ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49522

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.014, 0.038, 0.062, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.038 std_dev=0.024
C4 B 0, 0.197, 0.546, 0.896, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.546 std_dev=0.350
N3 B 0, 0.217, 0.573, 0.929, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.573 std_dev=0.356
C5 B 0, 0.177, 0.541, 0.905, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.541 std_dev=0.364
C6 B 0, 0.223, 0.630, 1.038, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.630 std_dev=0.408
C2 B 0, 0.261, 0.687, 1.112, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.687 std_dev=0.425
N7 B 0, 0.205, 0.633, 1.061, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.633 std_dev=0.428
N9 B 0, 0.266, 0.707, 1.148, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.707 std_dev=0.441
N1 B 0, 0.276, 0.734, 1.191, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.734 std_dev=0.457
O6 B 0, 0.218, 0.680, 1.142, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.680 std_dev=0.462
C8 B 0, 0.276, 0.767, 1.258, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.767 std_dev=0.491
C1' B 0, 0.286, 0.864, 1.441, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.864 std_dev=0.578
N2 B 0, 0.272, 0.852, 1.431, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.852 std_dev=0.579
O2' B 0, 0.162, 0.769, 1.377, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.769 std_dev=0.607
C2' B 0, 0.240, 0.924, 1.608, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.924 std_dev=0.684
O4' B 0, 0.290, 1.328, 2.367, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.328 std_dev=1.038
C3' B 0, 0.252, 1.432, 2.612, 3.035 max_d=3.035 avg_d=1.432 std_dev=1.180
O4' A 0, -0.057, 1.188, 2.433, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.188 std_dev=1.245
C4' B 0, 0.265, 1.567, 2.868, 3.293 max_d=3.293 avg_d=1.567 std_dev=1.301
C2' A 0, -0.050, 1.265, 2.581, 2.798 max_d=2.798 avg_d=1.265 std_dev=1.315
O3' B 0, 0.200, 1.665, 3.131, 3.635 max_d=3.635 avg_d=1.665 std_dev=1.465
C4' A 0, -0.118, 1.613, 3.345, 3.788 max_d=3.788 avg_d=1.613 std_dev=1.732
C5' B 0, 0.214, 2.045, 3.877, 4.736 max_d=4.736 avg_d=2.045 std_dev=1.831
O2' A 0, 0.024, 1.873, 3.722, 4.075 max_d=4.075 avg_d=1.873 std_dev=1.849
C3' A 0, -0.161, 1.699, 3.560, 3.916 max_d=3.916 avg_d=1.699 std_dev=1.861
O5' B 0, 0.295, 2.250, 4.206, 4.874 max_d=4.874 avg_d=2.250 std_dev=1.955
O3' A 0, -0.115, 1.897, 3.908, 4.295 max_d=4.295 avg_d=1.897 std_dev=2.011
OP2 B 0, 0.384, 3.075, 5.766, 6.485 max_d=6.485 avg_d=3.075 std_dev=2.691
P B 0, 0.269, 3.216, 6.163, 7.101 max_d=7.101 avg_d=3.216 std_dev=2.947
C5' A 0, -0.283, 2.883, 6.048, 6.654 max_d=6.654 avg_d=2.883 std_dev=3.166
O5' A 0, -0.335, 3.214, 6.764, 7.412 max_d=7.412 avg_d=3.214 std_dev=3.549
OP1 B 0, 0.155, 3.879, 7.603, 8.600 max_d=8.600 avg_d=3.879 std_dev=3.724
P A 0, -0.423, 4.580, 9.584, 10.482 max_d=10.482 avg_d=4.580 std_dev=5.004
OP2 A 0, -0.435, 4.860, 10.155, 11.087 max_d=11.087 avg_d=4.860 std_dev=5.295
OP1 A 0, -0.451, 5.273, 10.997, 11.990 max_d=11.990 avg_d=5.273 std_dev=5.724

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.01 0.28 0.01 0.16 0.27 0.29
C2 0.01 0.00 0.26 0.05 0.01 0.81 0.01 1.59 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.48 0.09 0.81 1.43 0.03 1.98 1.86 1.57
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.15 0.03 0.08 0.23 0.13 0.09 0.20 0.31 0.27 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.25 0.11 0.21 0.48 0.22
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.15 0.00 0.29 0.01 0.25 0.42 0.10 0.17 0.07 0.42 0.23 0.06 0.00 0.02 0.42 0.32 0.05 0.81 0.37
C4 0.01 0.01 0.15 0.15 0.00 0.31 0.00 0.69 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.07 0.42 0.26 0.01 0.48 0.40 0.19
C4' 0.02 0.81 0.03 0.00 0.31 0.00 0.09 0.01 0.25 0.47 0.58 1.05 0.77 0.33 0.08 0.34 0.03 0.03 0.05 0.15 0.10 0.23 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.29 0.00 0.09 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.16 0.20 0.24 0.01 0.19 0.15 0.41
C5' 0.09 1.59 0.23 0.01 0.69 0.01 0.34 0.00 0.66 0.61 1.21 2.04 1.45 0.39 0.09 0.12 0.22 0.01 0.02 0.49 0.15 0.31 0.02
C6 0.01 0.02 0.13 0.25 0.01 0.25 0.01 0.66 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.21 0.35 0.21 0.01 0.46 0.44 0.14
C8 0.01 0.01 0.09 0.42 0.01 0.47 0.01 0.61 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.59 0.11 0.38 1.29 0.01 1.36 1.24 1.52
N1 0.01 0.01 0.20 0.10 0.02 0.58 0.01 1.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.17 0.62 0.92 0.02 1.40 1.33 0.98
N2 0.02 0.00 0.31 0.17 0.01 1.05 0.01 2.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.70 0.07 0.96 2.07 0.05 2.91 2.78 2.44
N3 0.01 0.01 0.27 0.07 0.00 0.77 0.01 1.45 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.49 0.03 0.81 1.24 0.02 1.59 1.44 1.27
N7 0.01 0.01 0.04 0.42 0.01 0.33 0.01 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.51 0.17 0.19 1.07 0.01 1.17 1.05 1.38
N9 0.00 0.01 0.03 0.23 0.00 0.08 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.08 0.04 0.46 0.01 0.36 0.39 0.55
O2' 0.01 0.48 0.01 0.06 0.11 0.34 0.19 0.12 0.11 0.59 0.25 0.70 0.49 0.51 0.20 0.00 0.07 0.22 0.40 0.18 0.10 0.67 0.35
O3' 0.29 0.09 0.03 0.00 0.07 0.03 0.16 0.22 0.21 0.11 0.17 0.07 0.03 0.17 0.08 0.07 0.00 0.22 0.41 0.26 0.12 1.04 0.44
O4' 0.01 0.81 0.01 0.02 0.42 0.03 0.20 0.01 0.35 0.38 0.62 0.96 0.81 0.19 0.04 0.22 0.22 0.00 0.15 0.25 0.20 0.10 0.15
O5' 0.28 1.43 0.25 0.42 0.26 0.05 0.24 0.02 0.21 1.29 0.92 2.07 1.24 1.07 0.46 0.40 0.41 0.15 0.00 0.15 0.01 0.03 0.01
O6 0.01 0.03 0.11 0.32 0.01 0.15 0.01 0.49 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.18 0.26 0.25 0.15 0.00 0.25 0.22 0.29
OP1 0.16 1.98 0.21 0.05 0.48 0.10 0.19 0.15 0.46 1.36 1.40 2.91 1.59 1.17 0.36 0.10 0.12 0.20 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 1.86 0.48 0.81 0.40 0.23 0.15 0.31 0.44 1.24 1.33 2.78 1.44 1.05 0.39 0.67 1.04 0.10 0.03 0.22 0.02 0.00 0.00
P 0.29 1.57 0.22 0.37 0.19 0.05 0.41 0.02 0.14 1.52 0.98 2.44 1.27 1.38 0.55 0.35 0.44 0.15 0.01 0.29 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.41 0.41 0.54 0.13 0.40 0.21 0.44 0.40 0.08 0.48 0.58 0.20 0.11 0.09 0.43 0.76 0.32 0.36 0.46 1.09 0.39 0.51
C2 0.35 0.19 0.58 0.70 0.13 0.48 0.14 0.51 0.30 0.18 0.34 0.28 0.14 0.12 0.23 0.57 0.94 0.42 0.44 0.40 1.23 0.50 0.58
C2' 0.31 0.39 0.42 0.52 0.11 0.49 0.22 0.52 0.44 0.11 0.51 0.53 0.16 0.13 0.15 0.49 0.66 0.39 0.40 0.54 1.07 0.38 0.54
C3' 0.63 0.87 0.52 0.45 0.76 0.53 0.85 0.51 0.97 0.74 0.97 0.91 0.74 0.82 0.69 0.52 0.36 0.64 0.53 1.05 0.38 0.50 0.35
C4 0.30 0.31 0.52 0.64 0.09 0.45 0.16 0.48 0.35 0.13 0.43 0.48 0.11 0.10 0.17 0.54 0.87 0.39 0.40 0.43 1.14 0.43 0.53
C4' 0.89 0.72 0.72 0.69 0.76 0.90 0.78 0.89 0.78 0.85 0.75 0.72 0.72 0.81 0.82 0.81 0.59 0.99 0.84 0.80 0.39 0.70 0.62
C5 0.34 0.30 0.56 0.65 0.10 0.47 0.15 0.49 0.34 0.16 0.42 0.48 0.10 0.10 0.20 0.57 0.86 0.42 0.41 0.43 1.10 0.42 0.51
C5' 1.50 0.81 1.45 1.53 1.14 1.73 1.11 1.76 0.96 1.40 0.81 0.65 0.98 1.26 1.34 1.60 1.55 1.68 1.66 0.93 1.06 1.48 1.44
C6 0.39 0.17 0.60 0.69 0.16 0.50 0.13 0.52 0.28 0.21 0.33 0.28 0.17 0.13 0.28 0.59 0.90 0.46 0.46 0.38 1.14 0.48 0.54
C8 0.25 0.45 0.44 0.55 0.14 0.41 0.22 0.44 0.41 0.09 0.51 0.65 0.23 0.11 0.10 0.49 0.75 0.34 0.35 0.46 1.01 0.33 0.45
N1 0.39 0.16 0.61 0.71 0.18 0.50 0.14 0.53 0.27 0.21 0.30 0.21 0.19 0.14 0.28 0.59 0.94 0.46 0.46 0.38 1.20 0.51 0.57
N2 0.35 0.17 0.58 0.71 0.15 0.48 0.14 0.51 0.28 0.19 0.30 0.22 0.17 0.13 0.24 0.57 0.97 0.43 0.46 0.38 1.28 0.53 0.60
N3 0.31 0.26 0.54 0.66 0.09 0.46 0.15 0.49 0.33 0.14 0.39 0.39 0.10 0.10 0.19 0.54 0.91 0.40 0.42 0.42 1.21 0.47 0.56
N7 0.30 0.42 0.51 0.59 0.10 0.45 0.19 0.46 0.39 0.12 0.49 0.64 0.17 0.11 0.15 0.55 0.78 0.39 0.37 0.45 1.01 0.35 0.45
N9 0.26 0.40 0.46 0.58 0.11 0.42 0.20 0.45 0.39 0.10 0.48 0.58 0.18 0.11 0.12 0.49 0.80 0.35 0.37 0.46 1.09 0.38 0.50
O2' 1.07 0.47 1.17 1.28 0.70 1.28 0.61 1.31 0.49 0.86 0.47 0.45 0.63 0.71 0.89 1.26 1.39 1.14 1.19 0.48 1.80 1.15 1.32
O3' 0.30 0.70 0.22 0.20 0.49 0.28 0.62 0.30 0.81 0.42 0.84 0.79 0.50 0.55 0.37 0.24 0.25 0.31 0.18 0.92 0.76 0.14 0.25
O4' 0.63 0.56 0.34 0.29 0.51 0.61 0.51 0.60 0.55 0.54 0.58 0.64 0.52 0.51 0.54 0.46 0.19 0.77 0.52 0.57 0.50 0.33 0.31
O5' 2.32 1.54 2.24 2.25 1.94 2.46 1.88 2.45 1.69 2.19 1.51 1.31 1.78 2.04 2.15 2.41 2.19 2.47 2.36 1.63 1.60 2.13 2.09
O6 0.42 0.13 0.61 0.69 0.22 0.51 0.14 0.53 0.25 0.24 0.28 0.17 0.25 0.15 0.32 0.59 0.86 0.49 0.47 0.35 1.10 0.49 0.53
OP1 3.57 1.94 3.67 3.94 2.78 4.13 2.69 4.22 2.26 3.35 1.89 1.45 2.42 3.05 3.25 3.89 4.10 3.88 4.05 2.17 3.49 3.80 3.84
OP2 2.95 1.76 3.03 3.16 2.41 3.27 2.36 3.30 2.04 2.85 1.74 1.36 2.12 2.64 2.75 3.19 3.28 3.12 3.18 1.98 2.41 2.94 2.89
P 3.30 2.13 3.34 3.45 2.77 3.59 2.71 3.61 2.40 3.18 2.11 1.74 2.50 2.97 3.10 3.52 3.49 3.48 3.50 2.33 2.77 3.28 3.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.23 0.14 0.11
C2 0.05 0.00 0.19 0.17 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.24 0.08 0.10 0.03 0.55 0.26 0.16
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.11 0.01 0.09 0.01 0.12 0.11 0.15 0.23 0.19 0.08 0.05 0.00 0.02 0.00 0.09 0.11 0.48 0.09 0.12
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.13 0.14 0.21 0.15 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.15 0.07 0.54 0.09 0.20
C4 0.03 0.01 0.11 0.08 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.11 0.05 0.11 0.01 0.42 0.23 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.06 0.11 0.05 0.08 0.05 0.11 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.09 0.19 0.06 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.08 0.20 0.01 0.48 0.33 0.25
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.16 0.18 0.12 0.05 0.05 0.21 0.09 0.03 0.02 0.01 0.02 0.20 0.15 0.09 0.04
C6 0.03 0.03 0.12 0.08 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.17 0.10 0.07 0.22 0.00 0.58 0.39 0.29
C8 0.02 0.01 0.11 0.13 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.14 0.20 0.03 0.29 0.28 0.23
N1 0.03 0.01 0.15 0.14 0.01 0.05 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.20 0.19 0.07 0.17 0.03 0.60 0.35 0.25
N2 0.08 0.01 0.23 0.21 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.31 0.12 0.08 0.03 0.58 0.23 0.13
N3 0.06 0.00 0.19 0.15 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.21 0.09 0.07 0.02 0.46 0.19 0.10
N7 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.11 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.13 0.25 0.04 0.42 0.37 0.30
N9 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.09 0.02 0.28 0.19 0.13
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.13 0.03 0.12 0.03 0.17 0.07 0.20 0.28 0.21 0.08 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.16 0.44 0.06 0.10
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.11 0.02 0.05 0.02 0.10 0.14 0.19 0.31 0.21 0.09 0.02 0.04 0.00 0.01 0.19 0.08 0.71 0.15 0.32
O4' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.07 0.14 0.07 0.12 0.09 0.13 0.05 0.02 0.01 0.00 0.14 0.09 0.12 0.16 0.18
O5' 0.08 0.10 0.09 0.15 0.11 0.03 0.20 0.02 0.22 0.20 0.17 0.08 0.07 0.25 0.09 0.07 0.19 0.14 0.00 0.27 0.02 0.04 0.01
O6 0.02 0.03 0.11 0.07 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.16 0.08 0.09 0.27 0.00 0.63 0.47 0.36
OP1 0.23 0.55 0.48 0.54 0.42 0.19 0.48 0.15 0.58 0.29 0.60 0.58 0.46 0.42 0.28 0.44 0.71 0.12 0.02 0.63 0.00 0.03 0.01
OP2 0.14 0.26 0.09 0.09 0.23 0.06 0.33 0.09 0.39 0.28 0.35 0.23 0.19 0.37 0.19 0.06 0.15 0.16 0.04 0.47 0.03 0.00 0.01
P 0.11 0.16 0.12 0.20 0.15 0.04 0.25 0.04 0.29 0.23 0.25 0.13 0.10 0.30 0.13 0.10 0.32 0.18 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00