ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49487

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C2' A 0, 0.000, 0.096, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.000, 0.152, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C3' A 0, 0.000, 0.155, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C2' B 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
N3 B 0, 0.000, 0.224, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C3' B 0, 0.000, 0.227, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.227 std_dev=0.227
O2' B 0, 0.000, 0.241, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.241 std_dev=0.241
C5' A 0, 0.000, 0.246, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.246 std_dev=0.246
O3' A 0, 0.000, 0.316, 0.632, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C4 B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
O5' A 0, 0.000, 0.348, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.348 std_dev=0.348
O3' B 0, 0.000, 0.369, 0.738, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.369 std_dev=0.369
C1' B 0, 0.000, 0.391, 0.783, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.391 std_dev=0.391
N9 B 0, 0.000, 0.411, 0.822, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.411 std_dev=0.411
P A 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
C2 B 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
C4' B 0, 0.000, 0.583, 1.166, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.583 std_dev=0.583
C5 B 0, 0.000, 0.585, 1.171, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.585 std_dev=0.585
N1 B 0, 0.000, 0.645, 1.290, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.645 std_dev=0.645
C8 B 0, 0.000, 0.660, 1.320, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.660 std_dev=0.660
O4' B 0, 0.000, 0.693, 1.386, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.693 std_dev=0.693
C6 B 0, 0.000, 0.703, 1.407, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.703 std_dev=0.703
N7 B 0, 0.000, 0.746, 1.493, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.746 std_dev=0.746
OP2 A 0, 0.000, 0.885, 1.771, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.885 std_dev=0.885
C5' B 0, 0.000, 0.911, 1.822, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.911 std_dev=0.911
N6 B 0, 0.000, 0.947, 1.894, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.947 std_dev=0.947
O5' B 0, 0.000, 0.976, 1.953, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.976 std_dev=0.976
OP1 A 0, 0.000, 1.023, 2.045, 2.045 max_d=2.045 avg_d=1.023 std_dev=1.023
P B 0, 0.000, 1.375, 2.750, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.375 std_dev=1.375
OP2 B 0, 0.000, 1.464, 2.928, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.464 std_dev=1.464
OP1 B 0, 0.000, 1.635, 3.271, 3.271 max_d=3.271 avg_d=1.635 std_dev=1.635

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.29 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.09 0.12 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.07 0.05 0.47 0.14
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.08 0.08 0.45 0.15
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.04 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.00 0.03 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.08 0.06 0.33 0.13
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.25 0.09
N3 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.00 0.39 0.11
O2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.23 0.05
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00
O3' 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.05 0.18 0.19 0.01
O4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.06 0.52 0.15
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.11 0.03 0.00
O5' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.05 0.05 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.03 0.04 0.09 0.05 0.02 0.08 0.03 0.06 0.00 0.00 0.07 0.04 0.18 0.06 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.29 0.04 0.12 0.47 0.10 0.45 0.15 0.33 0.25 0.39 0.23 0.09 0.19 0.52 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.01 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.13 0.09 0.11 0.05 0.00 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.15 0.02 0.05 0.11 0.06 0.15 0.01 0.19 0.09 0.19 0.09 0.21 0.14 0.06 0.00 0.07 0.05 0.12 0.23 0.26 0.18
C2 0.06 0.15 0.04 0.05 0.19 0.04 0.28 0.14 0.31 0.23 0.25 0.11 0.35 0.29 0.16 0.08 0.02 0.07 0.27 0.40 0.45 0.35
C2' 0.05 0.13 0.06 0.02 0.09 0.10 0.14 0.02 0.18 0.07 0.18 0.08 0.21 0.12 0.04 0.06 0.01 0.08 0.09 0.23 0.24 0.16
C3' 0.08 0.09 0.09 0.02 0.04 0.13 0.07 0.05 0.11 0.01 0.12 0.04 0.13 0.06 0.01 0.13 0.01 0.11 0.04 0.19 0.18 0.12
C4 0.16 0.06 0.10 0.07 0.18 0.17 0.28 0.30 0.20 0.34 0.02 0.01 0.23 0.37 0.24 0.11 0.11 0.23 0.43 0.58 0.61 0.52
C4' 0.12 0.07 0.09 0.04 0.00 0.16 0.02 0.10 0.06 0.05 0.08 0.02 0.07 0.00 0.05 0.14 0.14 0.16 0.02 0.09 0.09 0.03
C5 0.16 0.06 0.10 0.10 0.12 0.17 0.16 0.29 0.07 0.27 0.03 0.00 0.09 0.25 0.20 0.10 0.11 0.22 0.39 0.55 0.53 0.47
C5' 0.13 0.03 0.10 0.05 0.03 0.18 0.03 0.12 0.00 0.09 0.03 0.00 0.00 0.06 0.08 0.20 0.20 0.18 0.07 0.04 0.02 0.02
C6 0.09 0.02 0.07 0.10 0.11 0.09 0.13 0.19 0.10 0.18 0.05 0.04 0.11 0.17 0.14 0.07 0.04 0.12 0.28 0.42 0.40 0.35
N1 0.04 0.11 0.04 0.07 0.14 0.02 0.19 0.12 0.20 0.17 0.16 0.08 0.22 0.20 0.12 0.06 0.01 0.05 0.23 0.36 0.37 0.30
N3 0.11 0.07 0.07 0.06 0.21 0.11 0.32 0.22 0.32 0.31 0.20 0.07 0.37 0.37 0.22 0.10 0.07 0.16 0.36 0.50 0.55 0.45
O2 0.02 0.23 0.02 0.03 0.20 0.00 0.30 0.09 0.37 0.22 0.34 0.14 0.42 0.30 0.15 0.06 0.00 0.02 0.23 0.35 0.42 0.31
O2' 0.05 0.18 0.04 0.04 0.11 0.11 0.16 0.04 0.22 0.07 0.23 0.11 0.25 0.13 0.05 0.04 0.07 0.09 0.07 0.19 0.22 0.14
O3' 0.10 0.08 0.10 0.03 0.03 0.15 0.08 0.06 0.12 0.01 0.12 0.03 0.16 0.07 0.01 0.19 0.03 0.14 0.04 0.20 0.20 0.13
O4 0.18 0.16 0.09 0.06 0.15 0.20 0.28 0.35 0.16 0.39 0.09 0.05 0.23 0.43 0.25 0.11 0.16 0.27 0.48 0.66 0.70 0.60
O4' 0.10 0.08 0.06 0.03 0.02 0.13 0.04 0.07 0.08 0.02 0.10 0.03 0.09 0.02 0.03 0.05 0.13 0.13 0.02 0.12 0.13 0.06
O5' 0.16 0.05 0.17 0.02 0.09 0.20 0.09 0.11 0.07 0.13 0.05 0.07 0.07 0.11 0.13 0.27 0.00 0.18 0.05 0.10 0.04 0.01
OP1 0.46 0.26 0.40 0.22 0.35 0.54 0.34 0.45 0.30 0.42 0.26 0.30 0.29 0.38 0.41 0.61 0.01 0.54 0.38 0.16 0.24 0.28
OP2 0.31 0.31 0.21 0.34 0.34 0.23 0.35 0.33 0.34 0.37 0.32 0.31 0.33 0.37 0.35 0.02 0.01 0.31 0.39 0.50 0.46 0.46
P 0.08 0.03 0.09 0.04 0.07 0.14 0.09 0.07 0.08 0.12 0.05 0.03 0.09 0.11 0.09 0.23 0.00 0.11 0.07 0.09 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.07 0.11 0.07
C2 0.00 0.00 0.01 0.12 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.15 0.00 0.06 0.10 0.12 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.05 0.12 0.00 0.00 0.17 0.00 0.23 0.00 0.23 0.26 0.18 0.10 0.26 0.27 0.18 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.10 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.20 0.01 0.06 0.08 0.12 0.06
C4' 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.09 0.06 0.03 0.09 0.09 0.06 0.19 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.23 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.33 0.01 0.03 0.07 0.10 0.04
C5' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.06 0.06 0.02 0.19 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.23 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.34 0.01 0.02 0.07 0.10 0.04
C8 0.00 0.00 0.06 0.26 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.35 0.02 0.03 0.05 0.11 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.25 0.01 0.04 0.09 0.11 0.05
N3 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.09 0.00 0.07 0.09 0.12 0.06
N6 0.01 0.00 0.04 0.26 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.41 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02
N7 0.00 0.00 0.06 0.27 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.41 0.02 0.01 0.05 0.09 0.03
N9 0.00 0.00 0.03 0.18 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.01 0.06 0.07 0.12 0.06
O2' 0.02 0.17 0.00 0.01 0.07 0.19 0.03 0.19 0.07 0.07 0.13 0.16 0.05 0.03 0.00 0.00 0.14 0.14 0.13 0.14 0.08 0.13
O3' 0.00 0.15 0.04 0.01 0.20 0.03 0.33 0.05 0.34 0.35 0.25 0.09 0.41 0.41 0.19 0.14 0.00 0.02 0.27 0.14 0.37 0.26
O4' 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.02 0.00 0.10 0.04 0.11 0.06
O5' 0.08 0.06 0.02 0.07 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.00 0.01 0.06 0.13 0.27 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.10 0.06 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.07 0.05 0.09 0.09 0.06 0.05 0.07 0.14 0.14 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.12 0.05 0.10 0.12 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.11 0.12 0.08 0.09 0.12 0.08 0.37 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.06 0.03 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.03 0.06 0.13 0.26 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00