ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49506

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, -0.002, 0.005, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.005 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, -0.002, 0.006, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.006 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.014 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.026 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.010, 0.039, 0.069, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.039 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.122, 0.232, 0.342, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.232 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.109, 0.222, 0.335, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.222 std_dev=0.113
O2' A 0, 0.095, 0.225, 0.354, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.225 std_dev=0.129
C4' A 0, 0.191, 0.359, 0.527, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.359 std_dev=0.168
C3' A 0, 0.187, 0.368, 0.548, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.368 std_dev=0.180
O3' A 0, 0.290, 0.539, 0.789, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.539 std_dev=0.250
C5 B 0, 0.365, 0.649, 0.934, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.649 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.357, 0.660, 0.963, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.660 std_dev=0.303
C5' A 0, 0.321, 0.628, 0.936, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.628 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.350, 0.666, 0.981, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.666 std_dev=0.316
O4 B 0, 0.433, 0.783, 1.133, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.783 std_dev=0.350
N3 B 0, 0.316, 0.676, 1.035, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.676 std_dev=0.360
C3' B 0, 0.422, 0.787, 1.153, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.787 std_dev=0.366
C2' B 0, 0.416, 0.783, 1.150, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.783 std_dev=0.367
O5' A 0, 0.426, 0.793, 1.161, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.793 std_dev=0.368
C2 B 0, 0.316, 0.691, 1.066, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.691 std_dev=0.375
N1 B 0, 0.272, 0.658, 1.043, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.658 std_dev=0.385
O2 B 0, 0.457, 0.858, 1.259, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.858 std_dev=0.401
C1' B 0, 0.447, 0.855, 1.262, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.855 std_dev=0.408
O3' B 0, 0.395, 0.829, 1.263, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.829 std_dev=0.434
O2' B 0, 0.497, 0.965, 1.434, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.965 std_dev=0.468
C4' B 0, 0.596, 1.071, 1.546, 1.483 max_d=1.483 avg_d=1.071 std_dev=0.475
O5' B 0, 0.481, 0.960, 1.439, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.960 std_dev=0.479
O4' B 0, 0.519, 1.001, 1.483, 1.573 max_d=1.573 avg_d=1.001 std_dev=0.482
P B 0, 0.403, 1.055, 1.707, 1.956 max_d=1.956 avg_d=1.055 std_dev=0.652
C5' B 0, 0.600, 1.257, 1.915, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.257 std_dev=0.658
OP1 B 0, 0.289, 1.249, 2.208, 3.341 max_d=3.341 avg_d=1.249 std_dev=0.959
OP2 B 0, -0.106, 0.983, 2.071, 3.492 max_d=3.492 avg_d=0.983 std_dev=1.088
P A 0, 0.101, 1.200, 2.298, 3.717 max_d=3.717 avg_d=1.200 std_dev=1.098
OP1 A 0, 0.124, 1.326, 2.528, 3.949 max_d=3.949 avg_d=1.326 std_dev=1.202
OP2 A 0, -0.371, 1.494, 3.359, 5.984 max_d=5.984 avg_d=1.494 std_dev=1.865

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.14 0.08 0.37 0.16
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.05 0.32 0.25 0.76 0.49
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.03 0.08 0.00 0.03 0.03 0.01 0.21 0.16 0.26 0.10
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.03 0.08 0.02 0.03 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.29 0.27 0.20 0.15
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.47 0.60 1.34 0.84
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.42 0.12
C5 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.02 0.49 0.65 1.42 0.88
C5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.11 0.00 0.12 0.00 0.11 0.08 0.09 0.05 0.02 0.04 0.11 0.01 0.00 0.24 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.02 0.44 0.49 1.13 0.70
N1 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.32 0.26 0.75 0.47
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.40 0.42 1.05 0.67
O2 0.04 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.12 0.01 0.07 0.26 0.13 0.55 0.35
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.03 0.02 0.08 0.31 0.62 0.28
O3' 0.02 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.04 0.09 0.02 0.06 0.12 0.05 0.00 0.04 0.01 0.23 0.28 0.51 0.25
O4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.49 0.69 1.48 0.92
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.09 0.41 0.17
O5' 0.14 0.32 0.21 0.29 0.47 0.01 0.49 0.00 0.44 0.32 0.40 0.26 0.08 0.23 0.49 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.25 0.16 0.27 0.60 0.08 0.65 0.24 0.49 0.26 0.42 0.13 0.31 0.28 0.69 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.76 0.26 0.20 1.34 0.42 1.42 0.29 1.13 0.75 1.05 0.55 0.62 0.51 1.48 0.41 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.49 0.10 0.15 0.84 0.12 0.88 0.02 0.70 0.47 0.67 0.35 0.28 0.25 0.92 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.22 0.13 0.14 0.18 0.20 0.14 0.43 0.14 0.15 0.24 0.25 0.22 0.21 0.19 0.18 0.39 0.69 0.98 0.49
C2 0.09 0.09 0.08 0.17 0.13 0.29 0.13 0.58 0.13 0.08 0.13 0.11 0.12 0.21 0.18 0.24 0.35 0.86 1.16 0.63
C2' 0.13 0.24 0.11 0.20 0.21 0.23 0.15 0.46 0.14 0.16 0.27 0.28 0.21 0.30 0.23 0.19 0.31 0.69 0.93 0.41
C3' 0.14 0.27 0.12 0.28 0.18 0.29 0.10 0.45 0.11 0.15 0.28 0.36 0.16 0.40 0.19 0.24 0.24 0.61 0.78 0.26
C4 0.21 0.15 0.13 0.24 0.28 0.48 0.20 0.79 0.13 0.14 0.22 0.15 0.13 0.20 0.40 0.41 0.23 1.04 1.19 0.70
C4' 0.12 0.31 0.12 0.23 0.20 0.20 0.12 0.27 0.12 0.15 0.32 0.43 0.17 0.36 0.22 0.17 0.34 0.44 0.76 0.25
C5 0.29 0.19 0.23 0.32 0.20 0.56 0.17 0.84 0.13 0.20 0.17 0.24 0.22 0.23 0.29 0.48 0.25 1.02 1.06 0.63
C5' 0.22 0.38 0.21 0.33 0.21 0.32 0.20 0.33 0.20 0.23 0.35 0.54 0.17 0.46 0.21 0.29 0.28 0.28 0.64 0.13
C6 0.27 0.23 0.22 0.30 0.12 0.48 0.10 0.72 0.12 0.21 0.18 0.29 0.21 0.23 0.16 0.41 0.26 0.86 0.99 0.53
N1 0.14 0.16 0.11 0.20 0.10 0.33 0.10 0.58 0.12 0.13 0.15 0.19 0.14 0.21 0.11 0.27 0.33 0.81 1.05 0.55
N3 0.12 0.14 0.07 0.18 0.25 0.37 0.16 0.68 0.12 0.10 0.22 0.14 0.08 0.19 0.36 0.31 0.29 0.95 1.22 0.69
O2 0.10 0.12 0.12 0.16 0.14 0.21 0.19 0.50 0.15 0.10 0.14 0.16 0.17 0.23 0.16 0.17 0.40 0.83 1.17 0.65
O2' 0.17 0.27 0.15 0.13 0.30 0.12 0.21 0.35 0.18 0.19 0.33 0.30 0.29 0.27 0.35 0.12 0.39 0.65 0.95 0.44
O3' 0.13 0.29 0.13 0.29 0.22 0.28 0.11 0.42 0.11 0.16 0.32 0.39 0.18 0.44 0.25 0.22 0.23 0.57 0.74 0.21
O4 0.21 0.16 0.13 0.23 0.36 0.50 0.25 0.81 0.13 0.13 0.27 0.16 0.14 0.19 0.51 0.42 0.22 1.09 1.23 0.75
O4' 0.11 0.28 0.11 0.14 0.20 0.15 0.13 0.28 0.12 0.14 0.29 0.36 0.19 0.23 0.21 0.15 0.40 0.53 0.86 0.39
O5' 0.18 0.09 0.26 0.36 0.19 0.38 0.34 0.46 0.35 0.15 0.11 0.28 0.42 0.52 0.20 0.26 0.51 0.20 0.71 0.39
OP1 0.19 0.55 0.12 0.44 0.15 0.52 0.22 0.79 0.24 0.18 0.47 0.91 0.51 0.77 0.16 0.13 0.87 1.00 1.08 0.96
OP2 0.57 0.17 0.55 1.18 0.61 1.29 1.04 1.61 1.07 0.60 0.25 0.38 0.17 1.32 0.57 0.97 1.81 1.71 2.11 1.87
P 0.41 0.04 0.42 0.93 0.36 0.99 0.70 1.19 0.75 0.40 0.07 0.34 0.17 1.18 0.33 0.70 1.26 1.13 1.44 1.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.29 0.04 0.24 0.21
C2 0.03 0.00 0.10 0.11 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.12 0.01 0.07 0.49 0.26 0.71 0.47
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.03 0.10 0.05 0.12 0.03 0.07 0.19 0.00 0.00 0.04 0.00 0.27 0.14 0.31 0.11
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.14 0.00 0.20 0.01 0.21 0.10 0.12 0.17 0.01 0.01 0.14 0.02 0.32 0.13 0.38 0.16
C4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.02 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.17 0.00 0.03 0.66 0.55 1.21 0.82
C4' 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.13 0.14 0.14
C5 0.02 0.01 0.10 0.20 0.00 0.04 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.24 0.00 0.03 0.70 0.59 1.24 0.87
C5' 0.07 0.12 0.05 0.01 0.20 0.01 0.22 0.00 0.20 0.13 0.16 0.07 0.10 0.10 0.22 0.01 0.00 0.10 0.29 0.00
C6 0.01 0.01 0.12 0.21 0.00 0.04 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.23 0.00 0.04 0.64 0.45 0.95 0.70
N1 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.01 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.49 0.25 0.65 0.46
N3 0.03 0.00 0.07 0.12 0.00 0.01 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.13 0.00 0.06 0.58 0.40 0.97 0.64
O2 0.04 0.00 0.19 0.17 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.22 0.01 0.10 0.41 0.15 0.54 0.35
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.14 0.07 0.10 0.08 0.02 0.08 0.19 0.00 0.05 0.03 0.05 0.16 0.19 0.14 0.25
O3' 0.03 0.12 0.00 0.01 0.17 0.01 0.24 0.10 0.23 0.08 0.13 0.22 0.05 0.00 0.18 0.05 0.27 0.08 0.27 0.05
O4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.02 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.18 0.00 0.03 0.69 0.63 1.34 0.90
O4' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.10 0.05 0.05 0.03 0.00 0.26 0.15 0.07 0.25
O5' 0.29 0.49 0.27 0.32 0.66 0.02 0.70 0.00 0.64 0.49 0.58 0.41 0.16 0.27 0.69 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.04 0.26 0.14 0.13 0.55 0.13 0.59 0.10 0.45 0.25 0.40 0.15 0.19 0.08 0.63 0.15 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.71 0.31 0.38 1.21 0.14 1.24 0.29 0.95 0.65 0.97 0.54 0.14 0.27 1.34 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.47 0.11 0.16 0.82 0.14 0.87 0.00 0.70 0.46 0.64 0.35 0.25 0.05 0.90 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00