ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49509

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.008, 0.032, 0.055, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.012, 0.061, 0.110, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.061 std_dev=0.049
O4 A 0, 0.058, 0.222, 0.386, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.222 std_dev=0.164
N1 B 0, 0.180, 0.643, 1.106, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.643 std_dev=0.463
C6 B 0, 0.206, 0.708, 1.210, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.708 std_dev=0.502
C1' B 0, 0.213, 0.726, 1.240, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.726 std_dev=0.514
O4' B 0, 0.138, 0.688, 1.238, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.688 std_dev=0.550
C2 B 0, 0.243, 0.837, 1.430, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.837 std_dev=0.594
O2 B 0, 0.270, 0.921, 1.572, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.921 std_dev=0.651
C5 B 0, 0.295, 1.017, 1.739, 1.602 max_d=1.602 avg_d=1.017 std_dev=0.722
N3 B 0, 0.312, 1.067, 1.822, 1.626 max_d=1.626 avg_d=1.067 std_dev=0.755
C4' B 0, 0.191, 0.956, 1.721, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.956 std_dev=0.765
C2' A 0, 0.056, 0.849, 1.643, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.849 std_dev=0.794
O4' A 0, 0.136, 0.932, 1.727, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.932 std_dev=0.795
C4 B 0, 0.345, 1.193, 2.040, 1.893 max_d=1.893 avg_d=1.193 std_dev=0.848
C3' B 0, 0.343, 1.347, 2.352, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.347 std_dev=1.004
O4 B 0, 0.412, 1.462, 2.511, 2.414 max_d=2.414 avg_d=1.462 std_dev=1.049
C2' B 0, 0.238, 1.329, 2.421, 2.673 max_d=2.673 avg_d=1.329 std_dev=1.091
O2' A 0, -0.188, 0.938, 2.065, 2.522 max_d=2.522 avg_d=0.938 std_dev=1.127
C3' A 0, 0.235, 1.366, 2.498, 2.771 max_d=2.771 avg_d=1.366 std_dev=1.132
C4' A 0, 0.230, 1.450, 2.670, 2.984 max_d=2.984 avg_d=1.450 std_dev=1.220
C5' B 0, 0.522, 1.817, 3.111, 2.921 max_d=2.921 avg_d=1.817 std_dev=1.294
O3' A 0, 0.420, 1.752, 3.085, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.752 std_dev=1.333
O3' B 0, 0.593, 2.026, 3.458, 3.050 max_d=3.050 avg_d=2.026 std_dev=1.432
O2' B 0, 0.034, 1.524, 3.014, 3.546 max_d=3.546 avg_d=1.524 std_dev=1.490
O5' A 0, 0.166, 1.751, 3.335, 3.838 max_d=3.838 avg_d=1.751 std_dev=1.585
OP2 A 0, 0.137, 1.900, 3.663, 4.248 max_d=4.248 avg_d=1.900 std_dev=1.763
C5' A 0, 0.329, 2.136, 3.943, 4.418 max_d=4.418 avg_d=2.136 std_dev=1.807
O5' B 0, 0.495, 2.333, 4.171, 4.492 max_d=4.492 avg_d=2.333 std_dev=1.838
P A 0, 0.313, 2.420, 4.526, 5.134 max_d=5.134 avg_d=2.420 std_dev=2.106
OP1 A 0, 0.792, 3.315, 5.838, 6.116 max_d=6.116 avg_d=3.315 std_dev=2.523
OP2 B 0, 1.028, 3.568, 6.108, 5.713 max_d=5.713 avg_d=3.568 std_dev=2.540
P B 0, 0.902, 3.602, 6.303, 6.501 max_d=6.501 avg_d=3.602 std_dev=2.700
OP1 B 0, 1.009, 4.235, 7.460, 7.821 max_d=7.821 avg_d=4.235 std_dev=3.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.30 0.00 0.00 0.09 0.24 0.23 0.14
C2 0.01 0.00 0.22 0.27 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.21 0.01 0.15 0.09 0.45 0.25 0.17
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.03 0.02 0.17 0.18 0.23 0.01 0.15 0.40 0.00 0.05 0.06 0.02 0.36 0.65 0.55 0.50
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.34 0.01 0.29 0.01 0.23 0.20 0.33 0.25 0.03 0.00 0.38 0.02 0.05 0.37 0.16 0.10
C4 0.01 0.00 0.03 0.34 0.00 0.14 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35 0.18 0.00 0.01 0.27 0.81 0.36 0.41
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.14 0.00 0.22 0.00 0.22 0.08 0.07 0.12 0.25 0.01 0.16 0.01 0.01 0.21 0.08 0.04
C5 0.00 0.00 0.17 0.29 0.00 0.22 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.49 0.14 0.00 0.14 0.31 0.75 0.35 0.39
C5' 0.05 0.05 0.18 0.01 0.17 0.00 0.26 0.00 0.23 0.06 0.08 0.12 0.10 0.21 0.20 0.01 0.00 0.26 0.21 0.01
C6 0.00 0.00 0.23 0.23 0.00 0.22 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.46 0.05 0.00 0.19 0.24 0.47 0.29 0.22
N1 0.00 0.01 0.01 0.20 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.12 0.00 0.01 0.08 0.33 0.23 0.09
N3 0.01 0.00 0.15 0.33 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.20 0.01 0.10 0.18 0.65 0.31 0.30
O2 0.02 0.00 0.40 0.25 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.31 0.01 0.26 0.05 0.37 0.22 0.12
O2' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.35 0.25 0.49 0.10 0.46 0.20 0.15 0.27 0.00 0.08 0.36 0.18 0.28 0.70 0.61 0.52
O3' 0.30 0.21 0.05 0.00 0.18 0.01 0.14 0.21 0.05 0.12 0.20 0.31 0.08 0.00 0.25 0.20 0.23 0.30 0.42 0.23
O4 0.00 0.01 0.06 0.38 0.00 0.16 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.36 0.25 0.00 0.01 0.32 0.98 0.39 0.50
O4' 0.00 0.15 0.02 0.02 0.01 0.01 0.14 0.01 0.19 0.01 0.10 0.26 0.18 0.20 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03
O5' 0.09 0.09 0.36 0.05 0.27 0.01 0.31 0.00 0.24 0.08 0.18 0.05 0.28 0.23 0.32 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00
OP1 0.24 0.45 0.65 0.37 0.81 0.21 0.75 0.26 0.47 0.33 0.65 0.37 0.70 0.30 0.98 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.25 0.55 0.16 0.36 0.08 0.35 0.21 0.29 0.23 0.31 0.22 0.61 0.42 0.39 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.17 0.50 0.10 0.41 0.04 0.39 0.01 0.22 0.09 0.30 0.12 0.52 0.23 0.50 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.19 0.59 0.97 0.46 0.67 0.40 0.76 0.26 0.16 0.35 0.19 0.18 0.82 0.55 0.32 0.94 1.71 0.65 1.05
C2 0.20 0.08 0.30 0.78 0.39 0.55 0.37 0.67 0.20 0.05 0.18 0.24 0.52 0.63 0.50 0.28 0.91 1.96 0.81 1.14
C2' 0.23 0.30 0.29 0.72 0.47 0.39 0.46 0.62 0.39 0.31 0.39 0.21 0.55 0.67 0.49 0.08 0.97 1.65 0.84 1.13
C3' 0.13 0.31 0.73 1.17 0.43 0.83 0.35 1.07 0.27 0.22 0.43 0.30 0.12 1.12 0.49 0.34 1.32 1.89 0.97 1.43
C4 0.24 0.16 0.31 0.58 0.22 0.51 0.29 0.69 0.12 0.10 0.04 0.28 0.87 0.49 0.28 0.35 0.94 2.13 0.94 1.27
C4' 0.25 0.50 0.98 1.27 0.68 0.84 0.52 0.97 0.38 0.34 0.69 0.48 0.49 1.20 0.79 0.33 1.14 1.63 0.80 1.17
C5 0.26 0.10 0.28 0.69 0.25 0.65 0.29 0.82 0.15 0.08 0.08 0.23 0.88 0.55 0.28 0.44 1.06 1.99 0.85 1.29
C5' 0.31 0.73 1.04 1.32 0.79 0.86 0.59 1.01 0.47 0.48 0.88 0.84 0.64 1.30 0.88 0.35 1.18 1.49 0.92 1.18
C6 0.23 0.09 0.32 0.87 0.34 0.71 0.33 0.84 0.21 0.10 0.21 0.17 0.62 0.69 0.39 0.43 1.04 1.82 0.75 1.19
N1 0.20 0.11 0.40 0.88 0.41 0.64 0.38 0.75 0.22 0.10 0.26 0.19 0.44 0.71 0.49 0.34 0.96 1.84 0.73 1.12
N3 0.22 0.13 0.24 0.65 0.30 0.50 0.33 0.64 0.15 0.06 0.07 0.29 0.71 0.54 0.40 0.28 0.89 2.07 0.91 1.20
O2 0.18 0.07 0.34 0.79 0.40 0.52 0.38 0.62 0.20 0.04 0.19 0.23 0.42 0.66 0.54 0.24 0.87 1.94 0.81 1.10
O2' 0.22 0.20 0.26 0.61 0.48 0.28 0.52 0.45 0.44 0.28 0.34 0.09 0.62 0.59 0.53 0.04 0.79 1.44 0.83 0.93
O3' 0.19 0.38 0.83 1.31 0.58 0.96 0.42 1.20 0.29 0.24 0.57 0.36 0.26 1.36 0.71 0.40 1.40 1.91 1.02 1.49
O4 0.22 0.17 0.43 0.45 0.15 0.43 0.25 0.65 0.10 0.10 0.09 0.27 0.96 0.44 0.20 0.34 0.90 2.23 1.08 1.33
O4' 0.33 0.39 0.96 1.22 0.67 0.83 0.52 0.87 0.36 0.30 0.62 0.32 0.46 1.07 0.81 0.39 0.98 1.59 0.62 1.00
O5' 0.22 0.69 0.72 1.22 0.64 0.82 0.47 1.06 0.38 0.43 0.76 0.86 0.19 1.17 0.68 0.31 1.28 1.57 1.02 1.31
OP1 0.30 0.33 0.85 1.17 0.30 1.04 0.33 1.36 0.37 0.23 0.38 0.54 0.69 1.27 0.35 0.46 1.39 1.49 1.22 1.44
OP2 0.78 0.98 0.49 0.75 0.82 0.60 0.72 1.09 0.68 0.81 0.93 1.15 0.95 0.71 0.81 0.52 1.47 1.52 1.43 1.60
P 0.31 0.68 0.56 1.17 0.51 0.93 0.35 1.30 0.32 0.42 0.67 0.92 0.11 1.26 0.52 0.44 1.49 1.58 1.34 1.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.32 0.02 0.00 0.24 0.40 0.25 0.19
C2 0.01 0.00 0.25 0.26 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.20 0.00 0.15 0.21 0.83 0.44 0.23
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.05 0.01 0.25 0.20 0.31 0.03 0.15 0.48 0.00 0.04 0.05 0.02 0.40 0.28 0.55 0.41
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.22 0.00 0.18 0.01 0.16 0.13 0.28 0.33 0.02 0.01 0.24 0.01 0.09 0.08 0.08 0.08
C4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.04 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.02 0.00 0.05 0.30 1.18 0.71 0.41
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.27 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.32 0.03
C5 0.02 0.01 0.25 0.18 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.48 0.13 0.01 0.10 0.35 1.16 0.75 0.47
C5' 0.09 0.10 0.20 0.01 0.17 0.00 0.19 0.00 0.18 0.11 0.12 0.09 0.07 0.20 0.19 0.02 0.00 0.27 0.46 0.01
C6 0.02 0.01 0.31 0.16 0.01 0.05 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.45 0.18 0.01 0.14 0.36 0.93 0.61 0.41
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.16 0.01 0.02 0.27 0.74 0.42 0.27
N3 0.01 0.00 0.15 0.28 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.13 0.00 0.12 0.24 1.03 0.57 0.31
O2 0.02 0.00 0.48 0.33 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.33 0.00 0.25 0.16 0.70 0.34 0.14
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.34 0.27 0.48 0.07 0.45 0.20 0.17 0.34 0.00 0.06 0.36 0.16 0.28 0.19 0.51 0.33
O3' 0.32 0.20 0.04 0.01 0.02 0.03 0.13 0.20 0.18 0.16 0.13 0.33 0.06 0.00 0.01 0.23 0.32 0.26 0.35 0.32
O4 0.02 0.00 0.05 0.24 0.00 0.04 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.01 0.00 0.06 0.31 1.28 0.78 0.45
O4' 0.00 0.15 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.02 0.14 0.02 0.12 0.25 0.16 0.23 0.06 0.00 0.10 0.34 0.25 0.07
O5' 0.24 0.21 0.40 0.09 0.30 0.01 0.35 0.00 0.36 0.27 0.24 0.16 0.28 0.32 0.31 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.40 0.83 0.28 0.08 1.18 0.02 1.16 0.27 0.93 0.74 1.03 0.70 0.19 0.26 1.28 0.34 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.44 0.55 0.08 0.71 0.32 0.75 0.46 0.61 0.42 0.57 0.34 0.51 0.35 0.78 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.23 0.41 0.08 0.41 0.03 0.47 0.01 0.41 0.27 0.31 0.14 0.33 0.32 0.45 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00