ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49505

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.013, 0.022, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.021, 0.036, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.036 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.018, 0.034, 0.049, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.018, 0.033, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.043, 0.068, 0.093, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.068 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.036, 0.067, 0.099, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.067 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.045, 0.110, 0.176, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.110 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.070, 0.158, 0.245, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.158 std_dev=0.087
O4 A 0, 0.050, 0.141, 0.233, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.141 std_dev=0.092
N3 B 0, 0.206, 0.349, 0.492, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.349 std_dev=0.143
C4 B 0, 0.157, 0.305, 0.452, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.305 std_dev=0.147
O2' A 0, 0.148, 0.297, 0.445, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.297 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.146, 0.310, 0.473, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.310 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.109, 0.288, 0.466, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.288 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.223, 0.412, 0.601, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.412 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.172, 0.396, 0.621, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.396 std_dev=0.225
O2 B 0, 0.272, 0.511, 0.750, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.511 std_dev=0.239
O4 B 0, 0.164, 0.413, 0.661, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.413 std_dev=0.249
C5' A 0, 0.290, 0.574, 0.858, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.574 std_dev=0.284
O3' A 0, 0.169, 0.455, 0.740, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.455 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.195, 0.485, 0.775, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.485 std_dev=0.290
N1 B 0, 0.172, 0.468, 0.764, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.468 std_dev=0.296
C2' B 0, 0.374, 0.694, 1.014, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.694 std_dev=0.320
C1' B 0, 0.327, 0.676, 1.025, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.676 std_dev=0.349
O2' B 0, 0.512, 0.889, 1.267, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.889 std_dev=0.378
C3' B 0, 0.490, 0.878, 1.267, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.878 std_dev=0.389
O5' A 0, 0.476, 0.888, 1.301, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.888 std_dev=0.413
O4' B 0, 0.409, 0.829, 1.249, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.829 std_dev=0.420
OP2 A 0, 0.637, 1.089, 1.542, 1.544 max_d=1.544 avg_d=1.089 std_dev=0.453
O3' B 0, 0.646, 1.103, 1.561, 1.618 max_d=1.618 avg_d=1.103 std_dev=0.458
P A 0, 0.662, 1.130, 1.597, 1.637 max_d=1.637 avg_d=1.130 std_dev=0.467
C4' B 0, 0.568, 1.036, 1.505, 1.559 max_d=1.559 avg_d=1.036 std_dev=0.469
O5' B 0, 0.666, 1.187, 1.707, 1.762 max_d=1.762 avg_d=1.187 std_dev=0.521
C5' B 0, 0.671, 1.217, 1.762, 1.799 max_d=1.799 avg_d=1.217 std_dev=0.546
OP1 A 0, 0.847, 1.450, 2.053, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.450 std_dev=0.603
OP2 B 0, 0.809, 1.418, 2.028, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.418 std_dev=0.609
P B 0, 0.842, 1.489, 2.136, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.489 std_dev=0.647
OP1 B 0, 1.031, 1.825, 2.620, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.825 std_dev=0.795

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.15 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.01 0.15 0.13 0.19 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.06 0.00 0.03 0.04 0.01 0.13 0.14 0.09 0.08
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.08 0.07 0.10 0.10 0.01 0.00 0.09 0.02 0.19 0.19 0.09 0.13
C4 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.02 0.21 0.18 0.24 0.17
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.08 0.00 0.01 0.08 0.19 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.03 0.22 0.19 0.24 0.18
C5' 0.04 0.14 0.04 0.05 0.24 0.01 0.24 0.00 0.21 0.14 0.19 0.10 0.06 0.08 0.25 0.01 0.01 0.13 0.27 0.02
C6 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.03 0.20 0.16 0.21 0.14
N1 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.15 0.13 0.18 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.01 0.18 0.15 0.22 0.14
O2 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.02 0.12 0.11 0.18 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.05 0.00 0.07 0.06 0.04 0.07 0.11 0.13 0.07
O3' 0.01 0.09 0.03 0.00 0.13 0.03 0.13 0.08 0.10 0.07 0.11 0.08 0.07 0.00 0.12 0.01 0.17 0.17 0.18 0.15
O4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.08 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.12 0.00 0.02 0.22 0.20 0.26 0.19
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.09 0.09 0.17 0.05
O5' 0.09 0.15 0.13 0.19 0.21 0.01 0.22 0.01 0.20 0.15 0.18 0.12 0.07 0.17 0.22 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.11 0.13 0.14 0.19 0.18 0.08 0.19 0.13 0.16 0.13 0.15 0.11 0.11 0.17 0.20 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.19 0.09 0.09 0.24 0.19 0.24 0.27 0.21 0.18 0.22 0.18 0.13 0.18 0.26 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.08 0.13 0.17 0.02 0.18 0.02 0.14 0.10 0.14 0.08 0.07 0.15 0.19 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.08 0.03 0.03 0.10 0.07 0.11 0.09 0.16 0.06 0.09 0.12 0.11 0.10
C2 0.08 0.06 0.09 0.10 0.13 0.09 0.10 0.10 0.07 0.06 0.11 0.08 0.11 0.10 0.21 0.07 0.12 0.16 0.16 0.14
C2' 0.07 0.05 0.10 0.12 0.10 0.10 0.07 0.13 0.05 0.04 0.09 0.07 0.12 0.15 0.16 0.08 0.14 0.18 0.17 0.16
C3' 0.13 0.09 0.15 0.19 0.09 0.17 0.10 0.20 0.12 0.11 0.08 0.10 0.16 0.21 0.11 0.14 0.21 0.23 0.22 0.22
C4 0.12 0.10 0.13 0.14 0.07 0.13 0.08 0.15 0.09 0.10 0.07 0.12 0.13 0.15 0.16 0.11 0.18 0.23 0.22 0.21
C4' 0.09 0.09 0.11 0.12 0.09 0.12 0.07 0.13 0.07 0.08 0.10 0.12 0.15 0.13 0.13 0.10 0.13 0.14 0.13 0.13
C5 0.13 0.11 0.14 0.15 0.06 0.14 0.06 0.16 0.10 0.11 0.08 0.13 0.14 0.15 0.13 0.12 0.19 0.23 0.21 0.20
C5' 0.17 0.10 0.19 0.18 0.11 0.20 0.12 0.18 0.11 0.11 0.09 0.15 0.29 0.22 0.14 0.18 0.15 0.16 0.17 0.15
C6 0.12 0.09 0.13 0.12 0.08 0.12 0.05 0.14 0.07 0.09 0.08 0.12 0.14 0.13 0.15 0.10 0.15 0.19 0.17 0.17
N1 0.08 0.04 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.10 0.03 0.04 0.08 0.08 0.12 0.10 0.17 0.07 0.12 0.15 0.14 0.13
N3 0.09 0.08 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.08 0.08 0.09 0.10 0.11 0.12 0.20 0.09 0.16 0.20 0.19 0.17
O2 0.09 0.10 0.09 0.09 0.16 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.15 0.10 0.11 0.10 0.23 0.08 0.11 0.14 0.14 0.12
O2' 0.08 0.07 0.10 0.11 0.12 0.10 0.07 0.11 0.04 0.04 0.11 0.08 0.14 0.14 0.18 0.08 0.13 0.16 0.14 0.14
O3' 0.09 0.07 0.12 0.18 0.09 0.16 0.11 0.20 0.12 0.09 0.08 0.09 0.12 0.20 0.10 0.12 0.22 0.27 0.26 0.25
O4 0.14 0.14 0.14 0.16 0.10 0.15 0.12 0.19 0.14 0.14 0.11 0.15 0.14 0.16 0.11 0.14 0.22 0.27 0.27 0.25
O4' 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07 0.09 0.05 0.06 0.11 0.11 0.13 0.08 0.15 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09
O5' 0.09 0.14 0.11 0.03 0.20 0.04 0.16 0.03 0.11 0.11 0.18 0.13 0.17 0.02 0.25 0.07 0.06 0.11 0.12 0.08
OP1 0.03 0.08 0.04 0.02 0.11 0.04 0.08 0.07 0.05 0.05 0.11 0.10 0.07 0.02 0.16 0.03 0.08 0.12 0.09 0.09
OP2 0.08 0.11 0.10 0.04 0.13 0.07 0.11 0.15 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.01 0.17 0.05 0.12 0.19 0.11 0.13
P 0.03 0.07 0.05 0.01 0.11 0.03 0.09 0.07 0.06 0.05 0.10 0.07 0.07 0.00 0.16 0.01 0.06 0.10 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.09 0.10 0.11 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.07 0.05 0.05
C4 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.12 0.14 0.15 0.14
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.13 0.15 0.15 0.15
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.03 0.03 0.03 0.08 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.12 0.13 0.11 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.10 0.09 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.11 0.13 0.13 0.13
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.01 0.08 0.09 0.10 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.04 0.06 0.02 0.04 0.07 0.05 0.04
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.00 0.10 0.01 0.07 0.11 0.10 0.09
O4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.02 0.13 0.15 0.16 0.15
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
O5' 0.05 0.09 0.04 0.04 0.12 0.01 0.13 0.01 0.12 0.09 0.11 0.08 0.04 0.07 0.13 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.10 0.07 0.07 0.14 0.05 0.15 0.04 0.13 0.10 0.13 0.09 0.07 0.11 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.11 0.04 0.05 0.15 0.02 0.15 0.02 0.11 0.09 0.13 0.10 0.05 0.10 0.16 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.04 0.05 0.14 0.01 0.15 0.01 0.12 0.09 0.13 0.09 0.04 0.09 0.15 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00