C5 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.24 0.02 0.07 0.07
C5' 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.15 0.00
C6 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.22 0.06 0.07 0.04
N1 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.18 0.08 0.10 0.03
N3 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.20 0.04 0.09 0.05
O2 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.12 0.10 0.09 0.01
O2' 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.09 0.12 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.10 0.13 0.11 0.04
O4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.25 0.02 0.09 0.09
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.09 0.15 0.04
O5' 0.11 0.17 0.02 0.07 0.23 0.01 0.24 0.01 0.22 0.18 0.20 0.12 0.00 0.10 0.25 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.10 0.08 0.10 0.11 0.01 0.13 0.02 0.12 0.06 0.08 0.04 0.10 0.09 0.13 0.02 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.09 0.11 0.13 0.08 0.14 0.07 0.15 0.07 0.10 0.09 0.09 0.12 0.11 0.09 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.03 0.11 0.11 0.06 0.08 0.03 0.04 0.02 0.07 0.06 0.03 0.04 0.03 0.08 0.11 0.09 0.16 0.01 0.01 0.03 0.01
C2 0.11 0.01 0.10 0.11 0.07 0.07 0.06 0.05 0.03 0.08 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.09 0.08 0.14 0.02 0.01 0.03 0.01
C2' 0.11 0.03 0.09 0.09 0.04 0.07 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.10 0.07 0.14 0.01 0.01 0.03 0.01
C3' 0.10 0.04 0.08 0.08 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.10 0.06 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01
C4 0.14 0.04 0.13 0.13 0.11 0.10 0.12 0.04 0.09 0.13 0.04 0.07 0.11 0.13 0.13 0.12 0.10 0.17 0.01 0.03 0.02 0.02
C4' 0.11 0.05 0.10 0.09 0.02 0.09 0.03 0.02 0.08 0.04 0.09 0.01 0.11 0.01 0.07 0.11 0.08 0.15 0.00 0.03 0.01 0.02
C5 0.18 0.06 0.16 0.16 0.15 0.13 0.15 0.02 0.10 0.17 0.04 0.10 0.10 0.16 0.17 0.15 0.14 0.20 0.01 0.04 0.01 0.04
C5' 0.11 0.05 0.09 0.08 0.02 0.08 0.03 0.02 0.08 0.05 0.09 0.01 0.12 0.01 0.07 0.10 0.08 0.13 0.00 0.04 0.00 0.01
C6 0.18 0.04 0.16 0.15 0.14 0.12 0.13 0.02 0.07 0.16 0.02 0.10 0.05 0.14 0.16 0.15 0.13 0.20 0.01 0.03 0.02 0.03
N1 0.14 0.01 0.13 0.13 0.10 0.10 0.08 0.03 0.02 0.11 0.02 0.06 0.00 0.08 0.12 0.12 0.11 0.17 0.00 0.02 0.02 0.02
N3 0.11 0.02 0.10 0.10 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.10 0.02 0.05 0.07 0.09 0.10 0.09 0.08 0.14 0.02 0.01 0.03 0.01
O2 0.08 0.01 0.08 0.09 0.04 0.05 0.02 0.06 0.00 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.08 0.07 0.12 0.03 0.01 0.03 0.01
O2' 0.08 0.07 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.03 0.05 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.04 0.08 0.04 0.12 0.01 0.04 0.00 0.04
O3' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.09 0.05 0.00 0.07 0.04 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01
O4 0.12 0.02 0.11 0.11 0.10 0.08 0.11 0.05 0.08 0.12 0.02 0.05 0.11 0.12 0.11 0.09 0.09 0.16 0.01 0.03 0.02 0.03
O4' 0.12 0.05 0.10 0.09 0.04 0.08 0.00 0.06 0.06 0.07 0.08 0.01 0.08 0.02 0.08 0.10 0.08 0.15 0.02 0.01 0.03 0.00
O5' 0.17 0.13 0.15 0.12 0.19 0.06 0.19 0.07 0.17 0.20 0.13 0.16 0.16 0.20 0.19 0.14 0.09 0.14 0.10 0.16 0.15 0.13
OP1 0.02 0.11 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.15 0.10 0.03 0.13 0.06 0.11 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.12 0.08 0.13 0.11
OP2 0.26 0.09 0.24 0.23 0.18 0.22 0.13 0.13 0.06 0.21 0.05 0.16 0.01 0.15 0.22 0.25 0.22 0.26 0.15 0.15 0.11 0.13
P 0.14 0.02 0.12 0.10 0.09 0.08 0.07 0.04 0.02 0.14 0.01 0.06 0.00 0.10 0.13 0.12 0.08 0.14 0.02 0.02 0.05 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03
C2 0.04 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.09 0.05 0.08 0.05
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02
C4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.08 0.02 0.06 0.03
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.10 0.04 0.07 0.05
C5' 0.03 0.11 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.13 0.09 0.13 0.09 0.15 0.11 0.08 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.11 0.07 0.09 0.07
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.03
N1 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.11 0.08 0.10 0.07
N3 0.04 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.06 0.06 0.01 0.05 0.02
N6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.15 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.09 0.11 0.09
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.03 0.07 0.05
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01
O2' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.07 0.05 0.06
O3' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04
O5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.07 0.11 0.06 0.13 0.09 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03
OP2 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.05 0.10 0.05 0.11 0.07 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.07 0.02 0.09 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00