ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49501

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 2, 2, 1, 0, 2, 1, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.021, 0.051, 0.080, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.051 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.028, 0.114, 0.199, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.114 std_dev=0.085
O4' A 0, 0.054, 0.167, 0.280, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.167 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.055, 0.175, 0.294, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.175 std_dev=0.120
O2' A 0, 0.081, 0.233, 0.384, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.233 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.102, 0.266, 0.429, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.266 std_dev=0.163
C3' A 0, 0.108, 0.295, 0.482, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.295 std_dev=0.187
C4 B 0, 0.161, 0.374, 0.588, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.374 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.174, 0.394, 0.614, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.394 std_dev=0.220
O4 B 0, 0.246, 0.474, 0.702, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.474 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.224, 0.503, 0.782, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.503 std_dev=0.279
O3' A 0, 0.158, 0.438, 0.718, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.438 std_dev=0.280
C5' A 0, 0.155, 0.438, 0.720, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.438 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.227, 0.531, 0.836, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.531 std_dev=0.305
C2 B 0, 0.234, 0.609, 0.985, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.609 std_dev=0.375
N1 B 0, 0.231, 0.612, 0.994, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.612 std_dev=0.381
C2' B 0, 0.221, 0.644, 1.068, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.644 std_dev=0.424
O5' A 0, 0.130, 0.630, 1.129, 2.092 max_d=2.092 avg_d=0.630 std_dev=0.500
O2 B 0, 0.279, 0.783, 1.288, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.783 std_dev=0.505
OP1 A 0, 0.277, 0.801, 1.324, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.801 std_dev=0.523
P A 0, 0.255, 0.779, 1.303, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.779 std_dev=0.524
C3' B 0, 0.228, 0.755, 1.282, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.755 std_dev=0.527
O3' B 0, 0.236, 0.772, 1.308, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.772 std_dev=0.536
C1' B 0, 0.245, 0.802, 1.359, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.802 std_dev=0.557
O2' B 0, 0.282, 0.883, 1.484, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.883 std_dev=0.601
OP2 A 0, 0.334, 0.958, 1.581, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.958 std_dev=0.624
O4' B 0, 0.256, 1.019, 1.781, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.019 std_dev=0.763
C4' B 0, 0.261, 1.058, 1.854, 2.254 max_d=2.254 avg_d=1.058 std_dev=0.797
C5' B 0, 0.235, 1.256, 2.277, 2.833 max_d=2.833 avg_d=1.256 std_dev=1.021
O5' B 0, 0.459, 1.548, 2.638, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.548 std_dev=1.090
P B 0, 0.559, 2.446, 4.333, 5.387 max_d=5.387 avg_d=2.446 std_dev=1.887
OP2 B 0, 0.306, 2.545, 4.785, 6.465 max_d=6.465 avg_d=2.545 std_dev=2.240
OP1 B 0, 0.703, 3.185, 5.667, 6.990 max_d=6.990 avg_d=3.185 std_dev=2.482

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.06 0.29 0.09
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.02 0.04 0.18 0.12 0.28 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.09 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.09 0.23 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.02 0.12 0.06 0.08 0.07 0.02 0.01 0.11 0.01 0.17 0.12 0.17 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.04 0.29 0.23 0.30 0.23
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.05 0.07 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.24 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.05 0.31 0.23 0.30 0.24
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.10 0.05 0.06 0.04 0.15 0.01 0.01 0.08 0.19 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.05 0.26 0.17 0.28 0.17
N1 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.17 0.11 0.28 0.12
N3 0.03 0.00 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.01 0.04 0.24 0.18 0.29 0.18
O2 0.04 0.00 0.09 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.10 0.02 0.06 0.13 0.09 0.28 0.11
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.08 0.13 0.00 0.05 0.06 0.06 0.09 0.10 0.22 0.05
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.04 0.14 0.06 0.09 0.10 0.05 0.00 0.15 0.02 0.16 0.19 0.15 0.11
O4 0.03 0.02 0.06 0.11 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.15 0.00 0.05 0.31 0.27 0.32 0.27
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.06 0.02 0.05 0.00 0.06 0.07 0.33 0.12
O5' 0.07 0.18 0.13 0.17 0.29 0.02 0.31 0.01 0.26 0.17 0.24 0.13 0.09 0.16 0.31 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.12 0.09 0.12 0.23 0.07 0.23 0.08 0.17 0.11 0.18 0.09 0.10 0.19 0.27 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.28 0.23 0.17 0.30 0.24 0.30 0.19 0.28 0.28 0.29 0.28 0.22 0.15 0.32 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.13 0.05 0.06 0.23 0.04 0.24 0.02 0.17 0.12 0.18 0.11 0.05 0.11 0.27 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.14 0.17 0.13 0.19 0.13 0.22 0.24 0.20 0.15 0.15 0.24 0.30 0.13 0.26 0.13 0.72 1.02 1.03 0.90
C2 0.13 0.17 0.14 0.12 0.17 0.14 0.23 0.31 0.18 0.11 0.15 0.29 0.25 0.13 0.26 0.10 0.86 1.31 1.54 1.22
C2' 0.17 0.14 0.17 0.14 0.18 0.13 0.21 0.26 0.20 0.14 0.15 0.24 0.32 0.14 0.27 0.12 0.73 1.14 1.01 0.94
C3' 0.17 0.13 0.18 0.16 0.18 0.15 0.22 0.26 0.22 0.14 0.15 0.22 0.31 0.16 0.25 0.12 0.69 1.09 0.80 0.84
C4 0.14 0.18 0.14 0.23 0.19 0.31 0.21 0.48 0.18 0.11 0.23 0.24 0.16 0.22 0.28 0.28 0.99 1.61 1.88 1.50
C4' 0.19 0.13 0.19 0.13 0.16 0.11 0.20 0.17 0.21 0.15 0.15 0.22 0.33 0.14 0.21 0.14 0.59 0.80 0.58 0.62
C5 0.19 0.21 0.16 0.27 0.19 0.38 0.21 0.53 0.20 0.16 0.22 0.26 0.17 0.24 0.26 0.34 0.97 1.56 1.59 1.39
C5' 0.20 0.17 0.21 0.18 0.18 0.17 0.22 0.20 0.24 0.17 0.18 0.24 0.29 0.19 0.21 0.18 0.52 0.66 0.37 0.46
C6 0.14 0.19 0.13 0.23 0.18 0.29 0.22 0.43 0.19 0.13 0.20 0.26 0.16 0.20 0.23 0.25 0.86 1.33 1.27 1.16
N1 0.11 0.14 0.12 0.15 0.18 0.17 0.23 0.32 0.19 0.10 0.15 0.25 0.22 0.14 0.25 0.13 0.82 1.22 1.29 1.10
N3 0.08 0.18 0.12 0.16 0.16 0.21 0.22 0.38 0.16 0.06 0.21 0.27 0.19 0.17 0.25 0.15 0.93 1.48 1.79 1.40
O2 0.21 0.22 0.20 0.10 0.19 0.12 0.24 0.25 0.20 0.18 0.15 0.35 0.32 0.11 0.29 0.13 0.83 1.24 1.53 1.18
O2' 0.21 0.16 0.19 0.15 0.22 0.13 0.22 0.22 0.20 0.16 0.19 0.25 0.34 0.17 0.30 0.15 0.71 1.04 0.96 0.88
O3' 0.18 0.12 0.19 0.16 0.18 0.14 0.23 0.25 0.22 0.14 0.15 0.22 0.33 0.17 0.25 0.13 0.66 1.07 0.71 0.79
O4 0.21 0.23 0.19 0.26 0.25 0.36 0.23 0.53 0.23 0.19 0.29 0.27 0.20 0.25 0.35 0.35 1.02 1.73 2.10 1.63
O4' 0.20 0.13 0.18 0.13 0.16 0.12 0.20 0.18 0.21 0.16 0.15 0.22 0.31 0.13 0.22 0.15 0.62 0.79 0.73 0.68
O5' 0.19 0.17 0.24 0.07 0.20 0.06 0.23 0.16 0.22 0.14 0.18 0.26 0.40 0.02 0.25 0.09 0.57 0.87 0.45 0.60
OP1 0.07 0.15 0.11 0.03 0.19 0.08 0.24 0.19 0.21 0.10 0.16 0.23 0.17 0.03 0.22 0.05 0.43 0.53 0.54 0.29
OP2 0.17 0.27 0.22 0.08 0.34 0.18 0.36 0.36 0.32 0.23 0.31 0.30 0.21 0.03 0.36 0.16 0.64 1.17 0.42 0.72
P 0.09 0.16 0.14 0.02 0.21 0.08 0.25 0.19 0.22 0.12 0.18 0.22 0.20 0.01 0.24 0.04 0.50 0.69 0.35 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.27 0.44 0.25 0.17
C2 0.02 0.00 0.09 0.13 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.01 0.03 0.55 0.43 0.91 0.58
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.08 0.16 0.00 0.02 0.06 0.01 0.29 0.37 0.11 0.12
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.13 0.00 0.15 0.02 0.15 0.07 0.14 0.18 0.02 0.01 0.15 0.02 0.36 0.25 0.10 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.04 0.74 0.78 1.58 1.05
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.10 0.08 0.05 0.02 0.14 0.00 0.03 0.39 0.35 0.20
C5 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.14 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.18 0.01 0.05 0.73 0.78 1.57 1.06
C5' 0.05 0.17 0.02 0.02 0.26 0.01 0.27 0.00 0.24 0.16 0.22 0.14 0.05 0.05 0.28 0.02 0.01 0.20 0.35 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.13 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.05 0.63 0.51 1.15 0.80
N1 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.51 0.33 0.79 0.51
N3 0.02 0.00 0.08 0.14 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.01 0.04 0.66 0.59 1.28 0.83
O2 0.03 0.01 0.16 0.18 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.22 0.02 0.04 0.46 0.47 0.69 0.42
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.07 0.14 0.00 0.05 0.05 0.06 0.12 0.68 0.32 0.27
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.15 0.02 0.18 0.05 0.17 0.07 0.15 0.22 0.05 0.00 0.18 0.02 0.32 0.23 0.43 0.14
O4 0.02 0.01 0.06 0.15 0.00 0.14 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.18 0.00 0.05 0.79 0.94 1.79 1.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.05 0.00 0.20 0.50 0.15 0.19
O5' 0.27 0.55 0.29 0.36 0.74 0.03 0.73 0.01 0.63 0.51 0.66 0.46 0.12 0.32 0.79 0.20 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.44 0.43 0.37 0.25 0.78 0.39 0.78 0.20 0.51 0.33 0.59 0.47 0.68 0.23 0.94 0.50 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.91 0.11 0.10 1.58 0.35 1.57 0.35 1.15 0.79 1.28 0.69 0.32 0.43 1.79 0.15 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.58 0.12 0.17 1.05 0.20 1.06 0.01 0.80 0.51 0.83 0.42 0.27 0.14 1.18 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00