ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49525

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2' A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
N2 A 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O3' A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
O4' A 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
N9 B 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C4 B 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
N3 B 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C1' B 0, 0.000, 0.094, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.094 std_dev=0.094
C8 B 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C2' B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O5' B 0, 0.000, 0.114, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.114 std_dev=0.114
O5' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C5' A 0, 0.000, 0.117, 0.233, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.117 std_dev=0.117
OP2 A 0, 0.000, 0.120, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.120 std_dev=0.120
P A 0, 0.000, 0.121, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.121 std_dev=0.121
N7 B 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C5 B 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
OP1 A 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O2' B 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C2 B 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O3' B 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
O4' B 0, 0.000, 0.157, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C3' B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
N1 B 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.000, 0.168, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C4' B 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
O6 B 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
P B 0, 0.000, 0.201, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.201 std_dev=0.201
N2 B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
C5' B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
OP2 B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
OP1 B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.04
C2 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.03 0.06
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.06
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01
N2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.04
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.04 0.07
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.09 0.04 0.07
O4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00
O5' 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.08 0.05 0.09 0.09 0.07 0.06 0.04 0.08 0.03 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.08 0.09 0.09 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.01 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.08 0.04 0.09 0.11 0.05 0.05 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.09 0.03 0.04 0.00
C2 0.04 0.11 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.10 0.04 0.11 0.15 0.06 0.05 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.05 0.03 0.01
C2' 0.01 0.09 0.00 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.09 0.04 0.10 0.11 0.05 0.06 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.10 0.02 0.04 0.01
C3' 0.02 0.08 0.02 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05 0.09 0.05 0.09 0.10 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.01 0.01 0.10 0.02 0.04 0.00
C4 0.03 0.10 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.09 0.03 0.10 0.14 0.06 0.04 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.04 0.03 0.01
C4' 0.04 0.10 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.10 0.07 0.10 0.12 0.08 0.07 0.06 0.11 0.01 0.02 0.04 0.11 0.05 0.02 0.02
C5 0.05 0.10 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.09 0.05 0.11 0.15 0.06 0.05 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.10 0.07 0.00 0.03
C5' 0.07 0.12 0.10 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.09 0.12 0.14 0.10 0.09 0.08 0.15 0.01 0.04 0.05 0.12 0.06 0.00 0.04
C6 0.05 0.10 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.09 0.04 0.11 0.14 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.10 0.08 0.00 0.04
C8 0.03 0.09 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.04 0.10 0.12 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.06 0.01 0.02
N1 0.05 0.11 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.10 0.04 0.11 0.15 0.07 0.05 0.04 0.07 0.03 0.06 0.02 0.10 0.07 0.01 0.03
N2 0.04 0.11 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.00 0.10 0.04 0.12 0.16 0.07 0.05 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.05 0.04 0.01
N3 0.03 0.10 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.09 0.03 0.10 0.14 0.06 0.04 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.04 0.04 0.00
N7 0.06 0.11 0.05 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05 0.10 0.06 0.11 0.15 0.07 0.06 0.05 0.06 0.02 0.07 0.03 0.10 0.08 0.02 0.05
N9 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.03 0.09 0.12 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.03 0.04 0.00
O2' 0.01 0.08 0.01 0.05 0.04 0.04 0.08 0.04 0.10 0.05 0.10 0.10 0.04 0.06 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.11 0.02 0.05 0.01
O3' 0.01 0.08 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.07 0.09 0.05 0.09 0.10 0.05 0.06 0.04 0.02 0.08 0.02 0.00 0.10 0.00 0.06 0.02
O4' 0.05 0.10 0.06 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.06 0.10 0.13 0.07 0.06 0.05 0.09 0.00 0.04 0.03 0.10 0.05 0.01 0.02
O5' 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.00 0.05 0.09 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.08 0.04
O6 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.03 0.08 0.11 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.02 0.08 0.08 0.00 0.03
OP1 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03
OP2 0.01 0.07 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.07 0.10 0.07 0.03 0.03 0.08 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.02
P 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.00 0.05 0.09 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01
C2 0.05 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.04
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02
C4 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02
C5 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02
C5' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.04 0.08 0.09 0.08 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.05 0.05 0.01
C6 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03
C8 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
N1 0.05 0.00 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.03 0.01 0.07 0.03 0.04
N2 0.07 0.01 0.06 0.08 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.09 0.10 0.04 0.03 0.08 0.03 0.05
N3 0.06 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.08 0.03 0.01 0.08 0.03 0.04
N7 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02
O2' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.09 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.06 0.04
O5' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.06 0.03 0.04
OP1 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.08 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.02 0.04 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00