ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49496

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 3, 12, 17, 12, 6, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.022, 0.055, 0.088, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.055 std_dev=0.033
O4 A 0, 0.018, 0.095, 0.172, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.095 std_dev=0.077
C2' A 0, 0.042, 0.120, 0.199, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.120 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.016, 0.105, 0.195, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.105 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.064, 0.215, 0.365, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.215 std_dev=0.150
N1 B 0, 0.256, 0.416, 0.577, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.416 std_dev=0.160
C2 B 0, 0.213, 0.375, 0.536, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.375 std_dev=0.162
C3' A 0, 0.061, 0.230, 0.399, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.230 std_dev=0.169
O2' A 0, 0.015, 0.191, 0.368, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.191 std_dev=0.177
O2 B 0, 0.393, 0.572, 0.750, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.572 std_dev=0.178
N3 B 0, 0.308, 0.495, 0.682, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.495 std_dev=0.187
C5' A 0, 0.146, 0.348, 0.550, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.348 std_dev=0.202
C1' B 0, 0.349, 0.568, 0.787, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.568 std_dev=0.219
O2' B 0, 0.421, 0.643, 0.865, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.643 std_dev=0.222
C2' B 0, 0.257, 0.481, 0.705, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.481 std_dev=0.224
O5' A 0, 0.163, 0.391, 0.619, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.391 std_dev=0.228
C4 B 0, 0.397, 0.633, 0.868, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.633 std_dev=0.235
P A 0, 0.247, 0.506, 0.765, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.506 std_dev=0.259
OP2 A 0, 0.426, 0.688, 0.951, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.688 std_dev=0.263
C6 B 0, 0.309, 0.584, 0.859, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.584 std_dev=0.275
OP1 A 0, 0.374, 0.652, 0.930, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.652 std_dev=0.278
O3' A 0, 0.068, 0.357, 0.647, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.357 std_dev=0.290
O3' B 0, 0.231, 0.524, 0.817, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.524 std_dev=0.293
C5 B 0, 0.365, 0.673, 0.981, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.673 std_dev=0.308
C3' B 0, 0.231, 0.549, 0.867, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.549 std_dev=0.318
O4 B 0, 0.528, 0.862, 1.196, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.862 std_dev=0.334
O4' B 0, 0.411, 0.784, 1.158, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.784 std_dev=0.374
C4' B 0, 0.392, 0.829, 1.266, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.829 std_dev=0.437
C5' B 0, 0.508, 1.090, 1.672, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.090 std_dev=0.582
O5' B 0, 0.542, 1.170, 1.798, 2.979 max_d=2.979 avg_d=1.170 std_dev=0.628
OP2 B 0, 1.038, 1.830, 2.623, 4.058 max_d=4.058 avg_d=1.830 std_dev=0.793
P B 0, 0.793, 1.621, 2.448, 3.796 max_d=3.796 avg_d=1.621 std_dev=0.827
OP1 B 0, 0.967, 1.840, 2.713, 4.092 max_d=4.092 avg_d=1.840 std_dev=0.873

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.09 0.09 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.01 0.03 0.20 0.19 0.23 0.19
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.07 0.01 0.03 0.08 0.01 0.14 0.16 0.15 0.13
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.14 0.01 0.13 0.03 0.11 0.08 0.12 0.08 0.02 0.01 0.16 0.02 0.15 0.15 0.09 0.11
C4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.14 0.01 0.04 0.29 0.30 0.35 0.31
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.04 0.08 0.02 0.10 0.00 0.02 0.08 0.10 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.05 0.29 0.30 0.32 0.31
C5' 0.03 0.10 0.04 0.03 0.18 0.01 0.20 0.00 0.17 0.10 0.14 0.07 0.05 0.06 0.19 0.02 0.01 0.09 0.13 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.05 0.25 0.23 0.23 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.18 0.17 0.19 0.16
N3 0.02 0.00 0.05 0.12 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.11 0.01 0.04 0.25 0.26 0.30 0.25
O2 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.02 0.05 0.16 0.16 0.21 0.16
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.10 0.08 0.09 0.05 0.07 0.06 0.10 0.09 0.00 0.08 0.12 0.07 0.07 0.12 0.13 0.07
O3' 0.05 0.07 0.03 0.01 0.14 0.02 0.14 0.06 0.11 0.06 0.11 0.09 0.08 0.00 0.18 0.03 0.16 0.18 0.13 0.14
O4 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.18 0.00 0.05 0.30 0.34 0.38 0.34
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.07 0.03 0.05 0.00 0.08 0.08 0.17 0.09
O5' 0.09 0.20 0.14 0.15 0.29 0.02 0.29 0.01 0.25 0.18 0.25 0.16 0.07 0.16 0.30 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.19 0.16 0.15 0.30 0.08 0.30 0.09 0.23 0.17 0.26 0.16 0.12 0.18 0.34 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.23 0.15 0.09 0.35 0.10 0.32 0.13 0.23 0.19 0.30 0.21 0.13 0.13 0.38 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.19 0.13 0.11 0.31 0.02 0.31 0.02 0.23 0.16 0.25 0.16 0.07 0.14 0.34 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.28 0.16 0.09 0.21 0.09 0.15 0.13 0.10 0.15 0.27 0.43 0.29 0.12 0.26 0.13 0.30 0.50 0.47 0.38
C2 0.14 0.28 0.15 0.16 0.20 0.15 0.22 0.28 0.17 0.12 0.29 0.45 0.24 0.17 0.27 0.12 0.47 0.75 0.70 0.60
C2' 0.18 0.28 0.17 0.12 0.21 0.11 0.15 0.17 0.11 0.15 0.28 0.42 0.30 0.15 0.27 0.12 0.33 0.57 0.49 0.44
C3' 0.17 0.28 0.17 0.13 0.23 0.13 0.16 0.17 0.12 0.16 0.29 0.39 0.28 0.16 0.27 0.13 0.29 0.48 0.44 0.36
C4 0.18 0.23 0.21 0.30 0.17 0.34 0.23 0.50 0.26 0.14 0.31 0.34 0.21 0.30 0.26 0.26 0.66 0.96 0.87 0.80
C4' 0.16 0.25 0.15 0.09 0.21 0.10 0.15 0.10 0.12 0.15 0.26 0.34 0.28 0.12 0.25 0.13 0.20 0.35 0.34 0.25
C5 0.18 0.24 0.22 0.31 0.23 0.34 0.14 0.47 0.19 0.13 0.32 0.31 0.23 0.31 0.31 0.26 0.60 0.86 0.72 0.70
C5' 0.18 0.24 0.19 0.14 0.22 0.16 0.19 0.15 0.16 0.17 0.24 0.31 0.30 0.16 0.25 0.16 0.19 0.32 0.30 0.23
C6 0.15 0.28 0.19 0.22 0.22 0.22 0.13 0.32 0.13 0.13 0.32 0.37 0.23 0.23 0.27 0.16 0.45 0.68 0.57 0.54
N1 0.15 0.30 0.16 0.15 0.20 0.13 0.16 0.23 0.13 0.13 0.30 0.44 0.24 0.16 0.25 0.11 0.41 0.64 0.58 0.50
N3 0.14 0.25 0.16 0.23 0.17 0.25 0.26 0.40 0.23 0.13 0.29 0.40 0.21 0.23 0.24 0.18 0.58 0.88 0.82 0.72
O2 0.17 0.28 0.15 0.13 0.23 0.11 0.24 0.23 0.17 0.13 0.27 0.47 0.27 0.14 0.32 0.11 0.44 0.72 0.69 0.57
O2' 0.19 0.26 0.16 0.08 0.21 0.10 0.17 0.11 0.11 0.14 0.25 0.41 0.30 0.12 0.28 0.14 0.28 0.53 0.46 0.39
O3' 0.16 0.27 0.16 0.14 0.22 0.13 0.16 0.17 0.13 0.16 0.28 0.37 0.27 0.17 0.28 0.13 0.27 0.46 0.44 0.34
O4 0.24 0.21 0.25 0.36 0.17 0.43 0.31 0.60 0.35 0.21 0.28 0.29 0.24 0.34 0.27 0.36 0.75 1.09 1.01 0.92
O4' 0.18 0.26 0.17 0.10 0.20 0.12 0.14 0.10 0.10 0.15 0.26 0.37 0.29 0.14 0.24 0.14 0.22 0.35 0.36 0.26
O5' 0.17 0.24 0.20 0.09 0.22 0.08 0.20 0.10 0.18 0.18 0.25 0.29 0.27 0.03 0.25 0.11 0.25 0.39 0.34 0.29
OP1 0.05 0.14 0.09 0.03 0.18 0.09 0.19 0.19 0.15 0.09 0.17 0.20 0.16 0.03 0.22 0.07 0.21 0.41 0.33 0.26
OP2 0.11 0.24 0.11 0.06 0.30 0.13 0.29 0.24 0.24 0.19 0.28 0.24 0.11 0.02 0.33 0.14 0.30 0.52 0.39 0.37
P 0.05 0.16 0.09 0.02 0.19 0.06 0.19 0.14 0.16 0.10 0.19 0.19 0.14 0.01 0.22 0.04 0.21 0.38 0.30 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.11 0.17 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.01 0.03 0.18 0.28 0.28 0.19
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.11 0.01 0.02 0.06 0.01 0.12 0.16 0.15 0.11
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.10 0.01 0.11 0.02 0.10 0.06 0.10 0.12 0.02 0.01 0.11 0.03 0.15 0.19 0.15 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.03 0.26 0.42 0.39 0.29
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.05 0.08 0.02 0.07 0.00 0.02 0.10 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.04 0.27 0.41 0.39 0.30
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.10 0.06 0.08 0.04 0.14 0.01 0.01 0.13 0.16 0.03
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.04 0.23 0.31 0.30 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.17 0.24 0.24 0.17
N3 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.01 0.03 0.22 0.35 0.35 0.24
O2 0.03 0.00 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.15 0.02 0.04 0.15 0.24 0.26 0.16
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.08 0.04 0.08 0.04 0.03 0.07 0.11 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06 0.12 0.14 0.06
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.04 0.12 0.06 0.12 0.15 0.06 0.00 0.14 0.02 0.15 0.26 0.20 0.15
O4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.14 0.00 0.03 0.28 0.46 0.43 0.32
O4' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.00 0.07 0.06 0.18 0.10
O5' 0.07 0.18 0.12 0.15 0.26 0.02 0.27 0.01 0.23 0.17 0.22 0.15 0.06 0.15 0.28 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.28 0.16 0.19 0.42 0.10 0.41 0.13 0.31 0.24 0.35 0.24 0.12 0.26 0.46 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.28 0.15 0.15 0.39 0.13 0.39 0.16 0.30 0.24 0.35 0.26 0.14 0.20 0.43 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.19 0.11 0.13 0.29 0.03 0.30 0.03 0.23 0.17 0.24 0.16 0.06 0.15 0.32 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00