ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49535

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 17, 14, 12, 6, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.041 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.010, 0.047, 0.085, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.047 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.052, 0.116, 0.181, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.116 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.064, 0.136, 0.208, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.136 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.086, 0.184, 0.281, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.184 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.107, 0.206, 0.305, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.206 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.073, 0.176, 0.279, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.176 std_dev=0.103
O3' A 0, 0.168, 0.293, 0.419, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.293 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.094, 0.225, 0.356, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.225 std_dev=0.131
C5' A 0, 0.134, 0.282, 0.429, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.282 std_dev=0.147
N3 B 0, 0.120, 0.273, 0.426, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.273 std_dev=0.153
N4 B 0, 0.152, 0.316, 0.480, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.316 std_dev=0.164
O2 B 0, 0.089, 0.258, 0.426, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.258 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.081, 0.257, 0.432, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.257 std_dev=0.175
C4 B 0, 0.121, 0.297, 0.473, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.297 std_dev=0.176
P A 0, 0.149, 0.339, 0.530, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.339 std_dev=0.191
OP2 A 0, 0.154, 0.372, 0.589, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.372 std_dev=0.218
N1 B 0, 0.056, 0.274, 0.492, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.274 std_dev=0.218
OP1 A 0, 0.253, 0.479, 0.705, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.479 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.104, 0.331, 0.557, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.331 std_dev=0.227
C1' B 0, 0.049, 0.290, 0.532, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.290 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.073, 0.318, 0.563, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.318 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.057, 0.312, 0.566, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.312 std_dev=0.254
C2' B 0, 0.084, 0.368, 0.653, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.368 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.101, 0.396, 0.692, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.396 std_dev=0.295
C4' B 0, 0.080, 0.387, 0.693, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.387 std_dev=0.306
C3' B 0, 0.091, 0.411, 0.731, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.411 std_dev=0.320
O5' B 0, 0.087, 0.425, 0.764, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.425 std_dev=0.339
C5' B 0, 0.096, 0.439, 0.782, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.439 std_dev=0.343
OP2 B 0, 0.103, 0.465, 0.827, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.465 std_dev=0.362
O3' B 0, 0.143, 0.507, 0.871, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.507 std_dev=0.364
P B 0, 0.100, 0.481, 0.861, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.481 std_dev=0.380
OP1 B 0, 0.111, 0.524, 0.937, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.524 std_dev=0.413

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.08 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.07 0.10 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.06 0.10 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.10 0.06
N4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.07 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.06 0.12 0.13 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.07 0.06
O5' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.09 0.08 0.09 0.10 0.03 0.11 0.02 0.10 0.08 0.10 0.11 0.08 0.07 0.13 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.02 0.07 0.01 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.12 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09
C2 0.07 0.06 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.11 0.06 0.06 0.09 0.12 0.06 0.11 0.09 0.09 0.10 0.11 0.12 0.10
C2' 0.08 0.10 0.10 0.09 0.12 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.12 0.14 0.10 0.12 0.11 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07
C3' 0.09 0.12 0.10 0.09 0.13 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07
C4 0.08 0.06 0.09 0.09 0.10 0.10 0.07 0.11 0.06 0.05 0.09 0.12 0.05 0.12 0.09 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10
C4' 0.08 0.10 0.08 0.07 0.11 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.12 0.13 0.11 0.10 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06
C5 0.06 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.06 0.06 0.11 0.12 0.08 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09
C5' 0.08 0.11 0.08 0.07 0.12 0.07 0.10 0.08 0.09 0.09 0.13 0.13 0.12 0.09 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07
C6 0.06 0.09 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.06 0.11 0.12 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08
N1 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.06 0.06 0.10 0.12 0.07 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09
N3 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.06 0.06 0.09 0.12 0.06 0.12 0.09 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11
N4 0.09 0.06 0.10 0.10 0.09 0.11 0.07 0.12 0.06 0.06 0.09 0.12 0.07 0.13 0.10 0.11 0.12 0.13 0.14 0.13
O2 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.06 0.06 0.09 0.12 0.06 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11
O2' 0.07 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.11 0.13 0.09 0.11 0.10 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08
O3' 0.10 0.13 0.12 0.11 0.14 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.15 0.15 0.14 0.13 0.14 0.09 0.07 0.11 0.08 0.08
O4' 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.12 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09
O5' 0.09 0.12 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.13 0.12 0.13 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.08 0.09
OP1 0.08 0.11 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.11 0.11 0.12 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07
OP2 0.10 0.12 0.10 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.12 0.12 0.13 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09
P 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.11 0.11 0.12 0.09 0.09 0.08 0.06 0.09 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.10 0.12 0.14 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.10 0.08 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.09 0.13 0.16 0.13
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.11 0.12 0.09
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.09 0.09 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.09 0.09 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.09 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.11 0.13 0.17 0.14
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.11 0.14 0.18 0.15
O2 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.07 0.11 0.12 0.15 0.12
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.04 0.02 0.02 0.11 0.07 0.06
O3' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.14 0.09 0.09
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.04
O5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.09 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.11 0.11 0.11 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.12 0.10 0.10 0.13 0.06 0.11 0.03 0.09 0.09 0.13 0.14 0.12 0.11 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.14 0.08 0.07 0.16 0.03 0.12 0.01 0.09 0.10 0.17 0.18 0.15 0.07 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.06 0.06 0.13 0.02 0.09 0.01 0.07 0.08 0.14 0.15 0.12 0.06 0.09 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00