ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49497

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 6, 5, 8, 10, 7, 7, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.020, 0.029, 0.039, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.020, 0.030, 0.040, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.021, 0.033, 0.044, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.033 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.022, 0.034, 0.046, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.052, 0.078, 0.105, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.078 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.049, 0.095, 0.141, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.095 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.093, 0.181, 0.268, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.181 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.026, 0.135, 0.244, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.135 std_dev=0.109
O2' A 0, 0.138, 0.255, 0.372, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.255 std_dev=0.117
C3' A 0, 0.104, 0.264, 0.423, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.264 std_dev=0.160
C4' A 0, 0.040, 0.219, 0.399, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.219 std_dev=0.180
N1 B 0, 0.337, 0.549, 0.762, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.549 std_dev=0.212
O3' A 0, 0.212, 0.431, 0.651, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.431 std_dev=0.219
C2 B 0, 0.360, 0.581, 0.802, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.581 std_dev=0.221
C1' B 0, 0.333, 0.573, 0.814, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.573 std_dev=0.241
O2 B 0, 0.394, 0.645, 0.897, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.645 std_dev=0.251
C6 B 0, 0.322, 0.582, 0.842, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.582 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.336, 0.609, 0.881, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.609 std_dev=0.272
C5 B 0, 0.319, 0.610, 0.901, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.610 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.234, 0.530, 0.826, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.530 std_dev=0.296
C4 B 0, 0.305, 0.610, 0.915, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.610 std_dev=0.305
O4' B 0, 0.310, 0.634, 0.958, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.634 std_dev=0.324
C5' A 0, 0.053, 0.378, 0.703, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.378 std_dev=0.325
O2' B 0, 0.273, 0.615, 0.958, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.615 std_dev=0.342
O5' A 0, 0.088, 0.454, 0.819, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.454 std_dev=0.365
O4 B 0, 0.290, 0.666, 1.042, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.666 std_dev=0.376
C3' B 0, 0.173, 0.550, 0.927, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.550 std_dev=0.377
P A 0, 0.131, 0.543, 0.956, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.543 std_dev=0.413
C4' B 0, 0.232, 0.653, 1.075, 2.254 max_d=2.254 avg_d=0.653 std_dev=0.421
O3' B 0, 0.140, 0.577, 1.013, 2.072 max_d=2.072 avg_d=0.577 std_dev=0.436
OP2 A 0, 0.159, 0.621, 1.084, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.621 std_dev=0.463
OP1 A 0, 0.164, 0.664, 1.164, 2.371 max_d=2.371 avg_d=0.664 std_dev=0.500
C5' B 0, 0.305, 0.819, 1.332, 3.061 max_d=3.061 avg_d=0.819 std_dev=0.513
P B 0, 0.603, 1.155, 1.707, 3.142 max_d=3.142 avg_d=1.155 std_dev=0.552
O5' B 0, 0.354, 0.951, 1.549, 3.438 max_d=3.438 avg_d=0.951 std_dev=0.597
OP2 B 0, 0.548, 1.243, 1.939, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.243 std_dev=0.696
OP1 B 0, 0.641, 1.501, 2.361, 3.693 max_d=3.693 avg_d=1.501 std_dev=0.860

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01 0.17 0.16 0.11 0.10
C2 0.03 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.03 0.27 0.24 0.26 0.21
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.12 0.01 0.03 0.06 0.01 0.17 0.21 0.15 0.12
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.09 0.04 0.09 0.12 0.02 0.01 0.09 0.02 0.20 0.27 0.17 0.17
C4 0.03 0.01 0.05 0.08 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.09 0.01 0.04 0.35 0.35 0.39 0.33
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.07 0.06 0.02 0.09 0.00 0.02 0.13 0.14 0.06
C5 0.03 0.02 0.06 0.08 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.05 0.36 0.35 0.37 0.34
C5' 0.04 0.12 0.02 0.02 0.19 0.01 0.19 0.00 0.16 0.11 0.16 0.11 0.06 0.05 0.21 0.02 0.01 0.18 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.05 0.34 0.29 0.27 0.27
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.27 0.23 0.21 0.19
N3 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.02 0.03 0.31 0.30 0.33 0.28
O2 0.06 0.01 0.12 0.12 0.02 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.15 0.03 0.06 0.23 0.21 0.22 0.18
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.08 0.13 0.00 0.06 0.07 0.05 0.08 0.17 0.10 0.07
O3' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.09 0.02 0.10 0.05 0.10 0.04 0.10 0.15 0.06 0.00 0.11 0.03 0.17 0.28 0.20 0.17
O4 0.03 0.02 0.06 0.09 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.11 0.00 0.05 0.36 0.38 0.43 0.36
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03 0.05 0.00 0.14 0.16 0.14 0.11
O5' 0.17 0.27 0.17 0.20 0.35 0.02 0.36 0.01 0.34 0.27 0.31 0.23 0.08 0.17 0.36 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.24 0.21 0.27 0.35 0.13 0.35 0.18 0.29 0.23 0.30 0.21 0.17 0.28 0.38 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.26 0.15 0.17 0.39 0.14 0.37 0.21 0.27 0.21 0.33 0.22 0.10 0.20 0.43 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.21 0.12 0.17 0.33 0.06 0.34 0.02 0.27 0.19 0.28 0.18 0.07 0.17 0.36 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.24 0.24 0.21 0.26 0.21 0.22 0.21 0.19 0.20 0.26 0.31 0.37 0.22 0.30 0.22 0.33 0.62 0.44 0.36
C2 0.25 0.26 0.24 0.19 0.25 0.19 0.22 0.22 0.19 0.22 0.25 0.35 0.36 0.19 0.31 0.21 0.42 0.82 0.46 0.44
C2' 0.22 0.23 0.22 0.16 0.24 0.17 0.21 0.17 0.17 0.18 0.25 0.32 0.35 0.18 0.29 0.19 0.32 0.60 0.44 0.35
C3' 0.19 0.21 0.20 0.15 0.21 0.15 0.20 0.16 0.16 0.16 0.22 0.29 0.32 0.16 0.25 0.16 0.31 0.54 0.43 0.33
C4 0.22 0.24 0.25 0.24 0.16 0.24 0.19 0.33 0.18 0.20 0.19 0.30 0.30 0.26 0.19 0.21 0.53 0.98 0.53 0.53
C4' 0.19 0.21 0.18 0.17 0.23 0.16 0.22 0.19 0.19 0.17 0.23 0.30 0.31 0.20 0.26 0.17 0.29 0.49 0.46 0.35
C5 0.21 0.18 0.25 0.25 0.15 0.24 0.17 0.32 0.16 0.17 0.13 0.25 0.30 0.27 0.20 0.20 0.50 0.89 0.49 0.49
C5' 0.24 0.23 0.26 0.16 0.25 0.17 0.27 0.15 0.23 0.20 0.23 0.32 0.43 0.16 0.28 0.20 0.28 0.46 0.47 0.34
C6 0.22 0.19 0.24 0.21 0.20 0.21 0.20 0.25 0.17 0.18 0.17 0.26 0.32 0.22 0.24 0.19 0.42 0.75 0.45 0.42
N1 0.24 0.23 0.24 0.19 0.23 0.19 0.21 0.21 0.18 0.20 0.23 0.32 0.35 0.19 0.28 0.20 0.38 0.73 0.44 0.40
N3 0.24 0.27 0.25 0.21 0.23 0.21 0.22 0.27 0.20 0.22 0.24 0.34 0.33 0.21 0.28 0.21 0.48 0.93 0.50 0.50
O2 0.26 0.28 0.25 0.18 0.28 0.19 0.24 0.20 0.20 0.23 0.28 0.36 0.38 0.19 0.35 0.23 0.39 0.80 0.45 0.42
O2' 0.24 0.25 0.24 0.22 0.27 0.24 0.22 0.24 0.19 0.20 0.28 0.33 0.37 0.26 0.32 0.23 0.31 0.57 0.44 0.35
O3' 0.19 0.21 0.19 0.16 0.21 0.16 0.20 0.19 0.17 0.16 0.22 0.29 0.30 0.18 0.26 0.16 0.30 0.51 0.44 0.33
O4 0.22 0.24 0.25 0.27 0.16 0.27 0.20 0.38 0.20 0.21 0.22 0.30 0.29 0.28 0.17 0.22 0.58 1.07 0.59 0.60
O4' 0.20 0.22 0.21 0.22 0.24 0.20 0.22 0.22 0.19 0.17 0.25 0.30 0.34 0.25 0.28 0.19 0.30 0.53 0.44 0.35
O5' 0.23 0.30 0.26 0.10 0.27 0.08 0.22 0.10 0.20 0.23 0.31 0.36 0.34 0.02 0.29 0.14 0.28 0.43 0.39 0.27
OP1 0.06 0.14 0.11 0.04 0.15 0.13 0.14 0.27 0.11 0.06 0.16 0.20 0.19 0.02 0.19 0.09 0.30 0.46 0.41 0.31
OP2 0.10 0.16 0.09 0.07 0.21 0.17 0.21 0.29 0.19 0.13 0.20 0.17 0.11 0.02 0.24 0.16 0.32 0.50 0.47 0.35
P 0.06 0.15 0.11 0.02 0.16 0.08 0.14 0.19 0.11 0.08 0.17 0.19 0.17 0.01 0.19 0.05 0.26 0.41 0.38 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.11 0.29 0.33 0.15
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.03 0.24 0.59 0.30 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.10 0.00 0.02 0.07 0.01 0.14 0.26 0.27 0.13
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.07 0.05 0.10 0.11 0.02 0.01 0.10 0.02 0.20 0.27 0.25 0.15
C4 0.03 0.01 0.06 0.09 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.11 0.00 0.03 0.34 0.83 0.32 0.34
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.02 0.08 0.00 0.02 0.15 0.30 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.04 0.35 0.81 0.32 0.34
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.15 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.12 0.07 0.06 0.04 0.16 0.02 0.01 0.24 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.31 0.62 0.30 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.23 0.51 0.30 0.22
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.01 0.03 0.30 0.73 0.31 0.30
O2 0.03 0.00 0.10 0.11 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.13 0.02 0.05 0.19 0.52 0.30 0.21
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.09 0.00 0.04 0.07 0.05 0.06 0.17 0.28 0.09
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.11 0.02 0.10 0.04 0.08 0.05 0.12 0.13 0.04 0.00 0.13 0.02 0.20 0.34 0.25 0.17
O4 0.03 0.02 0.07 0.10 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.13 0.00 0.04 0.36 0.91 0.35 0.37
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.11 0.18 0.41 0.16
O5' 0.11 0.24 0.14 0.20 0.34 0.02 0.35 0.01 0.31 0.23 0.30 0.19 0.06 0.20 0.36 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.59 0.26 0.27 0.83 0.15 0.81 0.24 0.62 0.51 0.73 0.52 0.17 0.34 0.91 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.30 0.27 0.25 0.32 0.30 0.32 0.29 0.30 0.30 0.31 0.30 0.28 0.25 0.35 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.24 0.13 0.15 0.34 0.06 0.34 0.02 0.28 0.22 0.30 0.21 0.09 0.17 0.37 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00