ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49485

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N1 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O4 A 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
N1 B 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O4' A 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.000, 0.101, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C5' A 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O5' A 0, 0.000, 0.114, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.114 std_dev=0.114
C2 B 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
C6 B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
O2' A 0, 0.000, 0.127, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.127 std_dev=0.127
OP2 B 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O3' A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
P A 0, 0.000, 0.152, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.152 std_dev=0.152
N6 B 0, 0.000, 0.163, 0.327, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.163 std_dev=0.163
P B 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O5' B 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
OP1 A 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
N3 B 0, 0.000, 0.177, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C5 B 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C4 B 0, 0.000, 0.198, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O4' B 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C4' B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
OP2 A 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
OP1 B 0, 0.000, 0.219, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.219 std_dev=0.219
C5' B 0, 0.000, 0.219, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.219 std_dev=0.219
N7 B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
N9 B 0, 0.000, 0.243, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.243 std_dev=0.243
C1' B 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C8 B 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
O3' B 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C3' B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.000, 0.298, 0.595, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.298 std_dev=0.298
O2' B 0, 0.000, 0.340, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.340 std_dev=0.340

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.03 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
C4 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.06 0.09 0.07 0.10 0.09
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00
C5 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.06 0.08 0.03 0.08 0.07
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00
C6 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.03 0.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.07 0.07 0.07 0.08
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
O4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.00 0.06 0.10 0.09 0.13 0.11
O4' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03
O5' 0.03 0.05 0.00 0.01 0.09 0.01 0.08 0.00 0.06 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.10 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.01 0.01 0.09 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.03 0.03 0.03 0.10 0.02 0.08 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.00 0.01 0.09 0.00 0.07 0.00 0.04 0.03 0.08 0.04 0.01 0.01 0.11 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01
C2 0.05 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.07 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01
C2' 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01
C4 0.03 0.00 0.04 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.10 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01
C5 0.04 0.02 0.05 0.07 0.04 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.03 0.02 0.09 0.05 0.04 0.03 0.06 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.03
N1 0.05 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01
N3 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
O2 0.06 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.08 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02
O2' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04
O3' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.06 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O4 0.04 0.00 0.05 0.06 0.04 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.02 0.01 0.13 0.07 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02
O4' 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00
O5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01
OP2 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.05 0.09 0.01 0.02 0.03
P 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01
C2 0.03 0.00 0.06 0.10 0.01 0.09 0.03 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.04 0.06 0.07 0.03 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.03
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.09 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00
C5 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.11 0.10 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03
C8 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02
N1 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.05 0.08 0.04 0.06
N3 0.03 0.00 0.05 0.09 0.01 0.08 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.06 0.00 0.04
N6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
N7 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00
O5' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.00 0.06 0.04 0.08 0.06 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.03 0.08 0.06 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.08 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00