ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49495

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 10, 5, 8, 15, 10, 10, 6, 5, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.011, 0.058, 0.105, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.058 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.022, 0.144, 0.266, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.144 std_dev=0.122
C2' A 0, 0.032, 0.159, 0.287, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.159 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.069, 0.259, 0.449, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.259 std_dev=0.190
O2' A 0, 0.023, 0.243, 0.462, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.243 std_dev=0.219
C3' A 0, 0.059, 0.291, 0.523, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.291 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.338, 0.607, 0.875, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.607 std_dev=0.269
C2' B 0, 0.323, 0.598, 0.872, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.598 std_dev=0.275
C6 B 0, 0.273, 0.549, 0.826, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.549 std_dev=0.276
O5' A 0, 0.229, 0.510, 0.791, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.510 std_dev=0.281
N3 B 0, 0.350, 0.633, 0.916, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.633 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.353, 0.637, 0.920, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.637 std_dev=0.283
C3' B 0, 0.314, 0.608, 0.902, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.608 std_dev=0.294
C2 B 0, 0.294, 0.589, 0.885, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.589 std_dev=0.295
N1 B 0, 0.234, 0.532, 0.830, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.532 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.286, 0.596, 0.907, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.596 std_dev=0.310
O2' B 0, 0.395, 0.708, 1.021, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.708 std_dev=0.313
O2 B 0, 0.354, 0.673, 0.992, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.673 std_dev=0.319
O4 B 0, 0.410, 0.731, 1.051, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.731 std_dev=0.321
O3' B 0, 0.336, 0.660, 0.983, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.660 std_dev=0.324
C5' A 0, 0.122, 0.452, 0.783, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.452 std_dev=0.331
P A 0, 0.319, 0.655, 0.991, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.655 std_dev=0.336
C4' B 0, 0.346, 0.684, 1.023, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.684 std_dev=0.338
O4' B 0, 0.316, 0.663, 1.009, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.663 std_dev=0.347
OP2 A 0, 0.484, 0.844, 1.204, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.844 std_dev=0.360
C5' B 0, 0.396, 0.770, 1.145, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.770 std_dev=0.374
O3' A 0, 0.065, 0.460, 0.854, 2.376 max_d=2.376 avg_d=0.460 std_dev=0.395
OP1 A 0, 0.397, 0.815, 1.232, 2.560 max_d=2.560 avg_d=0.815 std_dev=0.417
O5' B 0, 0.339, 0.793, 1.247, 3.233 max_d=3.233 avg_d=0.793 std_dev=0.454
P B 0, 0.306, 0.943, 1.580, 5.200 max_d=5.200 avg_d=0.943 std_dev=0.637
OP1 B 0, 0.324, 1.151, 1.979, 6.366 max_d=6.366 avg_d=1.151 std_dev=0.827
OP2 B 0, 0.214, 1.116, 2.019, 7.282 max_d=7.282 avg_d=1.116 std_dev=0.902

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.03 0.01 0.13 0.10 0.28 0.11
C2 0.03 0.00 0.07 0.11 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.02 0.05 0.22 0.15 0.31 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.07 0.08 0.03 0.06 0.13 0.01 0.03 0.07 0.01 0.17 0.20 0.27 0.15
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.16 0.01 0.17 0.03 0.16 0.09 0.13 0.11 0.02 0.01 0.17 0.01 0.19 0.24 0.20 0.15
C4 0.02 0.02 0.06 0.16 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.16 0.01 0.04 0.31 0.25 0.35 0.25
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.05 0.11 0.03 0.08 0.01 0.02 0.12 0.23 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.19 0.01 0.05 0.32 0.26 0.35 0.26
C5' 0.04 0.08 0.07 0.03 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.11 0.07 0.06 0.07 0.15 0.02 0.01 0.15 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.05 0.29 0.20 0.31 0.21
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.02 0.22 0.14 0.29 0.16
N3 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.12 0.01 0.04 0.27 0.20 0.33 0.21
O2 0.04 0.01 0.13 0.11 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.16 0.02 0.07 0.18 0.13 0.30 0.15
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.12 0.11 0.12 0.06 0.10 0.07 0.13 0.15 0.00 0.06 0.14 0.08 0.11 0.17 0.27 0.12
O3' 0.08 0.10 0.03 0.01 0.16 0.03 0.19 0.07 0.16 0.07 0.12 0.16 0.06 0.00 0.18 0.06 0.21 0.33 0.26 0.22
O4 0.03 0.02 0.07 0.17 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.18 0.00 0.04 0.32 0.29 0.38 0.28
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04 0.00 0.10 0.11 0.29 0.14
O5' 0.13 0.22 0.17 0.19 0.31 0.02 0.32 0.01 0.29 0.22 0.27 0.18 0.11 0.21 0.32 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.10 0.15 0.20 0.24 0.25 0.12 0.26 0.15 0.20 0.14 0.20 0.13 0.17 0.33 0.29 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.31 0.27 0.20 0.35 0.23 0.35 0.22 0.31 0.29 0.33 0.30 0.27 0.26 0.38 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.17 0.15 0.15 0.25 0.05 0.26 0.02 0.21 0.16 0.21 0.15 0.12 0.22 0.28 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.20 0.17 0.14 0.34 0.13 0.31 0.17 0.23 0.16 0.29 0.25 0.31 0.19 0.41 0.14 0.29 0.41 0.45 0.33
C2 0.17 0.15 0.20 0.17 0.33 0.15 0.33 0.21 0.21 0.12 0.20 0.31 0.29 0.20 0.43 0.13 0.36 0.53 0.58 0.42
C2' 0.16 0.19 0.15 0.12 0.33 0.11 0.31 0.17 0.23 0.15 0.27 0.25 0.30 0.16 0.40 0.11 0.32 0.48 0.48 0.39
C3' 0.19 0.20 0.19 0.14 0.31 0.14 0.31 0.19 0.26 0.19 0.26 0.25 0.30 0.17 0.36 0.15 0.34 0.49 0.49 0.38
C4 0.20 0.25 0.25 0.23 0.15 0.22 0.24 0.31 0.17 0.15 0.20 0.38 0.28 0.24 0.24 0.19 0.47 0.70 0.74 0.57
C4' 0.19 0.25 0.17 0.10 0.31 0.11 0.28 0.12 0.24 0.20 0.29 0.30 0.30 0.14 0.35 0.14 0.26 0.39 0.39 0.28
C5 0.18 0.21 0.25 0.23 0.18 0.22 0.23 0.31 0.16 0.13 0.19 0.32 0.28 0.25 0.25 0.18 0.46 0.65 0.67 0.55
C5' 0.27 0.28 0.28 0.16 0.28 0.19 0.27 0.15 0.25 0.25 0.28 0.34 0.39 0.17 0.30 0.22 0.25 0.42 0.35 0.27
C6 0.17 0.18 0.22 0.19 0.25 0.18 0.27 0.25 0.20 0.13 0.19 0.28 0.29 0.22 0.30 0.15 0.39 0.54 0.55 0.45
N1 0.15 0.15 0.19 0.15 0.31 0.14 0.31 0.20 0.21 0.11 0.22 0.26 0.30 0.19 0.38 0.12 0.34 0.49 0.52 0.39
N3 0.20 0.21 0.23 0.20 0.26 0.19 0.30 0.26 0.20 0.14 0.16 0.37 0.29 0.22 0.37 0.17 0.42 0.62 0.68 0.50
O2 0.18 0.16 0.19 0.16 0.38 0.15 0.35 0.19 0.24 0.15 0.26 0.28 0.30 0.19 0.50 0.15 0.34 0.49 0.56 0.38
O2' 0.19 0.22 0.17 0.13 0.36 0.14 0.32 0.16 0.23 0.17 0.31 0.27 0.34 0.18 0.45 0.16 0.29 0.44 0.48 0.37
O3' 0.19 0.22 0.19 0.17 0.31 0.17 0.31 0.21 0.26 0.19 0.27 0.29 0.30 0.20 0.37 0.16 0.36 0.54 0.52 0.40
O4 0.25 0.33 0.27 0.26 0.19 0.27 0.23 0.36 0.21 0.23 0.32 0.42 0.29 0.26 0.22 0.24 0.51 0.80 0.85 0.64
O4' 0.17 0.24 0.14 0.14 0.32 0.12 0.29 0.15 0.23 0.18 0.31 0.29 0.30 0.21 0.37 0.13 0.26 0.36 0.40 0.28
O5' 0.23 0.27 0.25 0.12 0.31 0.09 0.32 0.12 0.29 0.25 0.29 0.30 0.30 0.02 0.33 0.16 0.27 0.44 0.37 0.29
OP1 0.06 0.12 0.11 0.04 0.16 0.11 0.19 0.24 0.16 0.07 0.14 0.20 0.20 0.02 0.19 0.07 0.29 0.61 0.49 0.40
OP2 0.14 0.24 0.14 0.09 0.29 0.16 0.30 0.28 0.26 0.20 0.27 0.26 0.13 0.02 0.31 0.15 0.39 0.64 0.45 0.46
P 0.05 0.13 0.10 0.01 0.17 0.07 0.20 0.16 0.17 0.09 0.15 0.18 0.15 0.01 0.20 0.03 0.26 0.50 0.36 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.14 0.12 0.25 0.13
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.03 0.26 0.31 0.46 0.26
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.13 0.01 0.03 0.07 0.01 0.14 0.17 0.20 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.03 0.11 0.05 0.08 0.13 0.02 0.01 0.09 0.01 0.16 0.24 0.17 0.13
C4 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04 0.36 0.52 0.72 0.43
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.05 0.02 0.07 0.01 0.02 0.13 0.23 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.05 0.37 0.52 0.73 0.45
C5' 0.03 0.10 0.03 0.03 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.10 0.13 0.08 0.05 0.04 0.18 0.02 0.01 0.21 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.04 0.32 0.39 0.55 0.35
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.25 0.27 0.41 0.24
N3 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.01 0.04 0.31 0.43 0.60 0.35
O2 0.04 0.01 0.13 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.16 0.02 0.04 0.22 0.25 0.39 0.21
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.08 0.14 0.00 0.06 0.07 0.04 0.07 0.17 0.29 0.11
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.04 0.12 0.05 0.10 0.16 0.06 0.00 0.12 0.02 0.15 0.34 0.31 0.18
O4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.12 0.00 0.04 0.37 0.59 0.80 0.48
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.12 0.10 0.23 0.14
O5' 0.14 0.26 0.14 0.16 0.36 0.02 0.37 0.01 0.32 0.25 0.31 0.22 0.07 0.15 0.37 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.31 0.17 0.24 0.52 0.13 0.52 0.21 0.39 0.27 0.43 0.25 0.17 0.34 0.59 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.46 0.20 0.17 0.72 0.23 0.73 0.23 0.55 0.41 0.60 0.39 0.29 0.31 0.80 0.23 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.26 0.10 0.13 0.43 0.06 0.45 0.02 0.35 0.24 0.35 0.21 0.11 0.18 0.48 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00