ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49498

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 5, 5, 5, 1, 3, 4, 4, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.016, 0.022, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.020, 0.039, 0.059, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.039 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.022, 0.060, 0.099, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.060 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.225, 0.360, 0.495, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.360 std_dev=0.135
C2' A 0, 0.314, 0.460, 0.607, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.460 std_dev=0.146
O5' A 0, 0.234, 0.419, 0.605, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.419 std_dev=0.185
O2' A 0, 0.722, 0.911, 1.100, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.911 std_dev=0.189
C4' A 0, 0.377, 0.575, 0.774, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.575 std_dev=0.199
C6 B 0, 0.288, 0.512, 0.736, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.512 std_dev=0.224
C3' A 0, 0.461, 0.686, 0.911, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.686 std_dev=0.225
N1 B 0, 0.197, 0.457, 0.716, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.457 std_dev=0.260
C3' B 0, 0.533, 0.816, 1.099, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.816 std_dev=0.283
C1' B 0, 0.210, 0.502, 0.794, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.502 std_dev=0.292
P A 0, 0.681, 0.980, 1.279, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.980 std_dev=0.299
C2' B 0, 0.379, 0.686, 0.992, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.686 std_dev=0.306
O4' B 0, 0.326, 0.636, 0.946, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.636 std_dev=0.310
O3' A 0, 0.586, 0.898, 1.210, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.898 std_dev=0.312
O3' B 0, 0.909, 1.230, 1.551, 1.912 max_d=1.912 avg_d=1.230 std_dev=0.321
C5' A 0, 0.743, 1.092, 1.442, 1.622 max_d=1.622 avg_d=1.092 std_dev=0.349
C5 B 0, 0.323, 0.678, 1.033, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.678 std_dev=0.355
OP2 A 0, 1.098, 1.476, 1.854, 2.387 max_d=2.387 avg_d=1.476 std_dev=0.378
OP1 A 0, 1.006, 1.387, 1.768, 2.203 max_d=2.203 avg_d=1.387 std_dev=0.381
C2 B 0, 0.224, 0.617, 1.010, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.617 std_dev=0.393
C4' B 0, 0.546, 0.972, 1.399, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.972 std_dev=0.427
N3 B 0, 0.295, 0.764, 1.232, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.764 std_dev=0.468
C4 B 0, 0.329, 0.801, 1.273, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.801 std_dev=0.472
O2 B 0, 0.283, 0.767, 1.250, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.767 std_dev=0.483
O2' B 0, 0.826, 1.372, 1.918, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.372 std_dev=0.546
C5' B 0, 0.920, 1.472, 2.023, 2.837 max_d=2.837 avg_d=1.472 std_dev=0.552
O4 B 0, 0.425, 1.041, 1.657, 2.194 max_d=2.194 avg_d=1.041 std_dev=0.616
OP2 B 0, 1.284, 1.935, 2.587, 3.481 max_d=3.481 avg_d=1.935 std_dev=0.652
P B 0, 0.742, 1.607, 2.473, 4.058 max_d=4.058 avg_d=1.607 std_dev=0.865
O5' B 0, 0.964, 1.846, 2.728, 4.119 max_d=4.119 avg_d=1.846 std_dev=0.882
OP1 B 0, 0.445, 1.644, 2.842, 5.589 max_d=5.589 avg_d=1.644 std_dev=1.199

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.01 0.02 0.12 0.13 0.15 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.10 0.00 0.03 0.06 0.01 0.10 0.14 0.09 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.09 0.05 0.09 0.11 0.02 0.01 0.11 0.01 0.13 0.17 0.09 0.11
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.03 0.18 0.21 0.25 0.20
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.03 0.18 0.21 0.24 0.20
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.11 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.03 0.15 0.16 0.16 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.10 0.11 0.12 0.11
N3 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.01 0.02 0.15 0.17 0.21 0.17
O2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.13 0.01 0.03 0.10 0.11 0.14 0.11
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.09 0.00 0.07 0.05 0.04 0.06 0.12 0.07 0.06
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.12 0.02 0.12 0.04 0.10 0.05 0.11 0.13 0.07 0.00 0.14 0.02 0.14 0.22 0.12 0.14
O4 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.03 0.19 0.24 0.28 0.23
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.07 0.07 0.09 0.06
O5' 0.04 0.12 0.10 0.13 0.18 0.02 0.18 0.01 0.15 0.10 0.15 0.10 0.06 0.14 0.19 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.07 0.13 0.14 0.17 0.21 0.06 0.21 0.06 0.16 0.11 0.17 0.11 0.12 0.22 0.24 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.15 0.09 0.09 0.25 0.07 0.24 0.09 0.16 0.12 0.21 0.14 0.07 0.12 0.28 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.13 0.09 0.11 0.20 0.02 0.20 0.02 0.15 0.11 0.17 0.11 0.06 0.14 0.23 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.17 0.29 0.11 0.32 0.13 0.28 0.18 0.19 0.17 0.22 0.29 0.48 0.10 0.43 0.19 0.63 0.80 0.49 0.60
C2 0.32 0.33 0.34 0.18 0.28 0.20 0.30 0.30 0.26 0.27 0.26 0.45 0.47 0.15 0.38 0.25 0.81 1.07 0.72 0.82
C2' 0.22 0.16 0.24 0.10 0.29 0.10 0.26 0.20 0.18 0.15 0.21 0.25 0.44 0.10 0.40 0.15 0.61 0.79 0.49 0.60
C3' 0.17 0.16 0.20 0.13 0.27 0.12 0.24 0.21 0.18 0.14 0.23 0.21 0.37 0.14 0.36 0.12 0.54 0.68 0.42 0.53
C4 0.33 0.38 0.36 0.26 0.27 0.30 0.27 0.44 0.29 0.32 0.37 0.45 0.40 0.22 0.29 0.31 0.94 1.26 0.87 0.98
C4' 0.16 0.23 0.17 0.10 0.35 0.10 0.28 0.14 0.20 0.16 0.32 0.24 0.38 0.10 0.43 0.13 0.44 0.57 0.31 0.41
C5 0.33 0.33 0.36 0.27 0.20 0.30 0.21 0.43 0.25 0.29 0.29 0.39 0.39 0.22 0.24 0.30 0.91 1.14 0.74 0.90
C5' 0.19 0.30 0.19 0.17 0.35 0.16 0.29 0.18 0.24 0.23 0.36 0.33 0.32 0.15 0.41 0.17 0.34 0.47 0.23 0.32
C6 0.30 0.26 0.35 0.22 0.17 0.23 0.21 0.33 0.21 0.24 0.18 0.36 0.42 0.18 0.26 0.25 0.80 0.97 0.60 0.76
N1 0.30 0.26 0.33 0.17 0.25 0.18 0.26 0.27 0.22 0.23 0.18 0.38 0.46 0.14 0.36 0.22 0.75 0.95 0.61 0.73
N3 0.33 0.38 0.35 0.22 0.26 0.25 0.30 0.38 0.28 0.31 0.34 0.48 0.44 0.19 0.31 0.28 0.89 1.20 0.83 0.92
O2 0.33 0.32 0.33 0.16 0.33 0.18 0.33 0.26 0.26 0.27 0.27 0.45 0.49 0.13 0.46 0.24 0.78 1.05 0.72 0.79
O2' 0.23 0.16 0.22 0.08 0.34 0.11 0.28 0.15 0.19 0.15 0.26 0.22 0.46 0.10 0.46 0.17 0.55 0.74 0.46 0.55
O3' 0.16 0.18 0.17 0.15 0.28 0.14 0.24 0.22 0.18 0.14 0.25 0.22 0.33 0.17 0.37 0.13 0.48 0.64 0.41 0.50
O4 0.34 0.40 0.35 0.28 0.34 0.34 0.29 0.50 0.31 0.33 0.43 0.46 0.38 0.24 0.38 0.34 0.98 1.37 0.97 1.06
O4' 0.21 0.18 0.25 0.08 0.36 0.11 0.29 0.13 0.20 0.14 0.31 0.21 0.47 0.10 0.46 0.15 0.52 0.66 0.35 0.48
O5' 0.11 0.17 0.16 0.05 0.27 0.06 0.24 0.16 0.18 0.13 0.24 0.19 0.25 0.02 0.33 0.07 0.45 0.56 0.30 0.42
OP1 0.06 0.15 0.08 0.03 0.23 0.06 0.22 0.12 0.17 0.09 0.20 0.21 0.15 0.02 0.30 0.04 0.30 0.60 0.31 0.35
OP2 0.11 0.20 0.12 0.07 0.34 0.15 0.35 0.28 0.29 0.19 0.27 0.17 0.10 0.02 0.39 0.12 0.43 0.63 0.38 0.45
P 0.05 0.14 0.09 0.02 0.24 0.07 0.24 0.16 0.19 0.10 0.20 0.16 0.13 0.01 0.29 0.03 0.36 0.55 0.29 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.19 0.28 0.14 0.16
C2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.01 0.02 0.38 0.54 0.28 0.33
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.03 0.07 0.12 0.00 0.02 0.08 0.01 0.24 0.32 0.12 0.20
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.13 0.00 0.12 0.02 0.11 0.07 0.14 0.15 0.02 0.01 0.16 0.01 0.33 0.40 0.15 0.28
C4 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.00 0.03 0.54 0.76 0.49 0.49
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.07 0.05 0.08 0.06 0.06 0.02 0.11 0.00 0.02 0.17 0.27 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.04 0.55 0.74 0.47 0.50
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.17 0.01 0.16 0.00 0.13 0.09 0.14 0.09 0.06 0.04 0.19 0.02 0.01 0.26 0.41 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.04 0.48 0.59 0.32 0.40
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.37 0.48 0.22 0.30
N3 0.02 0.00 0.07 0.14 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.01 0.02 0.47 0.67 0.39 0.42
O2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.17 0.01 0.05 0.31 0.47 0.23 0.28
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.02 0.05 0.09 0.00 0.05 0.06 0.05 0.07 0.19 0.15 0.07
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.16 0.02 0.15 0.04 0.13 0.07 0.16 0.17 0.05 0.00 0.20 0.02 0.29 0.46 0.21 0.28
O4 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.03 0.57 0.82 0.56 0.54
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.14 0.20 0.27 0.15
O5' 0.19 0.38 0.24 0.33 0.54 0.02 0.55 0.01 0.48 0.37 0.47 0.31 0.07 0.29 0.57 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.54 0.32 0.40 0.76 0.17 0.74 0.26 0.59 0.48 0.67 0.47 0.19 0.46 0.82 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.28 0.12 0.15 0.49 0.27 0.47 0.41 0.32 0.22 0.39 0.23 0.15 0.21 0.56 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.33 0.20 0.28 0.49 0.03 0.50 0.01 0.40 0.30 0.42 0.28 0.07 0.28 0.54 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00