ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49523

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N7 A 0, -0.003, 0.040, 0.083, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.040 std_dev=0.043
C8 A 0, -0.003, 0.043, 0.089, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.043 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.062, 0.156, 0.251, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.156 std_dev=0.095
O4' A 0, 0.049, 0.147, 0.244, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.147 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.032, 0.141, 0.250, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.141 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.121, 0.260, 0.398, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.260 std_dev=0.139
O5' A 0, 0.115, 0.260, 0.404, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.260 std_dev=0.145
C3' A 0, 0.097, 0.253, 0.409, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.253 std_dev=0.156
C5' A 0, 0.187, 0.402, 0.617, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.402 std_dev=0.215
O3' A 0, 0.118, 0.353, 0.587, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.353 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.224, 0.498, 0.773, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.498 std_dev=0.275
N9 B 0, 0.116, 0.392, 0.668, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.392 std_dev=0.276
C8 B 0, 0.155, 0.432, 0.709, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.432 std_dev=0.277
P A 0, 0.142, 0.455, 0.768, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.455 std_dev=0.313
O2' B 0, 0.282, 0.605, 0.927, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.605 std_dev=0.323
O5' B 0, 0.290, 0.616, 0.942, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.616 std_dev=0.326
C2' B 0, 0.219, 0.554, 0.888, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.554 std_dev=0.334
N7 B 0, 0.214, 0.556, 0.898, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.556 std_dev=0.342
C4 B 0, 0.070, 0.426, 0.783, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.426 std_dev=0.356
O4' B 0, 0.339, 0.707, 1.075, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.707 std_dev=0.368
C5 B 0, 0.234, 0.616, 0.998, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.616 std_dev=0.382
N3 B 0, 0.050, 0.441, 0.831, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.441 std_dev=0.390
C3' B 0, 0.391, 0.806, 1.221, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.806 std_dev=0.415
C2 B 0, 0.231, 0.668, 1.105, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.668 std_dev=0.437
N2 B 0, 0.265, 0.723, 1.181, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.723 std_dev=0.458
C6 B 0, 0.411, 0.893, 1.376, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.893 std_dev=0.483
P B 0, 0.291, 0.782, 1.273, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.782 std_dev=0.491
N1 B 0, 0.397, 0.894, 1.391, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.894 std_dev=0.497
C4' B 0, 0.371, 0.872, 1.374, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.872 std_dev=0.502
O3' B 0, 0.476, 1.043, 1.610, 1.593 max_d=1.593 avg_d=1.043 std_dev=0.567
O6 B 0, 0.559, 1.144, 1.729, 1.663 max_d=1.663 avg_d=1.144 std_dev=0.585
OP1 A 0, 0.070, 0.683, 1.296, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.683 std_dev=0.613
OP2 B 0, 0.371, 0.988, 1.605, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.988 std_dev=0.617
OP2 A 0, 0.063, 0.819, 1.575, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.819 std_dev=0.756
C5' B 0, 0.320, 1.080, 1.839, 2.348 max_d=2.348 avg_d=1.080 std_dev=0.760
OP1 B 0, 0.140, 0.988, 1.835, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.988 std_dev=0.848

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.40 0.04 0.11
C2 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.11 0.00 0.46 0.31 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.26 0.15 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.08 0.14 0.19 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.48 0.21 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.12 0.05 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.13 0.01 0.51 0.25 0.09
C5' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.11 0.07 0.09 0.05 0.05 0.10 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.13 0.09 0.13 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.51 0.33 0.11
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.54 0.06 0.12
N1 0.02 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.14 0.01 0.48 0.35 0.10
N2 0.02 0.00 0.04 0.08 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.09 0.01 0.44 0.33 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.08 0.01 0.45 0.24 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.13 0.01 0.54 0.16 0.09
N9 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.48 0.10 0.10
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.20 0.11 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.11 0.09 0.06 0.25 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.37 0.15 0.17
O5' 0.02 0.11 0.05 0.08 0.09 0.02 0.13 0.01 0.15 0.08 0.14 0.09 0.08 0.13 0.06 0.04 0.11 0.05 0.00 0.18 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.18 0.00 0.52 0.36 0.14
OP1 0.40 0.46 0.26 0.14 0.48 0.12 0.51 0.09 0.51 0.54 0.48 0.44 0.45 0.54 0.48 0.20 0.06 0.37 0.02 0.52 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.31 0.15 0.19 0.21 0.05 0.25 0.13 0.33 0.06 0.35 0.33 0.24 0.16 0.10 0.11 0.25 0.15 0.02 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.08 0.05 0.04 0.07 0.05 0.09 0.01 0.11 0.12 0.10 0.07 0.06 0.09 0.10 0.04 0.06 0.17 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.28 0.07 0.09 0.15 0.36 0.18 0.39 0.27 0.15 0.33 0.37 0.17 0.15 0.16 0.17 0.09 0.42 0.40 0.32 0.21 0.20 0.15
C2 0.21 0.13 0.08 0.08 0.05 0.27 0.13 0.25 0.25 0.05 0.25 0.14 0.06 0.10 0.09 0.22 0.10 0.33 0.41 0.33 0.09 0.25 0.12
C2' 0.26 0.27 0.09 0.08 0.15 0.33 0.18 0.34 0.27 0.14 0.33 0.36 0.17 0.14 0.15 0.19 0.06 0.40 0.38 0.32 0.23 0.20 0.14
C3' 0.27 0.29 0.12 0.10 0.17 0.32 0.18 0.31 0.26 0.16 0.32 0.38 0.20 0.14 0.17 0.22 0.06 0.39 0.36 0.29 0.27 0.20 0.15
C4 0.22 0.21 0.07 0.07 0.09 0.29 0.15 0.28 0.26 0.08 0.30 0.28 0.09 0.11 0.11 0.21 0.10 0.36 0.41 0.32 0.13 0.23 0.12
C4' 0.32 0.28 0.14 0.16 0.18 0.41 0.18 0.44 0.23 0.21 0.29 0.37 0.20 0.17 0.22 0.23 0.12 0.47 0.40 0.25 0.33 0.15 0.18
C5 0.21 0.20 0.08 0.08 0.07 0.26 0.14 0.23 0.26 0.06 0.30 0.26 0.07 0.11 0.09 0.23 0.11 0.32 0.41 0.33 0.10 0.24 0.11
C5' 0.36 0.25 0.18 0.21 0.19 0.44 0.17 0.46 0.19 0.25 0.24 0.34 0.20 0.20 0.25 0.28 0.16 0.49 0.41 0.19 0.40 0.12 0.21
C6 0.20 0.12 0.11 0.10 0.05 0.23 0.14 0.18 0.26 0.05 0.26 0.11 0.06 0.12 0.08 0.25 0.13 0.29 0.41 0.34 0.09 0.26 0.12
C8 0.25 0.29 0.06 0.07 0.15 0.31 0.18 0.31 0.27 0.14 0.33 0.40 0.17 0.14 0.15 0.20 0.10 0.39 0.42 0.31 0.19 0.20 0.14
N1 0.20 0.10 0.10 0.10 0.05 0.24 0.13 0.20 0.25 0.05 0.24 0.09 0.07 0.12 0.09 0.24 0.12 0.30 0.41 0.34 0.09 0.27 0.12
N2 0.21 0.11 0.08 0.08 0.05 0.27 0.13 0.25 0.24 0.05 0.24 0.11 0.06 0.11 0.09 0.22 0.10 0.33 0.41 0.33 0.09 0.25 0.12
N3 0.22 0.18 0.07 0.08 0.07 0.30 0.14 0.29 0.25 0.07 0.28 0.22 0.07 0.10 0.10 0.21 0.10 0.36 0.41 0.33 0.11 0.23 0.11
N7 0.23 0.26 0.08 0.08 0.10 0.27 0.16 0.24 0.27 0.09 0.33 0.38 0.12 0.12 0.12 0.24 0.12 0.34 0.42 0.32 0.14 0.22 0.12
N9 0.25 0.27 0.06 0.08 0.13 0.33 0.17 0.33 0.27 0.13 0.32 0.36 0.15 0.13 0.14 0.19 0.09 0.39 0.41 0.32 0.18 0.21 0.13
O2' 0.28 0.28 0.10 0.11 0.15 0.39 0.18 0.41 0.28 0.16 0.33 0.36 0.17 0.15 0.17 0.20 0.08 0.44 0.41 0.33 0.26 0.19 0.17
O3' 0.28 0.30 0.15 0.12 0.18 0.32 0.19 0.30 0.27 0.17 0.33 0.38 0.21 0.15 0.18 0.24 0.08 0.39 0.34 0.30 0.30 0.20 0.16
O4' 0.27 0.31 0.08 0.11 0.18 0.39 0.20 0.42 0.27 0.18 0.34 0.41 0.21 0.17 0.18 0.15 0.10 0.44 0.39 0.30 0.25 0.19 0.16
O5' 0.39 0.23 0.21 0.20 0.20 0.42 0.18 0.41 0.17 0.27 0.22 0.31 0.21 0.21 0.28 0.33 0.12 0.49 0.44 0.17 0.41 0.14 0.23
O6 0.19 0.08 0.13 0.13 0.06 0.20 0.14 0.15 0.26 0.07 0.24 0.06 0.10 0.14 0.09 0.27 0.15 0.25 0.39 0.35 0.10 0.28 0.14
OP1 0.31 0.77 0.28 0.15 0.54 0.23 0.52 0.24 0.61 0.31 0.72 0.88 0.69 0.39 0.38 0.20 0.10 0.27 0.17 0.60 0.20 0.42 0.28
OP2 0.28 0.26 0.29 0.32 0.24 0.32 0.20 0.33 0.19 0.20 0.22 0.29 0.28 0.18 0.24 0.29 0.33 0.32 0.26 0.18 0.24 0.44 0.38
P 0.25 0.33 0.20 0.18 0.22 0.27 0.20 0.26 0.23 0.17 0.30 0.41 0.30 0.16 0.20 0.23 0.12 0.31 0.25 0.22 0.26 0.28 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.19 0.01 0.09 0.39 0.22
C2 0.01 0.00 0.14 0.17 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.19 0.06 0.37 0.00 0.07 0.22 0.11
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.02 0.04 0.08 0.09 0.18 0.15 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.26 0.02 0.17 0.23 0.05
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.02 0.09 0.06 0.14 0.20 0.16 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.32 0.07 0.38 0.16 0.11
C4 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.39 0.01 0.07 0.24 0.10
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.05 0.08 0.41 0.17
C5 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.47 0.01 0.10 0.17 0.11
C5' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.09 0.08 0.06 0.05 0.11 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.11 0.29 0.39 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.48 0.00 0.10 0.15 0.13
C8 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.07 0.48 0.01 0.09 0.23 0.10
N1 0.01 0.00 0.09 0.14 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.15 0.04 0.44 0.00 0.09 0.17 0.11
N2 0.02 0.00 0.18 0.20 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.24 0.07 0.33 0.00 0.08 0.24 0.12
N3 0.01 0.00 0.15 0.16 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.18 0.06 0.33 0.01 0.07 0.26 0.12
N7 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.05 0.52 0.01 0.12 0.15 0.14
N9 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.36 0.01 0.06 0.29 0.12
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.11 0.08 0.06 0.03 0.00 0.02 0.03 0.07 0.06 0.03 0.33 0.19
O3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.10 0.04 0.06 0.05 0.09 0.07 0.15 0.24 0.18 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.20 0.07 0.47 0.13 0.14
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.07 0.06 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.19 0.53 0.35
O5' 0.19 0.37 0.26 0.32 0.39 0.00 0.47 0.01 0.48 0.48 0.44 0.33 0.33 0.52 0.36 0.07 0.20 0.04 0.00 0.52 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.52 0.00 0.13 0.14 0.16
OP1 0.09 0.07 0.17 0.38 0.07 0.08 0.10 0.29 0.10 0.09 0.09 0.08 0.07 0.12 0.06 0.03 0.47 0.19 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.22 0.23 0.16 0.24 0.41 0.17 0.39 0.15 0.23 0.17 0.24 0.26 0.15 0.29 0.33 0.13 0.53 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.11 0.05 0.11 0.10 0.17 0.11 0.01 0.13 0.10 0.11 0.12 0.12 0.14 0.12 0.19 0.14 0.35 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00