ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49524

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.010, 0.034, 0.057, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.042 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.013, 0.045, 0.077, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.045 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.013, 0.046, 0.079, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.046 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.014, 0.049, 0.084, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.049 std_dev=0.035
C1' A 0, 0.016, 0.054, 0.092, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.054 std_dev=0.038
N3 B 0, 0.045, 0.155, 0.265, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.155 std_dev=0.110
O4' A 0, 0.056, 0.192, 0.327, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.192 std_dev=0.136
C2 B 0, 0.067, 0.228, 0.389, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.228 std_dev=0.161
N2 B 0, 0.070, 0.238, 0.406, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.238 std_dev=0.168
C4 B 0, 0.095, 0.325, 0.556, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.325 std_dev=0.230
C2' B 0, 0.097, 0.332, 0.568, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.332 std_dev=0.235
N1 B 0, 0.120, 0.408, 0.697, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.408 std_dev=0.289
N9 B 0, 0.120, 0.411, 0.702, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.411 std_dev=0.291
C1' B 0, 0.123, 0.419, 0.715, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.419 std_dev=0.296
O2' B 0, 0.143, 0.488, 0.833, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.488 std_dev=0.345
C5 B 0, 0.146, 0.500, 0.854, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.500 std_dev=0.354
C6 B 0, 0.160, 0.546, 0.933, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.546 std_dev=0.386
C4' A 0, 0.164, 0.561, 0.957, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.561 std_dev=0.397
O5' A 0, 0.168, 0.574, 0.980, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.574 std_dev=0.406
C8 B 0, 0.172, 0.588, 1.004, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.588 std_dev=0.416
C3' B 0, 0.177, 0.606, 1.035, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.606 std_dev=0.429
N7 B 0, 0.187, 0.640, 1.092, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.640 std_dev=0.452
O4' B 0, 0.189, 0.644, 1.100, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.644 std_dev=0.456
O3' B 0, 0.195, 0.668, 1.140, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.668 std_dev=0.473
O6 B 0, 0.211, 0.721, 1.231, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.721 std_dev=0.510
C4' B 0, 0.218, 0.745, 1.271, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.745 std_dev=0.527
C2' A 0, 0.231, 0.787, 1.344, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.787 std_dev=0.557
P A 0, 0.245, 0.837, 1.428, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.837 std_dev=0.592
C3' A 0, 0.255, 0.871, 1.487, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.871 std_dev=0.616
C5' B 0, 0.265, 0.905, 1.545, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.905 std_dev=0.640
O5' B 0, 0.267, 0.914, 1.561, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.914 std_dev=0.647
OP1 A 0, 0.281, 0.960, 1.638, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.960 std_dev=0.678
C5' A 0, 0.284, 0.968, 1.653, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.968 std_dev=0.685
P B 0, 0.295, 1.008, 1.721, 1.540 max_d=1.540 avg_d=1.008 std_dev=0.713
OP2 B 0, 0.304, 1.038, 1.771, 1.579 max_d=1.579 avg_d=1.038 std_dev=0.734
O3' A 0, 0.372, 1.270, 2.168, 1.907 max_d=1.907 avg_d=1.270 std_dev=0.898
OP1 B 0, 0.387, 1.322, 2.258, 2.010 max_d=2.010 avg_d=1.322 std_dev=0.935
O2' A 0, 0.396, 1.354, 2.311, 2.048 max_d=2.048 avg_d=1.354 std_dev=0.957
OP2 A 0, 0.410, 1.400, 2.390, 2.109 max_d=2.109 avg_d=1.400 std_dev=0.990

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.20 0.02 0.12 0.25 0.14
C2 0.03 0.00 0.14 0.14 0.00 0.13 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.35 0.22 0.01 0.21 0.01 0.06 0.33 0.15
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.00 0.16 0.08 0.19 0.15 0.13 0.05 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.10 0.03
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.08 0.19 0.14 0.10 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.10 0.02
C4 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.08 0.01 0.20 0.01 0.07 0.25 0.11
C4' 0.04 0.13 0.01 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.09 0.16 0.12 0.04 0.01 0.09 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.20 0.03
C5 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01 0.20 0.00 0.05 0.20 0.07
C5' 0.01 0.04 0.07 0.02 0.04 0.00 0.11 0.00 0.09 0.18 0.01 0.10 0.05 0.18 0.09 0.03 0.09 0.01 0.01 0.12 0.12 0.31 0.03
C6 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.07 0.01 0.20 0.01 0.04 0.22 0.07
C8 0.00 0.00 0.16 0.12 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.12 0.03 0.19 0.00 0.07 0.13 0.04
N1 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.16 0.00 0.21 0.01 0.05 0.29 0.11
N2 0.03 0.00 0.19 0.19 0.00 0.16 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.43 0.29 0.02 0.21 0.01 0.07 0.38 0.17
N3 0.03 0.00 0.15 0.14 0.00 0.12 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35 0.20 0.02 0.21 0.01 0.08 0.32 0.15
N7 0.01 0.00 0.13 0.10 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.19 0.00 0.04 0.12 0.02
N9 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.20 0.01 0.08 0.21 0.10
O2' 0.06 0.35 0.01 0.01 0.18 0.09 0.08 0.03 0.14 0.11 0.26 0.43 0.35 0.06 0.04 0.00 0.01 0.07 0.07 0.10 0.02 0.08 0.01
O3' 0.00 0.22 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02 0.09 0.07 0.12 0.16 0.29 0.20 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.05 0.03
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.22 0.01 0.12 0.31 0.17
O5' 0.20 0.21 0.09 0.03 0.20 0.02 0.20 0.01 0.20 0.19 0.21 0.21 0.21 0.19 0.20 0.07 0.07 0.22 0.00 0.19 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.01 0.19 0.00 0.03 0.19 0.04
OP1 0.12 0.06 0.02 0.02 0.07 0.05 0.05 0.12 0.04 0.07 0.05 0.07 0.08 0.04 0.08 0.02 0.04 0.12 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.33 0.10 0.10 0.25 0.20 0.20 0.31 0.22 0.13 0.29 0.38 0.32 0.12 0.21 0.08 0.05 0.31 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.15 0.03 0.02 0.11 0.03 0.07 0.03 0.07 0.04 0.11 0.17 0.15 0.02 0.10 0.01 0.03 0.17 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.06 0.08 0.09 0.01 0.12 0.04 0.12 0.08 0.02 0.09 0.08 0.02 0.01 0.03 0.17 0.09 0.11 0.12 0.10 0.28 0.17 0.17
C2 0.08 0.08 0.07 0.07 0.02 0.11 0.06 0.11 0.10 0.00 0.11 0.10 0.02 0.04 0.02 0.19 0.07 0.11 0.10 0.12 0.22 0.09 0.12
C2' 0.16 0.19 0.19 0.21 0.21 0.18 0.23 0.18 0.24 0.22 0.22 0.16 0.19 0.23 0.20 0.11 0.23 0.16 0.18 0.26 0.03 0.10 0.12
C3' 0.15 0.18 0.18 0.19 0.19 0.17 0.22 0.17 0.23 0.20 0.21 0.16 0.18 0.22 0.18 0.11 0.21 0.14 0.17 0.25 0.01 0.08 0.10
C4 0.08 0.07 0.08 0.08 0.01 0.11 0.04 0.11 0.08 0.02 0.09 0.09 0.02 0.02 0.03 0.19 0.08 0.11 0.11 0.10 0.25 0.13 0.15
C4' 0.03 0.10 0.05 0.04 0.08 0.01 0.10 0.01 0.13 0.07 0.12 0.10 0.08 0.09 0.06 0.02 0.05 0.01 0.01 0.15 0.16 0.06 0.05
C5 0.08 0.07 0.07 0.07 0.01 0.10 0.04 0.10 0.08 0.02 0.09 0.10 0.02 0.02 0.03 0.19 0.07 0.10 0.11 0.09 0.23 0.12 0.13
C5' 0.22 0.27 0.24 0.22 0.26 0.20 0.28 0.19 0.29 0.25 0.28 0.26 0.26 0.27 0.25 0.19 0.21 0.20 0.19 0.30 0.01 0.10 0.12
C6 0.07 0.07 0.06 0.05 0.02 0.09 0.05 0.09 0.08 0.01 0.10 0.10 0.02 0.03 0.02 0.18 0.06 0.09 0.10 0.10 0.20 0.08 0.10
C8 0.08 0.06 0.08 0.09 0.01 0.11 0.03 0.11 0.06 0.03 0.08 0.08 0.02 0.00 0.03 0.18 0.09 0.10 0.12 0.08 0.28 0.17 0.17
N1 0.07 0.08 0.07 0.05 0.02 0.10 0.06 0.10 0.10 0.01 0.11 0.10 0.03 0.04 0.02 0.18 0.06 0.10 0.10 0.12 0.20 0.07 0.10
N2 0.08 0.08 0.07 0.06 0.02 0.11 0.06 0.11 0.11 0.00 0.12 0.09 0.02 0.04 0.02 0.19 0.07 0.11 0.10 0.13 0.21 0.08 0.11
N3 0.08 0.07 0.08 0.07 0.02 0.11 0.05 0.11 0.10 0.01 0.11 0.10 0.02 0.03 0.03 0.19 0.08 0.11 0.11 0.12 0.24 0.12 0.14
N7 0.08 0.06 0.08 0.08 0.01 0.10 0.03 0.10 0.06 0.03 0.07 0.08 0.02 0.00 0.03 0.18 0.08 0.10 0.11 0.07 0.25 0.15 0.15
N9 0.09 0.06 0.09 0.09 0.01 0.12 0.03 0.12 0.07 0.03 0.08 0.08 0.02 0.01 0.04 0.19 0.10 0.11 0.12 0.09 0.28 0.17 0.17
O2' 0.15 0.17 0.21 0.27 0.21 0.21 0.25 0.23 0.26 0.25 0.22 0.11 0.16 0.27 0.20 0.09 0.31 0.15 0.25 0.30 0.13 0.21 0.21
O3' 0.16 0.18 0.20 0.24 0.20 0.19 0.24 0.21 0.25 0.23 0.21 0.14 0.17 0.25 0.20 0.12 0.27 0.15 0.22 0.28 0.08 0.15 0.16
O4' 0.14 0.04 0.14 0.17 0.04 0.20 0.01 0.21 0.03 0.09 0.05 0.07 0.02 0.05 0.09 0.22 0.19 0.18 0.20 0.05 0.39 0.26 0.26
O5' 0.21 0.12 0.20 0.23 0.16 0.24 0.15 0.24 0.12 0.19 0.11 0.11 0.15 0.17 0.19 0.23 0.24 0.23 0.25 0.11 0.44 0.36 0.33
O6 0.06 0.07 0.05 0.04 0.02 0.07 0.04 0.08 0.07 0.01 0.09 0.10 0.02 0.03 0.02 0.16 0.05 0.08 0.09 0.08 0.17 0.06 0.08
OP1 0.05 0.05 0.06 0.13 0.04 0.10 0.03 0.12 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.17 0.06 0.14 0.02 0.37 0.29 0.24
OP2 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.05 0.08 0.10 0.05 0.02
P 0.05 0.08 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.05 0.02 0.04 0.02 0.10 0.18 0.11 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.11 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.04 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.16 0.09 0.08
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.17 0.09 0.09
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.12 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.03
N2 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.05 0.01 0.11 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.10 0.04 0.05
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.03 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.12 0.06 0.04
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.09 0.20 0.12 0.10
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.01
O5' 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
O6 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01
OP1 0.11 0.09 0.16 0.17 0.08 0.12 0.05 0.08 0.04 0.05 0.06 0.11 0.10 0.03 0.09 0.12 0.20 0.08 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.04 0.09 0.09 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.12 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.08 0.09 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.04 0.04 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00