ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49499

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 0, 3, 2, 2, 5, 5, 6, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.035, 0.072, 0.109, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.072 std_dev=0.037
O2 A 0, 0.020, 0.058, 0.096, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.058 std_dev=0.038
C3' B 0, 0.200, 0.367, 0.534, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.367 std_dev=0.167
C4' B 0, 0.259, 0.434, 0.609, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.434 std_dev=0.175
O4' B 0, 0.224, 0.402, 0.580, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.402 std_dev=0.178
C2' B 0, 0.158, 0.347, 0.536, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.347 std_dev=0.189
C1' B 0, 0.190, 0.386, 0.581, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.386 std_dev=0.196
N1 B 0, 0.270, 0.490, 0.710, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.490 std_dev=0.220
O3' B 0, 0.275, 0.508, 0.740, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.508 std_dev=0.233
O4' A 0, 0.241, 0.481, 0.721, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.481 std_dev=0.240
C2' A 0, 0.275, 0.516, 0.757, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.516 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.314, 0.557, 0.799, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.557 std_dev=0.243
O2' B 0, 0.236, 0.489, 0.743, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.489 std_dev=0.253
C5' B 0, 0.339, 0.599, 0.860, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.599 std_dev=0.260
OP2 A 0, 0.446, 0.709, 0.973, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.709 std_dev=0.263
P A 0, 0.399, 0.675, 0.951, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.675 std_dev=0.276
C2 B 0, 0.336, 0.652, 0.968, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.652 std_dev=0.316
O5' A 0, 0.447, 0.779, 1.110, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.779 std_dev=0.331
C5 B 0, 0.394, 0.726, 1.058, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.726 std_dev=0.332
OP1 A 0, 0.458, 0.829, 1.199, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.829 std_dev=0.370
O5' B 0, 0.330, 0.705, 1.080, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.705 std_dev=0.375
O2 B 0, 0.369, 0.748, 1.127, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.748 std_dev=0.379
N3 B 0, 0.405, 0.785, 1.165, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.785 std_dev=0.380
C4 B 0, 0.438, 0.820, 1.202, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.820 std_dev=0.382
C4' A 0, 0.557, 1.006, 1.455, 1.612 max_d=1.612 avg_d=1.006 std_dev=0.449
C5' A 0, 0.470, 0.934, 1.398, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.934 std_dev=0.464
O4 B 0, 0.511, 0.988, 1.465, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.988 std_dev=0.477
O2' A 0, 0.690, 1.176, 1.661, 1.645 max_d=1.645 avg_d=1.176 std_dev=0.485
C3' A 0, 0.798, 1.408, 2.017, 1.918 max_d=1.918 avg_d=1.408 std_dev=0.610
P B 0, 0.333, 0.962, 1.592, 3.299 max_d=3.299 avg_d=0.962 std_dev=0.629
OP1 B 0, 0.374, 1.084, 1.795, 3.891 max_d=3.891 avg_d=1.084 std_dev=0.710
OP2 B 0, 0.335, 1.094, 1.853, 4.093 max_d=4.093 avg_d=1.094 std_dev=0.759
O3' A 0, 1.522, 2.641, 3.761, 3.608 max_d=3.608 avg_d=2.641 std_dev=1.119

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.25 0.03 0.01 0.14 0.14 0.23 0.16
C2 0.03 0.00 0.11 0.17 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.18 0.01 0.06 0.10 0.11 0.21 0.13
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.15 0.09 0.03 0.09 0.19 0.00 0.02 0.06 0.01 0.30 0.32 0.39 0.32
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.31 0.01 0.34 0.02 0.30 0.19 0.24 0.12 0.02 0.01 0.33 0.02 0.08 0.11 0.14 0.09
C4 0.03 0.01 0.06 0.31 0.00 0.13 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.17 0.01 0.05 0.18 0.19 0.26 0.19
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.16 0.08 0.08 0.06 0.24 0.03 0.14 0.01 0.02 0.07 0.04 0.04
C5 0.03 0.02 0.07 0.34 0.01 0.17 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.24 0.02 0.07 0.20 0.20 0.25 0.20
C5' 0.05 0.06 0.15 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.15 0.07 0.09 0.07 0.10 0.17 0.16 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.30 0.01 0.16 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.19 0.02 0.08 0.15 0.14 0.21 0.15
N1 0.02 0.01 0.03 0.19 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.10 0.02 0.03 0.10 0.11 0.20 0.13
N3 0.03 0.00 0.09 0.24 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.13 0.01 0.05 0.13 0.15 0.23 0.15
O2 0.06 0.01 0.19 0.12 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.34 0.02 0.09 0.11 0.12 0.20 0.12
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.26 0.24 0.27 0.10 0.22 0.16 0.22 0.12 0.00 0.06 0.28 0.16 0.19 0.21 0.41 0.23
O3' 0.25 0.18 0.02 0.01 0.17 0.03 0.24 0.17 0.19 0.10 0.13 0.34 0.06 0.00 0.20 0.18 0.24 0.38 0.32 0.30
O4 0.03 0.01 0.06 0.33 0.01 0.14 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.02 0.28 0.20 0.00 0.05 0.20 0.23 0.30 0.22
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.05 0.09 0.16 0.18 0.05 0.00 0.09 0.11 0.15 0.12
O5' 0.14 0.10 0.30 0.08 0.18 0.02 0.20 0.01 0.15 0.10 0.13 0.11 0.19 0.24 0.20 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.11 0.32 0.11 0.19 0.07 0.20 0.08 0.14 0.11 0.15 0.12 0.21 0.38 0.23 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.21 0.39 0.14 0.26 0.04 0.25 0.02 0.21 0.20 0.23 0.20 0.41 0.32 0.30 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.13 0.32 0.09 0.19 0.04 0.20 0.02 0.15 0.13 0.15 0.12 0.23 0.30 0.22 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.33 0.17 0.17 0.27 0.17 0.22 0.18 0.20 0.23 0.33 0.43 0.23 0.20 0.30 0.19 0.31 0.43 0.43 0.33
C2 0.14 0.27 0.11 0.15 0.31 0.14 0.27 0.19 0.21 0.19 0.33 0.32 0.17 0.16 0.36 0.15 0.37 0.47 0.51 0.41
C2' 0.17 0.29 0.16 0.18 0.23 0.17 0.18 0.18 0.15 0.17 0.30 0.41 0.24 0.24 0.28 0.15 0.29 0.50 0.48 0.37
C3' 0.19 0.32 0.17 0.14 0.35 0.11 0.31 0.17 0.26 0.24 0.36 0.39 0.26 0.10 0.39 0.14 0.31 0.49 0.52 0.40
C4 0.11 0.17 0.13 0.15 0.20 0.16 0.21 0.24 0.17 0.12 0.19 0.23 0.17 0.16 0.24 0.14 0.46 0.58 0.64 0.54
C4' 0.19 0.26 0.17 0.11 0.21 0.12 0.18 0.12 0.17 0.18 0.25 0.35 0.29 0.12 0.23 0.15 0.22 0.39 0.36 0.27
C5 0.12 0.18 0.15 0.17 0.16 0.19 0.18 0.25 0.15 0.12 0.18 0.24 0.19 0.18 0.20 0.17 0.45 0.58 0.62 0.52
C5' 0.22 0.25 0.23 0.11 0.19 0.12 0.18 0.08 0.19 0.20 0.23 0.33 0.33 0.07 0.19 0.17 0.18 0.38 0.31 0.24
C6 0.16 0.24 0.16 0.17 0.19 0.18 0.19 0.22 0.16 0.17 0.23 0.32 0.21 0.17 0.22 0.18 0.39 0.51 0.53 0.44
N1 0.17 0.29 0.14 0.16 0.26 0.16 0.22 0.19 0.19 0.20 0.31 0.37 0.19 0.17 0.29 0.16 0.35 0.46 0.49 0.39
N3 0.11 0.21 0.11 0.14 0.29 0.14 0.26 0.21 0.20 0.15 0.27 0.24 0.17 0.14 0.34 0.14 0.42 0.52 0.58 0.48
O2 0.15 0.29 0.11 0.15 0.36 0.14 0.29 0.18 0.23 0.21 0.37 0.33 0.17 0.17 0.41 0.15 0.35 0.43 0.48 0.37
O2' 0.23 0.32 0.19 0.16 0.23 0.17 0.20 0.17 0.18 0.22 0.30 0.47 0.30 0.18 0.26 0.20 0.28 0.48 0.49 0.35
O3' 0.18 0.23 0.17 0.15 0.20 0.11 0.21 0.20 0.18 0.15 0.22 0.36 0.32 0.18 0.24 0.12 0.32 0.56 0.55 0.43
O4 0.11 0.17 0.13 0.15 0.16 0.17 0.20 0.25 0.16 0.11 0.18 0.24 0.17 0.16 0.21 0.15 0.50 0.64 0.71 0.60
O4' 0.20 0.28 0.17 0.18 0.21 0.17 0.18 0.19 0.18 0.20 0.26 0.37 0.24 0.21 0.23 0.18 0.28 0.40 0.37 0.29
O5' 0.15 0.21 0.19 0.06 0.17 0.05 0.17 0.10 0.16 0.15 0.20 0.27 0.26 0.02 0.19 0.09 0.20 0.42 0.36 0.28
OP1 0.03 0.09 0.07 0.02 0.12 0.09 0.16 0.16 0.14 0.05 0.11 0.16 0.11 0.01 0.16 0.06 0.20 0.42 0.32 0.28
OP2 0.08 0.15 0.11 0.06 0.20 0.15 0.22 0.25 0.19 0.12 0.18 0.18 0.11 0.03 0.23 0.12 0.28 0.54 0.46 0.40
P 0.05 0.11 0.09 0.02 0.13 0.07 0.15 0.14 0.14 0.07 0.12 0.17 0.12 0.01 0.15 0.04 0.18 0.42 0.33 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.17 0.12 0.13 0.09
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.03 0.27 0.23 0.21 0.20
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.10 0.01 0.02 0.05 0.01 0.13 0.17 0.09 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.04 0.05 0.09 0.02 0.01 0.07 0.01 0.13 0.23 0.12 0.10
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.05 0.35 0.37 0.40 0.37
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.09 0.18 0.10
C5 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.02 0.05 0.36 0.40 0.42 0.40
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.08 0.06 0.06 0.03 0.11 0.02 0.01 0.16 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.03 0.05 0.34 0.32 0.29 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.27 0.22 0.18 0.19
N3 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.32 0.30 0.31 0.28
O2 0.04 0.01 0.10 0.09 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.12 0.04 0.05 0.23 0.17 0.16 0.14
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.10 0.00 0.04 0.05 0.05 0.06 0.13 0.16 0.13
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.03 0.10 0.03 0.06 0.12 0.04 0.00 0.09 0.02 0.11 0.28 0.17 0.15
O4 0.04 0.02 0.05 0.07 0.01 0.06 0.02 0.11 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.09 0.00 0.06 0.36 0.41 0.46 0.41
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.00 0.14 0.11 0.22 0.14
O5' 0.17 0.27 0.13 0.13 0.35 0.02 0.36 0.01 0.34 0.27 0.32 0.23 0.06 0.11 0.36 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.23 0.17 0.23 0.37 0.09 0.40 0.16 0.32 0.22 0.30 0.17 0.13 0.28 0.41 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.21 0.09 0.12 0.40 0.18 0.42 0.16 0.29 0.18 0.31 0.16 0.16 0.17 0.46 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.20 0.06 0.10 0.37 0.10 0.40 0.02 0.31 0.19 0.28 0.14 0.13 0.15 0.41 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00