ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49500

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 2, 8, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.015, 0.044, 0.074, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.044 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.041, 0.079, 0.117, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.079 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.055, 0.132, 0.210, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.132 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.038, 0.127, 0.217, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.127 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.111, 0.227, 0.343, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.227 std_dev=0.116
C3' A 0, 0.126, 0.260, 0.394, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.260 std_dev=0.134
C4' A 0, 0.081, 0.216, 0.351, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.216 std_dev=0.135
N1 B 0, 0.253, 0.424, 0.595, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.424 std_dev=0.171
C2 B 0, 0.317, 0.488, 0.659, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.488 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.257, 0.448, 0.638, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.448 std_dev=0.191
O3' A 0, 0.215, 0.422, 0.630, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.422 std_dev=0.208
C5' A 0, 0.180, 0.390, 0.600, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.390 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.325, 0.537, 0.748, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.537 std_dev=0.212
O2 B 0, 0.397, 0.626, 0.855, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.626 std_dev=0.229
C1' B 0, 0.307, 0.544, 0.781, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.544 std_dev=0.237
O5' A 0, 0.254, 0.494, 0.734, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.494 std_dev=0.240
C2' B 0, 0.275, 0.537, 0.800, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.537 std_dev=0.262
C5 B 0, 0.252, 0.514, 0.777, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.514 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.290, 0.559, 0.828, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.559 std_dev=0.269
O4' B 0, 0.413, 0.685, 0.957, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.685 std_dev=0.272
O2' B 0, 0.429, 0.734, 1.038, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.734 std_dev=0.305
C3' B 0, 0.288, 0.604, 0.920, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.604 std_dev=0.316
O3' B 0, 0.372, 0.699, 1.025, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.699 std_dev=0.326
P A 0, 0.328, 0.655, 0.982, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.655 std_dev=0.327
C4' B 0, 0.433, 0.765, 1.098, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.765 std_dev=0.332
O4 B 0, 0.351, 0.723, 1.095, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.723 std_dev=0.372
O5' B 0, 0.573, 0.988, 1.404, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.988 std_dev=0.416
C5' B 0, 0.511, 0.934, 1.358, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.934 std_dev=0.423
OP2 A 0, 0.308, 0.829, 1.349, 2.561 max_d=2.561 avg_d=0.829 std_dev=0.520
OP1 A 0, 0.285, 0.807, 1.329, 2.582 max_d=2.582 avg_d=0.807 std_dev=0.522
P B 0, 0.709, 1.301, 1.893, 2.467 max_d=2.467 avg_d=1.301 std_dev=0.592
OP2 B 0, 0.672, 1.296, 1.920, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.296 std_dev=0.624
OP1 B 0, 0.658, 1.636, 2.613, 3.878 max_d=3.878 avg_d=1.636 std_dev=0.977

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.12 0.23 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.03 0.15 0.17 0.38 0.20
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.09 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.15 0.21 0.11
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.09 0.10 0.03 0.01 0.11 0.01 0.10 0.19 0.20 0.12
C4 0.03 0.02 0.04 0.09 0.00 0.07 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.03 0.20 0.24 0.51 0.28
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.10 0.14 0.05
C5 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.12 0.02 0.03 0.20 0.22 0.49 0.26
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.13 0.09 0.12 0.08 0.04 0.03 0.16 0.02 0.01 0.08 0.13 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.02 0.03 0.16 0.16 0.39 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.13 0.15 0.33 0.17
N3 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.03 0.18 0.21 0.46 0.25
O2 0.05 0.01 0.09 0.10 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.12 0.02 0.06 0.14 0.17 0.35 0.18
O2' 0.03 0.05 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.09 0.00 0.06 0.04 0.05 0.06 0.16 0.21 0.11
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.03 0.10 0.05 0.11 0.12 0.06 0.00 0.14 0.01 0.12 0.27 0.25 0.14
O4 0.03 0.02 0.05 0.11 0.01 0.08 0.02 0.16 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.14 0.00 0.03 0.22 0.28 0.56 0.31
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.10 0.14 0.20 0.10
O5' 0.07 0.15 0.08 0.10 0.20 0.02 0.20 0.01 0.16 0.13 0.18 0.14 0.06 0.12 0.22 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.17 0.15 0.19 0.24 0.10 0.22 0.08 0.16 0.15 0.21 0.17 0.16 0.27 0.28 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.38 0.21 0.20 0.51 0.14 0.49 0.13 0.39 0.33 0.46 0.35 0.21 0.25 0.56 0.20 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.11 0.12 0.28 0.05 0.26 0.02 0.20 0.17 0.25 0.18 0.11 0.14 0.31 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.25 0.22 0.18 0.37 0.19 0.30 0.19 0.22 0.21 0.34 0.27 0.37 0.16 0.45 0.21 0.27 0.66 0.41 0.39
C2 0.22 0.19 0.21 0.19 0.39 0.20 0.37 0.29 0.27 0.20 0.26 0.26 0.35 0.16 0.50 0.20 0.44 0.89 0.63 0.60
C2' 0.22 0.23 0.20 0.15 0.34 0.15 0.27 0.17 0.20 0.18 0.31 0.27 0.36 0.13 0.43 0.19 0.32 0.70 0.45 0.44
C3' 0.20 0.19 0.19 0.13 0.26 0.13 0.20 0.14 0.16 0.15 0.25 0.24 0.34 0.11 0.34 0.16 0.33 0.69 0.42 0.45
C4 0.21 0.20 0.20 0.25 0.27 0.28 0.37 0.43 0.30 0.20 0.15 0.31 0.26 0.23 0.33 0.24 0.60 1.07 0.77 0.77
C4' 0.20 0.22 0.18 0.15 0.26 0.15 0.19 0.13 0.16 0.16 0.28 0.28 0.34 0.18 0.33 0.19 0.21 0.56 0.28 0.31
C5 0.20 0.14 0.20 0.26 0.21 0.29 0.29 0.41 0.27 0.19 0.11 0.20 0.24 0.23 0.24 0.25 0.55 0.96 0.64 0.68
C5' 0.21 0.23 0.19 0.17 0.23 0.16 0.19 0.14 0.18 0.18 0.25 0.28 0.33 0.21 0.27 0.19 0.23 0.54 0.24 0.31
C6 0.21 0.17 0.20 0.22 0.26 0.23 0.27 0.31 0.24 0.20 0.20 0.19 0.27 0.18 0.31 0.21 0.42 0.80 0.50 0.53
N1 0.22 0.20 0.21 0.19 0.35 0.19 0.32 0.26 0.24 0.20 0.28 0.22 0.34 0.15 0.42 0.19 0.38 0.79 0.52 0.51
N3 0.21 0.19 0.20 0.21 0.36 0.23 0.39 0.36 0.30 0.20 0.19 0.31 0.31 0.19 0.46 0.21 0.53 1.01 0.73 0.71
O2 0.24 0.20 0.22 0.18 0.43 0.19 0.39 0.26 0.27 0.21 0.30 0.27 0.39 0.16 0.56 0.21 0.41 0.88 0.63 0.58
O2' 0.24 0.29 0.21 0.16 0.39 0.17 0.30 0.16 0.22 0.22 0.38 0.33 0.36 0.15 0.49 0.22 0.26 0.65 0.41 0.39
O3' 0.19 0.20 0.18 0.12 0.26 0.12 0.20 0.14 0.16 0.15 0.26 0.26 0.33 0.12 0.34 0.16 0.35 0.71 0.43 0.47
O4 0.21 0.26 0.19 0.27 0.24 0.33 0.38 0.50 0.32 0.22 0.25 0.36 0.24 0.26 0.29 0.28 0.67 1.18 0.89 0.88
O4' 0.22 0.24 0.21 0.18 0.30 0.19 0.22 0.17 0.18 0.18 0.30 0.27 0.37 0.20 0.36 0.22 0.18 0.53 0.29 0.27
O5' 0.24 0.23 0.26 0.09 0.22 0.13 0.20 0.10 0.20 0.20 0.23 0.28 0.39 0.02 0.24 0.19 0.32 0.63 0.30 0.39
OP1 0.37 0.25 0.32 0.14 0.21 0.31 0.24 0.18 0.28 0.27 0.21 0.31 0.53 0.02 0.21 0.40 0.27 0.55 0.16 0.27
OP2 0.18 0.34 0.16 0.19 0.47 0.16 0.47 0.33 0.40 0.31 0.42 0.31 0.21 0.04 0.51 0.16 0.40 0.77 0.45 0.50
P 0.12 0.13 0.15 0.02 0.18 0.09 0.18 0.10 0.17 0.10 0.16 0.18 0.31 0.01 0.21 0.11 0.26 0.59 0.22 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.14 0.37 0.14 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.04 0.03 0.21 0.55 0.32 0.23
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.15 0.01 0.02 0.07 0.01 0.15 0.39 0.15 0.19
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.11 0.01 0.15 0.03 0.16 0.07 0.09 0.13 0.03 0.01 0.13 0.01 0.21 0.40 0.16 0.25
C4 0.02 0.02 0.05 0.11 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.13 0.01 0.04 0.29 0.66 0.53 0.34
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.07 0.07 0.06 0.02 0.11 0.01 0.04 0.16 0.14 0.06
C5 0.01 0.02 0.07 0.15 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.18 0.02 0.04 0.31 0.63 0.53 0.34
C5' 0.03 0.10 0.02 0.03 0.19 0.01 0.22 0.00 0.19 0.11 0.15 0.08 0.06 0.05 0.21 0.02 0.02 0.18 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.17 0.02 0.04 0.27 0.54 0.38 0.27
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.20 0.49 0.28 0.21
N3 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.10 0.03 0.03 0.25 0.62 0.43 0.29
O2 0.05 0.01 0.15 0.13 0.04 0.07 0.03 0.08 0.02 0.02 0.03 0.00 0.18 0.17 0.06 0.05 0.18 0.52 0.26 0.20
O2' 0.02 0.11 0.01 0.03 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.10 0.18 0.00 0.04 0.07 0.06 0.11 0.32 0.11 0.15
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.13 0.02 0.18 0.05 0.17 0.06 0.10 0.17 0.04 0.00 0.15 0.02 0.26 0.49 0.23 0.32
O4 0.03 0.04 0.07 0.13 0.01 0.11 0.02 0.21 0.02 0.02 0.03 0.06 0.07 0.15 0.00 0.04 0.30 0.69 0.59 0.37
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.04 0.00 0.17 0.31 0.17 0.16
O5' 0.14 0.21 0.15 0.21 0.29 0.04 0.31 0.02 0.27 0.20 0.25 0.18 0.11 0.26 0.30 0.17 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.37 0.55 0.39 0.40 0.66 0.16 0.63 0.18 0.54 0.49 0.62 0.52 0.32 0.49 0.69 0.31 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.32 0.15 0.16 0.53 0.14 0.53 0.25 0.38 0.28 0.43 0.26 0.11 0.23 0.59 0.17 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.23 0.19 0.25 0.34 0.06 0.34 0.02 0.27 0.21 0.29 0.20 0.15 0.32 0.37 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00