ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49538

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 0, 2, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.002, 0.021, 0.039, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.004, 0.024, 0.043, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.013, 0.048, 0.084, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.048 std_dev=0.035
N4 A 0, 0.005, 0.070, 0.134, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.070 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.022, 0.104, 0.187, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.104 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.058, 0.169, 0.280, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.169 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.085, 0.227, 0.370, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.227 std_dev=0.142
C3' A 0, 0.055, 0.227, 0.398, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.227 std_dev=0.172
O2' A 0, 0.068, 0.284, 0.501, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.284 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.164, 0.391, 0.617, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.391 std_dev=0.226
O3' A 0, 0.078, 0.362, 0.646, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.362 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.127, 0.504, 0.881, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.504 std_dev=0.377
N1 B 0, 0.234, 0.633, 1.031, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.633 std_dev=0.398
C1' B 0, 0.278, 0.727, 1.176, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.727 std_dev=0.449
OP2 A 0, 0.538, 0.996, 1.455, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.996 std_dev=0.459
N3 B 0, 0.085, 0.555, 1.025, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.555 std_dev=0.470
P A 0, 0.375, 0.848, 1.321, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.848 std_dev=0.473
O2 B 0, 0.070, 0.546, 1.021, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.546 std_dev=0.475
O5' A 0, 0.156, 0.647, 1.139, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.647 std_dev=0.492
C2' B 0, 0.248, 0.776, 1.305, 2.070 max_d=2.070 avg_d=0.776 std_dev=0.528
OP1 A 0, 0.521, 1.113, 1.705, 2.225 max_d=2.225 avg_d=1.113 std_dev=0.592
C6 B 0, 0.243, 0.841, 1.439, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.841 std_dev=0.598
O4' B 0, 0.238, 0.864, 1.489, 2.424 max_d=2.424 avg_d=0.864 std_dev=0.626
C4 B 0, 0.055, 0.745, 1.435, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.745 std_dev=0.690
O2' B 0, 0.262, 0.952, 1.643, 2.496 max_d=2.496 avg_d=0.952 std_dev=0.690
C3' B 0, 0.121, 0.829, 1.537, 2.854 max_d=2.854 avg_d=0.829 std_dev=0.708
C4' B 0, 0.174, 0.923, 1.672, 3.047 max_d=3.047 avg_d=0.923 std_dev=0.749
C5 B 0, 0.140, 0.916, 1.693, 2.365 max_d=2.365 avg_d=0.916 std_dev=0.776
C5' B 0, 0.242, 1.085, 1.927, 3.384 max_d=3.384 avg_d=1.085 std_dev=0.842
N4 B 0, 0.026, 0.901, 1.776, 2.714 max_d=2.714 avg_d=0.901 std_dev=0.875
O5' B 0, 0.200, 1.112, 2.023, 3.697 max_d=3.697 avg_d=1.112 std_dev=0.912
O3' B 0, 0.067, 1.031, 1.995, 3.986 max_d=3.986 avg_d=1.031 std_dev=0.964
P B 0, 0.007, 1.085, 2.163, 4.461 max_d=4.461 avg_d=1.085 std_dev=1.078
OP1 B 0, 0.117, 1.266, 2.414, 4.796 max_d=4.796 avg_d=1.266 std_dev=1.149
OP2 B 0, -0.027, 1.138, 2.303, 4.763 max_d=4.763 avg_d=1.138 std_dev=1.165

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.14 0.18 0.08 0.12
C2 0.03 0.00 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.10 0.02 0.26 0.26 0.18 0.23
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.10 0.06 0.08 0.07 0.06 0.04 0.09 0.11 0.09 0.01 0.01 0.02 0.20 0.26 0.07 0.18
C3' 0.04 0.11 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.06 0.10 0.08 0.11 0.12 0.12 0.02 0.00 0.03 0.30 0.35 0.12 0.25
C4 0.02 0.01 0.10 0.11 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.13 0.02 0.35 0.33 0.32 0.33
C4' 0.03 0.06 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.02 0.08 0.05 0.07 0.09 0.07 0.17 0.03 0.01 0.03 0.14 0.19 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.13 0.03 0.37 0.34 0.31 0.34
C5' 0.04 0.12 0.07 0.06 0.19 0.02 0.20 0.00 0.16 0.11 0.15 0.21 0.10 0.20 0.11 0.02 0.01 0.18 0.31 0.04
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.12 0.03 0.32 0.29 0.21 0.28
N1 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.02 0.25 0.24 0.14 0.21
N3 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.12 0.02 0.31 0.29 0.26 0.28
N4 0.02 0.02 0.11 0.12 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.16 0.02 0.37 0.37 0.37 0.36
O2 0.04 0.01 0.09 0.12 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.16 0.12 0.04 0.22 0.24 0.14 0.20
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.13 0.17 0.08 0.20 0.04 0.06 0.15 0.15 0.16 0.00 0.04 0.11 0.15 0.29 0.12 0.18
O3' 0.03 0.10 0.01 0.00 0.13 0.03 0.13 0.11 0.12 0.08 0.12 0.16 0.12 0.04 0.00 0.03 0.26 0.40 0.18 0.27
O4' 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.11 0.03 0.00 0.10 0.13 0.16 0.10
O5' 0.14 0.26 0.20 0.30 0.35 0.03 0.37 0.01 0.32 0.25 0.31 0.37 0.22 0.15 0.26 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02
OP1 0.18 0.26 0.26 0.35 0.33 0.14 0.34 0.18 0.29 0.24 0.29 0.37 0.24 0.29 0.40 0.13 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.08 0.18 0.07 0.12 0.32 0.19 0.31 0.31 0.21 0.14 0.26 0.37 0.14 0.12 0.18 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.18 0.25 0.33 0.05 0.34 0.04 0.28 0.21 0.28 0.36 0.20 0.18 0.27 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.17 0.14 0.17 0.23 0.16 0.17 0.20 0.12 0.13 0.23 0.31 0.21 0.18 0.23 0.25 0.40 0.35 0.42 0.31
C2 0.22 0.16 0.21 0.22 0.22 0.21 0.18 0.28 0.14 0.16 0.19 0.32 0.22 0.23 0.26 0.28 0.43 0.37 0.44 0.35
C2' 0.20 0.19 0.24 0.28 0.24 0.18 0.22 0.20 0.19 0.18 0.22 0.30 0.23 0.29 0.35 0.22 0.49 0.47 0.53 0.43
C3' 0.18 0.24 0.28 0.32 0.29 0.21 0.27 0.17 0.22 0.19 0.28 0.35 0.29 0.33 0.43 0.16 0.53 0.53 0.64 0.50
C4 0.26 0.18 0.26 0.26 0.27 0.25 0.21 0.30 0.16 0.18 0.22 0.38 0.27 0.29 0.29 0.29 0.43 0.36 0.42 0.34
C4' 0.18 0.24 0.18 0.21 0.28 0.14 0.24 0.12 0.19 0.18 0.29 0.34 0.28 0.23 0.28 0.21 0.45 0.43 0.50 0.39
C5 0.20 0.18 0.22 0.23 0.29 0.20 0.21 0.24 0.14 0.15 0.28 0.37 0.21 0.24 0.28 0.25 0.40 0.33 0.40 0.30
C5' 0.33 0.37 0.33 0.34 0.41 0.30 0.38 0.28 0.35 0.34 0.41 0.44 0.40 0.34 0.38 0.33 0.53 0.50 0.58 0.47
C6 0.18 0.19 0.17 0.20 0.26 0.17 0.18 0.21 0.13 0.14 0.26 0.34 0.22 0.20 0.26 0.24 0.39 0.33 0.39 0.29
N1 0.18 0.16 0.17 0.20 0.23 0.18 0.18 0.22 0.12 0.13 0.22 0.32 0.19 0.20 0.25 0.25 0.41 0.35 0.42 0.31
N3 0.27 0.20 0.25 0.25 0.24 0.26 0.20 0.32 0.16 0.19 0.19 0.34 0.29 0.27 0.28 0.31 0.44 0.37 0.44 0.36
N4 0.32 0.25 0.32 0.30 0.30 0.31 0.25 0.36 0.20 0.24 0.23 0.45 0.39 0.35 0.31 0.34 0.44 0.37 0.43 0.36
O2 0.22 0.17 0.21 0.22 0.21 0.21 0.18 0.29 0.14 0.17 0.18 0.30 0.24 0.22 0.26 0.29 0.44 0.38 0.46 0.36
O2' 0.18 0.19 0.21 0.25 0.24 0.16 0.23 0.20 0.19 0.17 0.22 0.30 0.23 0.26 0.34 0.23 0.48 0.46 0.50 0.41
O3' 0.26 0.28 0.39 0.44 0.33 0.32 0.34 0.28 0.30 0.26 0.31 0.38 0.33 0.45 0.56 0.23 0.63 0.65 0.76 0.61
O4' 0.19 0.22 0.09 0.11 0.27 0.17 0.20 0.18 0.15 0.16 0.28 0.34 0.26 0.16 0.17 0.27 0.40 0.33 0.39 0.28
O5' 0.36 0.44 0.44 0.48 0.44 0.40 0.40 0.40 0.37 0.38 0.47 0.47 0.49 0.42 0.56 0.34 0.47 0.47 0.59 0.45
OP1 0.37 0.44 0.47 0.53 0.41 0.46 0.38 0.47 0.37 0.38 0.45 0.43 0.51 0.48 0.63 0.36 0.48 0.48 0.61 0.48
OP2 0.37 0.44 0.44 0.48 0.41 0.44 0.37 0.43 0.35 0.38 0.45 0.43 0.51 0.45 0.56 0.36 0.46 0.46 0.59 0.46
P 0.36 0.44 0.43 0.47 0.42 0.42 0.38 0.41 0.36 0.38 0.46 0.45 0.51 0.44 0.55 0.34 0.45 0.45 0.57 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.31 0.26 0.26 0.21
C2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.10 0.06 0.48 0.39 0.37 0.37
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.09 0.07 0.14 0.01 0.01 0.02 0.26 0.28 0.25 0.16
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.12 0.01 0.16 0.05 0.17 0.08 0.09 0.13 0.10 0.01 0.01 0.02 0.29 0.40 0.27 0.22
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.12 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.14 0.05 0.59 0.53 0.53 0.55
C4' 0.01 0.04 0.04 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.07 0.12 0.03 0.08 0.03 0.01 0.02 0.16 0.27 0.08
C5 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.16 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.20 0.03 0.60 0.57 0.55 0.59
C5' 0.05 0.17 0.04 0.05 0.30 0.01 0.34 0.00 0.30 0.18 0.24 0.33 0.10 0.09 0.08 0.02 0.01 0.35 0.36 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.15 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.19 0.03 0.56 0.49 0.42 0.49
N1 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.47 0.39 0.33 0.36
N3 0.02 0.01 0.09 0.09 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.12 0.06 0.54 0.46 0.45 0.46
N4 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.12 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.16 0.05 0.61 0.58 0.60 0.61
O2 0.03 0.00 0.14 0.10 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.15 0.07 0.41 0.32 0.32 0.30
O2' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.09 0.08 0.05 0.09 0.06 0.05 0.13 0.10 0.20 0.00 0.04 0.07 0.03 0.09 0.23 0.12
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.14 0.03 0.20 0.08 0.19 0.07 0.12 0.16 0.15 0.04 0.00 0.02 0.28 0.44 0.27 0.25
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.07 0.07 0.02 0.00 0.29 0.26 0.31 0.23
O5' 0.31 0.48 0.26 0.29 0.59 0.02 0.60 0.01 0.56 0.47 0.54 0.61 0.41 0.03 0.28 0.29 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.26 0.39 0.28 0.40 0.53 0.16 0.57 0.35 0.49 0.39 0.46 0.58 0.32 0.09 0.44 0.26 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.37 0.25 0.27 0.53 0.27 0.55 0.36 0.42 0.33 0.45 0.60 0.32 0.23 0.27 0.31 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.37 0.16 0.22 0.55 0.08 0.59 0.02 0.49 0.36 0.46 0.61 0.30 0.12 0.25 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00