ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49502

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 4, 3, 0, 1, 3, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.016 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.007, 0.035, 0.064, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.035 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.019, 0.055, 0.092, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.055 std_dev=0.037
O2' A 0, 0.100, 0.281, 0.462, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.281 std_dev=0.181
C2' A 0, 0.083, 0.302, 0.522, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.302 std_dev=0.220
O4' A 0, 0.066, 0.318, 0.569, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.318 std_dev=0.252
C2 B 0, 0.337, 0.596, 0.855, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.596 std_dev=0.259
C4 B 0, 0.421, 0.692, 0.962, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.692 std_dev=0.271
N3 B 0, 0.381, 0.655, 0.928, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.655 std_dev=0.274
C5 B 0, 0.474, 0.749, 1.023, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.749 std_dev=0.274
C6 B 0, 0.462, 0.767, 1.072, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.767 std_dev=0.305
N1 B 0, 0.344, 0.648, 0.953, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.648 std_dev=0.305
O2 B 0, 0.406, 0.717, 1.029, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.717 std_dev=0.311
O4 B 0, 0.455, 0.841, 1.227, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.841 std_dev=0.386
C3' A 0, 0.133, 0.561, 0.988, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.561 std_dev=0.428
C4' A 0, 0.101, 0.553, 1.005, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.553 std_dev=0.452
O4' B 0, 0.383, 0.854, 1.324, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.854 std_dev=0.470
C1' B 0, 0.340, 0.814, 1.289, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.814 std_dev=0.474
O3' A 0, 0.267, 0.840, 1.414, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.840 std_dev=0.574
C2' B 0, 0.275, 0.869, 1.464, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.869 std_dev=0.594
OP2 B 0, 0.724, 1.350, 1.976, 2.470 max_d=2.470 avg_d=1.350 std_dev=0.626
O5' B 0, 0.794, 1.421, 2.047, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.421 std_dev=0.626
C5' B 0, 0.810, 1.481, 2.153, 2.675 max_d=2.675 avg_d=1.481 std_dev=0.672
C3' B 0, 0.300, 0.972, 1.644, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.972 std_dev=0.672
P B 0, 0.768, 1.467, 2.167, 2.493 max_d=2.493 avg_d=1.467 std_dev=0.700
C4' B 0, 0.392, 1.093, 1.795, 2.363 max_d=2.363 avg_d=1.093 std_dev=0.702
C5' A 0, 0.161, 0.912, 1.664, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.912 std_dev=0.752
O5' A 0, 0.221, 1.014, 1.807, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.014 std_dev=0.793
O2' B 0, 0.337, 1.181, 2.025, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.181 std_dev=0.844
OP1 B 0, 0.869, 1.809, 2.749, 3.413 max_d=3.413 avg_d=1.809 std_dev=0.940
O3' B 0, 0.232, 1.190, 2.149, 2.757 max_d=2.757 avg_d=1.190 std_dev=0.959
P A 0, 0.210, 1.213, 2.216, 2.771 max_d=2.771 avg_d=1.213 std_dev=1.003
OP2 A 0, 0.329, 1.355, 2.381, 2.975 max_d=2.975 avg_d=1.355 std_dev=1.026
OP1 A 0, 0.148, 1.362, 2.576, 3.331 max_d=3.331 avg_d=1.362 std_dev=1.214

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.10 0.30 0.12
C2 0.01 0.00 0.12 0.16 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.01 0.05 0.28 0.26 0.42 0.28
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.10 0.20 0.00 0.02 0.07 0.01 0.16 0.19 0.17 0.10
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.17 0.01 0.15 0.02 0.13 0.10 0.18 0.19 0.01 0.01 0.19 0.02 0.25 0.27 0.13 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.19 0.01 0.03 0.47 0.49 0.60 0.49
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.14 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.14 0.01 0.02 0.09 0.27 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.16 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.06 0.50 0.52 0.60 0.52
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.25 0.01 0.30 0.00 0.26 0.14 0.17 0.06 0.04 0.05 0.28 0.02 0.01 0.12 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.13 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.14 0.01 0.07 0.42 0.39 0.46 0.40
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.02 0.01 0.27 0.25 0.38 0.26
N3 0.01 0.00 0.10 0.18 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.19 0.01 0.04 0.37 0.37 0.51 0.38
O2 0.03 0.01 0.20 0.19 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.21 0.02 0.09 0.20 0.18 0.38 0.21
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.04 0.07 0.03 0.05 0.11 0.00 0.04 0.07 0.05 0.04 0.13 0.22 0.05
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.19 0.02 0.17 0.05 0.14 0.09 0.19 0.21 0.04 0.00 0.22 0.02 0.23 0.34 0.14 0.21
O4 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.14 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.22 0.00 0.03 0.51 0.56 0.68 0.55
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.04 0.09 0.05 0.02 0.03 0.00 0.08 0.08 0.35 0.15
O5' 0.10 0.28 0.16 0.25 0.47 0.02 0.50 0.01 0.42 0.27 0.37 0.20 0.04 0.23 0.51 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.26 0.19 0.27 0.49 0.09 0.52 0.12 0.39 0.25 0.37 0.18 0.13 0.34 0.56 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.42 0.17 0.13 0.60 0.27 0.60 0.28 0.46 0.38 0.51 0.38 0.22 0.14 0.68 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.28 0.10 0.17 0.49 0.05 0.52 0.02 0.40 0.26 0.38 0.21 0.05 0.21 0.55 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.19 0.18 0.13 0.21 0.15 0.23 0.17 0.23 0.19 0.20 0.25 0.27 0.12 0.23 0.18 0.22 0.27 0.32 0.25
C2 0.13 0.12 0.16 0.18 0.19 0.17 0.24 0.24 0.21 0.12 0.14 0.22 0.19 0.21 0.23 0.13 0.24 0.26 0.32 0.25
C2' 0.15 0.18 0.12 0.08 0.21 0.08 0.22 0.13 0.20 0.15 0.21 0.26 0.23 0.11 0.25 0.11 0.22 0.36 0.37 0.29
C3' 0.11 0.12 0.12 0.17 0.18 0.15 0.22 0.21 0.20 0.11 0.16 0.20 0.20 0.21 0.22 0.11 0.27 0.42 0.40 0.33
C4 0.20 0.16 0.28 0.34 0.17 0.31 0.26 0.37 0.26 0.17 0.19 0.21 0.28 0.40 0.21 0.24 0.32 0.37 0.38 0.34
C4' 0.11 0.13 0.11 0.09 0.16 0.09 0.19 0.10 0.18 0.11 0.15 0.20 0.21 0.11 0.18 0.09 0.19 0.29 0.34 0.25
C5 0.28 0.17 0.36 0.40 0.18 0.37 0.26 0.40 0.30 0.23 0.18 0.21 0.38 0.46 0.22 0.30 0.31 0.33 0.36 0.31
C5' 0.21 0.19 0.23 0.20 0.17 0.22 0.20 0.20 0.21 0.18 0.18 0.26 0.32 0.23 0.18 0.21 0.20 0.29 0.35 0.24
C6 0.28 0.20 0.35 0.34 0.19 0.31 0.26 0.31 0.28 0.24 0.19 0.23 0.39 0.38 0.20 0.28 0.24 0.27 0.34 0.26
N1 0.19 0.16 0.22 0.20 0.20 0.20 0.24 0.23 0.24 0.18 0.18 0.22 0.27 0.23 0.22 0.18 0.22 0.25 0.31 0.24
N3 0.14 0.15 0.20 0.24 0.17 0.22 0.25 0.29 0.22 0.13 0.17 0.24 0.21 0.29 0.20 0.16 0.28 0.31 0.35 0.29
O2 0.12 0.12 0.13 0.13 0.19 0.13 0.22 0.20 0.18 0.11 0.13 0.24 0.17 0.15 0.25 0.11 0.24 0.25 0.31 0.25
O2' 0.25 0.25 0.19 0.11 0.23 0.15 0.23 0.14 0.23 0.23 0.24 0.33 0.30 0.10 0.26 0.21 0.22 0.32 0.35 0.27
O3' 0.10 0.13 0.12 0.19 0.19 0.17 0.22 0.24 0.20 0.11 0.17 0.21 0.19 0.24 0.23 0.11 0.30 0.47 0.43 0.37
O4 0.21 0.17 0.29 0.38 0.18 0.34 0.26 0.43 0.26 0.18 0.22 0.22 0.28 0.45 0.24 0.26 0.39 0.46 0.46 0.41
O4' 0.13 0.12 0.13 0.10 0.16 0.10 0.18 0.13 0.18 0.12 0.15 0.20 0.24 0.11 0.17 0.11 0.22 0.29 0.34 0.26
O5' 0.10 0.14 0.13 0.05 0.22 0.05 0.24 0.10 0.20 0.11 0.17 0.21 0.26 0.03 0.25 0.07 0.21 0.34 0.34 0.27
OP1 0.04 0.10 0.06 0.01 0.18 0.05 0.23 0.13 0.19 0.07 0.12 0.17 0.11 0.01 0.21 0.03 0.24 0.35 0.40 0.30
OP2 0.12 0.23 0.15 0.06 0.30 0.10 0.31 0.23 0.25 0.18 0.26 0.26 0.16 0.02 0.33 0.09 0.28 0.47 0.41 0.36
P 0.05 0.11 0.08 0.01 0.19 0.04 0.23 0.12 0.19 0.09 0.14 0.17 0.13 0.01 0.22 0.02 0.21 0.33 0.35 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.18 0.19 0.11 0.15
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07 0.02 0.03 0.24 0.20 0.19 0.20
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.03 0.08 0.03 0.07 0.12 0.00 0.01 0.08 0.01 0.12 0.16 0.12 0.10
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.11 0.01 0.15 0.03 0.15 0.06 0.07 0.09 0.02 0.01 0.13 0.01 0.10 0.17 0.17 0.11
C4 0.03 0.01 0.07 0.11 0.00 0.11 0.00 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.13 0.01 0.03 0.26 0.23 0.27 0.25
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.07 0.03 0.06 0.02 0.12 0.01 0.02 0.13 0.13 0.02
C5 0.02 0.01 0.09 0.15 0.00 0.14 0.00 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.18 0.01 0.04 0.27 0.24 0.27 0.25
C5' 0.05 0.15 0.03 0.03 0.25 0.01 0.27 0.00 0.24 0.15 0.20 0.10 0.06 0.05 0.26 0.02 0.01 0.20 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.02 0.04 0.25 0.21 0.20 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.23 0.20 0.16 0.19
N3 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.09 0.01 0.03 0.25 0.22 0.24 0.23
O2 0.02 0.00 0.12 0.09 0.02 0.03 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.13 0.02 0.05 0.23 0.21 0.17 0.19
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.10 0.16 0.00 0.03 0.09 0.06 0.06 0.14 0.12 0.07
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.13 0.02 0.18 0.05 0.16 0.06 0.09 0.13 0.03 0.00 0.15 0.01 0.17 0.23 0.28 0.20
O4 0.03 0.02 0.08 0.13 0.01 0.12 0.01 0.26 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.15 0.00 0.04 0.27 0.25 0.30 0.27
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.20 0.23 0.14 0.19
O5' 0.18 0.24 0.12 0.10 0.26 0.02 0.27 0.01 0.25 0.23 0.25 0.23 0.06 0.17 0.27 0.20 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.19 0.20 0.16 0.17 0.23 0.13 0.24 0.20 0.21 0.20 0.22 0.21 0.14 0.23 0.25 0.23 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.11 0.19 0.12 0.17 0.27 0.13 0.27 0.18 0.20 0.16 0.24 0.17 0.12 0.28 0.30 0.14 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.15 0.20 0.10 0.11 0.25 0.02 0.25 0.01 0.22 0.19 0.23 0.19 0.07 0.20 0.27 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00