ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49494

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 5, 13, 18, 29, 29, 14, 10, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.020 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.017, 0.032, 0.048, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.032 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.025, 0.056, 0.087, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.056 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.015, 0.065, 0.115, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.065 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.065, 0.146, 0.227, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.146 std_dev=0.081
C2' A 0, 0.042, 0.131, 0.221, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.131 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.250, 0.387, 0.525, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.387 std_dev=0.138
C4' A 0, 0.282, 0.420, 0.559, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.420 std_dev=0.139
C2 B 0, 0.317, 0.481, 0.645, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.481 std_dev=0.164
N1 B 0, 0.304, 0.468, 0.633, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.468 std_dev=0.165
O2' A 0, 0.149, 0.324, 0.499, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.324 std_dev=0.175
C1' B 0, 0.393, 0.580, 0.767, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.580 std_dev=0.187
C6 B 0, 0.322, 0.518, 0.714, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.518 std_dev=0.196
O5' A 0, 0.752, 0.949, 1.146, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.949 std_dev=0.197
O2 B 0, 0.385, 0.589, 0.792, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.589 std_dev=0.204
N3 B 0, 0.315, 0.524, 0.733, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.524 std_dev=0.209
C2' B 0, 0.434, 0.663, 0.893, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.663 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.391, 0.628, 0.864, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.628 std_dev=0.236
C5' A 0, 0.533, 0.775, 1.018, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.775 std_dev=0.242
O3' A 0, 0.318, 0.566, 0.814, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.566 std_dev=0.248
C3' B 0, 0.514, 0.763, 1.012, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.763 std_dev=0.249
C5 B 0, 0.375, 0.624, 0.874, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.624 std_dev=0.250
C4' B 0, 0.419, 0.676, 0.932, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.676 std_dev=0.256
O4' B 0, 0.381, 0.655, 0.928, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.655 std_dev=0.273
O4 B 0, 0.509, 0.797, 1.086, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.797 std_dev=0.289
O2' B 0, 0.671, 0.962, 1.253, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.962 std_dev=0.291
P A 0, 0.858, 1.176, 1.493, 2.005 max_d=2.005 avg_d=1.176 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.730, 1.050, 1.370, 2.052 max_d=2.052 avg_d=1.050 std_dev=0.320
O3' B 0, 0.771, 1.092, 1.413, 1.798 max_d=1.798 avg_d=1.092 std_dev=0.321
OP2 A 0, 0.963, 1.322, 1.680, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.322 std_dev=0.359
OP1 A 0, 1.016, 1.461, 1.906, 2.514 max_d=2.514 avg_d=1.461 std_dev=0.445
O5' B 0, 1.206, 1.661, 2.115, 3.165 max_d=3.165 avg_d=1.661 std_dev=0.454
OP2 B 0, 0.965, 1.467, 1.969, 3.315 max_d=3.315 avg_d=1.467 std_dev=0.502
P B 0, 0.736, 1.240, 1.743, 3.632 max_d=3.632 avg_d=1.240 std_dev=0.504
OP1 B 0, 0.564, 1.285, 2.006, 5.508 max_d=5.508 avg_d=1.285 std_dev=0.721

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.03 0.01 0.12 0.12 0.13 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02 0.04 0.17 0.16 0.20 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.07 0.03 0.06 0.09 0.01 0.03 0.08 0.01 0.13 0.17 0.15 0.13
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.10 0.06 0.09 0.09 0.03 0.01 0.12 0.01 0.12 0.17 0.11 0.10
C4 0.03 0.02 0.07 0.11 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.12 0.01 0.05 0.22 0.21 0.26 0.21
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.05 0.09 0.02 0.08 0.00 0.03 0.11 0.10 0.03
C5 0.03 0.02 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.13 0.02 0.05 0.23 0.21 0.25 0.21
C5' 0.03 0.08 0.04 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.11 0.07 0.07 0.06 0.15 0.02 0.01 0.13 0.13 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.10 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.02 0.05 0.21 0.18 0.19 0.17
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02 0.03 0.17 0.15 0.17 0.14
N3 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.11 0.02 0.03 0.20 0.19 0.24 0.18
O2 0.05 0.01 0.09 0.09 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.13 0.02 0.06 0.16 0.15 0.19 0.14
O2' 0.02 0.10 0.01 0.03 0.12 0.09 0.10 0.07 0.08 0.06 0.12 0.13 0.00 0.06 0.14 0.07 0.09 0.14 0.14 0.10
O3' 0.07 0.09 0.03 0.01 0.12 0.02 0.13 0.06 0.11 0.06 0.11 0.13 0.06 0.00 0.15 0.05 0.14 0.22 0.18 0.15
O4 0.03 0.02 0.08 0.12 0.01 0.08 0.02 0.15 0.02 0.02 0.02 0.02 0.14 0.15 0.00 0.05 0.23 0.24 0.29 0.23
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.06 0.07 0.05 0.05 0.00 0.11 0.12 0.14 0.10
O5' 0.12 0.17 0.13 0.12 0.22 0.03 0.23 0.01 0.21 0.17 0.20 0.16 0.09 0.14 0.23 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.16 0.17 0.17 0.21 0.11 0.21 0.13 0.18 0.15 0.19 0.15 0.14 0.22 0.24 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.20 0.15 0.11 0.26 0.10 0.25 0.13 0.19 0.17 0.24 0.19 0.14 0.18 0.29 0.14 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.15 0.13 0.10 0.21 0.03 0.21 0.02 0.17 0.14 0.18 0.14 0.10 0.15 0.23 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.20 0.19 0.15 0.22 0.16 0.19 0.17 0.17 0.17 0.21 0.28 0.29 0.15 0.26 0.18 0.33 0.43 0.42 0.36
C2 0.19 0.19 0.19 0.15 0.21 0.15 0.21 0.19 0.17 0.16 0.18 0.29 0.26 0.15 0.27 0.16 0.41 0.56 0.57 0.47
C2' 0.18 0.19 0.17 0.13 0.20 0.13 0.18 0.16 0.15 0.15 0.20 0.27 0.29 0.14 0.25 0.14 0.36 0.50 0.48 0.41
C3' 0.17 0.17 0.17 0.11 0.19 0.11 0.20 0.15 0.18 0.15 0.18 0.24 0.28 0.12 0.23 0.13 0.35 0.52 0.45 0.41
C4 0.17 0.18 0.18 0.18 0.13 0.19 0.21 0.27 0.19 0.15 0.14 0.26 0.21 0.18 0.18 0.17 0.50 0.69 0.70 0.58
C4' 0.19 0.19 0.17 0.11 0.20 0.12 0.18 0.13 0.17 0.16 0.20 0.26 0.29 0.12 0.23 0.15 0.27 0.41 0.33 0.30
C5 0.16 0.15 0.19 0.19 0.14 0.20 0.19 0.28 0.18 0.14 0.13 0.21 0.21 0.19 0.18 0.18 0.49 0.64 0.63 0.55
C5' 0.20 0.21 0.20 0.13 0.22 0.13 0.22 0.13 0.21 0.19 0.22 0.26 0.31 0.12 0.24 0.16 0.26 0.42 0.31 0.29
C6 0.16 0.15 0.18 0.16 0.17 0.16 0.18 0.22 0.16 0.13 0.15 0.22 0.23 0.17 0.21 0.15 0.42 0.54 0.52 0.46
N1 0.18 0.17 0.18 0.15 0.20 0.14 0.19 0.19 0.16 0.15 0.18 0.26 0.25 0.15 0.25 0.15 0.38 0.51 0.51 0.43
N3 0.18 0.19 0.18 0.16 0.18 0.16 0.21 0.23 0.18 0.16 0.16 0.29 0.23 0.16 0.24 0.16 0.46 0.64 0.66 0.53
O2 0.22 0.21 0.20 0.15 0.23 0.16 0.22 0.18 0.18 0.18 0.20 0.31 0.28 0.16 0.30 0.18 0.39 0.54 0.56 0.44
O2' 0.23 0.22 0.20 0.14 0.23 0.16 0.19 0.16 0.17 0.18 0.23 0.31 0.32 0.15 0.28 0.19 0.32 0.45 0.44 0.37
O3' 0.17 0.17 0.17 0.12 0.18 0.12 0.20 0.17 0.18 0.14 0.17 0.25 0.29 0.13 0.22 0.13 0.36 0.57 0.48 0.44
O4 0.19 0.22 0.19 0.20 0.15 0.22 0.23 0.31 0.22 0.19 0.20 0.28 0.21 0.20 0.16 0.21 0.54 0.76 0.79 0.64
O4' 0.21 0.20 0.19 0.15 0.21 0.16 0.18 0.16 0.17 0.17 0.21 0.26 0.30 0.17 0.24 0.18 0.28 0.37 0.33 0.29
O5' 0.18 0.24 0.20 0.07 0.24 0.06 0.23 0.08 0.22 0.21 0.25 0.28 0.25 0.02 0.25 0.11 0.33 0.49 0.38 0.36
OP1 0.05 0.13 0.09 0.03 0.15 0.09 0.16 0.17 0.14 0.08 0.15 0.19 0.15 0.03 0.18 0.06 0.27 0.54 0.39 0.33
OP2 0.09 0.19 0.09 0.07 0.23 0.14 0.23 0.24 0.20 0.15 0.22 0.21 0.09 0.02 0.26 0.12 0.45 0.66 0.49 0.52
P 0.06 0.14 0.09 0.02 0.17 0.06 0.17 0.13 0.15 0.10 0.16 0.19 0.13 0.01 0.19 0.03 0.31 0.52 0.36 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.12 0.19 0.19 0.12
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.03 0.25 0.34 0.40 0.26
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.12 0.00 0.02 0.06 0.01 0.17 0.22 0.17 0.14
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.11 0.05 0.08 0.11 0.02 0.01 0.09 0.01 0.23 0.29 0.17 0.20
C4 0.03 0.02 0.06 0.09 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.10 0.00 0.04 0.37 0.53 0.62 0.42
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.08 0.01 0.02 0.15 0.17 0.06
C5 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.05 0.39 0.54 0.61 0.44
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.11 0.07 0.06 0.04 0.16 0.02 0.01 0.19 0.25 0.02
C6 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.05 0.34 0.41 0.46 0.34
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.25 0.30 0.34 0.23
N3 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.01 0.04 0.32 0.44 0.52 0.34
O2 0.05 0.01 0.12 0.11 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.14 0.02 0.05 0.21 0.29 0.34 0.21
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.11 0.00 0.05 0.06 0.05 0.08 0.23 0.14 0.10
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.04 0.12 0.05 0.09 0.14 0.05 0.00 0.11 0.02 0.20 0.38 0.22 0.21
O4 0.03 0.02 0.06 0.09 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.11 0.00 0.05 0.39 0.60 0.69 0.47
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.10 0.19 0.19 0.14
O5' 0.12 0.25 0.17 0.23 0.37 0.02 0.39 0.01 0.34 0.25 0.32 0.21 0.08 0.20 0.39 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.34 0.22 0.29 0.53 0.15 0.54 0.19 0.41 0.30 0.44 0.29 0.23 0.38 0.60 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.40 0.17 0.17 0.62 0.17 0.61 0.25 0.46 0.34 0.52 0.34 0.14 0.22 0.69 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.26 0.14 0.20 0.42 0.06 0.44 0.02 0.34 0.23 0.34 0.21 0.10 0.21 0.47 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00