ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49507

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.003, 0.023, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.025, 0.052, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.052 std_dev=0.028
C5 B 0, 0.321, 0.684, 1.048, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.684 std_dev=0.363
C6 B 0, 0.362, 0.735, 1.109, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.735 std_dev=0.373
C4 B 0, 0.325, 0.768, 1.212, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.768 std_dev=0.444
N1 B 0, 0.435, 0.897, 1.359, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.897 std_dev=0.462
O4 B 0, 0.314, 0.816, 1.318, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.816 std_dev=0.502
N3 B 0, 0.407, 0.927, 1.447, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.927 std_dev=0.520
C2 B 0, 0.458, 0.994, 1.531, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.994 std_dev=0.536
C1' B 0, 0.558, 1.120, 1.681, 1.437 max_d=1.437 avg_d=1.120 std_dev=0.562
O4' A 0, 0.439, 1.022, 1.606, 1.724 max_d=1.724 avg_d=1.022 std_dev=0.584
C2' A 0, 0.478, 1.071, 1.664, 1.735 max_d=1.735 avg_d=1.071 std_dev=0.593
O2 B 0, 0.536, 1.161, 1.786, 1.890 max_d=1.890 avg_d=1.161 std_dev=0.625
O4' B 0, 0.467, 1.133, 1.799, 2.079 max_d=2.079 avg_d=1.133 std_dev=0.666
C3' A 0, 0.696, 1.434, 2.172, 2.026 max_d=2.026 avg_d=1.434 std_dev=0.738
C4' A 0, 0.734, 1.567, 2.400, 2.298 max_d=2.298 avg_d=1.567 std_dev=0.833
O2' A 0, 0.821, 1.802, 2.782, 2.937 max_d=2.937 avg_d=1.802 std_dev=0.981
O5' A 0, 0.690, 1.696, 2.703, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.696 std_dev=1.007
C4' B 0, 0.857, 1.954, 3.051, 3.320 max_d=3.320 avg_d=1.954 std_dev=1.097
O3' A 0, 0.497, 1.647, 2.798, 2.616 max_d=2.616 avg_d=1.647 std_dev=1.150
P A 0, 0.953, 2.143, 3.333, 3.481 max_d=3.481 avg_d=2.143 std_dev=1.190
C2' B 0, 1.167, 2.369, 3.570, 3.124 max_d=3.124 avg_d=2.369 std_dev=1.201
OP2 A 0, 0.985, 2.289, 3.592, 3.817 max_d=3.817 avg_d=2.289 std_dev=1.304
C3' B 0, 1.219, 2.534, 3.849, 3.753 max_d=3.753 avg_d=2.534 std_dev=1.315
O5' B 0, 1.143, 2.469, 3.796, 4.027 max_d=4.027 avg_d=2.469 std_dev=1.327
C5' A 0, 0.879, 2.228, 3.577, 4.033 max_d=4.033 avg_d=2.228 std_dev=1.349
O3' B 0, 1.226, 2.575, 3.924, 3.925 max_d=3.925 avg_d=2.575 std_dev=1.349
C5' B 0, 1.245, 2.656, 4.067, 4.209 max_d=4.209 avg_d=2.656 std_dev=1.411
OP1 A 0, 1.058, 2.515, 3.971, 4.464 max_d=4.464 avg_d=2.515 std_dev=1.457
O2' B 0, 1.467, 2.969, 4.470, 3.900 max_d=3.900 avg_d=2.969 std_dev=1.502
P B 0, 1.200, 3.047, 4.894, 5.491 max_d=5.491 avg_d=3.047 std_dev=1.847
OP1 B 0, 1.511, 3.399, 5.287, 5.204 max_d=5.204 avg_d=3.399 std_dev=1.888
OP2 B 0, 0.928, 3.054, 5.180, 6.133 max_d=6.133 avg_d=3.054 std_dev=2.126

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.21 0.03 0.00 0.13 0.14 0.53 0.19
C2 0.03 0.00 0.11 0.14 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.32 0.14 0.02 0.10 0.27 0.08 0.55 0.16
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.16 0.14 0.02 0.06 0.20 0.00 0.01 0.04 0.01 0.24 0.36 0.51 0.27
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.34 0.00 0.43 0.02 0.41 0.22 0.23 0.10 0.03 0.00 0.36 0.01 0.30 0.50 0.26 0.27
C4 0.03 0.01 0.04 0.34 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.23 0.00 0.01 0.36 0.24 0.50 0.24
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.15 0.07 0.07 0.09 0.30 0.01 0.11 0.00 0.01 0.22 0.34 0.07
C5 0.02 0.01 0.12 0.43 0.00 0.15 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.36 0.01 0.09 0.38 0.26 0.49 0.27
C5' 0.07 0.06 0.16 0.02 0.09 0.00 0.15 0.00 0.14 0.05 0.06 0.11 0.14 0.17 0.10 0.00 0.01 0.24 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.41 0.00 0.15 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.30 0.00 0.12 0.34 0.15 0.51 0.22
N1 0.01 0.00 0.02 0.22 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.05 0.02 0.00 0.25 0.06 0.53 0.17
N3 0.03 0.01 0.06 0.23 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.08 0.02 0.07 0.32 0.15 0.54 0.19
O2 0.04 0.00 0.20 0.10 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.46 0.33 0.02 0.18 0.25 0.10 0.56 0.15
O2' 0.03 0.32 0.00 0.03 0.25 0.30 0.22 0.14 0.20 0.15 0.31 0.46 0.00 0.01 0.27 0.22 0.32 0.48 0.47 0.24
O3' 0.21 0.14 0.01 0.00 0.23 0.01 0.36 0.17 0.30 0.05 0.08 0.33 0.01 0.00 0.26 0.17 0.31 0.74 0.42 0.41
O4 0.03 0.02 0.04 0.36 0.00 0.11 0.01 0.10 0.00 0.02 0.02 0.02 0.27 0.26 0.00 0.02 0.37 0.31 0.49 0.27
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.07 0.18 0.22 0.17 0.02 0.00 0.03 0.03 0.55 0.24
O5' 0.13 0.27 0.24 0.30 0.36 0.01 0.38 0.01 0.34 0.25 0.32 0.25 0.32 0.31 0.37 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.08 0.36 0.50 0.24 0.22 0.26 0.24 0.15 0.06 0.15 0.10 0.48 0.74 0.31 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.53 0.55 0.51 0.26 0.50 0.34 0.49 0.33 0.51 0.53 0.54 0.56 0.47 0.42 0.49 0.55 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.16 0.27 0.27 0.24 0.07 0.27 0.02 0.22 0.17 0.19 0.15 0.24 0.41 0.27 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.36 0.52 0.58 0.35 0.46 0.35 0.43 0.33 0.36 0.33 0.42 0.47 0.53 0.39 0.37 0.43 0.60 0.44 0.50
C2 0.29 0.33 0.35 0.46 0.23 0.38 0.24 0.37 0.21 0.27 0.28 0.40 0.34 0.40 0.28 0.28 0.39 0.68 0.57 0.43
C2' 0.29 0.36 0.34 0.38 0.34 0.27 0.30 0.29 0.26 0.29 0.36 0.43 0.41 0.33 0.39 0.21 0.33 0.64 0.56 0.54
C3' 0.11 0.21 0.34 0.55 0.32 0.39 0.37 0.49 0.30 0.17 0.26 0.32 0.22 0.55 0.39 0.17 0.48 0.77 0.77 0.58
C4 0.30 0.37 0.32 0.37 0.29 0.39 0.24 0.43 0.24 0.32 0.35 0.39 0.45 0.30 0.26 0.32 0.45 0.79 0.65 0.49
C4' 0.22 0.24 0.48 0.63 0.35 0.43 0.33 0.43 0.28 0.21 0.33 0.28 0.39 0.66 0.42 0.23 0.42 0.58 0.48 0.51
C5 0.37 0.38 0.38 0.46 0.29 0.47 0.29 0.51 0.32 0.37 0.33 0.41 0.51 0.37 0.26 0.39 0.54 0.73 0.57 0.62
C5' 0.23 0.40 0.44 0.61 0.38 0.41 0.33 0.44 0.30 0.28 0.44 0.49 0.28 0.68 0.42 0.22 0.41 0.56 0.51 0.52
C6 0.41 0.39 0.46 0.55 0.30 0.49 0.31 0.50 0.33 0.39 0.33 0.43 0.48 0.47 0.29 0.40 0.51 0.67 0.51 0.59
N1 0.36 0.36 0.44 0.53 0.29 0.44 0.30 0.43 0.29 0.34 0.31 0.43 0.41 0.46 0.32 0.34 0.44 0.64 0.49 0.50
N3 0.28 0.35 0.30 0.39 0.22 0.36 0.18 0.38 0.17 0.27 0.32 0.40 0.37 0.33 0.22 0.28 0.39 0.74 0.65 0.41
O2 0.26 0.28 0.34 0.45 0.22 0.35 0.23 0.33 0.18 0.23 0.23 0.36 0.29 0.40 0.31 0.25 0.35 0.66 0.59 0.38
O2' 0.36 0.47 0.34 0.35 0.46 0.27 0.40 0.27 0.37 0.40 0.51 0.49 0.36 0.28 0.49 0.28 0.32 0.64 0.47 0.52
O3' 0.28 0.45 0.44 0.60 0.35 0.43 0.28 0.53 0.23 0.28 0.46 0.64 0.43 0.65 0.41 0.20 0.50 0.88 0.83 0.64
O4 0.28 0.35 0.31 0.30 0.32 0.36 0.26 0.42 0.24 0.30 0.35 0.37 0.48 0.24 0.31 0.31 0.43 0.88 0.74 0.45
O4' 0.37 0.23 0.60 0.70 0.35 0.53 0.33 0.49 0.32 0.29 0.30 0.22 0.52 0.70 0.42 0.38 0.47 0.55 0.36 0.52
O5' 0.18 0.42 0.34 0.58 0.46 0.40 0.44 0.49 0.38 0.31 0.46 0.50 0.23 0.62 0.50 0.19 0.48 0.67 0.52 0.49
OP1 0.10 0.26 0.39 0.63 0.15 0.55 0.16 0.73 0.15 0.06 0.25 0.43 0.30 0.74 0.19 0.21 0.72 0.86 1.26 0.98
OP2 0.29 0.47 0.25 0.35 0.44 0.29 0.41 0.54 0.35 0.35 0.47 0.57 0.39 0.30 0.47 0.12 0.59 0.77 0.79 0.74
P 0.03 0.25 0.30 0.60 0.16 0.47 0.18 0.63 0.16 0.09 0.24 0.42 0.15 0.68 0.19 0.15 0.62 0.79 0.87 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.09 0.32 0.17
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.16 0.39 0.53 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.02 0.15 0.11 0.17 0.04 0.03 0.19 0.00 0.02 0.07 0.02 0.22 0.28 0.20 0.22
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.02 0.09 0.07 0.11 0.15 0.02 0.01 0.12 0.02 0.08 0.26 0.22 0.16
C4 0.02 0.00 0.06 0.11 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.09 0.00 0.05 0.25 0.73 0.77 0.22
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.05 0.03 0.11 0.03 0.11 0.00 0.02 0.18 0.23 0.06
C5 0.02 0.00 0.15 0.10 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.00 0.25 0.12 0.01 0.07 0.24 0.72 0.82 0.23
C5' 0.05 0.13 0.11 0.02 0.24 0.01 0.25 0.00 0.21 0.13 0.18 0.10 0.05 0.11 0.26 0.01 0.01 0.22 0.38 0.01
C6 0.02 0.00 0.17 0.09 0.01 0.11 0.01 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.11 0.01 0.08 0.19 0.51 0.70 0.22
N1 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.04 0.02 0.02 0.13 0.33 0.53 0.18
N3 0.01 0.00 0.03 0.11 0.01 0.05 0.02 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.01 0.04 0.20 0.56 0.66 0.18
O2 0.05 0.00 0.19 0.15 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.07 0.02 0.08 0.14 0.31 0.42 0.14
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.18 0.11 0.25 0.05 0.24 0.11 0.09 0.16 0.00 0.07 0.19 0.06 0.17 0.27 0.25 0.19
O3' 0.08 0.02 0.02 0.01 0.09 0.03 0.12 0.11 0.11 0.04 0.04 0.07 0.07 0.00 0.11 0.04 0.10 0.35 0.53 0.27
O4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.11 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.11 0.00 0.05 0.28 0.85 0.80 0.25
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.04 0.08 0.06 0.04 0.05 0.00 0.07 0.08 0.35 0.29
O5' 0.07 0.16 0.22 0.08 0.25 0.02 0.24 0.01 0.19 0.13 0.20 0.14 0.17 0.10 0.28 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.39 0.28 0.26 0.73 0.18 0.72 0.22 0.51 0.33 0.56 0.31 0.27 0.35 0.85 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.53 0.20 0.22 0.77 0.23 0.82 0.38 0.70 0.53 0.66 0.42 0.25 0.53 0.80 0.35 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.16 0.22 0.16 0.22 0.06 0.23 0.01 0.22 0.18 0.18 0.14 0.19 0.27 0.25 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00