ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49520

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 3, 1, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.016, 0.033, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.018, 0.043, 0.068, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.043 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.023, 0.048, 0.074, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.048 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.032, 0.063, 0.093, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.063 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.035, 0.067, 0.100, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.067 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.048, 0.130, 0.212, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.130 std_dev=0.082
C3' A 0, 0.064, 0.148, 0.231, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.148 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.085, 0.174, 0.263, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.174 std_dev=0.089
O4' A 0, 0.042, 0.142, 0.242, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.142 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.070, 0.176, 0.281, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.176 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.095, 0.215, 0.335, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.215 std_dev=0.120
N2 B 0, 0.167, 0.350, 0.533, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.350 std_dev=0.183
C2' B 0, 0.223, 0.416, 0.608, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.416 std_dev=0.192
O2' B 0, 0.301, 0.517, 0.732, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.517 std_dev=0.215
N3 B 0, 0.131, 0.347, 0.562, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.347 std_dev=0.215
OP1 B 0, 0.375, 0.594, 0.813, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.594 std_dev=0.219
C1' B 0, 0.174, 0.399, 0.625, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.399 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.126, 0.351, 0.577, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.351 std_dev=0.225
C3' B 0, 0.176, 0.403, 0.629, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.403 std_dev=0.226
C4 B 0, 0.158, 0.397, 0.636, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.397 std_dev=0.239
N9 B 0, 0.180, 0.421, 0.662, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.421 std_dev=0.241
C4' B 0, 0.179, 0.424, 0.669, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.424 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.152, 0.405, 0.659, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.405 std_dev=0.254
P B 0, 0.218, 0.482, 0.746, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.482 std_dev=0.264
N1 B 0, 0.130, 0.400, 0.671, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.400 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.175, 0.451, 0.726, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.451 std_dev=0.276
C8 B 0, 0.209, 0.492, 0.775, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.492 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.169, 0.464, 0.759, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.464 std_dev=0.295
C5' A 0, 0.117, 0.412, 0.708, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.412 std_dev=0.296
C5' B 0, 0.203, 0.504, 0.806, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.504 std_dev=0.301
N7 B 0, 0.204, 0.508, 0.811, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.508 std_dev=0.303
OP2 B 0, 0.268, 0.586, 0.903, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.586 std_dev=0.318
O5' B 0, 0.185, 0.520, 0.854, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.520 std_dev=0.334
O6 B 0, 0.199, 0.533, 0.868, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.533 std_dev=0.334
P A 0, 0.238, 0.636, 1.033, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.636 std_dev=0.397
O3' B 0, 0.289, 0.742, 1.195, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.742 std_dev=0.453
O5' A 0, 0.165, 0.851, 1.536, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.851 std_dev=0.685
OP1 A 0, 0.374, 1.131, 1.887, 2.028 max_d=2.028 avg_d=1.131 std_dev=0.756
OP2 A 0, 0.472, 1.298, 2.125, 2.251 max_d=2.251 avg_d=1.298 std_dev=0.826

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.30 0.03 0.59 0.54 0.31
C2 0.05 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.08 0.41 0.02 0.58 0.66 0.37
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.11 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.28 0.04 0.78 0.64 0.41
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.03 0.78 0.47 0.28
C4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.04 0.46 0.02 0.55 0.66 0.37
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.11 0.08 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.48 0.32 0.12
C5 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.54 0.02 0.50 0.71 0.39
C5' 0.07 0.08 0.11 0.03 0.10 0.01 0.14 0.00 0.13 0.18 0.10 0.08 0.07 0.19 0.11 0.10 0.03 0.03 0.01 0.16 0.34 0.21 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.54 0.01 0.50 0.72 0.39
C8 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.06 0.57 0.02 0.48 0.69 0.39
N1 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.06 0.48 0.01 0.54 0.70 0.38
N2 0.06 0.00 0.04 0.07 0.01 0.11 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.15 0.11 0.38 0.02 0.61 0.65 0.37
N3 0.05 0.00 0.04 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.09 0.39 0.02 0.59 0.64 0.36
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.59 0.02 0.45 0.72 0.39
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.46 0.02 0.55 0.64 0.37
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.10 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.02 0.00 0.05 0.01 0.23 0.07 0.86 0.70 0.43
O3' 0.06 0.12 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.09 0.05 0.11 0.15 0.11 0.05 0.06 0.05 0.00 0.07 0.21 0.09 0.75 0.42 0.19
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.06 0.11 0.09 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.23 0.03 0.43 0.37 0.18
O5' 0.30 0.41 0.28 0.12 0.46 0.02 0.54 0.01 0.54 0.57 0.48 0.38 0.39 0.59 0.46 0.23 0.21 0.23 0.00 0.58 0.04 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.09 0.03 0.58 0.00 0.46 0.75 0.40
OP1 0.59 0.58 0.78 0.78 0.55 0.48 0.50 0.34 0.50 0.48 0.54 0.61 0.59 0.45 0.55 0.86 0.75 0.43 0.04 0.46 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.66 0.64 0.47 0.66 0.32 0.71 0.21 0.72 0.69 0.70 0.65 0.64 0.72 0.64 0.70 0.42 0.37 0.02 0.75 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.37 0.41 0.28 0.37 0.12 0.39 0.01 0.39 0.39 0.38 0.37 0.36 0.39 0.37 0.43 0.19 0.18 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.07 0.19 0.06 0.11 0.13 0.11 0.17 0.09 0.15 0.07 0.09 0.09 0.13 0.14 0.31 0.26 0.16 0.13 0.09 0.14 0.16 0.10
C2 0.16 0.11 0.17 0.06 0.14 0.15 0.15 0.22 0.15 0.17 0.13 0.10 0.12 0.17 0.16 0.27 0.31 0.19 0.14 0.16 0.17 0.16 0.11
C2' 0.20 0.07 0.24 0.14 0.14 0.21 0.13 0.24 0.11 0.18 0.08 0.06 0.10 0.16 0.18 0.38 0.22 0.24 0.21 0.11 0.18 0.24 0.18
C3' 0.15 0.04 0.20 0.08 0.09 0.14 0.10 0.18 0.07 0.15 0.04 0.07 0.06 0.13 0.13 0.35 0.14 0.16 0.16 0.08 0.15 0.22 0.15
C4 0.16 0.08 0.18 0.06 0.13 0.16 0.13 0.22 0.11 0.16 0.09 0.07 0.10 0.15 0.15 0.27 0.32 0.20 0.16 0.11 0.16 0.15 0.10
C4' 0.18 0.10 0.19 0.10 0.12 0.09 0.12 0.13 0.09 0.16 0.08 0.12 0.12 0.14 0.16 0.30 0.24 0.14 0.10 0.09 0.13 0.17 0.11
C5 0.16 0.10 0.17 0.08 0.14 0.18 0.14 0.24 0.12 0.16 0.10 0.07 0.13 0.15 0.16 0.24 0.38 0.23 0.18 0.12 0.15 0.13 0.10
C5' 0.21 0.19 0.21 0.14 0.18 0.08 0.15 0.15 0.13 0.18 0.15 0.22 0.20 0.15 0.19 0.29 0.33 0.15 0.16 0.12 0.28 0.29 0.23
C6 0.17 0.14 0.17 0.09 0.16 0.18 0.17 0.25 0.16 0.18 0.15 0.12 0.15 0.17 0.17 0.23 0.39 0.23 0.18 0.16 0.15 0.12 0.09
C8 0.16 0.05 0.17 0.07 0.11 0.19 0.11 0.24 0.08 0.14 0.06 0.07 0.09 0.13 0.14 0.27 0.38 0.23 0.19 0.08 0.15 0.15 0.12
N1 0.16 0.14 0.17 0.07 0.16 0.17 0.17 0.23 0.17 0.18 0.15 0.12 0.14 0.18 0.17 0.24 0.35 0.21 0.16 0.17 0.16 0.13 0.09
N2 0.17 0.12 0.18 0.08 0.15 0.15 0.16 0.21 0.16 0.18 0.14 0.11 0.13 0.17 0.16 0.28 0.28 0.18 0.15 0.17 0.19 0.20 0.14
N3 0.16 0.09 0.18 0.07 0.13 0.15 0.14 0.21 0.12 0.16 0.10 0.08 0.11 0.16 0.16 0.29 0.29 0.19 0.15 0.13 0.17 0.18 0.12
N7 0.16 0.08 0.16 0.09 0.14 0.20 0.12 0.26 0.10 0.15 0.08 0.04 0.12 0.14 0.15 0.23 0.41 0.25 0.20 0.09 0.15 0.14 0.12
N9 0.16 0.07 0.19 0.07 0.12 0.16 0.12 0.22 0.09 0.15 0.07 0.07 0.09 0.14 0.15 0.30 0.31 0.20 0.16 0.10 0.15 0.15 0.11
O2' 0.22 0.11 0.27 0.17 0.16 0.23 0.16 0.24 0.13 0.20 0.11 0.09 0.14 0.18 0.20 0.41 0.24 0.25 0.21 0.13 0.17 0.23 0.17
O3' 0.14 0.05 0.19 0.05 0.09 0.10 0.10 0.13 0.08 0.14 0.05 0.07 0.07 0.13 0.13 0.34 0.11 0.13 0.12 0.08 0.10 0.18 0.10
O4' 0.21 0.15 0.21 0.11 0.17 0.09 0.16 0.13 0.14 0.20 0.13 0.16 0.17 0.18 0.20 0.30 0.30 0.15 0.09 0.14 0.13 0.14 0.08
O5' 0.60 0.64 0.51 0.26 0.64 0.37 0.64 0.33 0.66 0.59 0.65 0.61 0.63 0.61 0.62 0.60 0.04 0.55 0.26 0.66 0.35 0.37 0.33
O6 0.18 0.18 0.17 0.11 0.19 0.20 0.20 0.27 0.19 0.20 0.19 0.16 0.18 0.20 0.19 0.21 0.42 0.25 0.20 0.20 0.15 0.11 0.10
OP1 0.20 0.17 0.21 0.42 0.18 0.58 0.22 0.79 0.19 0.32 0.17 0.22 0.16 0.30 0.22 0.14 0.06 0.37 0.90 0.21 0.58 0.71 0.75
OP2 0.56 0.71 0.56 0.17 0.66 0.07 0.65 0.09 0.67 0.56 0.70 0.72 0.70 0.59 0.60 0.85 0.05 0.34 0.26 0.67 0.24 0.35 0.28
P 0.23 0.30 0.24 0.03 0.26 0.12 0.25 0.19 0.26 0.20 0.29 0.31 0.29 0.21 0.23 0.44 0.01 0.13 0.28 0.26 0.21 0.28 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.28 0.00 0.05 0.02 0.22 0.08 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.43 0.11 0.12 0.01 0.17 0.09 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.08 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.13 0.02 0.10 0.06 0.18 0.14 0.05
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.02 0.07 0.05 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.05 0.21 0.21 0.13
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.33 0.06 0.10 0.01 0.17 0.06 0.06
C4' 0.00 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.10 0.09 0.13 0.09 0.10 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.18 0.10 0.09
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.27 0.05 0.14 0.01 0.18 0.09 0.08
C5' 0.04 0.15 0.08 0.01 0.12 0.01 0.14 0.00 0.16 0.14 0.16 0.17 0.13 0.16 0.09 0.07 0.10 0.02 0.01 0.18 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.31 0.07 0.15 0.00 0.17 0.09 0.08
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.14 0.07 0.16 0.02 0.21 0.12 0.12
N1 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.38 0.09 0.13 0.01 0.16 0.08 0.08
N2 0.03 0.00 0.04 0.07 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.48 0.14 0.14 0.01 0.18 0.12 0.13
N3 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.42 0.11 0.11 0.01 0.17 0.08 0.09
N7 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.17 0.06 0.18 0.02 0.20 0.12 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.25 0.02 0.10 0.02 0.19 0.08 0.07
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.09 0.02 0.12 0.07 0.14 0.12 0.13 0.12 0.09 0.14 0.07 0.00 0.17 0.02 0.10 0.16 0.24 0.21 0.10
O3' 0.28 0.43 0.13 0.02 0.33 0.03 0.27 0.10 0.31 0.14 0.38 0.48 0.42 0.17 0.25 0.17 0.00 0.19 0.28 0.28 0.43 0.55 0.40
O4' 0.00 0.11 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.09 0.14 0.11 0.06 0.02 0.02 0.19 0.00 0.02 0.07 0.21 0.09 0.12
O5' 0.05 0.12 0.10 0.09 0.10 0.02 0.14 0.01 0.15 0.16 0.13 0.14 0.11 0.18 0.10 0.10 0.28 0.02 0.00 0.18 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.28 0.07 0.18 0.00 0.18 0.11 0.10
OP1 0.22 0.17 0.18 0.21 0.17 0.18 0.18 0.07 0.17 0.21 0.16 0.18 0.17 0.20 0.19 0.24 0.43 0.21 0.03 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.09 0.14 0.21 0.06 0.10 0.09 0.02 0.09 0.12 0.08 0.12 0.08 0.12 0.08 0.21 0.55 0.09 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.05 0.13 0.06 0.09 0.08 0.02 0.08 0.12 0.08 0.13 0.09 0.11 0.07 0.10 0.40 0.12 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00