ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49529

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 2, 5, 1, 3, 1, 0, 2, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.001, 0.022, 0.042, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.001, 0.022, 0.044, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N4 A 0, -0.002, 0.044, 0.090, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.044 std_dev=0.046
O2 A 0, 0.008, 0.059, 0.110, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.059 std_dev=0.051
O2 B 0, 0.214, 0.522, 0.830, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.522 std_dev=0.308
O2' B 0, 0.485, 0.824, 1.163, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.824 std_dev=0.339
C1' B 0, 0.281, 0.622, 0.962, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.622 std_dev=0.340
C2 B 0, 0.162, 0.524, 0.886, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.524 std_dev=0.362
N1 B 0, 0.105, 0.492, 0.880, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.492 std_dev=0.388
C2' B 0, 0.539, 0.979, 1.419, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.979 std_dev=0.440
O4' A 0, 0.110, 0.592, 1.073, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.592 std_dev=0.481
N3 B 0, 0.260, 0.748, 1.237, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.748 std_dev=0.488
C6 B 0, 0.111, 0.614, 1.118, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.614 std_dev=0.504
C2' A 0, 0.075, 0.638, 1.201, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.638 std_dev=0.563
O4' B 0, 0.519, 1.119, 1.718, 1.968 max_d=1.968 avg_d=1.119 std_dev=0.600
C5 B 0, 0.220, 0.824, 1.427, 2.751 max_d=2.751 avg_d=0.824 std_dev=0.603
C4 B 0, 0.282, 0.915, 1.548, 2.674 max_d=2.674 avg_d=0.915 std_dev=0.633
C4' A 0, 0.204, 0.964, 1.724, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.964 std_dev=0.760
C3' A 0, 0.223, 1.001, 1.779, 2.086 max_d=2.086 avg_d=1.001 std_dev=0.778
OP2 A 0, 0.502, 1.288, 2.074, 2.524 max_d=2.524 avg_d=1.288 std_dev=0.786
O4 B 0, 0.344, 1.170, 1.996, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.170 std_dev=0.826
O2' A 0, 0.018, 0.873, 1.728, 2.649 max_d=2.649 avg_d=0.873 std_dev=0.855
O5' A 0, 0.433, 1.289, 2.145, 2.602 max_d=2.602 avg_d=1.289 std_dev=0.856
O5' B 0, 0.682, 1.554, 2.426, 3.847 max_d=3.847 avg_d=1.554 std_dev=0.872
C4' B 0, 0.640, 1.597, 2.553, 2.965 max_d=2.965 avg_d=1.597 std_dev=0.957
C5' B 0, 0.701, 1.719, 2.737, 3.397 max_d=3.397 avg_d=1.719 std_dev=1.018
P A 0, 0.508, 1.547, 2.587, 3.170 max_d=3.170 avg_d=1.547 std_dev=1.039
C3' B 0, 0.643, 1.687, 2.732, 3.190 max_d=3.190 avg_d=1.687 std_dev=1.044
O3' A 0, 0.323, 1.370, 2.417, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.370 std_dev=1.047
C5' A 0, 0.364, 1.416, 2.467, 2.951 max_d=2.951 avg_d=1.416 std_dev=1.052
P B 0, 0.691, 2.029, 3.366, 6.067 max_d=6.067 avg_d=2.029 std_dev=1.337
OP1 A 0, 0.630, 2.206, 3.782, 4.638 max_d=4.638 avg_d=2.206 std_dev=1.576
OP1 B 0, 0.976, 2.678, 4.381, 6.517 max_d=6.517 avg_d=2.678 std_dev=1.703
OP2 B 0, 0.555, 2.263, 3.972, 7.741 max_d=7.741 avg_d=2.263 std_dev=1.708
O3' B 0, 0.611, 2.344, 4.077, 4.640 max_d=4.640 avg_d=2.344 std_dev=1.733

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.22 0.01 0.20 0.21 0.23 0.21
C2 0.04 0.00 0.23 0.33 0.02 0.07 0.03 0.17 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.26 0.12 0.23 0.20 0.19 0.22
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.07 0.04 0.21 0.18 0.26 0.04 0.17 0.08 0.43 0.01 0.04 0.03 0.49 0.47 0.59 0.53
C3' 0.03 0.33 0.01 0.00 0.33 0.01 0.26 0.03 0.21 0.21 0.37 0.36 0.37 0.03 0.02 0.03 0.24 0.27 0.13 0.20
C4 0.02 0.02 0.07 0.33 0.00 0.10 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.29 0.27 0.05 0.29 0.25 0.23 0.26
C4' 0.02 0.07 0.04 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09 0.11 0.10 0.30 0.06 0.01 0.03 0.10 0.17 0.04
C5 0.02 0.03 0.21 0.26 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.40 0.21 0.08 0.30 0.25 0.22 0.27
C5' 0.08 0.17 0.18 0.03 0.22 0.01 0.21 0.00 0.16 0.14 0.20 0.24 0.15 0.16 0.23 0.02 0.01 0.11 0.23 0.03
C6 0.02 0.02 0.26 0.21 0.02 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.37 0.15 0.11 0.26 0.23 0.19 0.24
N1 0.01 0.01 0.04 0.21 0.02 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.17 0.14 0.03 0.22 0.20 0.19 0.21
N3 0.03 0.01 0.17 0.37 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.18 0.29 0.10 0.26 0.22 0.21 0.24
N4 0.02 0.02 0.08 0.36 0.01 0.11 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.32 0.32 0.05 0.31 0.27 0.27 0.28
O2 0.08 0.01 0.43 0.37 0.03 0.10 0.04 0.15 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.31 0.34 0.19 0.21 0.20 0.20 0.21
O2' 0.03 0.14 0.01 0.03 0.29 0.30 0.40 0.16 0.37 0.17 0.18 0.32 0.31 0.00 0.09 0.20 0.34 0.36 0.64 0.42
O3' 0.22 0.26 0.04 0.02 0.27 0.06 0.21 0.23 0.15 0.14 0.29 0.32 0.34 0.09 0.00 0.16 0.20 0.37 0.20 0.22
O4' 0.01 0.12 0.03 0.03 0.05 0.01 0.08 0.02 0.11 0.03 0.10 0.05 0.19 0.20 0.16 0.00 0.10 0.12 0.25 0.15
O5' 0.20 0.23 0.49 0.24 0.29 0.03 0.30 0.01 0.26 0.22 0.26 0.31 0.21 0.34 0.20 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.21 0.20 0.47 0.27 0.25 0.10 0.25 0.11 0.23 0.20 0.22 0.27 0.20 0.36 0.37 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.19 0.59 0.13 0.23 0.17 0.22 0.23 0.19 0.19 0.21 0.27 0.20 0.64 0.20 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.22 0.53 0.20 0.26 0.04 0.27 0.03 0.24 0.21 0.24 0.28 0.21 0.42 0.22 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.16 0.22 0.46 0.21 0.49 0.17 0.46 0.15 0.15 0.21 0.16 0.24 1.23 0.26 0.42 0.39 1.09 0.64 0.60
C2 0.17 0.11 0.26 0.29 0.20 0.44 0.15 0.42 0.11 0.11 0.18 0.10 0.18 1.03 0.27 0.44 0.28 0.91 0.49 0.43
C2' 0.23 0.20 0.56 0.30 0.17 0.21 0.18 0.21 0.20 0.21 0.18 0.21 0.56 0.82 0.18 0.19 0.20 0.87 0.45 0.41
C3' 0.31 0.32 0.22 0.61 0.39 0.47 0.38 0.45 0.36 0.33 0.36 0.28 0.26 1.27 0.42 0.41 0.52 1.26 0.83 0.77
C4 0.17 0.11 0.24 0.24 0.22 0.40 0.16 0.38 0.11 0.10 0.20 0.10 0.14 0.94 0.28 0.43 0.26 0.84 0.42 0.36
C4' 0.30 0.21 0.23 0.78 0.22 0.58 0.24 0.55 0.26 0.25 0.20 0.19 0.27 1.55 0.23 0.43 0.59 1.40 0.88 0.86
C5 0.19 0.17 0.19 0.37 0.22 0.44 0.18 0.42 0.15 0.15 0.23 0.16 0.16 1.12 0.27 0.42 0.34 0.96 0.51 0.48
C5' 0.29 0.25 0.32 0.87 0.28 0.54 0.29 0.51 0.29 0.27 0.26 0.24 0.35 1.63 0.29 0.33 0.61 1.49 0.96 0.93
C6 0.21 0.18 0.20 0.45 0.22 0.48 0.18 0.45 0.17 0.17 0.22 0.18 0.20 1.22 0.26 0.43 0.39 1.05 0.60 0.56
N1 0.20 0.15 0.22 0.40 0.21 0.47 0.16 0.45 0.14 0.14 0.20 0.15 0.20 1.16 0.26 0.44 0.36 1.02 0.57 0.54
N3 0.17 0.10 0.27 0.22 0.21 0.41 0.16 0.39 0.10 0.10 0.18 0.10 0.16 0.93 0.29 0.44 0.24 0.84 0.43 0.36
N4 0.18 0.10 0.26 0.17 0.23 0.37 0.17 0.35 0.11 0.10 0.20 0.13 0.15 0.79 0.30 0.43 0.23 0.74 0.35 0.28
O2 0.17 0.10 0.28 0.27 0.21 0.44 0.16 0.42 0.11 0.10 0.18 0.10 0.20 1.01 0.28 0.44 0.26 0.90 0.50 0.43
O2' 0.49 0.51 0.86 0.51 0.53 0.38 0.53 0.38 0.52 0.51 0.52 0.50 0.85 0.77 0.53 0.33 0.41 0.82 0.54 0.50
O3' 0.38 0.37 0.28 0.70 0.44 0.54 0.46 0.53 0.44 0.39 0.40 0.31 0.34 1.34 0.47 0.47 0.60 1.37 0.92 0.87
O4' 0.38 0.25 0.27 0.81 0.27 0.73 0.27 0.70 0.29 0.29 0.26 0.25 0.29 1.62 0.30 0.58 0.65 1.38 0.87 0.86
O5' 0.22 0.17 0.22 0.80 0.22 0.47 0.24 0.46 0.24 0.20 0.19 0.15 0.25 1.52 0.23 0.27 0.55 1.42 0.92 0.87
OP1 0.18 0.13 0.31 0.88 0.22 0.34 0.27 0.34 0.26 0.18 0.16 0.15 0.29 1.51 0.24 0.19 0.55 1.54 1.06 0.96
OP2 0.26 0.25 0.29 0.82 0.37 0.37 0.40 0.39 0.38 0.30 0.30 0.19 0.27 1.43 0.39 0.22 0.58 1.46 1.04 0.94
P 0.15 0.09 0.25 0.86 0.14 0.39 0.18 0.38 0.19 0.13 0.11 0.15 0.24 1.57 0.15 0.17 0.54 1.47 0.97 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.36 0.02 0.01 0.28 0.69 0.33 0.34
C2 0.03 0.00 0.15 0.20 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.27 0.01 0.12 0.32 0.55 0.25 0.24
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.22 0.14 0.03 0.12 0.26 0.00 0.03 0.07 0.02 0.49 1.10 0.74 0.75
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.42 0.01 0.47 0.02 0.42 0.24 0.30 0.11 0.02 0.01 0.45 0.02 0.26 0.74 0.26 0.36
C4 0.02 0.01 0.05 0.42 0.00 0.18 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.12 0.00 0.04 0.51 0.41 0.56 0.47
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.18 0.00 0.27 0.01 0.27 0.10 0.08 0.11 0.31 0.02 0.20 0.01 0.02 0.38 0.27 0.14
C5 0.02 0.02 0.10 0.47 0.01 0.27 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.28 0.02 0.13 0.59 0.41 0.63 0.55
C5' 0.07 0.08 0.22 0.02 0.21 0.01 0.28 0.00 0.24 0.08 0.12 0.13 0.09 0.24 0.24 0.02 0.01 0.13 0.22 0.02
C6 0.02 0.02 0.14 0.42 0.01 0.27 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.03 0.38 0.22 0.01 0.16 0.53 0.41 0.44 0.43
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.12 0.02 0.02 0.36 0.54 0.26 0.29
N3 0.03 0.01 0.12 0.30 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.00 0.02 0.28 0.13 0.01 0.09 0.39 0.46 0.37 0.31
O2 0.05 0.01 0.26 0.11 0.02 0.11 0.02 0.13 0.03 0.02 0.02 0.00 0.15 0.51 0.02 0.20 0.25 0.65 0.26 0.23
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.38 0.31 0.43 0.09 0.38 0.23 0.28 0.15 0.00 0.04 0.41 0.22 0.41 1.15 0.90 0.77
O3' 0.36 0.27 0.03 0.01 0.12 0.02 0.28 0.24 0.22 0.12 0.13 0.51 0.04 0.00 0.17 0.25 0.38 0.57 0.39 0.35
O4 0.02 0.01 0.07 0.45 0.00 0.20 0.02 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.41 0.17 0.00 0.05 0.55 0.44 0.69 0.55
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.02 0.16 0.02 0.09 0.20 0.22 0.25 0.05 0.00 0.18 0.53 0.36 0.28
O5' 0.28 0.32 0.49 0.26 0.51 0.02 0.59 0.01 0.53 0.36 0.39 0.25 0.41 0.38 0.55 0.18 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.69 0.55 1.10 0.74 0.41 0.38 0.41 0.13 0.41 0.54 0.46 0.65 1.15 0.57 0.44 0.53 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.25 0.74 0.26 0.56 0.27 0.63 0.22 0.44 0.26 0.37 0.26 0.90 0.39 0.69 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.24 0.75 0.36 0.47 0.14 0.55 0.02 0.43 0.29 0.31 0.23 0.77 0.35 0.55 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00