ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49503

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 3, 0, 1, 0, 2, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.037, 0.089, 0.140, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.089 std_dev=0.052
O4' A 0, -0.011, 0.116, 0.242, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.116 std_dev=0.127
C2' A 0, -0.004, 0.141, 0.286, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.141 std_dev=0.145
N1 B 0, 0.147, 0.363, 0.580, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.363 std_dev=0.217
O2' A 0, -0.006, 0.220, 0.447, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.220 std_dev=0.227
C4' A 0, 0.001, 0.236, 0.471, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.236 std_dev=0.235
C3' A 0, -0.015, 0.233, 0.481, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.233 std_dev=0.248
C2' B 0, 0.154, 0.402, 0.651, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.402 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.176, 0.455, 0.733, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.455 std_dev=0.278
C2 B 0, 0.136, 0.420, 0.704, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.420 std_dev=0.284
C1' B 0, 0.182, 0.467, 0.753, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.467 std_dev=0.285
N3 B 0, 0.123, 0.462, 0.800, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.462 std_dev=0.339
O3' A 0, -0.025, 0.323, 0.672, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.323 std_dev=0.348
C5 B 0, 0.170, 0.540, 0.910, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.540 std_dev=0.370
O2' B 0, 0.166, 0.541, 0.915, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.541 std_dev=0.374
C4 B 0, 0.138, 0.519, 0.900, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.519 std_dev=0.381
C3' B 0, 0.047, 0.497, 0.947, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.497 std_dev=0.450
O2 B 0, 0.094, 0.547, 1.001, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.547 std_dev=0.454
OP2 A 0, 0.147, 0.603, 1.060, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.603 std_dev=0.456
C5' A 0, -0.049, 0.440, 0.928, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.440 std_dev=0.488
O4' B 0, 0.141, 0.669, 1.197, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.669 std_dev=0.528
P A 0, -0.018, 0.513, 1.044, 2.355 max_d=2.355 avg_d=0.513 std_dev=0.531
O3' B 0, 0.005, 0.547, 1.088, 2.510 max_d=2.510 avg_d=0.547 std_dev=0.541
O4 B 0, 0.111, 0.656, 1.202, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.656 std_dev=0.545
OP1 A 0, 0.089, 0.672, 1.256, 2.552 max_d=2.552 avg_d=0.672 std_dev=0.584
C4' B 0, 0.078, 0.691, 1.304, 2.563 max_d=2.563 avg_d=0.691 std_dev=0.613
O5' A 0, -0.132, 0.490, 1.112, 2.681 max_d=2.681 avg_d=0.490 std_dev=0.622
O5' B 0, 0.156, 0.979, 1.802, 2.537 max_d=2.537 avg_d=0.979 std_dev=0.823
C5' B 0, 0.028, 0.985, 1.942, 3.727 max_d=3.727 avg_d=0.985 std_dev=0.957
P B 0, 0.100, 1.252, 2.403, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.252 std_dev=1.152
OP2 B 0, 0.024, 1.269, 2.513, 3.651 max_d=3.651 avg_d=1.269 std_dev=1.245
OP1 B 0, 0.040, 1.421, 2.803, 4.166 max_d=4.166 avg_d=1.421 std_dev=1.382

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.14 0.18 0.27 0.19
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.06 0.02 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.11 0.02 0.02 0.26 0.25 0.34 0.27
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.12 0.01 0.03 0.06 0.01 0.20 0.24 0.13 0.18
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.02 0.15 0.08 0.12 0.13 0.02 0.01 0.15 0.02 0.29 0.32 0.05 0.22
C4 0.03 0.01 0.05 0.14 0.00 0.13 0.01 0.29 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.05 0.33 0.30 0.38 0.30
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.14 0.07 0.09 0.05 0.05 0.01 0.14 0.01 0.02 0.12 0.24 0.06
C5 0.02 0.02 0.07 0.16 0.01 0.16 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.18 0.01 0.05 0.32 0.29 0.37 0.30
C5' 0.03 0.15 0.02 0.02 0.29 0.01 0.32 0.00 0.28 0.16 0.22 0.09 0.05 0.02 0.31 0.01 0.01 0.18 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.02 0.14 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.02 0.05 0.29 0.26 0.34 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03 0.02 0.25 0.24 0.32 0.26
N3 0.03 0.00 0.06 0.12 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.12 0.03 0.03 0.31 0.29 0.37 0.30
O2 0.03 0.00 0.12 0.13 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.15 0.03 0.03 0.23 0.23 0.32 0.24
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.09 0.13 0.00 0.05 0.08 0.05 0.04 0.14 0.17 0.06
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.15 0.01 0.18 0.02 0.16 0.08 0.12 0.15 0.05 0.00 0.16 0.01 0.22 0.35 0.12 0.21
O4 0.04 0.02 0.06 0.15 0.01 0.14 0.01 0.31 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.16 0.00 0.05 0.34 0.31 0.38 0.31
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.16 0.28 0.17
O5' 0.14 0.26 0.20 0.29 0.33 0.02 0.32 0.01 0.29 0.25 0.31 0.23 0.04 0.22 0.34 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.18 0.25 0.24 0.32 0.30 0.12 0.29 0.18 0.26 0.24 0.29 0.23 0.14 0.35 0.31 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.34 0.13 0.05 0.38 0.24 0.37 0.36 0.34 0.32 0.37 0.32 0.17 0.12 0.38 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.27 0.18 0.22 0.30 0.06 0.30 0.01 0.28 0.26 0.30 0.24 0.06 0.21 0.31 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.21 0.27 0.34 0.38 0.30 0.39 0.39 0.29 0.20 0.23 0.37 0.45 0.35 0.47 0.25 0.31 0.44 0.70 0.47
C2 0.22 0.21 0.24 0.33 0.41 0.30 0.48 0.47 0.33 0.17 0.15 0.46 0.40 0.34 0.55 0.22 0.43 0.62 0.87 0.63
C2' 0.23 0.23 0.23 0.32 0.39 0.26 0.41 0.39 0.29 0.20 0.26 0.39 0.44 0.34 0.50 0.22 0.38 0.55 0.78 0.56
C3' 0.12 0.13 0.14 0.33 0.31 0.26 0.35 0.42 0.26 0.13 0.18 0.25 0.33 0.38 0.38 0.16 0.47 0.63 0.76 0.60
C4 0.16 0.23 0.22 0.32 0.24 0.38 0.46 0.62 0.35 0.14 0.19 0.43 0.34 0.33 0.34 0.28 0.58 0.84 1.05 0.84
C4' 0.09 0.13 0.11 0.25 0.30 0.20 0.28 0.30 0.20 0.13 0.22 0.14 0.32 0.30 0.36 0.13 0.30 0.36 0.53 0.38
C5 0.18 0.21 0.22 0.34 0.25 0.43 0.46 0.68 0.38 0.16 0.20 0.38 0.33 0.34 0.32 0.34 0.61 0.85 1.05 0.86
C5' 0.13 0.16 0.14 0.24 0.25 0.23 0.25 0.32 0.20 0.16 0.21 0.14 0.26 0.33 0.28 0.16 0.35 0.39 0.43 0.38
C6 0.21 0.19 0.24 0.38 0.31 0.41 0.45 0.61 0.38 0.20 0.17 0.36 0.37 0.36 0.36 0.32 0.53 0.71 0.92 0.73
N1 0.23 0.20 0.25 0.36 0.37 0.34 0.45 0.49 0.34 0.19 0.17 0.41 0.41 0.36 0.47 0.25 0.42 0.59 0.83 0.61
N3 0.20 0.23 0.23 0.32 0.34 0.33 0.49 0.53 0.34 0.16 0.14 0.46 0.37 0.34 0.49 0.23 0.50 0.74 0.96 0.73
O2 0.24 0.21 0.23 0.31 0.44 0.26 0.47 0.39 0.31 0.17 0.19 0.45 0.41 0.33 0.61 0.21 0.37 0.55 0.81 0.56
O2' 0.31 0.29 0.27 0.27 0.46 0.26 0.41 0.28 0.28 0.24 0.36 0.42 0.52 0.27 0.59 0.29 0.23 0.36 0.66 0.39
O3' 0.12 0.16 0.11 0.29 0.31 0.22 0.34 0.37 0.25 0.14 0.21 0.26 0.32 0.34 0.40 0.13 0.46 0.64 0.75 0.59
O4 0.14 0.25 0.21 0.30 0.15 0.38 0.41 0.64 0.32 0.11 0.25 0.44 0.31 0.31 0.23 0.28 0.61 0.92 1.09 0.90
O4' 0.16 0.11 0.20 0.31 0.32 0.26 0.32 0.35 0.23 0.12 0.22 0.19 0.42 0.35 0.40 0.18 0.27 0.35 0.58 0.39
O5' 0.25 0.16 0.32 0.08 0.23 0.07 0.25 0.17 0.19 0.17 0.16 0.23 0.58 0.03 0.28 0.14 0.35 0.44 0.52 0.41
OP1 0.05 0.06 0.12 0.01 0.06 0.11 0.07 0.24 0.06 0.04 0.06 0.09 0.18 0.01 0.08 0.06 0.14 0.18 0.17 0.12
OP2 0.17 0.30 0.28 0.08 0.27 0.24 0.21 0.51 0.18 0.22 0.31 0.34 0.31 0.02 0.27 0.16 0.38 0.62 0.47 0.49
P 0.10 0.09 0.19 0.01 0.06 0.09 0.06 0.25 0.06 0.08 0.07 0.13 0.27 0.00 0.07 0.03 0.22 0.33 0.29 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.26 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.03 0.18 0.11 0.24 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.10 0.00 0.02 0.05 0.01 0.14 0.19 0.16 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.09 0.03 0.01 0.05 0.01 0.20 0.26 0.11 0.13
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.01 0.03 0.24 0.12 0.21 0.11
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.12 0.22 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.25 0.12 0.22 0.12
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.13 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.23 0.12 0.24 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.17 0.11 0.25 0.08
N3 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.07 0.01 0.02 0.21 0.12 0.23 0.10
O2 0.05 0.01 0.10 0.09 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.11 0.04 0.06 0.15 0.12 0.24 0.08
O2' 0.02 0.07 0.00 0.03 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.08 0.11 0.00 0.05 0.07 0.03 0.05 0.14 0.19 0.05
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.11 0.05 0.00 0.07 0.01 0.19 0.33 0.11 0.17
O4 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.07 0.00 0.04 0.24 0.12 0.19 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.07 0.31 0.13
O5' 0.08 0.18 0.14 0.20 0.24 0.01 0.25 0.01 0.23 0.17 0.21 0.15 0.05 0.19 0.24 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.11 0.19 0.26 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.12 0.12 0.14 0.33 0.12 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.24 0.16 0.11 0.21 0.22 0.22 0.21 0.24 0.25 0.23 0.24 0.19 0.11 0.19 0.31 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.06 0.13 0.11 0.04 0.12 0.01 0.10 0.08 0.10 0.08 0.05 0.17 0.11 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00