ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49486

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C5' A 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
O2' A 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
N7 B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O3' A 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C5 B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C6 B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
N6 B 0, 0.000, 0.232, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C8 B 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C4 B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
N1 B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C2 B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
N3 B 0, 0.000, 0.295, 0.590, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.295 std_dev=0.295
N9 B 0, 0.000, 0.302, 0.604, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.302 std_dev=0.302
P A 0, 0.000, 0.374, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C1' B 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
C3' B 0, 0.000, 0.408, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.408 std_dev=0.408
O2' B 0, 0.000, 0.415, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.415 std_dev=0.415
O3' B 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
O4' B 0, 0.000, 0.473, 0.946, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.473 std_dev=0.473
C4' B 0, 0.000, 0.489, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.489 std_dev=0.489
OP1 A 0, 0.000, 0.492, 0.983, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.492 std_dev=0.492
O5' B 0, 0.000, 0.501, 1.002, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.501 std_dev=0.501
OP2 A 0, 0.000, 0.517, 1.033, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.517 std_dev=0.517
C5' B 0, 0.000, 0.530, 1.060, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.530 std_dev=0.530
OP2 B 0, 0.000, 0.533, 1.065, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.533 std_dev=0.533
P B 0, 0.000, 0.571, 1.142, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.571 std_dev=0.571
OP1 B 0, 0.000, 0.679, 1.359, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.679 std_dev=0.679

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.13 0.12 0.08
C2 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.15 0.16 0.11
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.17 0.15 0.10
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.18 0.12 0.09
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.11 0.12 0.08
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.10 0.05 0.04
C5 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
C5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.07 0.09 0.09 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.13 0.13 0.09
N3 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.14 0.15 0.10
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.17 0.18 0.12
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.11 0.10 0.05
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.02 0.18 0.10 0.08
O4 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.10 0.11 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05
O5' 0.08 0.08 0.05 0.02 0.06 0.03 0.05 0.00 0.07 0.09 0.08 0.09 0.01 0.02 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.13 0.15 0.17 0.18 0.11 0.10 0.08 0.05 0.09 0.13 0.14 0.17 0.11 0.18 0.10 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.16 0.15 0.12 0.12 0.05 0.08 0.00 0.09 0.13 0.15 0.18 0.10 0.10 0.11 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.10 0.09 0.08 0.04 0.06 0.00 0.06 0.09 0.10 0.12 0.05 0.08 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.08 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00
C2 0.05 0.08 0.01 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.07 0.03 0.05 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.02
C2' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00
C3' 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02
C4 0.02 0.07 0.02 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.08 0.04 0.08 0.05 0.07 0.04 0.04 0.09 0.01 0.02 0.00 0.04 0.09 0.05
C4' 0.02 0.09 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.08 0.02 0.03 0.00 0.14 0.04 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03
C5' 0.07 0.13 0.06 0.02 0.07 0.01 0.04 0.04 0.06 0.01 0.09 0.12 0.04 0.01 0.04 0.19 0.04 0.04 0.04 0.09 0.01 0.04
C6 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02
N1 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.09 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02
N3 0.04 0.10 0.00 0.03 0.07 0.03 0.07 0.03 0.08 0.05 0.10 0.08 0.07 0.05 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.03 0.09 0.04
O2 0.07 0.10 0.03 0.05 0.08 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.08 0.09 0.03 0.05 0.07 0.06 0.01 0.06 0.02 0.01 0.08 0.02
O2' 0.04 0.05 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.08 0.03 0.05 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.02 0.03
O3' 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.16 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02
O4 0.02 0.08 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.10 0.05 0.10 0.04 0.03 0.08 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.06
O4' 0.02 0.08 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02 0.02 0.09 0.06 0.03 0.05 0.07 0.01 0.03
O5' 0.14 0.18 0.16 0.05 0.14 0.05 0.10 0.00 0.11 0.04 0.15 0.19 0.09 0.05 0.11 0.24 0.02 0.10 0.01 0.06 0.03 0.00
OP1 0.05 0.14 0.07 0.00 0.07 0.04 0.04 0.10 0.07 0.04 0.12 0.13 0.06 0.02 0.03 0.11 0.01 0.01 0.07 0.17 0.05 0.10
OP2 0.01 0.10 0.06 0.02 0.03 0.07 0.00 0.13 0.03 0.08 0.07 0.09 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.04 0.10 0.16 0.06 0.12
P 0.05 0.11 0.08 0.01 0.06 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03 0.09 0.11 0.04 0.02 0.02 0.11 0.00 0.01 0.05 0.12 0.02 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
C4' 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
C8 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.04 0.01 0.02
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
N3 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01
N7 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.07 0.06 0.07 0.09 0.00 0.11 0.10 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.09 0.01 0.05
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.09 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00