ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49536

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 11, 18, 4, 6, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.024, 0.081, 0.137, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.081 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.030, 0.092, 0.154, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.092 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.049, 0.133, 0.217, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.133 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.043, 0.128, 0.213, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.128 std_dev=0.085
C3' A 0, 0.042, 0.142, 0.241, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.142 std_dev=0.099
C2 B 0, 0.097, 0.237, 0.378, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.237 std_dev=0.140
N1 B 0, 0.112, 0.253, 0.393, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.253 std_dev=0.140
N3 B 0, 0.128, 0.270, 0.413, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.270 std_dev=0.142
O3' A 0, 0.083, 0.229, 0.375, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.229 std_dev=0.146
C5' A 0, 0.088, 0.235, 0.382, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.235 std_dev=0.147
O4' B 0, 0.145, 0.299, 0.453, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.299 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.156, 0.311, 0.466, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.311 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.115, 0.282, 0.450, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.282 std_dev=0.168
O2 B 0, 0.070, 0.238, 0.407, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.238 std_dev=0.169
O5' A 0, 0.089, 0.261, 0.434, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.261 std_dev=0.172
C5 B 0, 0.146, 0.320, 0.493, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.320 std_dev=0.174
C1' B 0, 0.111, 0.290, 0.470, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.290 std_dev=0.179
N4 B 0, 0.182, 0.374, 0.567, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.374 std_dev=0.192
C4' B 0, 0.188, 0.385, 0.583, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.385 std_dev=0.197
P A 0, 0.162, 0.395, 0.629, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.395 std_dev=0.234
OP2 A 0, 0.207, 0.464, 0.722, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.464 std_dev=0.258
O5' B 0, 0.206, 0.464, 0.722, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.464 std_dev=0.258
O3' B 0, 0.133, 0.405, 0.678, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.405 std_dev=0.272
C3' B 0, 0.129, 0.403, 0.678, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.403 std_dev=0.274
C5' B 0, 0.195, 0.472, 0.750, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.472 std_dev=0.278
P B 0, 0.269, 0.548, 0.827, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.548 std_dev=0.279
OP1 A 0, 0.180, 0.460, 0.741, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.460 std_dev=0.280
OP2 B 0, 0.294, 0.602, 0.910, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.602 std_dev=0.308
OP1 B 0, 0.284, 0.593, 0.902, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.593 std_dev=0.309
C2' B 0, 0.019, 0.389, 0.759, 2.495 max_d=2.495 avg_d=0.389 std_dev=0.370
O2' B 0, -0.117, 0.457, 1.032, 3.996 max_d=3.996 avg_d=0.457 std_dev=0.574

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.08 0.10 0.12 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.06 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.12 0.13 0.17 0.13
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.12 0.14 0.16 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.08 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.10 0.11 0.12 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.08 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.10 0.12 0.15 0.11
N4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.12 0.15 0.19 0.15
O2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.07 0.09 0.11 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.06 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.08 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.13 0.11 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.07 0.05
O5' 0.04 0.08 0.02 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.08 0.10 0.12 0.07 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.10 0.08 0.09 0.13 0.05 0.14 0.03 0.11 0.08 0.12 0.15 0.09 0.10 0.13 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.06 0.07 0.17 0.02 0.16 0.01 0.12 0.10 0.15 0.19 0.11 0.06 0.11 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.04 0.05 0.13 0.01 0.13 0.01 0.10 0.08 0.11 0.15 0.07 0.04 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.07 0.31 0.17 0.12 0.08 0.10 0.10 0.07 0.08 0.10 0.18 0.08 0.49 0.11 0.08 0.09 0.11 0.19 0.10
C2 0.12 0.07 0.27 0.15 0.12 0.07 0.10 0.10 0.07 0.07 0.09 0.18 0.10 0.41 0.09 0.09 0.08 0.10 0.20 0.10
C2' 0.12 0.07 0.31 0.17 0.13 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.11 0.18 0.08 0.47 0.11 0.09 0.08 0.12 0.18 0.09
C3' 0.09 0.09 0.29 0.14 0.16 0.07 0.13 0.11 0.09 0.08 0.14 0.21 0.08 0.46 0.09 0.12 0.07 0.15 0.14 0.07
C4 0.12 0.06 0.27 0.15 0.12 0.08 0.09 0.10 0.07 0.08 0.10 0.17 0.09 0.39 0.09 0.09 0.09 0.10 0.20 0.10
C4' 0.11 0.09 0.31 0.15 0.15 0.07 0.11 0.11 0.09 0.08 0.13 0.19 0.08 0.51 0.10 0.11 0.08 0.13 0.15 0.08
C5 0.14 0.08 0.31 0.16 0.13 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.12 0.17 0.08 0.47 0.10 0.09 0.10 0.11 0.20 0.11
C5' 0.10 0.12 0.29 0.13 0.17 0.08 0.13 0.13 0.10 0.09 0.16 0.21 0.11 0.51 0.08 0.14 0.08 0.16 0.12 0.07
C6 0.14 0.08 0.32 0.17 0.12 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.11 0.17 0.08 0.50 0.11 0.09 0.10 0.11 0.20 0.11
N1 0.13 0.07 0.30 0.16 0.12 0.07 0.10 0.10 0.07 0.08 0.10 0.18 0.08 0.47 0.10 0.08 0.09 0.10 0.19 0.10
N3 0.12 0.07 0.25 0.15 0.12 0.08 0.10 0.11 0.07 0.08 0.09 0.18 0.11 0.37 0.09 0.09 0.09 0.10 0.20 0.10
N4 0.12 0.06 0.23 0.14 0.12 0.09 0.09 0.11 0.07 0.07 0.10 0.17 0.11 0.32 0.08 0.10 0.09 0.11 0.21 0.11
O2 0.12 0.07 0.27 0.15 0.12 0.08 0.10 0.11 0.07 0.08 0.09 0.18 0.11 0.39 0.09 0.09 0.08 0.10 0.20 0.10
O2' 0.13 0.08 0.32 0.18 0.11 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.16 0.10 0.47 0.11 0.08 0.09 0.11 0.20 0.10
O3' 0.08 0.10 0.27 0.13 0.17 0.08 0.14 0.12 0.10 0.08 0.15 0.21 0.08 0.42 0.08 0.13 0.07 0.17 0.12 0.07
O4' 0.14 0.08 0.33 0.17 0.13 0.08 0.10 0.11 0.08 0.09 0.12 0.18 0.08 0.53 0.13 0.09 0.10 0.12 0.19 0.10
O5' 0.09 0.14 0.27 0.11 0.19 0.09 0.15 0.13 0.12 0.11 0.19 0.23 0.13 0.49 0.07 0.16 0.08 0.17 0.11 0.08
OP1 0.13 0.18 0.29 0.15 0.22 0.11 0.18 0.12 0.15 0.15 0.23 0.25 0.18 0.50 0.12 0.18 0.12 0.18 0.15 0.12
OP2 0.15 0.21 0.29 0.15 0.24 0.13 0.20 0.13 0.17 0.17 0.25 0.26 0.22 0.50 0.12 0.19 0.14 0.19 0.16 0.13
P 0.12 0.17 0.28 0.13 0.20 0.10 0.17 0.12 0.14 0.14 0.21 0.24 0.17 0.50 0.10 0.17 0.11 0.18 0.14 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.07 0.14 0.12 0.07
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.08 0.10 0.12 0.17 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.08 0.02 0.06 0.03 0.13 0.00 0.02 0.02 0.22 0.32 0.20 0.24
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.15 0.29 0.10 0.19
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.06 0.02 0.10 0.11 0.25 0.13
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.03 0.03 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.03
C5 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.05 0.06 0.11 0.13 0.27 0.15
C5' 0.02 0.07 0.06 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.06 0.06 0.12 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.05 0.08 0.11 0.12 0.23 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.09 0.11 0.18 0.09
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.06 0.10 0.10 0.21 0.09
N4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.06 0.02 0.10 0.11 0.27 0.14
O2 0.01 0.00 0.13 0.03 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.11 0.13 0.11 0.15 0.14 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.11 0.07 0.18 0.03 0.19 0.06 0.05 0.12 0.18 0.00 0.04 0.04 0.14 0.31 0.22 0.21
O3' 0.10 0.09 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.11 0.04 0.00 0.06 0.06 0.24 0.08 0.13
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.13 0.04 0.06 0.00 0.07 0.05 0.21 0.10
O5' 0.07 0.10 0.22 0.15 0.10 0.01 0.11 0.01 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.14 0.06 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.12 0.32 0.29 0.11 0.11 0.13 0.04 0.12 0.11 0.10 0.11 0.15 0.31 0.24 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.17 0.20 0.10 0.25 0.08 0.27 0.09 0.23 0.18 0.21 0.27 0.14 0.22 0.08 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.24 0.19 0.13 0.03 0.15 0.01 0.14 0.09 0.09 0.14 0.08 0.21 0.13 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00