ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49526

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2' B 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C4' B 0, 0.000, 0.153, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O4' B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C5' B 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
O4' A 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C1' B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C4' A 0, 0.000, 0.246, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C2' A 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C2' B 0, 0.000, 0.258, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.258 std_dev=0.258
N2 B 0, 0.000, 0.271, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.271 std_dev=0.271
N3 B 0, 0.000, 0.316, 0.632, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C3' B 0, 0.000, 0.333, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C2 B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C3' A 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
O2' A 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
O5' B 0, 0.000, 0.387, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.387 std_dev=0.387
N9 B 0, 0.000, 0.388, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.388 std_dev=0.388
OP1 B 0, 0.000, 0.398, 0.795, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.398 std_dev=0.398
P B 0, 0.000, 0.404, 0.808, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.404 std_dev=0.404
C4 B 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
N1 B 0, 0.000, 0.470, 0.940, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.470 std_dev=0.470
O3' B 0, 0.000, 0.471, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.471 std_dev=0.471
OP2 B 0, 0.000, 0.477, 0.953, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.477 std_dev=0.477
O5' A 0, 0.000, 0.517, 1.034, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.517 std_dev=0.517
C5' A 0, 0.000, 0.520, 1.041, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.520 std_dev=0.520
C8 B 0, 0.000, 0.521, 1.042, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.521 std_dev=0.521
O3' A 0, 0.000, 0.530, 1.060, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.530 std_dev=0.530
C5 B 0, 0.000, 0.539, 1.078, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.539 std_dev=0.539
C6 B 0, 0.000, 0.574, 1.148, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.574 std_dev=0.574
N7 B 0, 0.000, 0.612, 1.225, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.612 std_dev=0.612
O6 B 0, 0.000, 0.677, 1.354, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.677 std_dev=0.677
P A 0, 0.000, 1.324, 2.649, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.324 std_dev=1.324
OP2 A 0, 0.000, 1.610, 3.221, 3.221 max_d=3.221 avg_d=1.610 std_dev=1.610
OP1 A 0, 0.000, 1.672, 3.344, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.672 std_dev=1.672

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.17 0.12
C2 0.00 0.00 0.14 0.11 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.20 0.11 0.34 0.00 0.51 0.84 0.69
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.04 0.11 0.16 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.06 0.13 0.26 0.16
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.10 0.13 0.11 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.30 0.07 0.07 0.28 0.22
C4 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.06 0.24 0.00 0.38 0.62 0.54
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.07 0.06
C5 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.24 0.00 0.50 0.73 0.63
C5' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.05 0.12 0.21 0.14 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.14 0.00
C6 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.06 0.28 0.00 0.61 0.88 0.74
C8 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.13 0.00 0.29 0.47 0.41
N1 0.00 0.00 0.11 0.10 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.17 0.09 0.32 0.00 0.61 0.93 0.76
N2 0.00 0.00 0.16 0.13 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.25 0.13 0.36 0.00 0.50 0.87 0.69
N3 0.00 0.00 0.13 0.11 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.17 0.11 0.30 0.00 0.37 0.66 0.57
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.18 0.00 0.44 0.63 0.55
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.14 0.00 0.22 0.42 0.37
O2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.07 0.11 0.18 0.13 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.40 0.04 0.07
O3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.17 0.25 0.17 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.31 0.11 0.25 0.21 0.11
O4' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.04 0.09 0.13 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.06 0.02 0.00
O5' 0.04 0.34 0.19 0.30 0.24 0.01 0.24 0.00 0.28 0.13 0.32 0.36 0.30 0.18 0.14 0.06 0.31 0.11 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.05 0.28 0.00 0.67 0.92 0.77
OP1 0.06 0.51 0.13 0.07 0.38 0.21 0.50 0.05 0.61 0.29 0.61 0.50 0.37 0.44 0.22 0.40 0.25 0.06 0.01 0.67 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.84 0.26 0.28 0.62 0.07 0.73 0.14 0.88 0.47 0.93 0.87 0.66 0.63 0.42 0.04 0.21 0.02 0.00 0.92 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.69 0.16 0.22 0.54 0.06 0.63 0.00 0.74 0.41 0.76 0.69 0.57 0.55 0.37 0.07 0.11 0.00 0.00 0.77 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.16 0.12 0.12 0.16 0.05 0.18 0.06 0.19 0.16 0.18 0.15 0.15 0.18 0.14 0.08 0.11 0.04 0.13 0.20 0.10 0.13 0.12
C2 0.04 0.14 0.02 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.17 0.11 0.17 0.13 0.10 0.14 0.09 0.03 0.04 0.02 0.05 0.19 0.01 0.04 0.04
C2' 0.09 0.10 0.13 0.15 0.12 0.10 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.08 0.10 0.15 0.12 0.11 0.17 0.07 0.16 0.14 0.15 0.15 0.16
C3' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.08 0.01 0.01 0.02
C4 0.04 0.13 0.04 0.03 0.11 0.00 0.13 0.01 0.15 0.10 0.15 0.13 0.11 0.12 0.08 0.04 0.00 0.01 0.06 0.16 0.02 0.05 0.05
C4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.11 0.07 0.14 0.07 0.17 0.10 0.16 0.14 0.10 0.13 0.07 0.03 0.07 0.05 0.02 0.18 0.04 0.02 0.00
C5 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.00 0.11 0.06 0.12 0.12 0.08 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.01 0.02 0.02
C5' 0.08 0.12 0.10 0.17 0.06 0.21 0.09 0.21 0.13 0.02 0.15 0.13 0.06 0.07 0.00 0.13 0.27 0.14 0.12 0.15 0.21 0.14 0.16
C6 0.00 0.09 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.10 0.04 0.11 0.11 0.06 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.02 0.00 0.00
C8 0.02 0.10 0.05 0.05 0.08 0.00 0.08 0.01 0.10 0.06 0.11 0.11 0.09 0.07 0.05 0.05 0.06 0.01 0.05 0.10 0.01 0.04 0.04
N1 0.02 0.11 0.01 0.02 0.08 0.01 0.11 0.01 0.14 0.08 0.14 0.12 0.08 0.10 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.15 0.01 0.02 0.02
N2 0.04 0.14 0.02 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.19 0.13 0.18 0.13 0.11 0.16 0.10 0.03 0.05 0.02 0.05 0.21 0.02 0.05 0.05
N3 0.05 0.15 0.04 0.03 0.13 0.00 0.16 0.01 0.18 0.12 0.17 0.14 0.12 0.15 0.10 0.04 0.01 0.02 0.07 0.19 0.03 0.06 0.06
N7 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.10 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01
N9 0.05 0.14 0.07 0.07 0.12 0.02 0.13 0.03 0.15 0.11 0.15 0.13 0.12 0.13 0.09 0.06 0.06 0.01 0.08 0.15 0.04 0.07 0.07
O2' 0.19 0.16 0.25 0.30 0.20 0.23 0.22 0.25 0.21 0.25 0.18 0.13 0.17 0.25 0.22 0.21 0.34 0.18 0.31 0.21 0.31 0.30 0.31
O3' 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.08 0.03 0.00 0.02 0.08 0.05 0.04 0.07 0.02 0.10 0.06 0.08 0.07 0.09
O4' 0.02 0.18 0.03 0.00 0.15 0.07 0.18 0.07 0.21 0.13 0.21 0.18 0.15 0.17 0.10 0.02 0.06 0.04 0.03 0.23 0.03 0.04 0.01
O5' 0.06 0.01 0.07 0.10 0.10 0.05 0.15 0.10 0.13 0.19 0.06 0.07 0.02 0.20 0.12 0.01 0.05 0.05 0.19 0.16 0.21 0.22 0.21
O6 0.02 0.05 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02
OP1 0.52 0.70 0.50 0.44 0.61 0.44 0.62 0.40 0.67 0.52 0.71 0.73 0.65 0.56 0.55 0.46 0.41 0.48 0.38 0.68 0.31 0.46 0.39
OP2 0.40 0.67 0.36 0.24 0.48 0.28 0.42 0.19 0.49 0.28 0.61 0.80 0.61 0.30 0.38 0.40 0.22 0.35 0.11 0.46 0.02 0.07 0.06
P 0.37 0.58 0.34 0.25 0.43 0.28 0.39 0.20 0.44 0.27 0.53 0.66 0.53 0.30 0.36 0.38 0.23 0.33 0.13 0.42 0.03 0.12 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02
C2 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04
C5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.06 0.00 0.05 0.05 0.05
C8 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04
N2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.04
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.06 0.01
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
O5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.07 0.00 0.06 0.06 0.06
OP1 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00